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收藏|史上最全高質(zhì)量SCI圖片處理軟件及操作流程

 李俏花小姐 2021-07-12

在座的科研大牛,,你們千辛萬苦地做出來了實驗結(jié)果,,該怎樣展現(xiàn)給別人看呢?高顏值的SCI圖片怎么弄呢,?有秘訣嗎,?下面小編將介紹一些組合SCI圖片所用的軟件及其操作流程。

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什么是圖像呢,?

圖像是一個數(shù)組或矩陣,,由方形像素按列和行排列起來。我們常見的圖像有黑白圖像和彩色圖像,。黑白圖像(灰度圖像)矩陣元素的取值范圍通常為【0, 255】,。“0”表示純黑色,,“255”表示純白色,,中間的數(shù)字從小到大表示由黑到白的過渡色。而彩色圖像有24位色深=16 million種顏色,。

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數(shù)字化圖像數(shù)據(jù)有兩種存儲方式:矢量圖位圖

常見的圖像格式有三種:

GIF,,256色,壓縮后不易損壞圖像質(zhì)量,,多數(shù)用在網(wǎng)頁上,。

JPEG,,經(jīng)過壓縮后容易損壞圖像質(zhì)量,多數(shù)也是用在網(wǎng)頁上,。

TIFF,,標準的24位的格式,用LZW壓縮,,不容易損壞圖像質(zhì)量,。所以大多期刊都接收TIFF格式的圖片。

顏色模式通常分為兩種:

RGB模式,,它分別用紅(R),、綠(G)、藍(B)三原色的組合來表示每個像素的顏色,。

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CMYK模式: CMYK代表印刷上用的四種顏色,,C代表青色(Cyan),M代表洋紅色(Magenta),,Y代表黃色(Yellow),,K代表黑色(Black)。CMYK模式是最佳的打印模式,。用CMYK模式編輯雖然能夠避免色彩的損失,,但運算速度很慢。主要因為:1,、即使在CMYK模式下工作,,Photoshop也必須將CMYK模式轉(zhuǎn)變?yōu)轱@示器所使用的RGB模式。2,、對于同樣的圖像,,RGB模式只需要處理三個通道即可,而CMYK模式則需要處理四個,。

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權(quán)威期刊對SCI論文繪圖的原則要求

原則1,、分辨率

這里所講的分辨率不是用相機拍照的總像素數(shù),它的單位dpi(dot per inch),,dpi代表了1英寸中的點數(shù),,通常不同期刊對論文配圖的要求都不一樣,,一般情況期刊會有幾個方面的要求:

line art(指黑白的矢量圖),,要求最高,分辨率為1200 dpi,。

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halftone art(半色調(diào)圖像,,顏色深淺有差別的灰度圖,如照片,、圖畫等),,要求最低,,分辨率至少為300 dpi。大家在實驗階段時就要當心保存高分辨率的圖片,,尤其是Western blot之類的照片,。

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combination art (halftone和line art的組合圖),要求的分辨率是600 dpi或以上,。為避免上傳圖片時出現(xiàn)困難,,請不要一味地追求高分辨率,分辨率太高導致圖片太大,。

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原則2,、圖片格式

科技論文中常用的圖片格式有bmp、tif,、wmf,、emf、jpg等,。對于矢量圖而已,,一般建議用EPS格式保存圖片;halftone圖片的格式通常用TIFF,、TIF或PNG格式即可,。投稿時一般要求圖片要以獨立文件形式上傳。

BMP是位圖,,保存方法原始,,體積大,質(zhì)量高,。

TIF兼容性好,,提供預(yù)覽圖,缺點是體積大,,但它是論文支持最廣的圖形文件格式,,印刷后清晰度特別好。

WMF和EMF是以一種矢量圖形格式,,無論放大或縮小,,圖形的清晰度不變,所需的存儲空間非常小,。

JPG是一種常用的有損壓縮方案,,用來壓縮存儲批量圖片,對于科技論文達到600 dpi即可,。

原則3,、圖片大小

雖然投稿階段沒有做出嚴格的要求,但是一旦文章接收后,印刷排版時就要引起注意了,。一般情況下只對寬度做出調(diào)整就行,,單幅(單欄)在8 cm左右,全幅(雙欄)在16 cm左右,,不同期刊的要求略有差異,。如SPRINGER出版社對圖片寬度的要求,雙欄在8.4 cm,,單欄在17.4 cm,,同時要求圖片高度<23.4 cm。

原則4,、色彩要求(只針對彩圖)

至于配圖上色彩要求,,估計大家會很少注意,有兩種情況:RGB用于數(shù)碼設(shè)備上,;CMYK為印刷業(yè)通用標準,,兩種情況對配圖色彩要求不盡相同,有部分期刊在文章處于accepted for publication時會要求作者把圖片轉(zhuǎn)為CMYK色彩,。然而目前有很多期刊都是網(wǎng)絡(luò)版的(SCI-E),,RGB圖的確比CMYK圖的效果更好,更清晰,,更適合用在網(wǎng)絡(luò)上,。由RGB轉(zhuǎn)為CMYK很容易,但是由CMYK轉(zhuǎn)為RGB就有點難了,,圖片清晰度會有所下降,。

特別要注意的是,盡量用白底的圖片,,一定不要用黑底的圖,。黑底圖很耗墨水量,所以在抓圖前將軟件的背景設(shè)置為白色是很有必要的,。當你只能得到黑底的圖片(如條帶圖),,可用Photoshop反相處理。

所以,,平時作圖時最好保存RGB的圖,,不論為了制作ppt報告,還是為了發(fā)表論文,,RGB圖片要更合適一些,。

原則5、圖片上的字體

一般作圖時,,都需要在圖上加幾個字,,以能更清晰表達出圖片的意思。多數(shù)期刊都能接受的字體是Arial,、Helvetica,、Calibri、Times New Roman,。除此之外,,還要注意圖上的字能不能清晰易見,不能弄得太小,,否則審稿專家和編輯會看得很痛苦,。多數(shù)期刊推薦的字體大小范圍是8-12 號。

總之,,組圖的基本原則是:有意義,、有層次、美觀,、緊湊,。

在正式組合成figure之前,一定要保存并分類好原始圖片,、原始數(shù)據(jù),。對不同圖片可以分門別類放在不同指定的文件夾:

第1個文件夾:用以保存原始圖片,主要是拍照的圖片(如MRI,、免疫組化圖等)

第2個文件夾:用以保存原始數(shù)據(jù),,主要是EXCEL文件。

第3個文件夾:用以統(tǒng)計數(shù)據(jù),,主要是SPSS數(shù)據(jù)文件,。

第4個文件夾:用以保存軟件作圖文件,主要是SPSS,、GraphPad,、AI、sigmaplot等,,返修時可以隨時用來修改原始數(shù)據(jù),。

當你組合完figure后,也可創(chuàng)建一個用以保存最終數(shù)據(jù)的文件夾,,主要有手稿,、PPT、投稿版圖片,,以便日后返修時可以用,。

論文配圖上的文字內(nèi)容

  • 標題要扼要表達、精準,;縮寫要與全文一致,。標題和文字說明要匹配,。

  • 數(shù)字符號要與全文保持一致;XY軸表達準確,,注意單位的書寫,。

  • 所有圖中的字號、箭頭大小要保持一致,,粗線,、細線分明,各種線形粗細一致,。

論文配圖篩選原則

  • 規(guī)范性

  • 必要性:只放入對文章很有必要的解釋說明或輔助補充作用的圖,。

  • 代表性:只需選出最具代表性的圖片。

事不宜遲,,下面我們一起來學習各種作圖軟件吧,。

我們做科學論文時,最常用的作圖軟件主要有Photoshop,、PowerPoint,、Origin、GraphPad等,,你們都會用了嗎,?

一、MS PowerPoint

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PowerPoint是展示科學數(shù)據(jù)的首選工具,,PPT在處理圖片上應(yīng)該說是最容易操作的,,小編也經(jīng)常用PPT整理、組合SCI論文配圖,。在PPT上組圖,,圖片要以插入方式放在ppt上,千萬不要直接復制,,否則很難保證原始圖片的分辨率,。組合好圖片后,可直接另存為PDF文件,,然后將PDF導出為TIFF,、JPG或PNG格式,同時還可自定義設(shè)置整張圖片的圖片分辨率,。

PPT上的圖片輸出接口JPEG,、TIFF、PNG等,。

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下面演示一下組圖的過程,。

1、當你把同一主題的數(shù)據(jù)圖都排列好之后,,一般只引用到PPT自帶對齊方式,,選中“插入圖片”→“圖片格式”→“對齊”→“對齊所選對象”→“頂部/底部對齊”→“橫向/縱向分布”,,整體調(diào)整即可。

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2,、全選所有圖片,,“圖片格式”→“組合”,即可完成,。

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二、Adobe Photoshop

Photoshop是圖片處理界的老大,,功能強大,,但科技論文一般只用到它的部分功能,如調(diào)節(jié)圖片大小,、亮度,、對比度、銳度,、柔和度,,或顏色反向等。

Photoshop的圖片輸出接口有TIFF,、PNG,、JPEG。

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PS相信大家都熟悉,,下面我們用PS演示把電泳圖組合的過程,。

使用的軟件版本:Adobe Photoshop v14.0

安裝PS軟件可以到Adobe官網(wǎng)下載程序包,安裝好后就能使用了,。

1,、當你跑完電泳后,如果拍出來的條帶圖都是黑色背景,,那先在PS反相調(diào)為白底,。插入所選條帶圖→圖像→調(diào)整→反相。

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2,、把每張黑底的條帶圖都調(diào)為白底后,,接下來進行排列,如要比較不同蛋白基因的表達量,,可以這樣排列,。

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3、把數(shù)據(jù)圖組合好之后,,就是要設(shè)置圖像分辨率和寬度大小了,,圖片大小取決于分辨率和尺寸。對于科技論文來說,,一般選寬度為16 cm(二欄),,分辨率300 dpi(照片)或混合圖(600 dpi),。選中“圖像”→“圖像大小”,彈出對話框后,,“寬度”填上16,,注意單位是厘米,分辨率填300,。

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4,、設(shè)置好圖像大小參數(shù)后,就要保存圖片了,。選中“文件”→“存儲為”→“保存類型”選中tiff/PNG→按“保存”確認,。

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三、Image Pro Plus

Image-Pro Plus是一款功能強大的2D和3D圖像處理,、增強和分析軟件,,具有異常豐富的測量和定制功能。是世界最頂級的圖像分析軟件包,。

作為鼎鼎大名的Image-Pro 軟件系列中功能最強大的成員之一,,它包含了異常豐富的增強和測量工具,并允許用戶自行編寫針對特定應(yīng)用的宏和插件,。

IPP軟件主要應(yīng)用領(lǐng)域

熒光成像,,共聚焦顯微技術(shù),血細胞計數(shù),,病理學,,神經(jīng)追蹤,工業(yè)檢測,,質(zhì)量控制,,材料分析,表面分析,,刑偵等各種科研,、醫(yī)學與工業(yè)的應(yīng)用。

IPP軟件的功能

1,、快速圖像采集功能:用簡單程序化的方式控制復雜的顯微鏡操作,,保證實驗結(jié)果的準確性和可重復性;

2,、圖像處理功能:彩色合成,、圖像縫合和拼接、圖像增強,、熒光查找表和圖像覆蓋層以及圖像標注等,;

3、圖像測量功能:自動計數(shù)和測量對象,、面積,,周長,,長度,圓度,,橢圓長短軸,,中心點,目標中小孔數(shù),,目標集聚密度等50多個參數(shù)的測量,、自動定義閾值分割等等。

4,、測量結(jié)果展示:轉(zhuǎn)換動態(tài)數(shù)據(jù),,將測量結(jié)果輸出至統(tǒng)計或列表程序;以測量的數(shù)據(jù),、直方圖,、散點圖等顯示結(jié)果等,。

IPP軟件的系統(tǒng)要求如下:

Window XPpro或以上版本,、電腦運行速度750 MHz以上,1G RAM,,20GB內(nèi)存,。

IPP軟件的安裝

1、先到media Cy官網(wǎng)下載IPP軟件包

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https://www./imageproplus

2,、解壓后,,找到ipp中的start.exe程序文件,然后進行安裝,,如圖,。

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既然要處理圖片,當然首先要打開一張待處理的圖片,。下面演示一下選取AOI操作過程,。

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這張照片中的黃色部分是免疫組化染色的陽性表達成分。處理目標是通過測量圖片中黃色部分的'黃'度來反映相應(yīng)蛋白表達的的'量',。

對該圖片進行觀察,,可以看到圖片中主要有三種主要顏色,一是染成藍色的細胞核,,二是呈現(xiàn)出黃色的胞漿,,三是細胞間的空隙區(qū)域,呈現(xiàn)出淺藍色,,是為背景,。

首先要把圖片中呈現(xiàn)黃色的區(qū)域給挑選出來,然后才是測量這些挑出來的區(qū)域的各種測量參數(shù),,如面積,、平均半徑,、周長、光密度等等,。這部分需要挑出來進行測量的區(qū)域是我們最感興趣的地方,,叫作AOI(area of interest)。AOI是IPP中最有用最重要的概念,。如何能夠準確地選取AOI就是使用IPP的關(guān)鍵操作,。

在IPP程序里,可以通過設(shè)置顏色范圍讓電腦來幫助你選擇這些不規(guī)則區(qū)域,,這樣的選擇就準確多了,。可以說,,使用IPP的要點就是靈活地使用各種AOI工具準確地把那些需要測量的區(qū)域給挑選出來,。

對不同的圖片,需靈活地使用各種適當?shù)腁OI工具,,先用最簡單的,,當然,簡單的工具只能作簡單的事,,就這張圖片來說,,用簡單工具選黃色有點困難,我們先用它來選擇藍色的細胞核吧,。

1,、點擊measure→count/size,彈出分類測量窗口,。

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2,、在窗口中選中manual,再點擊select color,彈出顏色選擇窗口segmentation

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3、對于目標顏色鮮明的圖片,,點一下吸管圖標,,在目標區(qū)域點一下,就可以選中該點的顏色,,可以在未選中的地方接著再點,,這樣多次選取,直到把想選中的區(qū)域全部選中為止,。在這張示例圖中,,選中的藍色細胞核部分被標上了紅色。用紅框圈起來的四個工具按紐分別是:吸管,、撒消上一步操作,、橡皮擦、全部清除。圖片中被標上紅色的區(qū)域被定義為一個class,其中每一個獨立的小區(qū)塊被定義為這個class中的一個object,。以此圖為例,,圖中深藍色的部分是細胞核,因此所有的細胞核都被選中成一個class,,其中每一個細胞核就是一個object,。

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4、選取完AOI后,,點擊close回到count/size窗口,,下一步就可以對選中的object進行測量操作了。點擊count/size窗口中的measure菜單,,點select measure,。

最常用的測量有: area面積、density(mean)平均光密度,、diameter直徑,、IOD(integratedoptical density)累積光密度。

在相應(yīng)的項目上點一下,,該測量項目就被選到中間的窗口中了,,同時關(guān)于該測量的詳細說明會顯示在最右邊。如果想取消某個已選中的測量項目,,則在左邊窗口中該項目上再點擊一下就可以了,。

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選好了待測量的區(qū)域,,也指定了測量項目,,就可以進行測量統(tǒng)計了,點擊一下測量選擇窗口的OK紐,,關(guān)閉這個窗口,,就回到了count/size窗口,再點擊一下count按紐,,就可以看到程序在進行測量,,稍等幾秒鐘即可讀取測量數(shù)據(jù)。

5,、分別點擊count/size窗口中view菜單中的measurement data和statistics,,就分別彈出這兩個數(shù)據(jù)窗口。前者是這個class中每一個object的測量數(shù)據(jù),,后者是這些測量數(shù)據(jù)的統(tǒng)計參數(shù),,如總數(shù)、平均值,、累加,、標準差等。本例中得到的就是每個細胞核的面積,、平均光密度值,、直徑,、累積光密度值。統(tǒng)計數(shù)據(jù)則可得到這張圖片中所有細胞核的平均面積,、平均光密度值,,平均直徑、累積光密度值,,當然還有細胞核的數(shù)目,,就是所有object的數(shù)目。

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在這個示例圖片的統(tǒng)計數(shù)據(jù)中,,samples為圖中所有細胞核的個數(shù),。第一列為area,其中的Mean值為各個核的平均面積,后面就是平均灰度,、平均直徑,,這些是有意義的測量統(tǒng)計數(shù)值。但IOD卻是SUM值更有意義,。

另,,當要轉(zhuǎn)換圖像intensity格式時,在默認的intensity格式中,,灰度越大則數(shù)值越小,。實際上我們測量的染色強度是光密度,染色越深,,光密度值越大,。

轉(zhuǎn)換光密度單位的方法是,首先點擊:measure→carliberation→intensity,,調(diào)出intensity校正窗口,。然后在窗口中點new按紐,再點一下下面的std opticaldensity選項,,這時可以看到窗口中的直線變成了反向的曲線,。然后還要點一下最上面的system按紐。最后點擊close關(guān)閉窗口,。這樣就把程序系統(tǒng)的灰度單位轉(zhuǎn)換成了光密度單位,。

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測量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)入EXCEL處理起來最方便。只要在數(shù)據(jù)菜單中點file -DDE to EXCEL,。數(shù)據(jù)就傳到EXCEL的sheet1里去了,。

IOD=density(mean)﹡Area

density反映了陽性蛋白的濃度或強度,但IOD能反映選定區(qū)域的蛋白表達總量,。

選取完AOI后,,接下來講解如何校正光密度OD值。

OD值是指吸收光學物質(zhì)的光學密度。它與該物質(zhì)的物理密度應(yīng)該是線性相關(guān)的,。OD值與透過它的光強之間的關(guān)系符合朗伯-比爾定律,,是指數(shù)關(guān)系。當OD值等于0的時候,,對光線無吸收,,透射率100%。對應(yīng)照片上最亮的部位,,白色,,gray=255。當OD值等于無窮大的時候,,會吸收全部光線,,透射率為0。對應(yīng)照片上最黑的部位,,gray=0,。

在未進行intensity校正的情況下,IPP用的是gray灰度單位,。淺色處灰度值大,,深色處灰度值小。這樣測出的density數(shù)值是染色深的陽性區(qū)域數(shù)值小,,染色淺的背景區(qū)域數(shù)值大,。這就帶來了極大的不方便,很容易就出現(xiàn)錯誤,。

當我們使用IOD(累積光密度=area * density_mean)表達切片上陽性物總量時,,如果錯用了灰度值。IOD的數(shù)值與染色深淺就成了負相關(guān),,也就是染色越深,,IOD反而更小,,但同時,,面積越大,IOD仍然越大,,這個錯誤的IOD值就根本不能反映'照片上陽性物質(zhì)總量'了,。

因此在做光密度分析時必須對程序系統(tǒng)的光密度值進行轉(zhuǎn)換,從灰度數(shù)值轉(zhuǎn)換為光密度數(shù)值單位,。

校正光密度的具體方法如下:

1,、先打開一張圖片,選中measure→calibration→intensity,。

2,、點窗口里的new按紐,新建一個calibration set,在下面點擊std optical density,。再點一下左上方的system按紐,。

3、點擊close,,完成了第一層水平的光密度校正,。以后進行光密度分析時,使用的單位就是真正的optical density了,。測量的光密度數(shù)值與樣品濃度呈正比關(guān)系,。

4、進一步的校正應(yīng)該是對'白'點與'黑'點進行定標,。定黑點時需要有標準點,。可以在切片上帖一片全黑物體,,作為標準,,或者是定量濃度的樣品點,可指定其為濃度的單位,。這一點往往作不到,。不作也罷。測個相對值就是了,。

定白點實際上就是扣除空白,、扣除背景。把圖片上最淺的地方定義為OD=0每張照片上這個值都不會一樣的,。

5,、點option按紐,在彈出的小窗口里有black與intensity兩個設(shè)置,。black就讓它為零,。點intensity旁邊的image按紐,到圖片上最'白'的地方點一下,,看看值是多少,,最好在一組照片的每一張最白處都點一下,看看它們的值相差多少,。然后選其中最大的數(shù)值填入,。OK后可以看到光密度曲線的終點由255變成了你填入的值。

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這里給個實例圖片輔助講解,,

這里有一組八張照片,,左邊四張是陰性,右邊四張是陽性,。陽性樣品切片染色深,。

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optical density

1a 400 density mean = 0.06397654 IOD sum = 20145.209 陽性

1b 400 density mean = 0.08162043 IOD sum = 31614.428 陽性

1c 401 density mean = 0.0463396 IOD sum = 19741.533 陽性

1d 401 density mean = 0.0569243 IOD sum = 22324.918 陽性

2a 400 density mean = 0.04021387 IOD sum = 7237.6157 陰性

3a 400 density mean = 0.0427474 IOD sum = 5851.5864 陰性

4a 400 density mean = 0.03572424 IOD sum = 6247.9492 陰性

4b 400 density mean = 0.02794417 IOD sum = 5908.3018 陰性

P= 0.033001713 P= 0.008077167

gray level

1a 400 density mean = 164.25151 IOD sum = 21893180 陽性

1b 400 density mean = 154.83362 IOD sum = 24106100 陽性

1c 401 density mean = 173.0679 IOD sum = 24422198 陽性

1d 401 density mean = 170.82968 IOD sum = 22868880 陽性

2a 400 density mean = 180.78764 IOD sum = 24721144 陰性

3a 400 density mean = 180.44046 IOD sum = 18576882 陰性

4a 400 density mean = 210.87852 IOD sum = 16926544 陰性

4b 400 density mean = 188.02229 IOD sum = 19494658 陰性

P= 0.034035015 P= 0.135092458

用校正過的optical density測量數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析,,density mean的差異,P小于0.05,。而IOD的差異,,P小于0.01。結(jié)論是兩組照片有顯著性差異,。

用未經(jīng)校正的graylevel的測量數(shù)據(jù)來分析,,densitymean的差異,P值小于0.05,,數(shù)值上略有差別,。但IOD卻變得沒有差異了!

校正好光密度值后,就可測量免疫組化的光密度啦,。

操作前,,有幾點應(yīng)要注意的:

第一,所有照片必須在完全同樣的顯微鏡條件下拍攝,,在更換樣品時,,除了調(diào)整焦距和視野外,顯微鏡上的其他部件都不能動,!所有的樣品必須一次拍攝完全,。特別是在拍攝過程中,不要一會用高倍鏡,,一會用低倍鏡,,來回切換物鏡。當然,,在使用高倍鏡時對焦及尋找視野會稍麻煩一點,,但也沒辦法。保持各張切片的拍攝條件一致更重要,。

第二,,如果用數(shù)碼相機,必須設(shè)置為手動曝光,,并且保持每張照片用同樣的曝光條件,,同樣的曝光時間,同樣的光圈,。特別要注意的是,,一定要將數(shù)碼相機的自動白平衡功能給關(guān)掉。

第三,,免疫組化切片一般染色不太深,因此拍攝出的照片顏色較淺,,就讓它淺,。拍攝出的照片中空白部位應(yīng)盡可能呈現(xiàn)純白色,。測量其灰度應(yīng)在230-240之間。如果呈現(xiàn)淡藍色,,一般是相機自動白平衡在起作用,。另外一個因素是顯微鏡燈光電壓不正確。要使燈光本身的色溫正確,。既不偏黃,,也不偏藍。

測量免疫組化圖的光密度的操作流程如下:

1,、先打開一張圖,,做好光密度校正。

2,、點擊intensity calibration窗口后,,選std option density,并點option按紐,,在彈出的窗口里點insident旁邊的image按紐,。

3、彈出第三個窗口后,,將鼠標移到圖片的空白處點一下,,就可以看到current value的值會顯示出點擊部位的灰度值。白色的背景能達到250左右,,而拍得較暗的照片或者背景偏藍的照片則只有200甚至更低,。

較正背景的值會在曲線的X軸端中表現(xiàn)出來。

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四,、GraphPad Prism

GraphPad是一款專注于科學研究的圖像處理軟件,。它側(cè)重于做統(tǒng)計學數(shù)據(jù)分析,包括非線性回歸,、t檢驗,、非參數(shù)比較、方差分析,、生存分析等,。它還可把數(shù)據(jù)圖組合成具有出版質(zhì)量的圖片。GraphPad 是科學分析,、統(tǒng)計,、作圖的首選工具。

GraphPad Prism 是一款高效易用的科研繪圖工具,,它可以將科學圖形,、綜合曲線擬合(非線性回歸)、可理解的統(tǒng)計數(shù)據(jù),、數(shù)據(jù)組織結(jié)合在一起,。GraphPad Prism 最初是為醫(yī)學院校和制藥公司的實驗生物學家設(shè)計的,,尤其是藥理學和生理學的生物學家。Prism 現(xiàn)在被各種生物學家以及社會和物理科學家廣泛使用,。超過110個國家的超過20萬名科學家依靠 Prism 來分析,,繪制和展示他們的科學數(shù)據(jù)。它也被本科生和研究生廣泛使用,。

GraphPad軟件的系統(tǒng)要求,,均可在mac或Window系統(tǒng)上運作。

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https://www./scientific-software/prism/

軟件的功能

(1)有效地組織數(shù)據(jù)

與電子表格或其他科學圖形程序不同,,有八種不同類型的數(shù)據(jù)表,,專門為您要運行的分析而格式化。這樣可以更輕松地正確輸入數(shù)據(jù),,選擇合適的分析并創(chuàng)建令人驚嘆的圖形,。

(2)執(zhí)行正確的分析

避免統(tǒng)計術(shù)語。在清晰的語言中,,提供了廣泛的分析庫,,從常見到高度特異性非線性回歸,t檢驗,,非參數(shù)比較,,單因素,雙因素和三因子方差分析,,列聯(lián)表,,生存分析等等。每個分析都有一個清單,,以幫助您了解所需的統(tǒng)計假設(shè),,并確認您已選擇適當?shù)臏y試。

(3)隨時隨地獲得可操作的幫助

Guides訪問數(shù)千頁,。瀏覽圖表產(chǎn)品組合,,了解如何制作各種圖表類型。教程數(shù)據(jù)集還可幫助您了解執(zhí)行某些分析的原因以及如何解釋結(jié)果,。

(4)一鍵式回歸分析

沒有其他程序有簡化曲線擬合,。選擇一個方程式,該軟進行曲線的其余擬合,,顯示結(jié)果和函數(shù)參數(shù)表,,在圖形上繪制曲線,并插入未知值,。

(5)專注于您的研究,,而不是您的軟件

無需編碼。圖表和結(jié)果會實時自動更新,。對數(shù)據(jù)和分析的任何更改 - 添加遺漏數(shù)據(jù),,省略錯誤數(shù)據(jù),,更正拼寫錯誤或更改分析選擇 - 都會立即反映在結(jié)果,,圖形和布局中,。

(6)無需編程即可自動完成工作

減少分析和繪制一組實驗的繁瑣步驟。通過創(chuàng)建模板,,復制系列或克隆圖表可以輕松復制您的工作,,從而節(jié)省您數(shù)小時的設(shè)置時間。使用Magic一鍵單擊,,對一組圖形應(yīng)用一致的外觀,。

(7) 無數(shù)種自定義圖表的方法

專注于數(shù)據(jù)中的故事,而不是操縱您的軟件,。它可以輕松創(chuàng)建所需的圖形,。選擇圖形類型,并自定義任何部分 - 數(shù)據(jù)的排列方式,,數(shù)據(jù)點的樣式,,標簽,字體,,顏色等等,。定制選項是無止境的。一鍵導出出版物 - 質(zhì)量圖

(8)減少發(fā)布時間

它允許您自定義導出(文件類型,,分辨率,,透明度,尺寸,,顏色空間RGB / CMYK)以滿足期刊的要求,。設(shè)置默認值以節(jié)省時間。

(9)加強協(xié)作

分享超過您的圖表,。軟件對您數(shù)據(jù)的全面記錄可以與其他科學家進行有效的合作,。項目的所有部分(原始數(shù)據(jù),分析,,結(jié)果,,圖形和布局)都包含在一個文件中,您只需單擊一下即可共享?,F(xiàn)在,,其他人可以在每一步都輕松地完成您的工作,提高您的發(fā)現(xiàn)的清晰度并簡化您的協(xié)作工作,。

下面以GraphPad Prism 6.0簡單演示一下操作,。

1、打開空白頁,。通常選擇“Enter and plot error values alreadycalculated elsewhere”,,再點擊“create”,。

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2、完成上一步動作后就進入到主界面,。在左側(cè)Table里輸入需要統(tǒng)計的數(shù)據(jù),。在table里每輸入一組完整數(shù)據(jù),在graph里就自動生成相應(yīng)的數(shù)據(jù)圖,。右側(cè)顯示的是目錄,。點擊Data tables后展示分析的數(shù)據(jù)集;點擊info后顯示數(shù)據(jù)的基本信息,,并可新增一些備注描述,;點擊results顯示生物統(tǒng)計分析結(jié)果;當錄入數(shù)據(jù)后,,點擊graph后會初步生成一個統(tǒng)計圖,;Layouts可以對多個圖表進行排版、并導出成圖片,。

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3,、數(shù)據(jù)導入到table后,你可以選擇數(shù)據(jù)圖的類型,,如下圖,,點擊“change graph type”,這里我們選擇柱狀圖,,plot則選擇“Mean with SD”,。XY軸一般默認黑色。

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4,、在數(shù)據(jù)圖上,,點擊標題、軸名,、圖例,,可以隨意改動名稱、字體和字體大小,。在科技論文上,,字體一般選用Arial,標題的字體大小選18號,,軸名和圖例的字體用12號,。

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5、點擊insert,,再點擊insert layout,,在Arrangement of graph之下選最左側(cè)的方框,點擊OK即可。

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6,、把之前做好的每一張統(tǒng)計圖復制到graph里,,然后在圖上右擊,選中“format graph”,, 彈出的對話框中,,Linking下方選擇“unlinked picture”,這樣后面即使插入其他不同數(shù)據(jù)圖,,都不會出錯了,。

除此之外,,還可把WB圖,、IHC圖等導入進來。點擊file→import即可,。

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7,、拼好圖后,就可導出來,。選中Export,,在File format選TiFF格式,分辨率選擇600,,寬度可任意輸入(一般用16 cm),,輸入File name為Figure 1,再選取保存路徑,,最后點擊OK即可,。

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五、Origin

Origin是美國Microcal公司推出的數(shù)據(jù)分析和繪圖軟件,,其特點是使用簡單,,采用直觀的、圖形化,、面向?qū)ο蟮拇翱诓藛魏凸ぞ邫诓僮?,全面支持鼠標右鍵和拖放式繪圖。

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Originlab官網(wǎng)www.originlab.com

Origin具有兩大功能:數(shù)據(jù)分析和繪圖,。數(shù)據(jù)分析包括數(shù)據(jù)的排序,、調(diào)整、計算,、統(tǒng)計,、頻譜變換、曲線擬合等功能,。

Origin的繪圖是基于模板的,,Origin本身提供了幾十種二維和三維繪圖模板。繪圖時只要選擇所需的模板即可。同時,,Origin允許用戶自己定制模板,,如數(shù)學函數(shù)、圖形樣式和繪圖模板等,,也可用C,、R語言編寫數(shù)據(jù)分析程序。

Origin是一款函數(shù)繪圖軟件,,由OriginLab公司于1991年推出的較流行的專業(yè)函數(shù)繪圖軟件,。Origin軟件有兩大主要功能:數(shù)據(jù)分析和繪圖。既可滿足一般用戶的制圖需要,,又可滿足高級用戶數(shù)據(jù)分析,、函數(shù)擬合的需要。

軟件的特點

操作簡便,,只需點擊鼠標,,選擇菜單命令就可完成大部分工作,獲得滿意的結(jié)果,。而且,,Origin是個多文檔界面應(yīng)用程序。它將所有工作都保存在Project (*.OPJ)文件中,。該文件可包含多個子窗口,,如Worksheet,Graph,,Matrix,,Excel等。各子窗口之間是相互關(guān)聯(lián)的,,可實現(xiàn)數(shù)據(jù)的即時更新,。子窗口可隨Project文件一起存盤,也可單獨存盤,,以便其他程序調(diào)用,。

那如何用Origin做好一張圖,就要牢記9種技巧,。

技巧一,,善用模板主題繪圖

在一張做好的圖的空白處,點擊右鍵,,選擇save format as theme,。

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重命名,并在Filters里挑選所要保存的格式(無所謂的同學請忽略),,點擊OK,,這樣我們的模板就保存完成了,。

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接下來我們通過一個具體的實例來學習如何調(diào)用模板主題快速作圖。首先,,先做出一張草圖,。

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然后按F7,彈出Theme Organizers對話框,,選中剛才保存的主題,,點擊Apply Now,然后Close,,即可,。

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技巧二、搭配使用Excel制作數(shù)據(jù)處理模板

以一張電化學圖的數(shù)據(jù)處理為例,,原始數(shù)據(jù)的橫坐標需要將參比電極由SCE轉(zhuǎn)換為RHE,,col(A)=col(A) 1.008,縱坐標需要將電流(A)轉(zhuǎn)換為電流密度(mA cm-2),,col(B)=col(B)*1000/0.247,。

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打開一個Excel,將sheet1重命名為電化學,,把原始數(shù)據(jù)復制到Excel里,然后另起一列選中E1單元格,,輸入“=A1 1.008”,,回車。

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同理,,在F1單元格中輸入“=B1*1000/0.247”,,回車。然后鼠標左鍵框選E1和F1,,并將鼠標放在右下角,,待鼠標變?yōu)椤?”字時,按住左鍵拖至數(shù)據(jù)最后一行,,保存Excel,。

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然后,如何使用Excel模板來處理數(shù)據(jù),。將原始數(shù)據(jù)導入Origin的book中,,全選,復制,。然后打開Excel模板,,在A1單元格的位置上點擊右鍵,粘貼,。此時,,處理后的數(shù)據(jù)顯示在E列和F列,分別對應(yīng)著原始數(shù)據(jù)中的A列和B列。選擇E列和F列,,復制,,粘貼回Origin里,就可以使用技巧一作圖了,。

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技巧三,、修改Origin的默認初始格式

修改Origin的默認格式主要有兩方面,一個是修改繪圖默認格式,,一個是修改字體等的默認格式,。

在保存模板主題時,勾選set as system theme,。以后每次plot都直接以保存的格式呈現(xiàn),。需要注意的是,保存模板所使用的圖和要保存的格式一定要確保準確無誤,。

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此時的坐標范圍格式就不要保存為系統(tǒng)主題了,,當然如果保存了,也可以每次都使用Rescale按鈕使其重新調(diào)整刻度,。

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然后,,是修改字體等的默認格式。點擊Tools,,選擇Opinion,。

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在彈出的對話框里,text fonts標簽下,,就可以修改字體,、顏色、字號等Origin默認格式,。

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技巧四,、快速設(shè)置book中的列為XYXYXY

鼠標移至表頭左上方,左鍵點擊,,全選數(shù)據(jù),。

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右鍵,選擇set as,,一般選擇XY XY,。

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技巧五、Y-offset處理同類型數(shù)據(jù)繪圖

Book中的各列設(shè)置好XYXYXY后,,全選數(shù)據(jù),,不要點擊作線圖,長按線圖工具欄里的第五個圖標,,選擇stacked lines by Y offsets作圖(也可以通過依次點擊Plot,,Y-offset/Waterfall,,stacked lines by Y offsets實現(xiàn))。

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若要調(diào)整曲線間距,,雙擊曲線,,彈出對話框,點擊Offset標簽,,此時顯示第一條曲線的Y軸偏移量為0,,即不偏移。在左側(cè)點擊第二條曲線,,此時可修改第二條曲線相對于第一條曲線的Y軸偏移量,。同理,依次修改各條曲線的偏移量,。點擊Apply,,可隨時觀察是否偏移到合適的位置。

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或者,,可以直接用鼠標拖動要移動的曲線,。單擊曲線,片刻后再次單擊要移動的那條曲線,,這時就選中了該條曲線,,可直接按住鼠標左鍵上下拖動。

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技巧六,、Merge功能組合復雜數(shù)據(jù)

以一張xps圖為例演示Merge的用法,。先在不同的graph里單獨畫出要合并的圖,然后點擊Merge快捷按鈕,。

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在彈出的對話框中設(shè)置合并效果。在Graphs里設(shè)置要合并的圖以及順序,,在Rows和Columns里設(shè)置如何擺放這些圖,,show axes frame去掉一些多于的元素,因為是四張圖垂直排列,,所以垂直方向間隙vertical gap設(shè)置為0,,點擊ok。

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刪掉多余的元素,,美化后,,就得到了一張組合圖Graph5。

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技巧七,、Origin工具欄快速調(diào)整字體和線條格式

繪圖過程需要調(diào)節(jié)最多的就是字體和線條的格式了,,這時我們可以利用Origin提供的快速工具欄來方便調(diào)節(jié)它們。

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利用Ctrl或鼠標左鍵框選多個同類別的對象,,統(tǒng)一利用工具欄進行調(diào)整,,可以快速準確地完成作圖,。

技巧八、直接復制粘貼圖中的元素

盡管我們保存了很多模板主題,,但仍然不能窮盡所有,。然而有時候當我們發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有一張做好的Origin圖,打開它,,那么它的每一個元素對象(選中,,copy),以及它的格式(空白處右鍵,,copy format),,都可以被我們利用。

技巧九,、直接刪除錯點

由于儀器環(huán)境等誤差,,造成原始數(shù)據(jù)出現(xiàn)了異常的“跳點”,這些不正常的點應(yīng)該直接刪去,。

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單擊曲線,,片刻后單擊該點就可以選中這個點(如果一張圖li95175534有多條曲線,還要點擊一條曲線先選中該曲線,,再選擇這條曲線上的點),,然后右鍵,選擇Clear Point,,可直接刪掉這個點,,也可以選擇Edit Point來找到這個點。

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應(yīng)用實例,,以下操作用Origin 8.5繪制

繪制簡單的線圖

導入 Graphing文件夾中的 AXES.OAT文件數(shù)據(jù),。

選中一列,單擊菜單欄命令Plot>Line,,或2D Graphs工具欄的Line.

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如圖所示,,

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繪制Y誤差圖

導入Curve Fitting文件的Gaussian.dat文件數(shù)據(jù)。選中一列將其設(shè)置為Y Error列,,如圖,。

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單擊菜單命令【Plot】→【Symbol】一【Y Error】或2D Graphs工具欄的【Y Error】按鈕。

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繪制垂線圖

導入Graphing文件夾中的 AXES .DAT文件數(shù)據(jù),,選中一列,,單擊菜單命令【Plot】→【Symbol】→【Vertical Drop Line】或2D Graphs工具欄【Vertical Drop Line】按鈕。

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繪制柱形圖

導入 Graphing文件夾中的AXES.DAT文件數(shù)據(jù),。選中一列,,單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Column】或2D Graphs工具欄的【Column】按鈕。

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繪制對壘柱形圖

導入 Graphing文件夾中的 Group.dat文件數(shù)據(jù),。選中一列,,單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Stack Column】或2D Graphs工具欄的【Stack Column】按鈕,。

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繪制三角圖

三角圖主要用于描述X、Y,、Z列所代表的量之間的比例關(guān)系,,因此,理論上應(yīng)滿足X Y Z=1,。如果數(shù)據(jù)表中的數(shù)據(jù)沒有歸一化,,Origin在繪圖時會自動歸一化。

導入 Graphing文件夾中的 Ternary 1.dat文件數(shù)據(jù),。選中一列將其類型設(shè)置為Z,,單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Ternary】或2D Graphs工具欄上的【Ternary】按鈕。

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繪制矢量XYAM圖

創(chuàng)建一個包含3個Y列的工作表,。

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選中A列,然后單擊菜單命令【Column】→【Set Column Values...】,, 打開【Set Values】對話框,設(shè)置A列公式“cos(i-1)*2*pv50)”,范圍Row(i):“1To50”,然后單擊【Apply】,。

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單擊【>>】按鈕將B列設(shè)為要設(shè)置值的列,,輸入公式“sin(i-1)*2*pi/50)',范圍默認,,然后單擊【Apply】按鈕,。

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依次將C列公式設(shè)置為“(i-1)*2*pi/50”,D列設(shè)置為”1”,,然后單擊【OK】按鈕完成設(shè)置值,。

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選中B、C和D三列,。

單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Vector XYAM】或2D Graphs工具欄上的【Vector XYAM】按鈕,。

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繪制矢量XYXY圖

1、創(chuàng)建一個包含兩對XY列的工作表,。

2,、選中A列,然后單擊菜單命令【 Column】→【 Set column Values...】,打開【 Set values】對話框,設(shè)置A列公式為“cos(i-1)*2*pi/50)”,,范圍Row(i):“1To50”,然后單擊【Apply】按鈕,。

3,、單擊【>>】按鈕將B列設(shè)為要設(shè)置值的列,輸入公式“sin(i-1)*2*pi/50)”,,范圍默認,然后單擊【 Apply】,。

4、依次將C列公式設(shè)置為“1.2*cos((i-1)*2*pi/50)”,,D列設(shè)置為“1.2*sin((i-1)*2*pi/50)”,,然后單擊【OK】按鈕完成設(shè)置值,。

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5、選中A,、B,、C和D三列。

6,、單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Vector XYXY】或2D Graphs工具欄上的【Vector XYXY】按鈕,。

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繪制含數(shù)據(jù)標簽的圖

1、導入Graphing文件夾中的3D Pie Chart.dat文件數(shù)據(jù),。

2,、添加一個列,然后將B列數(shù)據(jù)復制到C列,。

3,、選中C列將其設(shè)置為標簽列。

4,、選中B,、C兩列,然后單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Bar】或2D Graphs工具欄上的【Bar】按鈕,。

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六,、ImageJ

ImageJ是一個基于JAVA的圖像處理軟件,由NIH開發(fā),??蛇\行于Windows 10、Mac OS,、Linux,。ImageJ能夠顯示、編輯,、分析,、處理、保存8位~32位圖片,,支持TIFF/PNG/GIF/JPEG/BMP等多種格式,。ImageJ可以在一個窗口里以多線程的形式層疊多個圖像。ImageJ可打開任意多的圖像進行處理,。ImageJ支持用戶自定義插件和宏,。所以通常我們還可以同時安裝一個圖像處理包FIJI。

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軟件下載鏈接 https://imagej./ij/download.html

在安裝ImageJ之前,,留意下你電腦是否安裝了JAVA程序語言,,因為ImageJ需要在JAVA環(huán)境下運行。

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FIJI安裝包鏈接 https:///

批量處理圖片的操作過程如下

1,、打開Fiji軟件,,Process>Batch>Macro進入批處理設(shè)置Batch Process窗口

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2,、Input:選擇原始圖片存放位置。

3,、Output:選擇存放處理后圖片的文件夾,。

4、Outputformat:選擇處理后圖片的保存格式,。

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5,、Add macro code:選擇需要執(zhí)行的操作??奢斎氚喾N操作的macro,,即對成百上千張圖片進行同樣的處理。

應(yīng)用實例

科研論文圖片中免疫熒光和免疫組化等圖片的基本要求必須有標尺,,用以顯示物體的實際大小,。所以接下來我們用ImageJ演示一下加標尺的步驟。

1,、打開一張有標尺的圖片,,使用MagnifyingGlass(放大鏡)工具放大標尺,使用直線工具Shift沿著標尺畫一條直線,。

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2,、Analyze>Set Scale進入標尺設(shè)置界面。

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直線的距離為77.3333pixels,,已知距離是25μm,,Unit of length為μm,,Global對所有后續(xù)打開圖片有效,,否則只對當前圖片有效,Scale為3.0933 pixels/μm,,點擊OK可見圖片右上角顯示圖片的長寬單位為μm:

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3,、Analyze>Tools>Scale Bar給無標尺的圖片添加標尺,。

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依次設(shè)置標尺大小、外觀,、字體,、顏色、位置等,。點擊OK就能方便的添加標尺了,,如上圖添加了一個紅色的25μm的標尺。

如果你在實驗過程中忘記添加標尺了,,也可用ImageJ添加。

1,、本次使用軟件為ImageJ/Fiji?,F(xiàn)有一系列無標尺的同尺寸圖片,,打開相同條件下獲得的有標尺的圖片,根據(jù)基本方法校正標尺,,得到該標尺為4.65 pixels/μm:

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2,、Plugins-> Macros -> Record…錄制宏,Analyze -> Tools-> Scale Bar添加標尺,,點擊Create創(chuàng)建宏:

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3,、將一系列無標尺的圖片放至無標尺文件夾,新建一個空的命名為有標尺的文件夾,。Process -> Batch -> Macro進入Batch Process窗口,。選擇輸入文件夾為無標尺文件夾,選擇輸出文件夾為有標尺文件夾,。輸出圖片格式為TIFF,,將錄制好的宏復制粘貼至下方文本框中,點擊Process進行批量添加操作:

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打開有標尺文件夾,,可見每張圖片均已添加了一個50 μm的標尺:

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七,、SPSS

SPSS是由Standford大學的3位研究生于20世紀60年代末開發(fā)。1984年他們推出了世界上第一個統(tǒng)計分析軟件微機版本SPSS/PC ,,開創(chuàng)了SPSS微機系列產(chǎn)品的發(fā)展方向,,并廣泛應(yīng)用于自然科學、技術(shù)科學和社會科學各領(lǐng)域,。

SPSS也是世界上最早采用圖形菜單驅(qū)動界面展現(xiàn)出來,,操作界面友好,輸出結(jié)果美觀,。它將大部分功能以統(tǒng)一,、規(guī)范的界面展現(xiàn)出來,只要用戶具備初步的統(tǒng)計學知識,,就可方便使用該軟件,。

SPSS的基本功能包括數(shù)據(jù)管理、統(tǒng)計分析,、圖表分析,、輸出管理等。其統(tǒng)計分析過程包括描述性統(tǒng)計,、均值比較,、一般線性模型、相關(guān)分析,、回歸分析,、對數(shù)線性模型、聚類分析、數(shù)據(jù)簡化,、生存分析,、時間序列分析、多重響應(yīng)等幾大類,。每個大類分為多個統(tǒng)計過程,,比如將回歸分析分為線性回歸分析、曲線估計,、Logistic回歸,、加權(quán)估計、兩階段最小二乘法,、非線性回歸等多個統(tǒng)計過程,,每個過程允許用戶選擇不同方法和參數(shù)。為了方便結(jié)果的演示和輸出,,SPSS也集成了專門的繪圖系統(tǒng),,可以根據(jù)數(shù)據(jù)繪制各種圖形。SPSS與SAS,、BMDP并稱為國際上最有影響力的三大統(tǒng)計軟件,,也是生物信息學研究中應(yīng)用最廣泛的統(tǒng)計學軟件之一。

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https://www.ibm.com/analytics/spss-statistics-software

我們用SPSS軟件可做出各式各樣的數(shù)據(jù)圖,,包括條形圖,、箱線圖、散點圖等,。下面小編就為大家演示一下繪畫一個簡單箱線圖,。簡單箱線圖常用來輔助研究者了解分類變量下連續(xù)變量的數(shù)據(jù)分布或檢測異常值,其中分類變量為無序或有序分類變量,。簡單箱線圖常用來結(jié)合獨立樣本t檢驗,,配對樣本t檢驗,單因素重復測量方差分析等檢驗使用,。

在作圖前,,假如我們已得到了一批數(shù)據(jù)。

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1,、在主界面點擊Graphs→Chart Builder,,選擇左下角的Choose from框中的Boxplot。

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2,、選擇boxplot后,,其右側(cè)顯示3個選項,將第1個圖拖拽至上方預(yù)覽窗格中(如果鼠標懸停在該圖上方會提示Simple boxplot,,即簡單箱線圖),。

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3,、將變量index從variable框中拖到“Y-Axis?”框,,變量Education拖到“X-Axis,?”框。

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4,、如需改變Y軸屬性,可在Edit properties of.框中選擇“Y-Axis1(Box)',。

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5,、如果需改變連續(xù)變量的刻度屬性,以避免Y軸的起始值過大,,不能準確反映數(shù)據(jù)特征,。故可取消Scale Range區(qū)域minimum選項的勾選,隨后自定義數(shù)值custom,,默認值為0. 本例將最小值設(shè)為50.

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6,、如需改變X軸屬性,在Edit Properties框中選擇“X-Axis(Box1),,可以改變標簽(Legend Label框),,改變分類的排序(Categories框中:Sort by、Direction或Order框中上下箭頭進行調(diào)整),。

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7,、所有設(shè)定完成后點擊OK,最終生成簡單的箱線圖,。

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八,、STATA

STATA是一套提供其使用者數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)管理以及繪制專業(yè)圖表的完整及整合性統(tǒng)計軟件,。它提供許許多多功能,,包含線性混合模型、均衡重復反復及多項式普羅比模式,。用Stata繪制的統(tǒng)計圖形相當精美,。

Stata的作圖模塊,主要提供如下八種基本圖形的制作 : 直方圖(histogram),,條形圖(bar),,百分條圖 (oneway),百分圓圖(pie),,散點圖(two way),,散點圖矩陣(matrix),星形圖(star),,分位數(shù)圖,。這些圖形的巧妙應(yīng)用,,可以滿足絕大多數(shù)用戶的統(tǒng)計作圖要求。在有些非繪圖命令中,,也提供了專門繪制某種圖形的功能,,如在生存分析中,提供了繪制生存曲線圖,,回歸分析中提供了殘差圖等,。

STATA也具有很強的程序語言功能,用戶可充分發(fā)揮自己的聰明才智,,熟練應(yīng)用各種技巧,。事實上,STATA的ado文件都是用STATA本身的語言編寫,。

STATA的統(tǒng)計分析能力遠超過SPSS,,由于Stata在分析時是將數(shù)據(jù)全部讀入內(nèi)存,在計算全部完成后才和磁盤交換數(shù)據(jù),,因此計算速度極快(一般來說,, SAS的運算速度要比SPSS至少快一個數(shù)量級,而Stata的某些模塊和執(zhí)行同樣功能的SAS模塊比,,其速度又比SAS快將近一個數(shù)量級?。㏒tata也是采用命令行方式來操作,但使用上遠比SAS簡單,。其生存數(shù)據(jù)分析,、縱向數(shù)據(jù)(重復測量數(shù)據(jù))分析等模塊的功能甚至超過了SAS。用Stata繪制的統(tǒng)計圖形相當精美,,很有特色,。

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https://www./

用STATA可繪畫函數(shù)圖、散點圖,、直方圖,、條形圖、箱線圖等,。

假如我們要畫函數(shù)圖,,它的命令格式是


twoway function [[y]=] f(x) [if] [in] [, options]

其中twoway可簡寫成tw;中括號內(nèi)的部分函數(shù)可省略,,即可省略“y=”,;f(x)是這個命令的主題,可以是一般數(shù)學函數(shù)式,,也可是STATA內(nèi)已有的函數(shù),。[options]是可選參數(shù)。

下表顯示的是STATA可應(yīng)用的函數(shù)類別

函數(shù)類別幫助關(guān)鍵詞舉例
數(shù)學函數(shù)Math functions三角函數(shù),、取整,、對/指數(shù)
概率分布及密度函數(shù)Density functions卡方,、正態(tài)、幾何分布
隨機數(shù)函數(shù)Random-number functions符合某一概率分布的隨機數(shù)組
字符串函數(shù)String functions字符串拼接,、提取,、長度、ASCII碼
編程函數(shù)Programming functionse/r/s型返回值及其他編程方面的函數(shù)
日期及時間間隔Datetime_functions日期/時間數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)化,、提取
選擇時間間隔Time-series functionstin(d1,d2), twithin(d1, d2)
矩陣函數(shù)Matrix functions求矩陣行列式,、逆、相關(guān)系數(shù),、分解

范例







//函數(shù)圖:twoway function
twoway function y=x^2 2*x 1, range(-2 2) //Twoway Function Graph (1)twoway function y=normalen(x), range(-4 4) //Twoway Function Graph (2)twoway function exp(-x/6)*sin(x), range(0 12.57) //Twoway Function Graph (3)tw function logit(x)                                                          //Twoway Function Graph (4)

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另外,,我們用STATA輸出的圖形一般帶有淺藍色底紋,但是部分國際權(quán)威期刊要求提交的論文圖片上不能有任何底紋顏色,。那我們可以通過設(shè)定繪圖模板scheme來改變圖形的整體風格。

畫散點圖



. sysuse 'auto.dta', clear . twoway scatter mpg weight  

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. sysuse 'auto.dta', clear  . twoway scatter mpg weight, scheme(qleanmono)

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畫折線圖



. sysuse uslifeexp,clear. twoway line le_male   year || line le_female year

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. sysuse uslifeexp,clear. twoway line le_male   year || line le_female year, scheme(qleanmono)

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畫矩陣圖




sysuse lifeexp, cleargen lgnppc = ln(gnppc)gr matrix popgr lexp lgnp safe

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sysuse lifeexp, cleargen lgnppc = ln(gnppc)gr matrix popgr lexp lgnp safe, scheme(qleanmono)

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畫條形圖




. sysuse nlsw88, clear. graph hbar (mean) wage, over(smsa) over(married) over(collgrad) . graph hbar (mean) wage, over(smsa) over(married) over(collgrad) scheme(qlean) 

圖片

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下面給大家介紹幾個純色圖的模板,。主要涉及的風格模板有tufte ,、 burd 、 lean1 和 lean2

另,,還可通過mcolor()選項去選擇qlean模板的色彩搭配風格,。

安裝方法:




. ssc install scheme_tufte, replace. ssc install scheme-burd, replace. net install gr0002_3.pkg

應(yīng)用示例:



. sysuse auto, clear. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight

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. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(qlean) mc(ply3)

圖片


. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(tufte)

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. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(burd)

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. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(lean1)

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每種軟件都有它的獨特功能,我們要清楚了解到每種軟件的功能,,針對軟件的一些功能去處理相應(yīng)的數(shù)據(jù),。比如組合數(shù)據(jù)圖時,小編習以為常地運用PPT,、GraphPad,、Photoshop。如要測量光密度,,那用IPP軟件是最好不過了,。

希望我們分享的文章能幫助你發(fā)表更多SCI論文。如果你有疑問,,歡迎在下面評論區(qū)留言,。

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來源:南博屹生物

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