1. 什么是BLAST,？

• BLAST的全稱是Basic Local Alignment Search Tool（基本的局部比對搜索工具），基于一種局部最優(yōu)的比對策略,。
• BLAST是生命科學(xué)研究中常用的一套在核苷酸數(shù)據(jù)庫或蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中進行序列相似性比對的一套分析工具
• BLAST算法是啟發(fā)式算法,。首先將query序列打斷成子片段，稱之為seed words,，然后將seed與預(yù)先索引好的序列進行比對,，選擇seed連續(xù)打分較高的位置采用動態(tài)規(guī)劃算法進行延伸，延伸過程也會進行打分,，當(dāng)打分低于某一限度這一延伸過程就會被終止拋棄,，最后產(chǎn)生了一系列的高得分序列。最后還要使用E-value對其顯著性進行評估,，選出比對結(jié)果最好的序列,。
• BLAST分為在線BLAST和本地化BLAST

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2. BLAST程序類型

BLAST實際上是綜合在一起的一組工具的統(tǒng)稱，它不僅可用于直接對蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫和核酸數(shù)據(jù)庫進行搜索,，而且可以將待搜索的核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列后再進行搜索,，或者反之，以提高搜索效率,。因此 BLAST可以分為 BLASTp,、 BLASTn、 BLASTx,、 tBLASTn,、tBLASTx。

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3.BLAST 比對結(jié)果解讀

實際應(yīng)用中主要看E-value（E值越小越好）,，同時要求Score大于一定值,。

圖片來自MOOC