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微信公眾號：R語言數(shù)據(jù)分析與實踐

更新時間：Feb 1st,，2019

        R語言由近幾年隨著數(shù)據(jù)挖掘、機(jī)器學(xué)習(xí)在國內(nèi)興起而大熱,，現(xiàn)在R已經(jīng)發(fā)展成為一個社區(qū)語言,，有者非常多的packages支持工程應(yīng)用，幾乎任何問題都可以在R的packages中找到解決方案,，這是R優(yōu)于SPSS和SAS（模塊化分析）的一個強(qiáng)大功能,。此外，對于沒有編程基礎(chǔ)的統(tǒng)計學(xué)和金融學(xué)領(lǐng)域分析人員,，R語言以較易的代碼任務(wù)而勝過python（需要專門訓(xùn)練的編程項目）,。

       目前在CRAN和GitHub上的packages大約超過1萬個。整理了一些常見學(xué)科使用頻率較高的packages：

教育類

beginr：R初學(xué)者函數(shù)

BIFIEsurvey：教育中的調(diào)查統(tǒng)計工具,。

lessR：可視化,、描述性統(tǒng)計分析教學(xué)

dslabs：可用于數(shù)據(jù)科學(xué)課程和講習(xí)班的數(shù)據(jù)集和函數(shù)可用于數(shù)據(jù)分析實踐、作業(yè)和項目,。

Chaos Game：混沌游戲,。

childesr:實現(xiàn)對CHILDES（開放式親子互動記錄庫）的接口

earnr：支持使用markdown等工具創(chuàng)建交互式的教材，進(jìn)行R和R包的學(xué)習(xí)

olsrr：輔助進(jìn)行普通最小二乘回歸的學(xué)習(xí)和實踐

rODE：內(nèi)置大量函數(shù),，展示學(xué)生的一些自然狀態(tài)下的表現(xiàn),，如常微分方程如何求解,，如何更有效的構(gòu)建方程等。

repurrrsive：包含R對象,、JSON和XML的形式遞歸的列表,，用于在教學(xué)中使用示例，包括調(diào)色板,、GitHub庫等

工具類

tidyxl：閱讀不整潔的excel文件

stevedore：Docker客戶端

RMySQL：MySQL驅(qū)動接口

pagedown：CSS格式與HTML輸出

tmap：專題地圖

dataPreparation：數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

htmlTable：Markdown/HTML標(biāo)記工具

OpenImageR：圖片處理工具

REKKL：在R中使用KEEL代碼

smartdata：數(shù)據(jù)預(yù)處理

cdata：流體數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換

abstractr：用于創(chuàng)建抽象視覺的shiny應(yīng)用

kutils：項目管理工具

pkgnet：獲取R包的網(wǎng)絡(luò)表示

rsparkingling：H2O接口

geoknife：大型網(wǎng)格化數(shù)據(jù)集的網(wǎng)絡(luò)處理

MazamaSpatialUtils：空間數(shù)據(jù)下載

cleanerR：缺失值處理

SQRL：與基于ODBC協(xié)議的數(shù)據(jù)庫交互的接口,。

crul：HTTP客戶端

bitsqueezr：提供用于精確保持壓縮的浮點量化算法的實現(xiàn)。

timeR：為代碼運算計時

OpenCL：OpenCL的R調(diào)用界面

Ohmage：Ohmage2服務(wù)器的R客戶端

httr：URL和http工具

httptest：http請求測試環(huán)境

pkgsearch：在CRAN中查找R包

googleAnalyticsR：谷歌分析API

AzureContainers：微軟云計算工具Azure接口界面

AzureStor：Azure中數(shù)據(jù)的存儲和管理

AzureVM：通過Azure實現(xiàn)數(shù)據(jù)科學(xué)的虛擬技術(shù),。

spatialwidget: 將空間數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為網(wǎng)頁支持的JSON格式,。

codetools：R代碼分析工具

bookdown：使用R Markdown編寫圖書和技術(shù)文檔。

expss：從電子表格和SPSS中讀取數(shù)據(jù),、標(biāo)簽,、函數(shù)等。

romero.gateway: OMERO接口,。

surveydata：調(diào)查數(shù)據(jù)處理工具,。

httpuv：提供了用于處理http和服務(wù)器端的簡單套接字和協(xié)議。

多邊形符號數(shù)據(jù)分析

psda：GeoJSON：GeoJSON和簡單的功能,，對象之間進(jìn)行轉(zhuǎn)換,。

rvcheck：R、R包版本檢查

rsppfp：R的最短路徑問題

pkgdown：將用戶文件制作為靜態(tài)html文檔

gcite：谷歌引用解析器

farver：調(diào)用顏色空間實現(xiàn)顏色轉(zhuǎn)換

DatapackageR: 提供一個框架,，支持以可重現(xiàn)的方式構(gòu)造R數(shù)據(jù)包.

hedgehog: 允許用戶根據(jù)隨機(jī)生成的輸入測試其程序的屬性,，與單元測試相比，提供了更優(yōu)越的測試覆蓋率.

jsonstat: 實現(xiàn)JSON-stat的接口,，JSON-stat是一種簡單,、輕量級的“JSON”格式，用于數(shù)據(jù)傳播.

nseval: 提供用于惰性和非標(biāo)準(zhǔn)評估的API,，該API具有捕獲,、檢查、操作和創(chuàng)建惰性值,、“…”列表和活動調(diào)用的功能.

runner: 提供具有不同窗口大小的運行函數(shù)（窗口化,、滾動、累積）和R向量的缺少處理選項.

RTest: 提供基于XML的測試框架,，用于為監(jiān)管環(huán)境開發(fā)的R軟件包的自動化組件測試.

dataCompare：用于比較兩個表格數(shù)據(jù)對象的函數(shù), 其目的是顯示差異,，從而使理解差異更容易。

datastructures：提供先進(jìn)的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),，如哈希圖

catch：對多維數(shù)組進(jìn)行分類和變量選擇的功能

dplyr:本地數(shù)據(jù)集的常用操作

jsonlite：良好的網(wǎng)絡(luò)API接口,，適用于收集JSON數(shù)據(jù)

AWR:安裝編譯的Java模塊

filesstrings：提供了多個工具操作字符和文件

ggraph：提供了多個函數(shù)，擴(kuò)展ggplot2的可視化功能

經(jīng)濟(jì)

BCDating：商業(yè)周期和繪制工具

busdater：企業(yè)標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)計算

riskParityPortfolio：金融投資的風(fēng)險均衡投資組合的快速設(shè)計,。

bayesm：市場/微觀經(jīng)濟(jì)學(xué)貝葉斯推斷

PortfolioAnalytics：投資組合分析函數(shù)庫（包括投資組合優(yōu)化等方法）

alphavantager ：提供了alpha vantage API,，可以獲取股票,、物理貨幣和數(shù)字貨     幣等歷史交易數(shù)據(jù)。

estudy2:實現(xiàn)了事件研究模型,，包括收益率估計和其他經(jīng)典模型,。

音樂

chorrrds：音樂和旋提取

tabr：支持通過R代碼生成樂譜

bioacoustics:錄音數(shù)據(jù)分析，同時可以提取動物聲音,、處理常見格式聲音,、過濾有噪聲的文件

billboard 包含了從1960年到2016年公告牌百強(qiáng)榜單上歌曲的數(shù)據(jù)集，包括給定年份的排名,、音樂特征和歌詞,。

地理

NLMR：模擬自然地形模型

landscapemetrics：分類地圖

GSIF：全球土壤信息設(shè)施

HelperMG：地球氣息分析工具

filedRS: 利用Olofsson等人提出的最佳實踐, 為遙感現(xiàn)場工作提供支持.

rayshader: 提供使用光線跟蹤、球面紋理映射,、朗伯反射和環(huán)境遮擋的組合的函數(shù),，以生成高程矩陣的山體陰影，包括水檢測和分層功能,、可編程調(diào)色板生成,、內(nèi)置紋理,、2D和3D繪圖選項等.

mapsapi：提供了谷歌地圖數(shù)據(jù)接口

公益

PetfindR: 可以從Petfinder（北美最大的在線搜索可領(lǐng)養(yǎng)動物和動物福利組織數(shù)據(jù)庫）中提取數(shù)據(jù)和交互

學(xué)術(shù)語義

microdemic：支持在Microsoft Academ Graph中對學(xué)術(shù)文章的程序化訪問,。

交互

mapdeck: 提供使用Mapbox GL（用于交互式地圖的JavaScript庫）和Deck.gl（使用WebGL可視化大型數(shù)據(jù)集的JavaScript庫）繪制交互式地圖的機(jī)制.

rayshader: 提供使用光線跟蹤、球面紋理映射,、朗伯反射和環(huán)境遮擋的組合的函數(shù),，以生成高程矩陣的山體陰影，包括水檢測和分層功能,、可編程調(diào)色板生成,、內(nèi)置紋理、2D和3D繪圖選項等.

sigmajs: 提供sigma.js圖形可視化庫的接口訪問.

GoogleVis API在R制作網(wǎng)頁HRML,，調(diào)用Google charts作圖,，交互式的HTML圖表

Manipulate：人際互動

Rcharts：用R與javascript做交互式可視化產(chǎn)品

Shiny：制作嵌入網(wǎng)頁的交互式R程序平臺

Solidify：制作和發(fā)布基于R的報告

shinyalert：提供在shiny中創(chuàng)建美觀UI的功能

自然語言處理

tidyxl：閱讀不整潔的excel文件

pdftools：pdf格式文本處理工具

quanteda：文本數(shù)據(jù)的定量分析

languageR：語言學(xué)數(shù)據(jù)分析工具

sigr：報道中的簡明、正確,、統(tǒng)計摘要方法

lhs：拉丁超多維數(shù)據(jù)集示例及研究方法

readr：讀取文本數(shù)據(jù)

CRF：條件隨機(jī)場,。是一種無向圖模型，它的目標(biāo)是尋找在條件概率最大情況下的一種組合,，應(yīng)用于命名實體識別,、文本淺層分析等信息抽取任務(wù)等實驗，實現(xiàn)句法語義自動標(biāo)注,?；谀Ｊ狡ヅ洹C(jī)器學(xué)習(xí),、支持向量機(jī)等方法,?？捎糜趶?fù)雜的最長名詞短語識別、漢語詞法分析研究,。

tm: 文本挖掘

jiebaR：中文分詞工具,本身是C++寫的,，具有極高的運算處理速度

Rwordseg：中文分詞工具，Mac版依賴舊版本的Java,，較難安裝,，版本更新慢，不推薦使用

chinese.misc：中文分詞工具,，內(nèi)核基于Rwordseg

rmmseg4j：

snowball:英文詞干化

lexiconPT：為情緒分析提供對葡萄牙詞匯的訪問

wordmatch：用于兩個word文本對照

readtext:支持文本文件導(dǎo)入,，

.csv,.tab,.json,.xml,.pdf,.docx,.xls,.xlsx

officer：在R中對PPT、Word文件導(dǎo)入,、導(dǎo)出,、編輯

在線數(shù)據(jù)API

getTBinR：獲取世衛(wèi)組織結(jié)核病數(shù)據(jù)

UCSCXenaTools：從UCSC Xena數(shù)據(jù)庫獲取數(shù)據(jù)和探索分析

congressbr：巴西聯(lián)邦參議院和眾議院的立法數(shù)據(jù)

taxize：網(wǎng)絡(luò)分類信息

rdbnomics：下載DBnomics數(shù)據(jù)

rehydratoR：從Tweets中下載推文

RSmartlyIO：從Facebook和Instagram廣告中下載數(shù)據(jù)

googledrive：GoogleDrive接口

streamR：Twitter Streaming API

crypto：加密貨幣市場數(shù)據(jù)

rnrfa：英國國家河流數(shù)據(jù)檔案API

arkdb: 提供將表從關(guān)系數(shù)據(jù)庫連接、導(dǎo)出到壓縮文本文件中的功能,，并將這些文本文件導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫,，而無需將整個表放入工作內(nèi)存中.

dobson：GLM書本數(shù)據(jù)

cancensus:從“CensusMapper”API獲取加拿大人口普查數(shù)據(jù)和地理信息

sparkbq: 通過提供與Google BigQuery的集成來擴(kuò)展sparklyr.它支持從/向BigQuery直接導(dǎo)入/導(dǎo)出，及從Google云存儲中提取中間數(shù)據(jù)等功能.

sigmajs: 提供sigma.js圖形可視化庫的接口訪問.

aws.kms: 實現(xiàn)AWS密鑰管理服務(wù)(用于管理加密密鑰的云服務(wù))的接口.

vapour: 提供對地理空間數(shù)據(jù)抽象庫GDAL的低級訪問.

nsapi:Nederlandse Spoorwegen(荷蘭鐵路)API接口. 用戶可下載當(dāng)前站點的出發(fā)時間,、站點列表,、每個站點的旅行建議等數(shù)據(jù).

repec: 通過RESTful API訪問RePEc(經(jīng)濟(jì)學(xué)研究論文)

rfacebookstat: Facebook營銷API借口, 允許用戶多種方式加載數(shù)據(jù).

UCSCXenaTools: 頂級基因庫. 支持對USCS Xena數(shù)據(jù)中心等數(shù)據(jù)訪問. 是UCSC托管等公共數(shù)據(jù)庫的集合.

ZipRadius: 當(dāng)給定起始郵政編碼和半徑(單位:英里)時, 在該數(shù)據(jù)框下, 可生成對于等美國郵政編碼及其到給定郵政編碼的距離.

essurvey：歐洲社會調(diào)查（European Social Survey）下載所需數(shù)據(jù)

mleap：為MLeap提供了sparklyr擴(kuò)展，可以導(dǎo)出Apache Spark管道

rdfp：提供谷歌DFP（DoubleClick for Publishers）的訪問接口

hdf5r:提供一個使用R6類的HDF5 API的面向?qū)ο蟀b器。

odbc：可以使用DBI接口來創(chuàng)建一個數(shù)據(jù)庫連接，只要滿足ODBC連接即可使用此包進(jìn)行便          捷的連接功能,。

RMariaDB：實現(xiàn)與MariaDB and MySQL數(shù)據(jù)庫兼容的DBI接口,。

geoops v0.1.2:   提供針對用GeoJSON地理空間數(shù)據(jù)進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換的工具.

linl v0.0.2:   添加LaTeX字符類到rmarkdown，使用與rmarkdown相適應(yīng)的pandoc-letter模板.

rcreds v0.6.6:    提供從加密文件讀取和寫入憑證的功能.

RMariaDB v1.0-2:   實現(xiàn)與MariaDB and MySQL數(shù)據(jù)庫兼容的DBI接口.

securitytxt v0.1.0:  提供識別和解析security.txt文件的工具，使之能夠分析并采用Web安全策略草案標(biāo)準(zhǔn).

 usethis v1.1.0:    自動化包和項目設(shè)置任務(wù)，包括建立單元測試，測試覆蓋率,，持續(xù)集成，Git,，GitHub,，許可證，RStudio項目等等,，否則需要手動執(zhí)行.

 xltabr v0.1.1:   它提供了可以使用[openxlsx](https://cran.r -project.org/package= openxlsx)來生成良好格式化的跨列表的函數(shù),，它已經(jīng)被開發(fā)用來幫助自動化發(fā)布官方統(tǒng)計數(shù)據(jù)

photobiologySun：提供外星太陽光譜輻照度、地平面太陽光譜輻照度的數(shù)據(jù)

Matrix

MASS

gsl

polynom

signal

GetLattesData：實現(xiàn)了一個API,，支持從Lattes直接下載和讀取XML數(shù)據(jù)

數(shù)學(xué)

Rpolyhedra：多面體數(shù)據(jù)庫

CovTools：協(xié)方差分析的統(tǒng)計工具

pointdexter：多邊形內(nèi)的標(biāo)簽點

GMMAT：廣義線性混合模型關(guān)聯(lián)試驗

fromo：支持向量和矩陣的計算,，以及矩陣的單點追加。

plsdof：最小二乘回歸

mpoly：多項式計算

MonteCarlo：蒙特卡洛模擬方法

mlogit：多項式邏輯模型

bigalgebra：矩陣及大型矩陣計算,。

Delaporte：Delaporte分布統(tǒng)計函數(shù)

doremi: 支持利用微分方程和線性混合效應(yīng)回歸函數(shù)來估計方程的特征參數(shù).

bivariate : 提供用于構(gòu)造,、繪制雙變量概率分布的便捷函數(shù).

eikosograms: eikosogram（來自古希臘ε?κ?σ的概率圖 ）將單位正方形劃分為矩形區(qū)域,，其區(qū)域、邊和寬度表示與一個或多個分類變量的值相關(guān)聯(lián)的各種概率.

freegroup：支持進(jìn)行抽象數(shù)學(xué)（抽象代數(shù)）的相關(guān)分析與應(yīng)用

SimCorrMix：提供生成具有特定相關(guān)矩陣等連續(xù)（正態(tài),、非正態(tài),、混合分布）、二元,、有序變量的方法等

可視化

gganimate：在R中繪制動態(tài)圖

IPWboxplot：存在缺失對象的箱型圖繪制

OutliersO3:繪制異常值O3圖

handyplots：快速繪制圖形,，Q-Q圖、箱型圖,、置信區(qū)間等

WVPlots：常見數(shù)據(jù)分析可視化繪制

gplots：提供可視化數(shù)據(jù)繪制工具

vioplot：小提琴圖

rainbow：條形圖,、箱型圖、彩虹圖繪制

treemapify：在ggplot2中繪制樹狀圖

ezplot：常見圖表繪制函數(shù)集

spaceRGB：RGB定義工具

r2d3: 3D可視化工具

discoveR：通過shiny實現(xiàn)的可視化探索性數(shù)據(jù)分析接口,，包括聚類,、主成分分析等

scico：基于科學(xué)色彩地圖的顏色板

DesignLibrary: 提供一個簡單的界面來構(gòu)建設(shè)計，允許用戶在一系列參數(shù)組合(如效果大小,、樣本量和分配概率)之間比較給定設(shè)計的性能.

survsup : 實現(xiàn)繪制生存曲線的函數(shù).

ggjoy

r2d3:利用D3庫進(jìn)行數(shù)據(jù)的動態(tài)和交互式的可視化

rgl：3D可視化

ggplot2:高級繪圖包

ggplotgui：支持shiny app創(chuàng)建和優(yōu)化ggplot2圖形,，并產(chǎn)生要求的R代碼

lattice：高級繪圖包

corrplot

plotly：基于網(wǎng)絡(luò)的ggplot2交互地圖

wordcloud2:繪制詞云

ggjoy：joyplots提供了時間和空間分布的變化

DescriptiveStats.O Beu:包含部分函數(shù)為OpenBudgets.eu數(shù)據(jù)集提供估計和返回可視化所需的相關(guān)參數(shù)。

 iheatmapr v0.4.2:   支持繪制復(fù)雜的,、交互式的熱圖.

 otvPlots v0.2.0:   支持自動可視化變量分布,，并為大型數(shù)據(jù)集計算時間匯總匯總統(tǒng)計數(shù)據(jù)

統(tǒng)計學(xué)

homomorpheR：同態(tài)計算

HARModel：異構(gòu)自回歸模型

npsm：非參統(tǒng)計建模

GAS：廣義自回歸評分模型

ado：過度分散數(shù)據(jù)分析

riskRegression：風(fēng)險回歸模型與競爭風(fēng)險生存分析的預(yù)測分?jǐn)?shù)

ROCit：基于可視化的二元分類器性能評估

plot3logit：三項式回歸模型的三元圖

weibulltools：生命周期分析。例如汽車?yán)锍虜?shù)

dominanceanalysis：優(yōu)勢分析

nlreg：非線性模型的高階推理

concurve：計算和繪制置信度

pairwise：基于配對算法的Rasch模型參數(shù)

hyper.fit :超平面你和和可視化,。允許用戶產(chǎn)生強(qiáng)大的一維線性類型數(shù)據(jù),、二維平面適合數(shù)據(jù),，以及n維數(shù)據(jù)集的任何（n-1）超平面模型,。

gendist：生成概率分布模型

MVN：多變量的正態(tài)分布檢驗

JointNets：稀疏高斯圖形模型估計、可視化和評價,。

Fstability：有兩個函數(shù)幫助計算特征穩(wěn)定性,。

CPAT：變點分析測試。

glmmboot：混合效應(yīng)和普通模型的模擬抽樣方法,。

miWQS：多重加權(quán)分量分析,。

svydiags：用于調(diào)查數(shù)據(jù)的線性回歸模型診斷。

netmeta：基于頻度的Meta網(wǎng)絡(luò)分析法

rsample：通過函數(shù)和類驗證不同類型的樣本（如交叉驗證）

Rnmr1D : 提供從自由感應(yīng)衰變的原始數(shù)據(jù)處理質(zhì)子核磁共振譜的功能,，參見Jacob et al.

bcaboot: 提供函數(shù)以一種幾乎自動的方式計算bootstrap置信區(qū)間.

blandr：包含進(jìn)行Bland Altman分析功能（也被稱為杜克均值差圖）

cnbdistr：提供條件負(fù)二項分布函數(shù)

dqrng：具有良好統(tǒng)計特性的快速隨機(jī)數(shù)生成器,，包括Mersenne-Twister（64位）、pcg64,、Xoroshiro128,、Xoroshiro256

XGBoost：高效的算法包

cultevo：距離矩陣相關(guān)性等Mantel檢驗

adaptiveGPCA：自適應(yīng)的主成分分析算法實踐

sfdct：支持針對簡單的對象構(gòu)建德勞內(nèi)三角

cnbdistr：條件負(fù)二項分布的分布函數(shù)

llogitstic：密度、分布,、帶參數(shù)的l-logistic分布分位數(shù)和隨機(jī)數(shù)生成函數(shù)

RBest：提供支持貝葉斯證據(jù)合成的工具集,，包括薈萃分析,、歷史數(shù)據(jù)的先驗推       導(dǎo)、操作特性分析

SMM：提供了多狀態(tài)離散時間半馬爾可夫和馬爾可夫模型多模擬和估計功能,。

BayesRS：適用于分層線性貝葉斯模型,，并計算出與savge-dickey密切比有關(guān)的群參數(shù)的貝葉斯因子。

CovTools：提供了幾何和推理工具,，方便分析協(xié)方差結(jié)構(gòu)和多元統(tǒng)計中的協(xié)方差分析,。

emmeans：提供了許多函數(shù)，計算線性／廣義線性／混合模型的估計邊際均值（EMMS）

BayesRS v0.1.2:   適用于分層線性貝葉斯模型,，并計算出與savage - dickey密度比有關(guān)的群參數(shù)的貝葉斯因子(見Wetzels et al.(2009).

CatPredi v1.1:    允許用戶通過最大化模型的判別能力,，將連續(xù)預(yù)測變量分類為邏輯推理或Cox比例風(fēng)險回歸設(shè)定，可參見Barrio et al. (2015) and Barrio et al. (2017).

CovTools v0.2.1:   提供了幾何和推理工具,，方便分析協(xié)方差結(jié)構(gòu)和多元統(tǒng)計中的協(xié)方差分析,，可參見Schervish (1987).

genlogis v0.5.0:   對Rathie和Swamee (2006)提出的廣義邏輯回歸分布提供了基本的分布函數(shù).

 emmeans v0.9.1:  提供了許多函數(shù)，計算線性/廣義線性/混合模型的估計邊際均值（EMMS）. 

貝葉斯

BayesMallows：基于Mallows Rank模型的貝葉斯偏好

bayesCT：自適應(yīng)貝葉斯臨床試驗的模擬與分析

bssm：非線性和非高斯?fàn)顟B(tài)空間模型的貝葉斯推理

abn：廣義線性模型,、多元線性回歸,、最優(yōu)貝葉斯網(wǎng)絡(luò)模型。

BHSBVAR：構(gòu)造貝葉斯向量自回歸模型,。

RSE：貝葉斯加權(quán)估計,。可用來估計其他生態(tài)樣本中新發(fā)現(xiàn)的稀有物種的數(shù)量

tidybayes: 提供組合數(shù)據(jù)的功能,，以整齊的數(shù)據(jù)格式從貝葉斯模型（JAGS,、Stan、rstanarm,、brms...）中提取,、操作和可視化.

BACCO

bayesm

bayesSurv

LaplacesDemon

MIBayesOpt：提供了一套支持貝葉斯優(yōu)化方法的計算框架，輔助支持向量機(jī),、隨機(jī)森林和極端梯度增強(qiáng)模型優(yōu)化超參數(shù),。

生物醫(yī)學(xué)

BGData：大基因組數(shù)據(jù)分析套件

getTBinR：獲取世衛(wèi)組織結(jié)核病數(shù)據(jù)

ICDS：腫瘤功能障礙鑒定亞途徑，基于DNA甲基化,、復(fù)制數(shù)變異和基因表達(dá)的數(shù)據(jù)

UCSCXenaTools：從UCSC Xena數(shù)據(jù)庫獲取數(shù)據(jù)和探索分析

genoPlotR：繪制人口基因組與基因地圖

bayesCT：自適應(yīng)貝葉斯臨床試驗的模擬與分析

PTE：個性化治療評估,。為個性化的醫(yī)學(xué)模型提供推斷。

NetworkToolbox：腦,、認(rèn)知,、心理網(wǎng)絡(luò)分析方法

MetabolicSurV：利用代謝組學(xué)特征進(jìn)行分類和預(yù)測生存的生物標(biāo)志物驗證方法

cliqueMS：代謝組學(xué)分析工具

simcdm：模擬認(rèn)知診斷模型數(shù)據(jù)

Eagle：在基因組范圍內(nèi)實現(xiàn)多位點關(guān)聯(lián)映射?；诰€性混合模型,，適合于連續(xù)性狀的數(shù)據(jù)分析。

Buddle：使用深度學(xué)習(xí)方法實現(xiàn)統(tǒng)計分類。案例數(shù)據(jù)包括臨床試驗患者的統(tǒng)計分類,、預(yù)測疾病的臨床分析,。考慮到今日疾病的負(fù)面影響,，及時正確的對病患進(jìn)行確診,，在臨床中是關(guān)鍵的。確定高?；颊呷后w,，并在適當(dāng)時機(jī)安排醫(yī)療方案。借助深度學(xué)習(xí)方法,，幫助在各種具有挑戰(zhàn)性的臨床試驗中尋找答案,。

webddx：在線診斷生成工具。用戶可以生成列出給定的一組癥狀鑒別診斷,，web工具可能會被用于臨床實踐,，但方案交互和數(shù)據(jù)操作能大大提高效率和再現(xiàn)性研究臨床信息。

GenoScan：用于全基因組序列分析的全基因組掃描統(tǒng)計框架

benford.analysis: 基于Benford方法的數(shù)據(jù)驗證和法醫(yī)鑒定,。

bamp：貝葉斯年齡-時期隊列模型,。使用馬爾可夫鏈和蒙特卡洛模擬方法。

epibasix：提供流行病學(xué)及生物統(tǒng)計學(xué)的基本流行病學(xué)函數(shù)

speaq：OOL核磁共振波譜對其,，基于峰值處理,、定量分析和可視化。

SimInf：大規(guī)模流行疾病傳播的模擬仿真,。模型采用馬爾可夫鏈,、吉萊斯皮隨機(jī)模擬算法。

pathfindR：通過提供的基因列表識別蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用路徑,，并對已確定的子網(wǎng)絡(luò)實現(xiàn)途徑強(qiáng)化分析,，確定具有代表性的路徑。幫助研究人員能夠發(fā)現(xiàn)表行背后的機(jī)制,。

BioInstaller：生物信息學(xué)資源集合

UCSCXenaTools: 頂級基因庫. 支持對USCS Xena數(shù)據(jù)中心等數(shù)據(jù)訪問. 是UCSC托管等公共數(shù)據(jù)庫的集合.

DSAIRM: 提供一組Shiny應(yīng)用程序,實現(xiàn)動態(tài)模擬系統(tǒng), 探索宿主免疫反應(yīng).

localIV: 提供使用局部工具變量估計邊際治療效果的函數(shù),，參見Heckman et al. (2006)、Zhou and Xie (2018)

epiflows:提供用于處理,、可視化區(qū)域間流行病流動的功能和類別, 以及用于預(yù)測疾病傳播的統(tǒng)計方法.

GROAN：一個測試基因組回歸準(zhǔn)確性的工作臺。

grf：提供了非參數(shù)最小二乘回歸,、量化回歸和治療效果估計的方法

chromoMap：人類染色體的交互式圖形可視化,，引入染色體熱圖

DrInsight：能夠反向查詢疾病表型或者查詢相似功能藥物

CytobankAPIstats：提供了從細(xì)胞庫獲取和處理細(xì)胞數(shù)據(jù)的工具。

SympluR：通過訪問Symplur接口,，提供了對醫(yī)療社會圖（Healthcare Social Graph）進(jìn)行數(shù)據(jù)分析的功能

cRegulome：提供方法來構(gòu)建預(yù)計算的轉(zhuǎn)錄因子或microRNA的SQLite數(shù)據(jù)庫文件,，數(shù)據(jù)源于Cistrome和miRCancerdb數(shù)據(jù)庫

detectRUNS：提供滑動窗口（Purcell等）和連續(xù)運行（Marras等）等方法，檢測二倍體基因組中純合性和雜合性的運行,。

malariAtlas:從瘧疾地圖集項目服務(wù)器下載公共可用數(shù)據(jù),。

機(jī)器學(xué)習(xí)

gclus：聚類繪圖

greybox：建模與預(yù)測分析工具

automl：Metaheuristic方法深度學(xué)習(xí)

ordinaLBM：基于連續(xù)隨機(jī)變量的聚類

protoclust：使用原型的聚類

ANN2: 使用ANN方法實現(xiàn)異常檢測,。

MachineShop：機(jī)器學(xué)習(xí)模型和工具。

discoveR：通過shiny實現(xiàn)的可視化探索性數(shù)據(jù)分析接口,，包括聚類,、主成分分析等

CRF：條件隨機(jī)場。是一種無向圖模型,，它的目標(biāo)是尋找在條件概率最大情況下的一種組合,，應(yīng)用于命名實體識別、文本淺層分析等信息抽取任務(wù)等實驗,，實現(xiàn)句法語義自動標(biāo)注,。基于模式匹配,、機(jī)器學(xué)習(xí),、支持向量機(jī)方法?？捎糜趶?fù)雜的最長名詞短語識別,、漢語詞法分析研究。

geoveg：社區(qū)數(shù)據(jù)分析,，提供自動樹種的選擇和排序圖,，計算和天氣表的排序等。

DALEX2: 描述機(jī)器學(xué)習(xí)的解釋,。

FLSSS：組合優(yōu)化問題中的子集和族,。挖掘真實值和預(yù)定義的子集。

embed：通過廣義線性模型實現(xiàn)因子預(yù)測,。

clustvarsel：高斯模型聚類

whilboclustering：白盒的聚類算法實現(xiàn),。這周方式可以重新創(chuàng)建現(xiàn)有聚類算法。

dials: 提供用于創(chuàng)建無法從數(shù)據(jù)直接估計模型參數(shù)的工具.

optional：可選模型和模式匹配

naniar：數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/概要/可視化數(shù)據(jù)缺失值的填補(bǔ)

modi：多元異常值檢測與數(shù)據(jù)缺失填補(bǔ)

mma：多個中介（媒介/介質(zhì)/載體）分析

CARS：輔助排序和大型雙樣本刷選

caret：分類和回歸訓(xùn)練

assertive.matrices:斷言檢查矩陣的性質(zhì)

merlin: 根據(jù)Crowther(2017)開發(fā)的框架,，提供適合線性,、非線性和用戶自定義的混合效應(yīng)回歸模型的函數(shù).

MRFcov: 提供估計馬爾可夫隨機(jī)場圖形網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點交互參數(shù)的函數(shù)

SCPME: 提供函數(shù)，支持通過擴(kuò)展ADMM算法估計懲罰精度矩陣,，如Molstad和Rothman(2018)所述.

survxai: 支持創(chuàng)建生存模型的統(tǒng)一表示,，可以由各種生存解釋器進(jìn)一步處理.

tosca: 提供內(nèi)容分析中的統(tǒng)計分析框架.

tsmap: 實現(xiàn)Matrix Profile 概念以進(jìn)行分類.

autoBagging:實現(xiàn)了一個自動化機(jī)器學(xué)習(xí)框架，重點是裝袋工作流程的優(yōu)化

grf：提供了非參數(shù)最小二乘回歸,、量化回歸和治療效果估計的方法

iRF：提供功能以迭代地增長特征加權(quán)的隨機(jī)森林,，并以一種穩(wěn)定的方式發(fā)現(xiàn)高階交互特征。

keras：實現(xiàn)了Keras的接口,，這是一種高級神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)API,，運行在TensorFlow之上

randomForestExplainer：提供一組工具來幫助解釋隨機(jī)森林中哪些變量最重要。

DALEX：提供各種解釋器，幫助理解機(jī)器學(xué)習(xí)模型中輸入變量與模型輸出之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系,。

forestControl：借助Konukoglu和Ganz所提供的方法,，在隨機(jī)森林的頻率選擇中控制假陽性率。

kmed：基于Park和Jun的方法,，實現(xiàn)了基于距離的k-medoids聚類算法,，并通過重新排序矩陣算法生成圖來驗證聚類族

lolR：維度超過樣本大小的情況，實現(xiàn)了最佳低秩投影算法

projpred：提供了廣義線性模型進(jìn)行投影預(yù)測特征選擇的方法

RGF：

apcluster :聚類

clusterSim:聚類

clustMixType:聚類

evclust:聚類

trimcluster:聚類

apcluster:聚類

時間序列

NlinTS：非線性時間序列分析

ftsa：功能時間序列函數(shù)

ctmm：連續(xù)時間移動模型

segMGarch：通過高緯度數(shù)據(jù)實現(xiàn)了一個分割為多個變點的檢測算法,，研究數(shù)據(jù)集或其子集的時間序列變點,。

tsxtreme：基于貝葉斯方法的時間序列分析。根據(jù)時間序列的極值依賴結(jié)構(gòu)的特性,，避免預(yù)處理和篩選高峰/閾值的方法,。

NTS：非線性實踐序列分析。

beyondWhittle：非參數(shù)/半?yún)?shù)的單變量/多變量時間序列的貝葉斯分析

mets：多元事件時間序列分析

ctsem：連續(xù)實踐結(jié)構(gòu)方程建模

ordinalCont：連續(xù)尺度的順序回歸分析

hpiR: 提供計算房價指數(shù)和序列的功能,，并基于準(zhǔn)確性,、波動性和修正統(tǒng)計來評估指數(shù)的好壞.

STMotif: 提供函數(shù)來識別空間-時間序列中的基序(先前識別的子序列).

trawl : 提供模擬和估計Veraart(2018)中描述的整數(shù)值拖網(wǎng)過程的函數(shù)，以及模擬來自二元負(fù)二項和二元對數(shù)分布的隨機(jī)向量.

sweep：提供tidyverse作為時間序列預(yù)測工具,。

timetk：針對時間序列問題,，提供了一系列工具套件。

lubridate:輕量級時間序列操作包,，包含大量時間序列處理函數(shù)

segclust2d：二元時間序列的分割,、聯(lián)合分割、聚類

tstools：繪制官方統(tǒng)計時間序列

綜合學(xué)科

worrms：世界海洋物種登記（WoRMS）客戶端

qgraph：心理學(xué)數(shù)據(jù)可視化方法工具

raster：地理數(shù)據(jù)分析與建模

phreeqc：地球化學(xué)建模軟件的R接口

nhdR：國家水文數(shù)據(jù)集的工具

metScanR：環(huán)境數(shù)據(jù)分析工具

ropenaq：從OpenAQ上下載空氣質(zhì)量數(shù)據(jù)

KnowBR：物種多樣性數(shù)據(jù)庫研究

stacomiR：魚類遷徙檢測

landscapemetrics：分類地圖

psychotools：心理測定模型基礎(chǔ)架構(gòu)

forestChange：基于全球森林變化（森林區(qū)和森林破碎化）計算的生物多樣性變量的指標(biāo),。

rvacon：基于貝葉斯方法的年齡-深度模型,。使用放射性C衰變&歷史

AeRobiology：大氣生物學(xué)數(shù)值計算工具。

capm：人口動力學(xué)建模

asnipe：動物社會網(wǎng)絡(luò)分析,。對社會網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)進(jìn)行多元回歸分析,。

gasfluxes：溫室氣體流量測定

openair：空氣污染分析工具，數(shù)據(jù)為小時序列,。包含的功能也可用于氣象和交通分析,。

meteoForecast:數(shù)值氣象預(yù)報

fdq：森林?jǐn)?shù)據(jù)。

essurvey：歐洲社會調(diào)查（European Social Survey）下載所需數(shù)據(jù)

fishmethods：漁業(yè)學(xué)科建模和方法