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文章來(lái)源于：sci666 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)目前是科研中最常用的數(shù)據(jù)庫(kù)之一,，其中儲(chǔ)存著多種疾病的各組學(xué)的數(shù)據(jù)，借助該數(shù)據(jù)庫(kù),，幫助了很多研究生們發(fā)表了自己的文章,，達(dá)到了畢業(yè)條件。但是,，如果你是剛?cè)腴T的新手,，不用擔(dān)心，跟著我們的系列推文，完成TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的認(rèn)識(shí)與下載,，開(kāi)啟TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的大門,。今天我們就來(lái)學(xué)習(xí)一下TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中癌癥的RNAseq數(shù)據(jù)下載。 1.TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)全稱為The Cancer Genome Atlas,，如名所示,，它主要儲(chǔ)存關(guān)于各類腫瘤的一個(gè)基本信息，包括RNAseq,，miRNAseq,，DNA甲基化，CNV,，SNP等信息,，它是目前為止我們可以獲得的公開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)里面數(shù)據(jù)相對(duì)全面的一個(gè)，在各個(gè)領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用,，為腫瘤基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究者提供了海量的基因組數(shù)據(jù)和與其關(guān)聯(lián)的臨床數(shù)據(jù),這為挖掘有意義的基因組變化和發(fā)現(xiàn)影響腫瘤起始,、發(fā)展、分化,、轉(zhuǎn)移等生物學(xué)機(jī)制提供了海量數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。 2.TCGA網(wǎng)址 https://portal.gdc./ 首頁(yè)模樣如下：  3. 點(diǎn)擊 Repository,，進(jìn)入數(shù)據(jù)存儲(chǔ)地,，就會(huì)出現(xiàn)下面這個(gè)界面  4. 點(diǎn)擊 Case，選擇疾病類型,，就會(huì)出現(xiàn)下面這個(gè)界面,，用于挑選各類癌癥，比如我們選擇喉癌（Larynx）,，在其前面打鉤即可,。   5.接著點(diǎn)擊 File，選擇文件類型,，就會(huì)出現(xiàn)下面這個(gè)界面,，用于選擇需要下載文件的數(shù)據(jù)類型，因?yàn)槲覀冃枰螺d的是RNAseq的數(shù)據(jù),，所以需要在Transcriptome Profiling,，在其前面打鉤即可。  6.在Data Type選擇Gene Expression Quantification,，在Experimental Strategy上由于只有一個(gè)選項(xiàng),，所以我們不用選擇也可以，主要看到有三種類型,，分別是counts,，F(xiàn)PKM和FPKM-UQ，分別表示counts數(shù)和兩種歸一化后的值,，一般推薦下載counts數(shù)據(jù),。  7. 點(diǎn)擊counts之后,，我們可以看到每一步操作都會(huì)記錄在里面，如下,，也可以看到數(shù)據(jù)大小是31兆,。  8. 點(diǎn)擊Add All Files to Cart，然后就會(huì)看到箭頭所指的地方,，變?yōu)橄鄳?yīng)的樣本數(shù),，接著點(diǎn)擊cart，如下：   9. 點(diǎn)擊download,，下載cart即可  這樣你就完成了第一步基于網(wǎng)頁(yè)版tcga數(shù)據(jù)的下載,。 10.下載的數(shù)據(jù)模樣  下載的結(jié)果是一個(gè)壓縮包，我們解壓之后就會(huì)發(fā)現(xiàn),，每個(gè)文件存儲(chǔ)的為一個(gè)樣本,。 OK，今天的數(shù)據(jù)下載先講到這,，下期再見(jiàn),。 關(guān)注公眾號(hào)，后臺(tái)回復(fù)“生信資源”,，獲取200G生信資源包 |
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