BRCA1/2基因變異類型,、檢測區(qū)域及檢測方法

BRCA12基因變異類型主要包括點突變,、小片段插入缺失和大片段重排（large genomic rearrangement）等。除BRCA 12基因編碼區(qū)的變異外，內(nèi)含子發(fā)生的一些變異亦可能會通過干擾RNA剪接等方式影響蛋白質(zhì)功能,，因此,，BRCA1/2基因檢測必須同時覆蓋編碼區(qū)和相鄰邊界區(qū)（以土20 bp為佳）。

腫瘤BRCA1/2變異解讀

胚系變異的解讀重點關(guān)注該變異對于某種遺傳疾病的致病性,，而腫瘤變異的解讀關(guān)注該變異對臨床實踐的影響,，如對某種粑向藥物敏感性的預測、對疾病的診斷或預后判斷的價值等,。因此相對胚系變異而言,，腫瘤變異的解讀更為復雜，尚未形成一個被普遍認可的分類標準,。

目前國際上有多個機構(gòu)推出了以臨床意義解讀為核心的腫瘤變異解讀的指南,，如2017年由臨床醫(yī)師和瘤癥生物學專家組推出的OncoKB，AMP和美國臨床腫瘤學會（ASCO）,、美國病理學家學會（CAP）聯(lián)合發(fā)布的腫瘤組織變異解讀和報告標準與指南等',。在2017年AMP/ASCO/CAP聯(lián)合發(fā)布的腫瘤體細胞變異解讀和報告標準與指南里，將腫瘤中體細胞變異的證據(jù)級別分為A,、B,、C、D4個等級,。

A類證據(jù)為美國FDA批準用于某種特定腫瘤治療靶向藥物的生物標志物,，或來自臨床診療指南中對某特定腫瘤作為治療、診斷或預后的生物標志物,；

B類證據(jù)為在較大規(guī)模的臨床研究證實且取得該領(lǐng)域?qū)＜夜沧R的生物標志物,；

C類證據(jù)為在其他癌種中獲得FDA或?qū)I(yè)機構(gòu)批準的生物標志物，已作為臨床試驗的篩選入組標準,，或基于多個小型研究具有診斷或預后意義,；

D類證據(jù)為臨床前研究表明可能有治療指導意義，或在小規(guī)模研究,、未達成共識的多個病例報道中表明該突變具有指導診斷和預后判斷的意義,。

在此基礎(chǔ)上，進一步將腫瘤的變異按照其臨床意義分為4個層級,。

Ⅰ級：臨床意義明確的變異（A類或B類證據(jù)）,；

Ⅱ級：具有潛在臨床意義的變異（C類或D類證據(jù)）；

Ⅲ級：臨床意義未明的變異,；

N級：良性或可能良性的變異,。

總而言之，現(xiàn)有的腫瘤變異解讀指南大都圍繞基因變異功能疾病-用藥這一線索,，按照其中每一項的證據(jù)等級對變異進行分類,，并由此形成知識庫,，方便從業(yè)人員進行檢索。不同組織機構(gòu)形成的知識庫在基因的覆蓋,、變異的命名,、用藥推薦以及證據(jù)的羅列方面均有差異,，因此在進行腫瘤變異解讀時,，最好整合多個數(shù)據(jù)庫的檢索結(jié)果，對于重要的變異,，可考慮追溯原始文獻證據(jù),，以使解讀盡可能精確，最大限度地支持臨床決策,。

對于腫瘤BRCA12基因變異,，我們建議在前述BRCA1/2基因變異致病性分類的基礎(chǔ)上，結(jié)合目前國內(nèi)外的批準情況及臨床診療指南共識推薦,，將腫瘤BRCAI2變異根據(jù)臨床意義分為4個層級,。

Ⅰ級：臨床意義明確的變異，來自國內(nèi)外權(quán)威機構(gòu)批準或臨床診療指南共識推薦可作為治療,、診斷或預后的生物標志物,，如乳腺癌、卵巢癌,、胰腺癌,、前列腺癌中的致病性/可能致病性BRCA1/2變異；

Ⅱ級：具有潛在臨床意義的變異,，如其他癌種中的致病性/同能致病性BRCA12變異,；

Ⅲ級：臨床意義未明的BRCA1/2變異；

N級：良性或可能良性的BRCA1/2變異,。

需要注意的是,，隨著腫瘤生物學的快速進展，BRCA1/2變異對于治療,、診斷,、預后的臨床意義也在不斷的更新，這必然會影響到腫瘤BRCA12變異的臨床意義評級,。另外,，與表皮生長因子受體（EGFR），BRAF等瘤基因變異相比較,，BRCA12基因不存在突變熱點,，BRCA12基因特定區(qū)域/位點/類型的變異與用藥關(guān)聯(lián)的證據(jù)需要更多數(shù)據(jù)的積累。

胚系與腫瘤BRCA1/2變異解讀的臨床應用

胚系檢測一般使用血液,、唾液,、口腔拭子等樣本,，目前以血液（白細胞）樣本為主，檢測到的BRCA12變異為胚系變異,。

腫瘤檢測一般使用手術(shù)或穿刺獲得的腫瘤組織樣本,，腫瘤樣本中檢測到的BRCA12變異既可能是胚系變異，也可能為體細胞變異,。在臨床實踐中,，如果僅送檢腫瘤組織樣本，推薦按照腫瘤BRCA 1/2變異解讀原則進行解讀：如果僅送檢血液樣本,，推薦按照胚系BRCA1/2變異解讀原則進行解讀：如果送檢的是腫瘤和血液配對樣本,，那么需要首先明確檢測到的變異是胚系變異還是體細胞變異，對于確認為胚系變異的,，按照胚系BRCA1/2變異解讀原則進行解讀,，對于確認為體細胞變異的，按照腫瘤BRCA1/2變異解讀原則進行解讀,。

需要特別指出的是,，在臨床實踐中，胚系與腫瘤BRCA12變異分類/分級并不是相互獨立的,，需要聯(lián)合應用,。卵巢癌等腫瘤患者中檢出的致病性/可能致病性胚系BRCA 1/2變異對于腫瘤的治療與預后有非常重要的臨床意義，在按照胚系BRCA12變異解讀原則進行分類后,，對于致病性/可能致病性變異也可進一步解讀其在所罹患腫瘤中的臨床意義,；而腫瘤中檢出的體細胞BRCA1/2變異，在根據(jù)腫瘤BRCA12變異解讀規(guī)則進行臨床意義分級之前,，需要參考胚系BRCA12變異致病性分類,，只有致病性/可能致病性變異才能被歸為1級（乳腺癌、卵巢瘤,、胰腺癌,、前列腺癌）或Ⅱ級（其他癌種）。

BRCA12基因檢測報告

一份完整的BRCA1/2基因檢測報告要能夠被腫瘤科醫(yī)師或其他非分子病理學專業(yè)的醫(yī)師理解,，報告內(nèi)容應至少包括以下部分：樣本信息,、檢測結(jié)果、基因變異分類的詳細解釋,、檢測方法和覆蓋區(qū)域,、簽名和聯(lián)系信息。樣本信息部分應包括受檢者/患者基本信息,、樣本類型,、臨床診斷、家族史,。若送檢的是腫瘤組織,，樣本信息部分還應該包括病理診斷,、腫瘤細胞含量、取材時間,、樣本處理方式等信息,。

對于胚系BRCA12變異，檢測結(jié)果部分應列出在該受檢者中發(fā)現(xiàn)的所有3-5類基因變異,，并列出總體BRCA1/2狀態(tài),；對于腫瘤組織BRCA12變異，檢測結(jié)果部分應列出在該患者中發(fā)現(xiàn)的所有1-ll級變異,?；蜃儺惙诸惖脑敿毥忉尣糠謶峁┗蜃儺惙诸?分級證據(jù)的簡要說明,，并指明所依據(jù)的變異解讀指南或標準名稱,。檢出胚系致病性/可能致病性變異時，應建議對受檢者的血親進行遺傳咨詢以及該變異的檢測,；在腫瘤組織中檢出致病性/可能致病性變異但不能區(qū)分胚系或體細胞來源時,，應建議進行該變異的胚系檢測驗證。檢測方法和覆蓋區(qū)域部分應明確描述使用的是何種BRCA檢測方法以及該方法覆蓋的指定序列區(qū)域,。簽名和聯(lián)系信息部分應列出實驗操作,、數(shù)據(jù)分析與報告撰寫、報告復核的人員姓名及便于進一步問詢的聯(lián)系信息,。數(shù)據(jù)分析人員應具有臨床醫(yī)學,、分子生物學或遺傳學知識背景并經(jīng)生物信息學分析培訓。