一,、單細(xì)胞的應(yīng)用

根據(jù)單細(xì)胞的應(yīng)用方向主要可以分為三大類：

• 生長發(fā)育方向：胚胎,、組織器官發(fā)育、細(xì)胞分化等
• 腫瘤方向：腫瘤分子標(biāo)志物,，腫瘤異質(zhì)性和微環(huán)境特征,。
• 免疫細(xì)胞方向：自身免疫疾病、血液系統(tǒng)病等免疫相關(guān)的疾?。ㄖ攸c(diǎn)關(guān)注T細(xì)胞和B細(xì)胞）
  具體可以分為8個(gè)方向：
  摘自我的之前的推文單細(xì)胞scRNA-seq學(xué)習(xí)筆記1-單細(xì)胞測序基礎(chǔ)知識(https://www.jianshu.com/p/12ee857dfeda) ,，詳情可以翻看此推文。

二,、單細(xì)胞發(fā)文現(xiàn)狀

分別以“single cell,，single cell RNA，single cell RNA seq, scRNA-seq”為關(guān)鍵詞在PubMed上搜索,，均可以看到近10年來,，近5年來單細(xì)胞相關(guān)的文章數(shù)量增長迅速,，web of science 檢索的結(jié)果也是同樣的趨勢。說明隨著技術(shù)的進(jìn)步,，單細(xì)胞測序成本的進(jìn)一步降低,，單細(xì)胞的門檻更加降低。再加上各個(gè)公司和新媒體的作用,，單細(xì)胞的熱度一直在增加,。未來會有更多的新技術(shù)與新的分析方法產(chǎn)生；同時(shí)會有大量的文章會涌現(xiàn)出來,。下圖是在PubMed以scRNA-seq為關(guān)鍵詞文章數(shù)量,。

三、單細(xì)胞文章的行文結(jié)構(gòu)

根據(jù)文章的總結(jié),，單細(xì)胞的文章結(jié)構(gòu),，依據(jù)研究的內(nèi)容不同，有所差異,。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組與普通轉(zhuǎn)錄組類似,，一般為組織樣本?？梢灾挥幸粋€(gè)樣本,，也可以有明確的實(shí)驗(yàn)組和對照組，推薦組內(nèi)1-3重復(fù),。

分析思路：通常是先單獨(dú)做Control細(xì)胞圖譜,，然后和case一起分析，也可以直接把兩者放在一起分析,。主要是找到新的細(xì)胞群或者亞群,，根據(jù)其基因表達(dá)模式及其與疾病等表型的關(guān)系深挖它們的功能等。

根據(jù)經(jīng)驗(yàn)和參考網(wǎng)上的內(nèi)容單細(xì)胞文章正文一般包括以下內(nèi)容：

• 組織,、器官的總的細(xì)胞圖譜特征(Normal),；
• 目的細(xì)胞群/亞群細(xì)胞圖譜特點(diǎn)(Case/Treated)；
• 目的細(xì)胞群/亞群細(xì)胞基因表達(dá)的特異性(新基因或者新marker等),；
• 目的細(xì)胞群/亞群細(xì)胞與疾病等表型之間的關(guān)系(assciate)
• 目的細(xì)胞亞群臨床應(yīng)用價(jià)值
• 目的細(xì)胞亞群臨床應(yīng)用機(jī)制研究以上研究內(nèi)容通?？捎?strong style="font-weight: border;color: rgb(248,57,41);">5-7個(gè)Figures概括。

四,、單細(xì)胞的文章類型

依據(jù)單細(xì)胞的應(yīng)用方向,，單細(xì)胞的文章類型也可以分為三大類型：
細(xì)胞圖譜、腫瘤和免疫和細(xì)胞發(fā)育,。

每個(gè)類型又可以根據(jù)數(shù)據(jù)量的大小,，分析的難易程度、功能的研究等分為不同的層次：

• CNS級別：大樣本量,、大數(shù)據(jù)量,、亞群深度挖掘,、大量的功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)，深度闡明生物學(xué)問題,、通常會構(gòu)建數(shù)據(jù)庫,。
• 20分左右級別：細(xì)胞圖譜、亞群深度挖掘,、功能驗(yàn)證,。
• NC代表的10分左右級別:獲得細(xì)胞圖譜、獲得marker基因,，并對marker基因做功能驗(yàn)證,；將細(xì)胞亞群與marker基因聯(lián)系起來,。

隨著單細(xì)胞研究的深入,，不同類別的文章將源源不斷的出現(xiàn)。