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蛋白質(zhì)組學(xué)（proteomics）是以蛋白質(zhì)組為研究對象,，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué),。

蛋白質(zhì)是一切生命的物質(zhì)基礎(chǔ),，蛋白質(zhì)組學(xué)可對細(xì)胞或組織內(nèi)成千上萬的蛋白質(zhì)同時進(jìn)行研究，為生命活動規(guī)律提供理論和物質(zhì)基礎(chǔ),。

今天給大家分享我在文獻(xiàn)中學(xué)習(xí)到的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)呈現(xiàn)小經(jīng)驗(yàn),。

火山圖

1. Origin繪制火山圖

火山圖（Volcanoplot）經(jīng)常出現(xiàn)在芯片、測序等組學(xué)結(jié)果中用來展示差異表達(dá)的基因或蛋白的一種圖片類型,，常與熱圖,、韋恩圖（Venndiagram）等同時出現(xiàn)。

火山圖包含2個重要概念：顯著性與差異表達(dá)倍數(shù),。顯著性一般設(shè)置p<0.05,，差異表達(dá)一般我們按照FoldChange(倍數(shù)變化)≥1.2或2倍作為標(biāo)準(zhǔn)。

我們已經(jīng)在解螺旋給大家分享過使用Origin2018繪制火山圖,，可在點(diǎn)擊這里查看,。

免費(fèi)正版Origin軟件下載地址://www./OriginProLearning.aspx

VolcanoplotAPP下載地址：

https://www./fileExchange/details.aspx?fid=296。

下載Volcanoplot即可很便捷的繪制火山圖,。

2. Graphpad Prism 8.0 繪制火山圖

Graphpad Prism 8.0中,，Existingfile下的Graph portfolio可見Volcano plot：

可見詳細(xì)的繪圖教程：

韋恩圖

韋恩圖也常用于蛋白質(zhì)組學(xué)的呈現(xiàn)，例如兩種不同處理共有的差異表達(dá)蛋白質(zhì),。

Origin軟件可便捷的繪制韋恩圖,，APPstore處下載APP，下載鏈接為：https://www./fileExchange/details.aspx?fid=425,。

熱圖（Heatmap）

1. Graphpad Prism 8.0繪制熱圖

眾所周知Graphpad Prism 8.0可繪制熱圖,，在此就不過多介紹。

2. Origin繪制熱圖

Origin軟件也可以繪制熱圖,，Origin Central（快捷鍵F11）可找到熱圖繪圖示例教程:

進(jìn)入示例后點(diǎn)擊Tutorial即可查閱教程：

3. Heatmap Illustrator繪制熱圖

Heatmap Illustrator也可以繪制熱圖,，下載地址：http://hemi./：

目前Heatmap Illustrator版本1.0.1，可適用于多種操作平臺：

Heatmap Illustrator官網(wǎng)有詳細(xì)教程（http://hemi./faq.php）：

4. R語言繪制熱圖

最后R也可以繪制熱圖：

5. Excel繪制熱圖

Excel繪制“條件格式”--“色階”--“其他規(guī)則”也可繪制熱圖：

擴(kuò)展：

Excel繪制氣泡圖能否導(dǎo)出高分辨率圖片,？

Excel可以導(dǎo)出高分辨率圖片,。XL_Toolbox_6.60插件可以幫助我們在Excel表格里面導(dǎo)出高清圖片。下圖是用Excel作好的多數(shù)據(jù)散點(diǎn)圖,，我將使用XL_Toolbox_6.60工具的Export給你導(dǎo)出高分辨的圖片,。

首先必須安裝XL_Toolbox_6.60工具,，安裝后在Excel表格中就可以看見該插件。

選擇圖片后點(diǎn)擊Export,，選擇最后一項(xiàng)Export for publication

彈出以下窗口,，選擇導(dǎo)出格式，導(dǎo)出分辨率,，圖片的長和寬以及圖片模式即可,。

Top10差異表達(dá)蛋白質(zhì)的呈現(xiàn)

Excel呈現(xiàn)Top10差異表達(dá)蛋白質(zhì)：

在Excel中輸入數(shù)據(jù)：

調(diào)整字體為Times New Roman字體：

選擇Fold change列數(shù)據(jù)，選擇“條件格式”--“色階”--“其他規(guī)則”,，設(shè)置顏色：

選中,，點(diǎn)擊合并后居中：

設(shè)置單元格格式，設(shè)置邊框后使用XL_Toolbox_6.60插件導(dǎo)出需要分辨率的圖片即可,。

類似的方法還可以用來繪制Pathway對比圖：

Cytoscape繪制網(wǎng)絡(luò)連接圖

STRING: functional protein association networks是蛋白質(zhì)組學(xué)網(wǎng)絡(luò)分析網(wǎng)站,，首先需要將差異表達(dá)蛋白質(zhì)輸入STRING11.0（https:///）：

得到可以形成網(wǎng)絡(luò)連接的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)圖：

導(dǎo)出數(shù)據(jù)：

Cytoscape是一款免費(fèi)圖形化顯示網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行分析和編輯的軟件，下載地址為：https:///,。最新版本為Cytoscape3.7.1：

打開Cytoscape軟件,，導(dǎo)入下載好的數(shù)據(jù)：

導(dǎo)入完成后得到了下圖：

Edges的粗細(xì)由combined_score漸變調(diào)整，選擇Tool里的Network Analysis工具中的Generate Style from Statistics：

得到的效果如下：

對Nodes（節(jié)點(diǎn)）的顏色：

如何設(shè)置Nodes的大小呢,？

將STRING下載好的數(shù)據(jù)導(dǎo)入Excel表格：

將Nodes1和Nodes2復(fù)制到一列中,，然后利用=COUNTIF(A:A,A2)的公式進(jìn)行計(jì)算其出現(xiàn)頻數(shù)：

刪除第一列中的重復(fù)值，方法為Excel表格中數(shù)據(jù)下的重復(fù)值刪除：

添加一列與Nodes1相同的加一列Nodes2：

根據(jù)蛋白質(zhì)組學(xué)添加上下調(diào)關(guān)系（1代表上調(diào),，2代表下調(diào)）：

將上述表格保存為Txt文件,，F(xiàn)ile，import導(dǎo)入Cytoscape軟件,。

FillColor,，顏色由Column，Regulation決定,，上調(diào)設(shè)置為紅色,，下調(diào)設(shè)置為綠色：

由fff決定Nodes大小，導(dǎo)出圖片即可：

餅圖

Graphpad Prism 8.0可繪制二維餅圖：

Origin可以繪制三維餅圖,，可點(diǎn)擊Tutorial查閱詳細(xì)教程：

今天給大家分享了蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)呈現(xiàn)小經(jīng)驗(yàn)，希望對大家有所幫助,。