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ArrayExpressArchive of Functional Genomics Data stores data from high-throughput functionalgenomics experiments, and provides these data for reuse to the researchcommunity.

ArrayExpress與Geo數(shù)據(jù)庫(kù)類似,，里面都存儲(chǔ)這大量芯片表達(dá)數(shù)據(jù)，對(duì)于數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘的學(xué)員來(lái)說(shuō),，ArrayExpress是一個(gè)不可或缺的數(shù)據(jù)庫(kù),。生信自學(xué)網(wǎng)應(yīng)學(xué)員的要求，錄制了ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘的視頻,。視頻主要從以下幾個(gè)方面錄制講解ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)的挖掘,，首先，我們會(huì)講解如何從ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)下載數(shù)據(jù),，大家通過(guò)網(wǎng)頁(yè)和R包下載ArrayExpress數(shù)據(jù),。

接下來(lái)，生信自學(xué)網(wǎng)針對(duì)三種不同的數(shù)據(jù),，采用三種不同的方法進(jìn)行分析,。A,，對(duì)于下載數(shù)據(jù)已經(jīng)包含探針矩陣的，我們利用平臺(tái)文件將探針矩陣轉(zhuǎn)換為基因矩陣,。B,，對(duì)于下載的數(shù)據(jù)是單個(gè)的表達(dá)文件，我們先將單個(gè)表達(dá)文件合并成探針矩陣,，然后在轉(zhuǎn)換為基因矩陣,。C，對(duì)于下載的數(shù)據(jù)是原始數(shù)據(jù)的,，我們首先用R包將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為探針矩陣,，然后在轉(zhuǎn)換為基因矩陣。

通過(guò)以上幾種方法得到了基因矩陣以后,，我們對(duì)樣品進(jìn)行分組,，將正常樣品放前面，腫瘤樣品放后面,，然后做差異分析,。得到差異基因以后，我們就可以做功能和通路分析,，這些都是常見(jiàn)的分析了,。

下面我們看看課程的主要步驟和常見(jiàn)的圖形：