常規(guī)的TCGA數(shù)據(jù)挖掘足以滿足2-3分的SCI文章需求，無論你是畢業(yè)需求,，還是普升需求,，基本上都能滿足。這里介紹的挖掘套路就是：下載TCGA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),，整理好mRNA,，lncRNA，miRNA,，然后做差異分析，對(duì)差異基因做功能分析,，再構(gòu)建lncRNA-miRNA網(wǎng)絡(luò),，miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)，最后在cytoscape上整理出ceRNA網(wǎng)絡(luò),，對(duì)網(wǎng)絡(luò)中的lncRNA進(jìn)行生存分析,，一篇文章就出來了。

這里有一篇比較新的文章作為參考：

Comprehensive analysis of lncRNA-associated competing endogenous RNA network in tongue squamous cell carcinoma

PMID:30755833

摘要：

背景：

越來越多的證據(jù)表明,，長(zhǎng)的非編碼RNA（lncRNA）在競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA（ceRNA）網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮重要作用,，因?yàn)樗鼈兺ㄟ^海藻microRNA（miRNA）調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)編碼基因表達(dá)。然而,，對(duì)舌鱗狀細(xì)胞癌（TSCC）中的ceRNA網(wǎng)絡(luò)的理解仍然有限,。

方法：

收集關(guān)于mRNA,，miRNA和lncRNA的表達(dá)譜數(shù)據(jù)以及來自癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫的122個(gè)TSCC組織和15個(gè)正常對(duì)照的臨床信息。我們使用edgR包來鑒定TSCC樣品和正常樣品之間差異表達(dá)的mRNA（DEmRNA）,，lncRNA（DElncRNA）和miRNA（DEmiRNA）,。為了探索DEmRNA的功能，進(jìn)行了京都基因和基因組百科全書（KEGG）途徑分析,。隨后,，基于鑒定的DE1ncRNAs-DEmiRNA和DEmiRNA-DEmRNAs相互作用建立ceRNA網(wǎng)絡(luò)。分析了ceRNA網(wǎng)絡(luò)內(nèi)的RNA與總體疾病存活率的相關(guān)性,。最后,，特別分析了lncRNA與所包括的TSCC患者樣品中的臨床特征的相關(guān)性。

結(jié)果：

共鑒定出1867個(gè)mRNA,，828個(gè)lncRNA和81個(gè)miRNA在TSCC組織中差異表達(dá)（-log 2倍變化≥2;調(diào)整的P值<0.01）,。得到的ceRNA網(wǎng)絡(luò)包括16個(gè)mRNA，56個(gè)lncRNA和6個(gè)miRNA,。 56例lncRNA中有10例與TSCC患者的總生存率相關(guān)（P <0.05）; 10個(gè)lncRNA與TSCC進(jìn)展相關(guān)（P <0.05）,。

結(jié)論：

我們的研究加深了對(duì)TSCC中ceRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)制的理解。此外,，我們鑒定了10種lncRNA（PART1,，LINC00261，AL163952.1,，C2orf48,，F(xiàn)AM87A，LINC00052,，LINC00472,，STEAP3-AS1，TSPEAR-AS1和ERVH48-1）作為TSCC的新型潛在預(yù)后生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo),。

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