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不吃菜的花花 啰里啰嗦 好久木有更新啦~吧啦吧啦最近有點(diǎn)忙~還偶爾漲幾個(gè)粉挺開心~哈哈~為了系統(tǒng)性一點(diǎn),，自己學(xué)一點(diǎn)點(diǎn)后攢起來再分享~今天有放大招啊~發(fā)布的內(nèi)容比較多~以后更新的速度依然不會(huì)太快~哈哈 前面分享了NCBI的文獻(xiàn)檢索和跟蹤NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)指南（一） 今天分享NCBI BLAST的學(xué)習(xí)心得~主要是NCBI網(wǎng)站的BLAST的使用,，暫時(shí)不介紹本地BLAST+工具和API等等。 然后今天還大放送Pubmed插件的使用指南,，八卦NCBI發(fā)展的簡(jiǎn)史（見列表文章）,。  BLAST的全稱“Basic Local Alignment Search Tool” ,，顧名思義,，在序列相似性搜索過程中BLAST執(zhí)行“局部”對(duì)齊。 BLAST的搜索格式主要有以下幾種： NCBI手冊(cè)中有一小章節(jié)介紹了BLAST工具,，很遺憾這里并沒有細(xì)致的操作說明（但是人家有跟你說去哪里看細(xì)致的說明）~我看完的感受是為BLAST建了一個(gè)框~ （如果需要關(guān)于BLAST的上述目錄中的內(nèi)容的PDF中文版文件~文章最后面我會(huì)給獲取方式~~）  1、 打開BLAST1）BLAST 的網(wǎng)站可以通過https://blast.ncbi.nlm./Blast.cgi直接進(jìn)入,； 2）從NCBI主頁(yè)進(jìn)入 2,、 BLAST 頁(yè)面介紹1- 通用BLAST 標(biāo)頭
1.1 NCBI名稱，可以鏈接到NCBI的主頁(yè),； 1.2 BLAST 主頁(yè)鏈接,； 1.3“最新結(jié)果”鏈接,；BLAST的搜索結(jié)果可以保存36h.
1.4“保存的策略”標(biāo)簽；列出了之前保存的一組搜索設(shè)置參數(shù),。它允許檢查使用的搜索設(shè)置參數(shù),，快速重新啟動(dòng)這些搜索，以及下載用于在獨(dú)立BLAST中共享或重復(fù)使用的特定策略,。
1.5“幫助”選項(xiàng),；鏈接至BLAST ftp站點(diǎn)(ftp://ftp.ncbi.nlm./blast/或https://ftp.ncbi.nlm./blast/)上的幫助文檔、教程,、參考文獻(xiàn)和有用下載目錄的鏈接列表,。 1.6 “我的NCBI”，一個(gè)來自NCBI的免費(fèi)帳戶,，允許用戶定制他們的網(wǎng)站偏好和管理他們?cè)诰W(wǎng)站上執(zhí)行的作品,。可以注冊(cè)NCBI賬戶,，獲得比較個(gè)性化的服務(wù),，參考NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)指南（一）。登錄時(shí)執(zhí)行的BLAST搜索允許通過“最近的結(jié)果”頁(yè)面訪問36小時(shí)的搜索結(jié)果,。保存的策略將被永久保存,。 2-提交搜索的工具之一：基本的BLAST2.1 有五個(gè)BLAST搜索頁(yè)面，每個(gè)頁(yè)面執(zhí)行特定類型的序列比對(duì),。具體如下：
2.2 BLAST序列數(shù)據(jù)庫(kù)的內(nèi)容如下：
2.3 核苷酸BLAST比對(duì)參數(shù)設(shè)置
參數(shù)的選擇：
可以設(shè)置以不同的速度和靈敏度進(jìn)行核苷酸vs核苷酸搜索。
可以直接點(diǎn)擊“ BLAST”按鈕（F）將搜索提交給BLAST服務(wù)器進(jìn)行處理。完成后將自動(dòng)顯示結(jié)果,。
也可以點(diǎn)開Algorithm parameters 進(jìn)行更多的參數(shù)設(shè)置,；
上述就是核苷酸BLAST的參數(shù)設(shè)置的介紹； |
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