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劉如謙「查找/替換」式基因編輯工具或可解決90%致病突變,?業(yè)內(nèi)人士:有應(yīng)用限制

 生輝 2021-07-14

劉如謙參與創(chuàng)辦的又一家公司正式露面,。


近日,Prime Medicine 宣布完成 3.15 億美元的融資,,用于快速推進臨床適應(yīng)癥,、擴展平臺的功能,以利用其獨有的 prime editing 技術(shù)為患者帶來終身性的治愈療法,。

本次融資包括 1.15 億美元的 A 輪融資,,以及 2 億美元的 B 輪融資。投資者包括 ARCH Venture Partners,、F-Prime Capital,、GV(前谷歌風投)在內(nèi)的多家機構(gòu)。

(來源:公司官網(wǎng))

根據(jù)官網(wǎng)顯示,,Prime Editing 可以在基因組中的精確位置 “查找 / 替換” 致病基因序列,,但不會導(dǎo)致雙鏈 DNA 的斷裂。該公司聲稱,,Prime Editing 能夠解決 90% 以上的致病突變,,可以用于原代人類細胞以及動物。

“查找 / 替換”DNA

2019 年 12 月,,劉如謙實驗室在 Nature 上發(fā)文,,稱開創(chuàng)了一種全新的基因編輯工具。

與劉如謙有過合作的投資者們迅速押注,,ARCH Venture Partners,、F-Prime Capital、GV 和 Newpath Partners 出資 1.15 億美元,,Prime Medicine 正式成立,。

作為 Beam Therapeutics 的聯(lián)合創(chuàng)始人,在成立 Prime Medicine 時,,劉如謙就表示,,這種合作安排能夠最大限度地減少將編輯技術(shù)帶給患者所需的時間和資源支出,同時還可以非競爭性地探索這兩種技術(shù),,以最大限度地讓患者受益,。

Beam 確實和 Prime Medicine 在以合作伙伴的方式推進,根據(jù)該協(xié)議,,Prime Medicine 授予了 Beam 在某些治療領(lǐng)域使用 Prime Editing 的權(quán)利,。Beam 也將所有的技術(shù)許可給了 Prime Medicine,例如藥物遞送,、生產(chǎn)等,。

Keith Gottesdiener 博士作為 Prime Medicine 首席執(zhí)行官,在公司成立不到 1 年的時間里,,又幫助吸引了 10 位新的投資者,,并籌集了 2 億美元。他曾在默克任職 16 年,,并領(lǐng)導(dǎo)總部位于波士頓的生物制藥公司 Rhythm Pharmaceuticals 成功 IPO,。

Gottesdiener 表示,Prime Editing 類似于文字處理器,,可以讓科學家們 “查找和替換” DNA,。

該系統(tǒng)需要一個 Prime Editor,,包括逆轉(zhuǎn)錄酶與 Cas9 蛋白融合形成的復(fù)合物,以及兩個 RNA 分子,,分別是被稱為 prime-editingguide RNA (pegRNA) 的指導(dǎo) RNA(gRNA)和 sgRNA,,前者不但攜帶著識別想要進行編輯的特定 DNA 序列的 RNA,還自帶修改 DNA 序列的 “模板”,,后者用于在 DNA 鏈上形成第二個切口,,以提高編輯效率。

(來源:公司官網(wǎng))

Cas9-逆轉(zhuǎn)錄酶復(fù)合物會在 pegRNA 的引導(dǎo)下,,精準地切開一條 DNA 鏈,,然后根據(jù) “修改模板”,合成含有正確序列的 DNA,。細胞內(nèi)的 DNA 修復(fù)機制會自動把這段新合成的序列整合進基因組,。

目前,該公司計劃首先推進肝臟,、眼睛和大腦疾病的項目,,Gottesdiener 稱 Prime Medicine 的目標是在年底前將其 50 人的員工人數(shù)增加一倍,“人體臨床試驗可能還需要幾年的時間,。

除了與 Beam 合作外,,Prime Medicine 也會開發(fā)、測試和商業(yè)化自己的藥物,,而不是將 Prime Editor 許可給其他制藥商,。Gottesdiener 也曾透露,Prime Medicine 最終可能會與其他專注于基因治療交付的公司合作,,以幫助將其治療提供給患者,。

靶向靈活,精度更高

目前,,應(yīng)用最廣的基因編輯工具是 CRISPR/Cas9,,這種方式通過造成雙鏈 DNA 斷裂,然后再利用同源重組等方式,,在 DNA 修復(fù)的過程中對基因組序列進行編輯,。且這種方式只有在被稱作前間隔序列鄰近基序 (protospacer adjacent motif, PAM) 的短片段 DNA 序列的存在下才成為可能。只有 DNA 靶位點附近存在 PAM 時,,Cas9 才能進行準確切割,。

單堿基基因編輯工具則不會切開 DNA 鏈,而是對單個堿基進行轉(zhuǎn)換,,例如將 A 變成 G,,或是把 C 變成 T。但這種方式不適合大片段的基因編輯。

劉如謙也曾表示,,當前的編輯工具的編輯效率更高,,但 Prime Editor 的靶向靈活性和編輯精度更高。

首先,,Prime Editor 不會受到 PAM 區(qū)域的限制,;在精確度方面,,當前的工具能夠在編輯窗口 4-5bp 內(nèi)編輯,,大部分情況下,由于遺傳密碼的簡并性,,這種編輯并不會對目標基因編碼的蛋白質(zhì)引入額外的變化,,但對于 Prime Editor 而言,其編輯完全由 pegRNA 中的 “修改模板” 指定,,根本不會產(chǎn)生類似的編輯,。

“相對于諸如鋅指核酸酶、TALE 核酸酶或 Cas9 之類的核酸酶,,會導(dǎo)致不可控的插入缺失,,Prime Editor 也不需要雙鏈斷裂,由于這些原因,,Prime Editor 是一種異常精確的基因組編輯技術(shù)”,,劉如謙補充道,“Prime Editor 是目前唯一無需 DNA 雙鏈切割或者單獨 DNA 模板即可在人類細胞中進行編輯的技術(shù),?!?/span>

(來源:公司官網(wǎng))

然而,全新的編輯工具成功開發(fā)的背后也是歷經(jīng)困難,。

“最早和最大的挑戰(zhàn)之一就是設(shè)計一種方式,,能夠在基因組中找到一個目標位點,可以生成我們確定的新的 DNA 鏈”,,劉如謙講道,,“科學界對于 CRISPR/Cas9 和逆轉(zhuǎn)錄酶的知識使得我們成功開發(fā)了該編輯系統(tǒng)?!?/span>

除此之外,,在哺乳動物中實現(xiàn)編輯也是一大挑戰(zhàn)。最初,,研究團隊在酵母中進行了一組試驗,,但哺乳動物中根本不產(chǎn)生任何編輯?!霸谠鰪娨?- 模板復(fù)合物后,,人類細胞中出現(xiàn)了第一個低水平但明確的編輯?!?/span>

業(yè)內(nèi)人士:有應(yīng)用限制

盡管 Prime Editor 的靶向性和精確度提高了,,但它只能用于相當小的修改(< 100 個堿基對),,因此并不代表較大插入或刪除的替代工具。

要大規(guī)模的應(yīng)用,,可能還要關(guān)注其所需要的逆轉(zhuǎn)錄酶和未知基因和轉(zhuǎn)錄組的變化,,瑞典卡羅林斯卡醫(yī)學院副教授鄭宗立表示。

針對基因編輯體內(nèi)療法,,遞送永遠是繞不開的話題,。

CRISPR/Cas9 加上 gRNA 通常包括大約 5000 個堿基對,單堿基編輯器加上 gRNA 和相關(guān)的調(diào)控序列大約有 6000 個堿基對,,Prime Editor 加上 gRNA 和相關(guān)的調(diào)控序列則有大約 7000 個堿基對,。

國內(nèi) mRNA 技術(shù)研發(fā)公司深信生物的創(chuàng)始人李林鮮博士告訴生輝,Prime Editor 在遞送上會有更高的要求,,尤其是對于 AAV 載體會帶來新的挑戰(zhàn),,但他也表示,用 LNP 遞送會相對較好,。

在論文中,,劉如謙團隊也聲稱原則上可以修復(fù) 75000 種已知致病性人類遺傳變異的約 90%。

鄭宗立告訴生輝,,“理論上,,ClinVar 數(shù)據(jù)庫所覆蓋的 90% 左右的基因變異序列可以被 Prime Eidtor 進行編輯更正,但具體位點在特定組織或細胞內(nèi)的可及性會有差異,?!?/span>

值得注意的是,劉如謙團隊也在論文研究了這種工具的脫靶效應(yīng),,結(jié)果顯示,,這種方式的脫靶可能性要小很多,但劉如謙也表示,,這些結(jié)果并不意味著 Prime Editor 不會產(chǎn)生脫靶,,還需要進一步的研究來支持。


參考資料:
  • https://www./biotech/prime-medicine-uncloaks-315m-to-push-search-and-replace-gene-editing-treatments

  • https://www./news-releases/prime-medicine-launches-with-315-million-financing-to-deliver-on-the-promise-of-prime-editing-301332085.html

  • https://www./2021/07/13/business/startup-prime-medicines-emerges-with-315m-pioneer-new-type-gene-editing/

  • https://www./2019/11/06/questions-david-liu-crispr-prime-editing-answers/

  • https:///https:///10.1038/s41586-019-1711-4

  • https://www./commentaries/prime-editing.htm


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