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數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù) | TCGA數(shù)據(jù)庫33種癌癥的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 數(shù)據(jù)

 生信筆記 2021-08-23

該數(shù)據(jù)是我自己下載整理過的數(shù)據(jù),。

下載日期:2021年7月12日

下載方式:TCGAbiolinks包

數(shù)據(jù)類型:RData

變量名稱:expDataTPM

> ##加載數(shù)據(jù),,數(shù)據(jù)對象是一個數(shù)據(jù)框,變量名稱是:expDataTPM> load("processedTCGAdata/TCGA-RNASeq-TPM/TCGA-ACC_RNASeq_TPM.RData")> head(expDataTPM)[,1:3] TCGA-OR-A5JJ-01A-11R-A29S-07 TCGA-OR-A5LT-01A-11R-A29S-07 TCGA-OR-A5LH-01A-11R-A29S-07TSPAN6 57.83159172 64.883481 13.1920993TNMD 0.05062098 0.000000 0.6890431DPM1 321.27250899 148.384435 114.2315919SCYL3 6.57160741 6.687236 7.3564339C1orf112 2.54046551 3.105887 1.5935638FGR 2.83865069 2.317543 2.1897053

后臺回復(fù):TCGA-RNASeq,,下載,。


往期文章

一.Linux筆記

Linux筆記【001】| 初識Linux

Linux筆記【002】| 遠程登錄服務(wù)器軟件:MobXterm與FileZilla

Linux筆記【003】| Linux系統(tǒng)目錄結(jié)構(gòu)與基本命令

Linux筆記【004】| 文件/文件夾的基本操作命令

Linux筆記【005】| vim編輯器使用教程

Linux筆記【006】| 用戶及用戶組

Linux筆記【007】| 文件/文件夾屬性設(shè)置

Linux筆記【008】| 文件系統(tǒng)與文件壓縮

Linux筆記【009】| 文本操作神器

Linux筆記【010】| Linux的運行模式與網(wǎng)卡設(shè)置

Linux筆記【011】| 騰訊CentOS云服務(wù)器掛載云硬盤與硬盤分區(qū)

二.R語言語法基礎(chǔ)

第01章:R語言簡介

第02章:R語言安裝和下載

第02章:RStudio的使用教程

第03章:R中的數(shù)據(jù)

(1):從存儲角度劃分

(2):從結(jié)構(gòu)角度劃分(向量)

(3):從結(jié)構(gòu)角度劃分(矩陣)

(4):從結(jié)構(gòu)角度劃分(數(shù)組)

(5):從結(jié)構(gòu)角度劃分(數(shù)據(jù)框)

(6):從結(jié)構(gòu)角度劃分(列表)

(7):從結(jié)構(gòu)角度劃分(因子)

(8):數(shù)據(jù)之間的轉(zhuǎn)換

第04章:字符串操作與正則表達式

第05章:判斷語句

第06章:循環(huán)語句

第07章:操作系統(tǒng)文件

第08章:數(shù)據(jù)的輸入與輸出

第09章:數(shù)據(jù)的預(yù)處理與重構(gòu)(1)

       數(shù)據(jù)的預(yù)處理與重構(gòu)(2)

       數(shù)據(jù)的預(yù)處理與重構(gòu)(3)

第10章:函數(shù)

第11章:R中的網(wǎng)絡(luò)爬蟲

第12章:面向?qū)ο缶幊?S3類與S4類)

三.R繪圖筆記

01. R繪圖筆記 | R語言繪圖系統(tǒng)與常見繪圖函數(shù)及參數(shù)

02. R繪圖筆記 | 一般的散點圖繪制

03. R繪圖筆記 | 柱狀圖繪制

04. R繪圖筆記 | 直方圖和核密度估計圖的繪制

05. R繪圖筆記 | 二維散點圖與統(tǒng)計直方圖組合

06. R繪圖筆記 | 散點分布圖與柱形分布圖

07. R繪圖筆記 | 箱形圖的繪制

08. R繪圖筆記 | 小提琴圖與漂亮的云雨圖繪制

09. R繪圖筆記 | 帶抖動散點的多數(shù)據(jù)系列箱型圖

10. R繪圖筆記 | 熱圖的繪制  

11. R繪圖筆記 | 生存曲線的繪制

12. R繪圖筆記 | 火山圖的繪制

13. R語言數(shù)據(jù)可視化——解讀ggplot2繪圖思想視頻教程

14. R繪圖筆記 | 詞云圖的繪制

15. R繪圖筆記 | GO-BP,GO-MF,,GO-CC繪制在同一個柱狀圖中

四.R與統(tǒng)計

第1章:數(shù)據(jù)預(yù)處理(1)——缺失值處理

第1章:數(shù)據(jù)預(yù)處理(2)——缺失值常用的處理方法

第1章:數(shù)據(jù)預(yù)處理(3)——數(shù)據(jù)整理

第2章:統(tǒng)計學基礎(chǔ)(視頻)

第3章:R語言繪圖基礎(chǔ)(看上一部分文章)

第4章:回歸分析(1)——一元回歸分析

第4章:回歸分析(2)——多元線性回歸

第4章:回歸分析(3)——變量的選擇

第4章:回歸分析(4)——logistic回歸

第5章:方差分析(1)——單因素方差分析

第5章:方差分析(2)——多因素方差分析

第5章:方差分析(3)——協(xié)方差分析

第6章:主成分分析(1)——主成分分析概論

第6章:主成分分析(2)——案例講解

第7章:因子分析

第8章:判別分析(1)——距離判別法

第8章:判別分析(2)——貝葉斯(Bayes)判別分析

第8章:判別分析(3)——費歇爾(Fisher)判別分析

第9章:聚類分析(1)——動態(tài)聚類

第9章:聚類分析(2)——層次聚類

五.文獻筆記

001.HOXC11作為一種新的致癌基因在人結(jié)腸癌和腎透明細胞癌中發(fā)揮作用

002.在基底細胞樣乳腺癌中,,ANXA4通過與ANXA1相互作用激活JAK-STAT3信號通路

003.ANXA8在胃癌中的預(yù)后價值

004.TIMER2.0用于分析腫瘤免疫細胞浸潤

005.KLF7:高級別漿液性卵巢癌新的候選生物標志物和治療靶點

006.胰腺導(dǎo)管腺癌的免疫細胞浸潤及其臨床意義

六.分子對接

01. 分子對接教程 | (1) 軟件安裝準備

02. 分子對接教程 | (2) 選擇合適的蛋白受體

03. 分子對接教程 | (3) 配體分子文件格式轉(zhuǎn)換

04. 分子對接教程 | (4) 蛋白受體文件的預(yù)處理

05. 分子對接教程 | (5) 配體小分子的預(yù)處理

06. 分子對接教程 | (6) AutoDock對接操作與對接結(jié)果解讀

07. 分子對接教程 | (7) AutoDock對接中易錯問題

08. 分子對接教程 | (8) PyMOL可視化對接結(jié)果

七.生信在線分析工具

001. 生信工具 | TCGA數(shù)據(jù)分析工具GEPIA最新更新,用于免疫細胞浸潤分析

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