還在靠挖掘公共數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)表生信文章的您,,最近是否也遇到了這樣的情況: 生信分析內(nèi)容既結(jié)合了當(dāng)下研究熱點(diǎn),又具有一定的臨床指導(dǎo)意義,,美滋滋的投稿給雜志社,,結(jié)果被審稿人秒拒——沒(méi)有濕實(shí)驗(yàn)結(jié)果,純生信分析結(jié)果不可信,,不適合發(fā)表,! 如果您的生信分析方向剛好也是腫瘤免疫微環(huán)境,那不妨了解一下組織多色免疫熒光(mIHC)這項(xiàng)技術(shù),。mIHC怎么做,?又能得到什么樣的結(jié)果?這部分內(nèi)容我們?cè)缫言谥暗奈恼轮羞M(jìn)行過(guò)詳細(xì)介紹,,還不了解的同學(xué)們可以戳以下鏈接先復(fù)習(xí)一下,。 組織多色免疫熒光(mIHC),,完美詮釋“什么叫組織驗(yàn)證” mIHC作為近幾年發(fā)展起來(lái)的一項(xiàng)新的病理染色技術(shù),,在腫瘤空間表型特征方面具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì),,可作為發(fā)現(xiàn)新一代生物標(biāo)志物的利器,是進(jìn)行腫瘤免疫微環(huán)境驗(yàn)證的不二選擇,。如果您的研究方向剛好也是腫瘤免疫微環(huán)境生物標(biāo)志物篩選,,那就跟著我們一起來(lái)看看如何結(jié)合生信分析+mIHC驗(yàn)證全面闡釋腫瘤免疫微環(huán)境,提升文章檔次吧,! GARP Correlates With Tumor-Infiltrating T-Cells and Predicts the Outcome of Gastric Cancer. IF: 7.561 期刊:Frontiers in immunology 日期:2021-08-06 DOI :10.3389/fimmu.2021.660397 作者基于TCGA和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)篩選了與高免疫浸潤(rùn)相關(guān)的基因GARP,,并且發(fā)現(xiàn)GARP的表達(dá)與CD4、CD8和FOXP3的表達(dá)相關(guān),,且高免疫組的相關(guān)性強(qiáng)于低免疫組,。作者對(duì)包含176個(gè)胃癌組織,52個(gè)正常胃粘膜組織的組織芯片(TMA)進(jìn)行mIHC驗(yàn)證,,panel為CK+FOXP3+CD3+CD8+CD4+GARP,。驗(yàn)證結(jié)果發(fā)現(xiàn),與GARP低表達(dá)組相比,,GARP高表達(dá)組的CD3+T細(xì)胞浸潤(rùn)明顯受到抑制,,CD4+T細(xì)胞和FOXP3+Treg浸潤(rùn)明顯增強(qiáng),印證了生信分析的結(jié)果,。結(jié)論為GARP作為Treg的表面分子,,與CD4+T細(xì)胞和FOXP3+Treg細(xì)胞的浸潤(rùn)有關(guān)。 Metabolic Molecule PLA2G2D Is a Potential Prognostic Biomarker Correlating With Immune Cell Infiltration and the Expression of Immune Checkpoint Genes in Cervical Squamous Cell Carcinoma. IF: 6.244 期刊:Frontiers in oncology 日期:2021-10-18 DOI :10.3389/fonc.2021.755668 作者基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的CSCC(子宮頸鱗狀細(xì)胞癌)RNA-seq數(shù)據(jù),,將其分為高免疫和低免疫浸潤(rùn)組,,進(jìn)一步篩選出PLA2G2D基因,該基因是與免疫浸潤(rùn)和患者生存最相關(guān)的基因,。根據(jù)PLA2G2D表達(dá)水平將樣本分為PLA2G2D高表達(dá)組和低表達(dá)組,,免疫浸潤(rùn)分析發(fā)現(xiàn)PLA2G2D高表達(dá)組中CD8+T細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和B細(xì)胞也較高,。為了對(duì)PLA2G2D表達(dá)與免疫浸潤(rùn)進(jìn)行驗(yàn)證,,作者使用18例CSCC患者的腫瘤FFPE樣本進(jìn)行mIHC驗(yàn)證,panel CK+CD3+CD8+CD68+ PLA2G2D,。結(jié)果發(fā)現(xiàn),,在全區(qū)域和間質(zhì)區(qū)域中,PLA2G2D高表達(dá)組CD3+T細(xì)胞,、CD8+T細(xì)胞和巨噬細(xì)胞水平均高于低表達(dá)組,,在腫瘤區(qū)域中CD8+T細(xì)胞也在PLA2G2D高表達(dá)組中顯著升高。該結(jié)論與生信分析結(jié)論基本一致,,表明PLA2G2D可以直接或間接地調(diào)控CD8+T細(xì)胞進(jìn)入癌巢的招募,,也揭示了PLA2G2D高表達(dá)樣本中免疫浸潤(rùn)的空間特征。 AQP9 Is a Prognostic Factor for Kidney Cancer and a Promising Indicator for M2 TAM Polarization and CD8+ T-Cell Recruitment. IF: 6.244 期刊:Frontiers in oncology 日期:2021-11-05 DOI :10.3389/fonc.2021.770565 基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù),,共對(duì)537例KIRC(腎透明細(xì)胞癌)患者的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,,結(jié)合腫瘤免疫浸潤(rùn)評(píng)分,,差異表達(dá)基因篩選,PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等分析方法,,最終確定AQP9為KIRC的一個(gè)潛在預(yù)后因子,。進(jìn)一步的研究表明,調(diào)節(jié)性T細(xì)胞(Tregs),、M2型巨噬細(xì)胞,、M0型巨噬細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞和中性粒細(xì)胞與AQP9的表達(dá)呈正相關(guān),,而肥大細(xì)胞,、自然殺傷細(xì)胞(NK)細(xì)胞和CD8+T細(xì)胞的水平與AQP9呈負(fù)相關(guān)。對(duì)6例KIRC腫瘤組織進(jìn)行mIHC驗(yàn)證,,panel為APQ9+CD8+CD163。結(jié)果表明,,當(dāng)腫瘤組織中AQP9水平較高時(shí),,CD8+T細(xì)胞的浸潤(rùn)明顯被阻斷,且M2巨噬細(xì)胞數(shù)量明顯增多,。結(jié)合生信分析內(nèi)容,,表明AQP9可能與M2巨噬細(xì)胞極化和CD8+T細(xì)胞招募相關(guān)。 以上三篇文章呢,,都是從免疫浸潤(rùn)水平出發(fā),,首先篩選出與免疫浸潤(rùn)顯著相關(guān)且預(yù)后差異顯著的分子,再對(duì)該分子進(jìn)行免疫浸潤(rùn)細(xì)胞相關(guān)性分析,,從而就可以篩選到一些與目標(biāo)基因顯著相關(guān)的免疫浸潤(rùn)細(xì)胞類型,。 那如何進(jìn)行濕實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證,就要靠mIHC來(lái)幫忙啦,!只要選定感興趣的免疫細(xì)胞類型及找到對(duì)應(yīng)的標(biāo)記marker,,就可以在組織水平上快速進(jìn)行免疫微環(huán)境驗(yàn)證啦。 具體怎么做呢,?當(dāng)然是找芯超生物,! 芯超不僅擁有種類齊全的腫瘤組織樣本,解決您收集樣本難的煩惱,,更有生存資料加持,,幫您快速驗(yàn)證預(yù)后相關(guān)性;在mIHC實(shí)驗(yàn)方面,,芯超病理平臺(tái)已經(jīng)積累了大量的mIHC實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn),,且具有完備的mIHC掃描成像系統(tǒng),輕松完成抗體染色的細(xì)胞定位及定量,,更具有近20年分子病理分析經(jīng)驗(yàn),,可滿足多種組合的分析方案,。 最后呢,為了幫大家輕松挑選感興趣的免疫細(xì)胞類型,,小編還為大家整理了免疫微環(huán)境常用的驗(yàn)證靶標(biāo),,方便大家根據(jù)前期生信分析結(jié)果確認(rèn)驗(yàn)證方案: CK(cytokeratin):細(xì)胞角蛋白,用于區(qū)分上皮細(xì)胞源腫瘤區(qū)域 CD3:總T淋巴細(xì)標(biāo)志物 CD4:輔助T細(xì)胞標(biāo)志物 CD8:毒性T細(xì)胞標(biāo)志物(促進(jìn)抗腫瘤免疫應(yīng)答) FOXP3: 調(diào)節(jié)性T細(xì)胞(Treg)標(biāo)志物(促進(jìn)腫瘤免疫逃避) CD68: M0巨噬細(xì)胞標(biāo)志物 CD86: M1型巨噬細(xì)胞標(biāo)志物(促進(jìn)抗腫瘤免疫應(yīng)答) CD163:M2型巨噬細(xì)胞標(biāo)志物(促進(jìn)腫瘤免疫逃避) PD-L1:免疫檢查點(diǎn)配體標(biāo)志物(促進(jìn)腫瘤免疫逃逸) PD-1:免疫檢查點(diǎn)受體標(biāo)志物(促進(jìn)腫瘤免疫逃逸) 參考文獻(xiàn) 1.Jiang S, Zhang Y, Zhang X, Lu B, Sun P, Wu Q, Ding X, Huang J. GARP Correlates With Tumor-Infiltrating T-Cells and Predicts the Outcome of Gastric Cancer. Front Immunol. 2021 Aug 6;12:660397. doi: 10.3389/fimmu.2021.660397. PMID: 34421887; PMCID: PMC8378229. 2.Liu H, Xu R, Gao C, Zhu T, Liu L, Yang Y, Zeng H, Huang Y, Wang H. Metabolic Molecule PLA2G2D Is a Potential Prognostic Biomarker Correlating With Immune Cell Infiltration and the Expression of Immune Checkpoint Genes in Cervical Squamous Cell Carcinoma. Front Oncol. 2021 Oct 18;11:755668. doi: 10.3389/fonc.2021.755668. PMID: 34733790; PMCID: PMC8558485. 3.Jing J, Sun J, Wu Y, Zhang N, Liu C, Chen S, Li W, Hong C, Xu B, Chen M. AQP9 Is a Prognostic Factor for Kidney Cancer and a Promising Indicator for M2 TAM Polarization and CD8+ T-Cell Recruitment. Front Oncol. 2021 Nov 5;11:770565. doi: 10.3389/fonc.2021.770565. PMID: 34804972; PMCID: PMC8602816. |
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