【原】基礎(chǔ)掃盲貼：如雷貫耳的BLAST到底是啥？

解螺旋 2020-08-27

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作者：麥子

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Blast（Basic Local Alignment Search Tool）,，可謂生信領(lǐng)域最常用的工具,，拿到一段序列（測序結(jié)果，或設(shè)計(jì)好的引物等等）,，一般都會去blast一下,，查找相似序列。在查找相似序列的基礎(chǔ)上衍生出了各種作用,，比如鑒別基因組,，蛋白質(zhì)，查找特定靶區(qū),，檢驗(yàn)引物特異性等等,。自打1990年由Altschul SF等人開發(fā)出來，NCBI引進(jìn),，至今還在改善,，更新算法,。

量身選用數(shù)據(jù)庫

網(wǎng)址：https://blast.ncbi.nlm./Blast.cgi

做BLAST不僅要考慮選擇哪種算法，還要考慮選哪個數(shù)據(jù)庫來比對,。我們最常用的可能就人類或小鼠基因組+轉(zhuǎn)錄組,，但仍可根據(jù)自身情況選擇合適的數(shù)據(jù)庫，能大大節(jié)省檢索時間,，并提高返回的結(jié)果的質(zhì)量和特異性,。

不過這么多庫怎么選呢，可以點(diǎn)一下旁邊的問號（Help）,，查看選所的數(shù)據(jù)庫的說明：

再者,，如果你已經(jīng)知道你要查的序列來自哪個物種，或你要跟哪個物種比對,，也可以在Organism選項(xiàng)框中輸入,，也可以減少BLAST的操作程序，節(jié)省時間,。

不同的序列要用不同的算法

BLAST工具跟一套手術(shù)器械似的,，不同的算法干不同的活，得根據(jù)自己需要的信息,，選擇需要的工具,。可以看到檢索頁面上方有5個選項(xiàng)卡,，分別代表5種查詢類型,。

各大類之下可能還有幾個小分類可選：

它們的功能要點(diǎn)總結(jié)如下：

結(jié)果解讀

找一小段蛋白序列來試一下那個新算法Quickblastp?？赡苁俏业男蛄刑塘?，并沒有感覺到Quick (0.0) 如果你的序列夠長可以體會一下。

首先會看到一個表頭,，展示這次比對的基本信息,，如比對類型、序列長度,、所選的數(shù)據(jù)庫等等,，就不貼圖了。

接下來就是圖形描述（Graphic Summary）,。

第一部分是保守域,，當(dāng)檢測到時才會顯示。

第二部分是比對上的序列（hit）在查詢序列上的分布,。有刻度的條帶是序列的坐標(biāo)，其下的每一個細(xì)條帶代表一段hit,，其顏色是按上方的顏色標(biāo)尺顯示比例得分（alignment score）,，得分越高,，相似度越高。另外還可注意E value,，E值越低,，相似度越高，點(diǎn)擊可顯示詳細(xì)信息,。

保守域也可點(diǎn)開查看詳情,，在每個hit上懸浮鼠標(biāo)可看到它編碼的蛋白的3D結(jié)構(gòu)圖以及功能等詳細(xì)說明，在下方的列表中點(diǎn)開+號還可看到具體的序列,。