1899年至中國游歷,，著《燕山楚水》,。1907年10月被聘為京都帝國大學文科大學講師，兩年后升為教授,，講授東洋史,。1909年11月從住北京的東京文求堂書店主人田中慶太郎、京師大學堂的羅振玉處,，得到伯希和在北京展示敦煌寫本的消息和部分照片,，立刻在大阪《朝日新聞》上連續(xù)發(fā)表《敦煌石室發(fā)現(xiàn)物》、《敦煌發(fā)掘的古書》,，首次向日本學界介紹敦煌文書的發(fā)現(xiàn)及其價值,。1910年8月又在《朝日新聞》上發(fā)表《西本愿寺的發(fā)掘物》，介紹大谷探險隊的收獲,，并應邀參加大谷收集品的整理,，編輯《西域考古圖譜》（1915）。在獲知中國官府已將藏經洞所剩文書全部運抵北京后,，與狩野直喜,、小川琢治、富岡謙藏,、濱田耕作奉京都帝國大學文科大學之命,，于1910年8月至11月到北京調查敦煌文書,。翌年寫出《清國派遣教授學術視察報告》,，并將所獲資料展覽。1924年,，率弟子石濱純太郎往巴黎,、柏林等地收集資料，歸國后發(fā)表《歐洲所見東方學材料》,。

日本東洋史學已獨立發(fā)展,，不能等同于漢學或中國學，最早提倡者為那珂通世于高等中學的教師會上,。而在各大學東洋史學科的成立中,，首倡者那珂通世雖在東京大學,，但東京大學東洋史學科的成立尚晚于京都大學。在京都大學東洋史學科三講座中,，又因講座教授者受訓背景的差異,，因而在京都大學形成兩種不同研究理念的學風。即以內藤為首的“支那學派”,，及以桑原騭藏為首的東京學風,。表現(xiàn)在京都大學的兩種不同學風，實即日本東洋史研究觀點的縮影,，亦即表現(xiàn)于京都大學內的東洋史研究風尚,，有“支那學派”與“東洋史學派”之分。兩派的中國史觀,，分別是“東京學派”采極端否定中國的文化與文明,，即以德國蘭克學派為史觀；而“支那學派”的中國史觀則是極為推崇中國文化,，且與中國學者保持良好的往來關系,，三田村泰助喻之為“內藤學”，亦是所謂“京都學派”的主導奠基者,。兩派主要的歧異,，在于對中國考古文物的看法，東京學派以甲骨等考古文物為偽物,，而內藤等“支那學派”則視其可證之史實,。但此種對立的中國史觀，并未影響兩派學者間的私誼,。持此種對立史觀的學者,，亦被后來的學者以對比的方式進行研究，如增淵龍夫的研究,，即以內藤虎次郎與津田左右吉為對比,，研究成其大作。繼其后者,，尚有五井直弘等人,。兩大學派雖史觀不同，但都不可免的,，參與了日本為侵略亞洲大陸所設立的研究事業(yè),。或因此,，被譏為為帝國主義者服務,。又由青江舜二郎及竹田篤司二氏的回顧，可窺知當時京都大學的東洋史學科的聲望,，更在東京大學之上,。然此并非本文探討的重點所在,，僅作為時代背景的了解，主要還是在探討內藤史學研究方法,，及其學術觀點,。

內藤的歷史發(fā)展觀中，影響較大的有“天運螺旋說”與“文化中心移動說”,。前者,，有喻之為“天運螺旋循環(huán)說”，亦有學者視為大勢論或時勢論,，然其間應有些微的差異,。內藤此說的提出，即在反駁歐西學者的“中國文明停滯說”,，即內藤有中國“分久必合,，合久必分”的史觀，但其認為歷史變遷雖是循環(huán)的,，然其發(fā)展過程則是有差異的,。此外，內藤期望“天運螺旋循環(huán)說”的應用范圍需加以擴大,，期達于真,、善、美之境,，如此可得有一大有作用的學理,。另一歷史發(fā)展觀即是“文化中心移動說”，內藤以文化中心的移動促成了統(tǒng)一大勢,，即其文化中心的移動非相對的興衰,，乃是文明的普及，即文化中心移到哪兒,，文明即被帶到那兒,。即文明所到之處，該地即得到開發(fā),，開發(fā)的成果當會使文化差異縮小,，因此而帶來統(tǒng)一的氣運?；蛞虼朔N史觀,，內藤看中國五代的割據(jù),，不僅未妨害文化的發(fā)展,，反而有助長文化的普及。又其“文化中心移動說”,，早已應用在其第一本著作《近世文學史論》中,，可知此一史學研究理論,，與其學術研究相伴隨，可視為其史學研究通則之一,。此外,，即其在“文化中心移動說”的歷史觀中，表現(xiàn)其對邊陲文化的注目,。因此,，其以漢代的發(fā)展受秦、楚文化的影響,。就內藤所論,，其實也是一種文化交流，而每一種文化交流必當匯流產生出自有的特色,。因文化交流是締結人類文明的重要元素,，筆者深信所有燦爛的文明都是經此文化交流的過程而來。