人類一直對自己起源深深著迷,。我們從哪里來，我們與地球上此前的生物有什么關(guān)系,？是什么讓我們——智人（Homo Sapiens）——與其他古人類不同,？

斯萬特·帕博通過他的開創(chuàng)性研究,，完成了一件看似不可能的事情：對人類已經(jīng)滅絕的親戚尼安德特人的基因組進(jìn)行測序,。他的另一個(gè)震驚世人的成果是，發(fā)現(xiàn)了一個(gè)以前不為人知的古人類：丹尼索瓦人,。帕博還發(fā)現(xiàn),，在大約 7 萬年前從非洲遷徙出來之后，從這些現(xiàn)已滅絕的古人類到智人身上已經(jīng)發(fā)生了基因轉(zhuǎn)移（gene transfer）,。這種古老的基因流動(dòng)對當(dāng)今人類仍然具有生理意義,，例如可以影響我們的免疫系統(tǒng)對感染的反應(yīng)。

帕博的開創(chuàng)性研究催生了一門全新的學(xué)科——古基因組學(xué)（paleogenomics）,。通過揭示現(xiàn)今人類和已滅絕人類的遺傳差異，他的發(fā)現(xiàn)為人類探索自身的獨(dú)特之處奠定了基礎(chǔ),。

我們從何而來,？

自古以來，人類就對自身的的起源,，以及究竟什么使我們與眾不同產(chǎn)生了興趣。古生物學(xué)和考古學(xué)對人類演化的研究非常重要,。研究證據(jù)表明,，解剖學(xué)上的現(xiàn)代人類——智人大約在 30 萬年前首次出現(xiàn)在非洲,，而我們最親近的親戚尼安德特人則在非洲以外發(fā)展，并在大約 40 萬年前至 3 萬年前居住在歐洲和西亞,，之后便滅絕。大約 7 萬年前,，智人群體從非洲遷移到中東，并從那里遷徙散播到世界其他地區(qū),。因此,，智人和尼安德特人在歐亞大陸的大部分地區(qū)共存了數(shù)萬年。但是,，對于我們與已滅絕的尼安德特人的關(guān)系,，我們了解多少呢,？基因組信息也許能提供線索。到 1990 年代末,，幾乎整個(gè)人類基因組都實(shí)現(xiàn)了測序,。這是一項(xiàng)相當(dāng)偉大的成就,，使得隨后對不同人群之間的遺傳關(guān)系的研究成為可能,。然而，研究當(dāng)今人類與已滅絕的尼安德特人之間的關(guān)系,，須要對從古代標(biāo)本中發(fā)現(xiàn)的基因組 DNA 進(jìn)行測序,。

看似不可能的任務(wù)

在斯萬特·帕博職業(yè)生涯的早期，他對利用現(xiàn)代遺傳方法研究尼安德特人 DNA 的可能性著了迷,。然而,，他很快意識到了極端的技術(shù)挑戰(zhàn)。因?yàn)殡S著時(shí)間的推移,，DNA 會(huì)遭受化學(xué)修飾并降解成短片段,。幾千年后，只剩下微量的 DNA,，剩下的部分被細(xì)菌和當(dāng)代人類的 DNA 大量污染（圖 1）,。作為演化生物學(xué)領(lǐng)域的先驅(qū)艾倫·威爾遜（Allan Wilson）的博士后，帕博開始開發(fā)研究尼安德特人 DNA 的方法,，這項(xiàng)工作持續(xù)了幾十年,。

1990 年，帕博被慕尼黑大學(xué)聘為教授,，繼續(xù)研究古 DNA,。他決定分析來自尼安德特人線粒體——細(xì)胞中含有 DNA 的細(xì)胞器——的 DNA。線粒體基因組很小,，只包含細(xì)胞中遺傳信息的一小部分,，但每個(gè)細(xì)胞中有數(shù)千個(gè)拷貝，這增加了研究成功的機(jī)會(huì),。帕博通過他改進(jìn)的方法,，設(shè)法從一塊 40 000 年前的骨頭中測序了一段線粒體 DNA,，我們得以首次獲得已滅絕的人類近親的 DNA 序列。與當(dāng)代人類和黑猩猩的比較表明,，尼安德特人是遺傳上與眾不同的物種,。

給尼安德特人的基因組測序

由于對線粒體中的基因組進(jìn)行分析帶來的信息十分有限，帕博之后承擔(dān)起了對尼安德特人的核基因組進(jìn)行測序的巨大挑戰(zhàn),。當(dāng)時(shí),，他在德國萊比錫獲得了創(chuàng)建馬克斯·普朗克演化人類學(xué)研究所的機(jī)會(huì)。在這個(gè)新的研究所內(nèi),，帕博和他的團(tuán)隊(duì)不斷地改進(jìn)從古人類的骨遺骸中分離和分析 DNA 的方法,。通過借助新興的技術(shù)，他們使 DNA 測序的效率顯著提高,。帕博還聘請了幾位重要的合作者——專精于群體遺傳學(xué)和高級序列分析,。他的努力獲得了成功。帕博完成了這項(xiàng)看似不可能的任務(wù),，并在 2010 年發(fā)布了第一個(gè)尼安德特人的基因組序列,。比較分析表明，尼安德特人和智人最近的共同祖先生活在大約 80 萬年前,。

帕博和同事現(xiàn)在已經(jīng)可以分析尼安德特人和來自世界各地的現(xiàn)代人類之間的關(guān)系了,。比較分析表明，比起居住在非洲的現(xiàn)代人類,，歐洲或亞洲的現(xiàn)代人類的 DNA 與尼安德特人的 DNA 更相似,。這意味著在數(shù)千年的共存過程中，尼安德特人和智人相互雜交,。具有歐洲或亞洲血統(tǒng)的現(xiàn)代人類大約有 1%-4% 的基因組來自尼安德特人（圖2）,。

一個(gè)激動(dòng)人心的發(fā)現(xiàn)：丹尼索瓦人

2008 年，科學(xué)家在西伯利亞南部的丹尼索瓦洞穴中發(fā)現(xiàn)了一塊 4 萬年前的指骨碎片,。這塊骨頭中含有著保存異常完好的 DNA,，帕博帶領(lǐng)的研究團(tuán)隊(duì)對其進(jìn)行了測序。他們發(fā)現(xiàn)與來自尼安德特人和當(dāng)今人類的所有已知的序列相比,，該 DNA 序列是獨(dú)一無二的,。帕博發(fā)現(xiàn)了一種此前未知的古人類,，并命名為丹尼索瓦人。比較分析顯示,，與來自世界不同地區(qū)的當(dāng)代人類的序列相比,，丹尼索瓦人和智人之間也發(fā)生了基因流動(dòng)。這種關(guān)系首次出現(xiàn)在美拉尼西亞和東南亞其他一些地區(qū)的人群中,，那里的人攜帶有 6% 的丹尼索瓦 DNA,。

帕博的發(fā)現(xiàn)使我們對人類的演化史有了全新的理解。在智人遷出非洲時(shí),，至少有兩個(gè)彼時(shí)已滅絕的古人類種群曾居住在歐亞大陸,。尼安德特人曾居住在歐亞大陸西部，而丹尼索瓦人居住在東部,。在智人向外擴(kuò)張和向東遷徙期間,，他們不僅與尼安德特人相遇并雜交，而且還曾與丹尼索瓦人雜交,。（圖3）

古基因組學(xué)及其相關(guān)性

由于這些開創(chuàng)性研究,，斯萬特·帕博建立了一個(gè)全新的科學(xué)學(xué)科——古基因組學(xué)。在最初的發(fā)現(xiàn)之后,，他的團(tuán)隊(duì)已經(jīng)完成了對來自已滅絕人類的其他幾個(gè)基因組序列的分析,。帕博的發(fā)現(xiàn)提供了一種獨(dú)特的資源，能被科學(xué)界廣泛使用,，以更好地理解人類的演化和遷徙,。這些用于 DNA 序列分析的、新型強(qiáng)大方法表明,，古人類也可能與非洲的智人出現(xiàn)過基因融合,。然而，熱帶氣候加速了古 DNA 的降解,，因此目前還沒有對非洲已滅絕古人類的基因組進(jìn)行測序,。

由于斯萬特·帕博的發(fā)現(xiàn)，我們得以了解,，來自我們已滅絕的近親物種的古基因序列,，影響了當(dāng)今人類的生理機(jī)能。一個(gè)具體的例子是在現(xiàn)在人類中存在的丹尼索瓦人的 EPAS1 基因,，它賦予了個(gè)體在高海拔地區(qū)生存的優(yōu)勢,，并且在當(dāng)今生活在西藏的人中很常見。另一個(gè)例子是,，尼安德特人的基因影響了我們對不同類型的感染產(chǎn)生免疫反應(yīng)的方式,。

是什么讓我們成為獨(dú)一無二的人類？

創(chuàng)造復(fù)雜文化,、先進(jìn)的發(fā)明和形象藝術(shù)是智人的獨(dú)特能力,，此外他們還能跨越開闊的水域遷徙到我們這顆星球的各個(gè)地方（圖 4）。尼安德特人采取群居生活,，并且擁有更大的大腦（圖 4）,。他們也使用工具，但這些工具在數(shù)十萬年的時(shí)間里基本沒有改進(jìn)過,。帕博的開創(chuàng)性工作確定了智人與我們最近的已滅絕近親之間的遺傳差異,，我們才知道他們之間有何不同。正在進(jìn)行的密集研究側(cè)重于分析這些差異的功能性影響,，最終目標(biāo)是解釋是什么讓我們成為獨(dú)一無二的人類,。

圖 4. 帕博的開創(chuàng)性工作為解釋是什么讓我們成為獨(dú)一無二的人類，奠定了基礎(chǔ),。