經(jīng)·典·文·獻(xiàn)·導(dǎo)·讀
0 1 利用宏基因組方法探究Anammox反應(yīng)器啟動(dòng)過程中微生物的功能性狀變化和耦合效應(yīng) 通訊作者:Liu Sitong,,北京大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院 Science of the Total Environment(IF=7.963)687 (2019) 50–60. 原文及鏈接:Metagenomic insights into functional traits variation and coupling effects on the anammox community during reactor start-up. https:///10.1016/j.scitotenv.2019.05.491 厭氧氨氧化技術(shù)是一種高效低耗的廢水處理工藝,,近年來成為水處理領(lǐng)域的研究熱點(diǎn),,其群落結(jié)構(gòu)也得到了廣泛的關(guān)注。然而,,系統(tǒng)中的厭氧氨氧化菌群落功能始終呈動(dòng)態(tài)變化,,規(guī)律難以捉摸。 在該研究中,,作者通過宏基因組學(xué)、多重生物信息學(xué)和網(wǎng)絡(luò)分析等手段與方法,,結(jié)合反應(yīng)器的長期運(yùn)行效果,,揭示了Anammox啟動(dòng)過程中厭氧氨氧化群落結(jié)構(gòu)和功能性狀的演替規(guī)律。研究發(fā)現(xiàn),,在高NO2--N濃度抑制期后,,Proteobacteria門反硝化菌的物種和基因豐度顯著增加,反硝化菌可將NO2--N還原為N2,,這可能有助于消耗過量的NO2--N,,恢復(fù)Anammox菌群活性。另外,,菌屬Terrimonas(Bacteroidetes門)和Anaerolinea(Chloroflexi門)在遲滯期結(jié)束時(shí)物種豐度最高,,它們具有分泌胞外聚合物、促進(jìn)菌群聚集的功能,,有利于提高Anammox系統(tǒng)的氮去除率,。不僅如此,Terrimonas和Anaerolinea還可以與亞硝酸鹽型甲烷厭氧氧化生物(如Ca. Methylomirabilis)協(xié)同合作消耗NO2--N,,減輕高濃度NO2--N對厭氧氨氧化細(xì)菌的抑制作用,。此研究對群落結(jié)構(gòu)和功能變化進(jìn)行分析,強(qiáng)調(diào)反硝化菌等功能細(xì)菌在厭氧氨氧化過程中的重要性,,為處理高氮廢水提供一種潛在的控制策略,。 0 2 NO2--N限制型生物反應(yīng)器中厭氧氨氧化菌間的微生物競爭 通訊作者:Satoshi Okabe,北海道大學(xué)工程學(xué)院環(huán)境工程學(xué)系 Water Research(IF=11.236),,2017,,125:249-258 原文及鏈接:Microbial competition among anammox bacteria in nitrite-limited bioreactors https:///10.1016/j.watres.2017.08.052 無論是在自然水體還是在人工環(huán)境中,大多數(shù)的缺/厭氧環(huán)境下都檢測到厭氧氨氧化菌的存在,,因此它也被認(rèn)為時(shí)全球氮循環(huán)的關(guān)鍵參與者,。然而,不同環(huán)境中檢測到的Anammox群落結(jié)構(gòu)與菌群功能卻大相徑庭,,不同種屬厭氧氨氧化菌的生態(tài)位有何差異,?生態(tài)位分化的內(nèi)在原因是什么?這些問題都亟待解決,。 作者研究了不同的氮負(fù)荷 (NLRs) 下,,固定化海藻酸鈉凝膠柱反應(yīng)器(GICR),、膜生物反應(yīng)器(MBR)、上流式顆粒污泥反應(yīng)器中三種厭氧氨氧化物種(即“Candidatus Brocadia sinica”,、“Candidatus Jettenia caeni”和“Candidatus Kuenenia stuttgartiensis”)之間對共同底物(亞硝酸鹽)的競爭作用,。16 S rRNA結(jié)果顯示,Ca . J. caeni不具有競爭優(yōu)勢,,只能在低氮負(fù)荷條件下增殖,,Ca . B. sinica在更高氮負(fù)荷下占優(yōu)勢,而Ca . K. stuttgartiensis始終無法富集,。此外,,熒光原位雜交(FISH)結(jié)果顯示,Ca . J. caeni主要聚集在顆粒污泥和海藻酸鈉凝膠珠內(nèi)部(低NO2--N環(huán)境),,而Ca . B. sinica則貫穿整個(gè)顆粒,。這表明,氮負(fù)荷NLR是不同Anammox菌種生態(tài)位分化的因素之一 但是,,如何解釋低NLR下的競爭優(yōu)勢現(xiàn)象呢,?下圖表示的是三種菌種的Monod 模型,在任何基質(zhì)濃度下,,Ca . J. caeni的增殖都不占優(yōu)勢,。作者猜測是由于無法準(zhǔn)確測量動(dòng)力學(xué)參數(shù)所導(dǎo)致的,如亞硝酸鹽的半飽和常數(shù)Ks等,。另外,,微生物生長速率與內(nèi)源衰亡速率共同決定微生物凈生長速率,難以測量衰亡速率,、動(dòng)力學(xué)參數(shù)不準(zhǔn)確等都使得Anammox菌種間的生態(tài)位分化機(jī)制仍是一個(gè)謎團(tuán),。 0 3 通過多組學(xué)手段解析厭氧氨氧化菌Ca. Brocadia與Ca. Jettenia間的競爭與生態(tài)位分化機(jī)制 通訊作者:Liu Sitong,北京大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院 Applied Microbiology and Biotechnology(IF= 4.813),,2019,,103:8191–8202 原文及鏈接:Genome-centered omics insight into the competition and niche differentiation of Ca. Jettenia and Ca. Brocadia affiliated to anammox bacteria https://link./article/10.1007%2Fs00253-019-10040-9 誠如上一篇文章所述,厭氧氨氧化菌間底物競爭和生態(tài)位分化的深層機(jī)制尚不明晰,。因此,,作者在固定化厭氧折流反應(yīng)器(I-ABR)中使用低氮基質(zhì)濃度(NH4+-N=30 mg/L,NO2--N=30 mg/L)培養(yǎng)Anammox菌群,,長期監(jiān)測水質(zhì)指標(biāo),,分別在反應(yīng)器沿程不同區(qū)域(C1、C2,、C4)取生物樣品進(jìn)行組學(xué)測序分析,。 結(jié)果顯示,經(jīng)過146天的培養(yǎng),,反應(yīng)器不同區(qū)域的Ca. Brocadia豐度均不同程度的提高,,且占優(yōu)勢生態(tài)位,。這是由于Ca. Brocadia具有且高度表達(dá)了更多與調(diào)節(jié)“細(xì)胞趨化”、“鞭毛組裝”,、“雙組分系統(tǒng)”和“亞硝酸鹽還原” 等有關(guān)的功能基因,。結(jié)合各個(gè)區(qū)域的氮去除負(fù)荷(NRR)和生物量來看,C1區(qū)由于生物量最大,,所以處理效果最好,。并且此區(qū)氮基質(zhì)濃度較充足,兩菌間的競爭小,,所以二者物種豐度相當(dāng),。C4區(qū)基質(zhì)濃度最小,Ca. Brocadia由于前述的多種功能基因高度表達(dá),,在Anammox菌群中占絕對優(yōu)勢發(fā)揮良好活性,。C2區(qū)基質(zhì)濃度使得Ca. Brocadia與Ca. Jettenia間競爭排斥作用強(qiáng),,但Ca. Jettenia對氨氮具有更高親和性,,幫助其調(diào)整轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng),從而將更多的基質(zhì)跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)進(jìn)細(xì)胞內(nèi),。因此,,雖然C2區(qū)中的Ca. Jettenia活性更好,但是此區(qū)的氮去除負(fù)荷最低,。 綜上,,Ca. Brocadia在低氮負(fù)荷污水中占優(yōu)勢生態(tài)位,氮負(fù)荷會(huì)影響Anammox菌屬的群落結(jié)構(gòu)與功能表達(dá),。本研究從基因?qū)用姹容^了Ca. Brocadia和Ca. Jettenia的代謝潛力,,為理解厭氧氨氧化細(xì)菌的競爭作用和生態(tài)位分化提供一個(gè)不同的維度。 0 4 低氮負(fù)荷的傳統(tǒng)城市污水廠中廣泛存在但容易忽視的厭氧氨氧化作用 通訊作者:Peng Yongzhen,,北京工業(yè)大學(xué) Water Research(IF=11.236),,2015,84:66-75. 原文及鏈接:Anaerobic ammonium oxidation in traditional municipal wastewater treatment plants with low-strength ammonium loading: widespread but overlooked https:///10.1016/j.watres.2015.07.005 海洋和淡水系統(tǒng)中厭氧氨氧化的發(fā)生極大地改變了我們對全球氮循環(huán)的理解,,并促進(jìn)了對厭氧氨氧化在人為生態(tài)系統(tǒng)中的功能作用和生態(tài)特征的研究,。本研究以5個(gè)低氮負(fù)荷的城市污水處理廠為對象,研究了不同處理單元中Anammox菌群的時(shí)空分布,、活性和生物多樣性,。污水廠的所有處理單元中均檢測出厭氧氨氧化細(xì)菌,即使在有氧區(qū)(DO>2 mg/L)肼合酶 ( hzs ) 基因的拷貝數(shù)也可達(dá)到105 - 107,。通過15N同位素示蹤技術(shù)發(fā)現(xiàn),,冬季污水廠的厭氧氨氧化速率可達(dá)0.08-0.36 μmol N /(g·h),脫氮貢獻(xiàn)率為2.05-6.86 %,;而夏季的Anammox速率達(dá) 0.12-1.20 μmol N /(g·h),,脫氮貢獻(xiàn)率為1.71-7.26 %,。污水處理廠中厭氧氨氧化細(xì)菌的多樣性僅分布在Ca. Brocadia和Ca. Kuenenia兩個(gè)屬上。另外,,氨氧化細(xì)菌 (AOB) 是主要的亞硝酸鹽底物生產(chǎn)者,,而亞硝酸鹽氧化細(xì)菌 (NOB,如Nitrospira) 是亞硝酸鹽的潛在主要競爭者,。綜上所述,,在傳統(tǒng)的市政污水處理廠中,厭氧氨氧化對脫氮的貢獻(xiàn)普遍存在氮卻常常被忽視,,而人為生態(tài)系統(tǒng)中厭氧氨氧化細(xì)菌的分布遠(yuǎn)超預(yù)期,。 0 5 基于宏基因組探究Anammox生物膜反應(yīng)器中AHLs介導(dǎo)的群體感應(yīng)機(jī)制 通訊作者:Wu Guangxue ,清華大學(xué)深圳研究生院 Chemical Engineering Journal(IF= 13.273),,2018,,344:42-52. 原文及鏈接:Metagenomics-based interpretation of AHLs-mediated quorum sensing in Anammox biofilm reactors for low-strength wastewater treatment https:///10.1016/j.cej.2018.03.047 厭氧氨氧化憑借其高效低耗的優(yōu)勢迅速成為研究熱點(diǎn),目前,,Anammox技術(shù)主要應(yīng)用于高氨氮廢水處理,,但在低氮負(fù)荷的主流城市污水處理中卻鮮少應(yīng)用。因此,,作者分別運(yùn)行兩個(gè)不同濃度的厭氧氨氧化生物膜反應(yīng)器(NH4+-N濃度分別為110 mg/L和50 mg/L),,氮去除率可分別達(dá)到 0.65 g N / (L·d)和0.25 g N / (L·d)。優(yōu)勢Anammox菌屬為Ca. Kuenenia,。 本研究認(rèn)為,,高氮負(fù)荷進(jìn)水會(huì)富集更多的QS微生物,誘導(dǎo)更多的AHLs合成,,從而刺激胞外聚合物中產(chǎn)生更多的蛋白質(zhì)和疏水氨基酸,,利于厭氧氨氧化生物膜的形成,從而提高Anammox菌群的活性,。另外,,Ca. Kuenenia stuttgartiensis、Nitrosomonas europaea和Lautropia sp. SCN 69–89中檢測到hao,、pmoA-amoC,、nirK和narGZHY等功能基因。這些微生物不僅能夠參與氮代謝,,并且在丙酮酸鹽,、脂肪酸和S-腺苷-L-蛋氨酸合成中發(fā)揮重要作用。該研究從群體感應(yīng)角度為切入點(diǎn),,探究了厭氧氨氧化菌在低濃度廢水中的代謝機(jī)制,。 0 6 采用高通量測序技術(shù)分析Anammox反應(yīng)器處理低濃度低溫廢水時(shí)不同粒徑聚集體中的微生物特征 通訊作者:Yang Dianhai ,同濟(jì)大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院 Chemical Engineering Journal(IF= 9.642),,2017,,231:45-52. 原文及鏈接:High-throughput sequencing-based microbial characterization of size fractionated biomass in an anoxic anammox reactor for low-strength wastewater at low temperatures https:///10.1016/j.biortech.2017.01.050 通過高通量測序手段,,本文研究了在低溫低氮負(fù)荷條件下培養(yǎng)獲得的三種不同尺寸的Anammox污泥的微生物特征,詳細(xì)分析了參與氮代謝的微生物空間上相對豐度的變化,。結(jié)果表明,,反應(yīng)器中各種屬確實(shí)有不同的空間分布特征:Nitrotoga屬僅在大顆粒被富集(>400 μm);Ca. Brocadia和Ca. Kuenenia更傾向于在大顆粒(> 400 μm)中生長,,而Ca. Jettenia則是在中小型污泥(<400 μm)中占主導(dǎo)地位,。由于直徑小于 400 μm 的污泥占總生物量的81.55 %,Ca. Jettenia可能在脫氮中起著至關(guān)重要的作用,。 小編評述 隨著宏基因,、宏轉(zhuǎn)錄等技術(shù)越來越多的應(yīng)用于厭氧氨氧化菌群研究,Anammox系統(tǒng)復(fù)雜多變的群落結(jié)構(gòu)與基因功能終于慢慢揭開了神秘的面紗,。高通量測序只能輔助我們觀察到Anammox菌屬生態(tài)位分化,、基質(zhì)競爭等現(xiàn)象,最關(guān)鍵的還是對于現(xiàn)象背后分子層面機(jī)理的解讀,。 目前較普遍的解讀如下:①Monod方程:不同菌屬對于氮基質(zhì)的親和度不同,,即半飽和常數(shù)不同,所以氮基質(zhì)環(huán)境的變化往往會(huì)影響該菌群的比生長速率,,導(dǎo)致發(fā)生群落演替,。②功能基因:不同菌屬具有不同功能基因,,在低氮負(fù)荷下,,具有且表達(dá)“細(xì)胞運(yùn)動(dòng)”、“信號(hào)傳導(dǎo)”等相關(guān)功能基因的菌群有更大可能占據(jù)優(yōu)勢生態(tài)位,。③菌群互作:在Anammox菌受到環(huán)境條件的限制或抑制時(shí),,系統(tǒng)中的其它菌群常常發(fā)揮著“改天換地”的重要作用,如在高氮負(fù)荷抑制下,,反硝化菌消耗過量的NO2--N,,協(xié)同提高Anammox菌的活性。 但是,,在閱讀文獻(xiàn)的過程中也常常發(fā)現(xiàn)許多矛盾之處,,如部分實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)Ca. Brocadia更適合高氮負(fù)荷條件,但另一部分卻得到Ca. Kuenenia更適合高基質(zhì)濃度的結(jié)果,,這其中必然有我們所忽略的因素在影響著Anammox體系,。對于此部分研究,如何得到普遍的實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象,?如何歸納出共性的規(guī)律,?諸多問題仍等待著我們解決。 日讀文獻(xiàn)八百篇,,透析領(lǐng)悟懂科研,。 實(shí)驗(yàn)繁重沒時(shí)間,,且聽研究僧說文獻(xiàn)。 --水處理研究僧 本期供稿 | 老張愛學(xué)習(xí) 圖文編輯 | 老張愛學(xué)習(xí) 審核 | 小崔 |
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