• 通過實(shí)驗(yàn)獲得的數(shù)十至數(shù)千個(gè)基因組的功能分析工具

• http://david.abcc./

• 從附著于個(gè)體基因的注釋信息（GO術(shù)語）可視化基因列表中包含的生物學(xué)功能,，實(shí)現(xiàn)直觀分析。

微陣列數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備

• 作為樣本數(shù)據(jù),，使用【實(shí)踐2】中分析的基因表達(dá)數(shù)據(jù),。該數(shù)據(jù)是通過指定多重比較方法（Benjamini＆Hochberg）的顯著性水平小于1％且表達(dá)差異超過兩倍的基因組的列表。

  →“健康人> AH患者_(dá)基因列表” GEO2R_Ctrl.txt

  →“AH患者>健康人_基因列表” GEO2R_AH.Txt

  （右鍵單擊并“在新選項(xiàng)卡中打開”或“將鏈接另存為”）

• 從這些數(shù)據(jù)中,，讓我們使用DAVID來檢查哪種功能基因組具有表達(dá)差異以及如何解釋它們,！

#####【實(shí)踐3】使用DAVID生物學(xué)解釋表達(dá)數(shù)據(jù)的分析結(jié)果

1. 單擊頂部菜單中的“開始分析”。

2. 在屏幕的左側(cè)欄中,，選擇“健康人> AH患者_(dá)基因列表”的探針I(yè)D的副本ID或文件,。

1. 選擇列表ID的類型。...這次,，選擇“AFFYMETRIX_3PRIME_IVT_ID”和“基因列表”,。

2. 單擊“提交列表”以加載列表。

1. 在復(fù)制和粘貼的情況下,，上傳的列表在左側(cè)欄的“列表管理器”中保存為“List_1”,。對(duì)于文件選擇，文件名顯示為“GEO2R_Ctrl”,。您也可以刪除列表或更改文件名,。

1. 選擇背景類型類型。默認(rèn)情況下設(shè)置“Homo sapiens”,。...這次選擇“人類基因組U133加2陣列”,。

1. 背景已經(jīng)改變。單擊屏幕中央的“功能注釋工具”,。

1. 將顯示“功能注釋工具”頁面,。不僅可以查看“基因本體論”，還可以查看各種注釋信息的分析,。

2. 單擊“Gene Ontology”以使用Gene Ontology顯示詳細(xì)的分析菜單,。

1. 這次，我們關(guān)注GOTERM_BP_ALL（BP =生物過程）,。單擊“圖表”以彈出結(jié)果,。

   

2. 顯示GOTERM_BP_ALL的圖表。您可以通過單擊列標(biāo)題按每個(gè)項(xiàng)目進(jìn)行排序,。您可以通過單擊“下載文件”以文本方式查看結(jié)果,。

1. 顯示分析結(jié)果。也可以將其保存為文本文件。

1. 單擊圖表屏幕上的Genes條形圖以顯示與該GOTerm相關(guān)的基因列表,。......讓我們來看看這次“酒精代謝過程”的基因列表,。

1. 顯示了與“酒精代謝過程”的GOTerm相關(guān)的基因列表。您可以查看上載的探針I(yè)D以及與該探針對(duì)應(yīng)的基因名稱,。

1. 另外,，查看GOTERM_CC_ALL（CC =功能組件）和GOTERM_MF_ALL（MF =分子功能）。 　

• 結(jié)果：GOTERM_CC_ALL

• 結(jié)果：GOTERM_MF_ALL

1. 看看Pathways> KEGG_PATHWAY和Tissue Expression> UP_TISSUE,。

2. 同樣,，讓我們分析“AH患者>健康人_基因列表”。

• 結(jié)果：GOTERM_BP_ALL 

• 結(jié)果：GOTERM_CC_ALL 

• 結(jié)果：GOTERM_MF_ALL 

• 根據(jù)DAVID獲得的結(jié)果,，讓我們考慮一下健康人和酒精性肝炎患者的肝臟之間存在什么樣的差異,。