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最近,，小編在PUBMED上面發(fā)現(xiàn)一篇文章,，就迫不及待的分享給小伙伴們~

文章的題目也分享給小伙伴們~

下圖是這篇文章介紹TISIDB網(wǎng)站時(shí)候的配圖，話(huà)說(shuō)TISIDB整合了五大數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)資源,，對(duì)每個(gè)基因進(jìn)行十種分析與注釋?zhuān)瑝虮聘窳税桑?/span>

下面,，開(kāi)始我們今天愉快的體驗(yàn)~

進(jìn)入官網(wǎng)：http://cis./TISIDB/。主頁(yè)如下圖所示，該網(wǎng)站只需要我們?cè)谟蚁陆撬阉骺騼?nèi)輸入研究基因,，本帖以CD47為例,，點(diǎn)擊提交。

跳轉(zhuǎn)界面后,，點(diǎn)擊CD47基因名,。

接下來(lái)就進(jìn)入網(wǎng)站的分析界面了

第一個(gè)菜單是基因功能注釋，包括三個(gè)方面：

> Subcellular Location, Domain and Function(亞細(xì)胞定位,、結(jié)構(gòu)域和功能)

> Gene Ontology(GO)

> KEGG and Reactome Pathway（KEGG）

頁(yè)面下拉即可查看~

第二個(gè)菜單是文獻(xiàn)：

可以看到紅色方框里面的五大數(shù)據(jù)庫(kù),，下拉頁(yè)面是該網(wǎng)站引用的來(lái)自數(shù)據(jù)庫(kù)中的證據(jù)。

第三個(gè)菜單：CD47的高通量篩選數(shù)據(jù)集,。

第四個(gè)菜單：免疫治療,。

下拉頁(yè)面，第一個(gè)圖是各種數(shù)據(jù)集中免疫治療應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間CD47的表達(dá)差異,。

第二個(gè)圖是各種數(shù)據(jù)集中免疫治療應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間CD47的突變差異,。

第五個(gè)菜單：淋巴細(xì)胞

人類(lèi)癌癥中CD47表達(dá)與免疫抑制劑之間的Spearman相關(guān)性。下拉箭頭所指,，可以看拷貝變異數(shù),、甲基化、突變情況與免疫抑制劑之間的Spearman相關(guān)性,。

其中X軸是腫瘤類(lèi)型,，Y軸是各種淋巴細(xì)胞。

下面我們以胰腺癌為例,，X軸選胰腺癌,，Y軸選Act_CD4，點(diǎn)擊Plot,，則可看到胰腺癌中CD47與Act_CD4的相關(guān)性分析,，如下圖右下所示。

第六個(gè)菜單：免疫調(diào)節(jié)劑,。包括：免疫增強(qiáng)劑,、免疫抑制劑、MHC分子

分別查看胰腺癌中免疫調(diào)節(jié)劑與CD47表達(dá)的相關(guān)性,。

第七個(gè)菜單：趨化因子,。包括趨化因子和受體

分別查看胰腺癌中趨化因子和受體與CD47表達(dá)的相關(guān)性。

第八個(gè)菜單：亞型,。包括免疫亞型和分子亞型

第一幅圖中左圖是人類(lèi)癌癥中免疫亞型中CD47表達(dá)的分布,。右圖是在胰腺癌中不同免疫亞型中CD47的表達(dá)情況。

第二幅圖中左圖是人類(lèi)癌癥中分子亞型中CD47表達(dá)的分布,。右圖是在胰腺癌中不同分子亞型中CD47的表達(dá)情況,。

第九個(gè)菜單：臨床,。包括OS分析，腫瘤分期,、分級(jí)

第一幅圖左側(cè)是CD47表達(dá)的各種腫瘤中的生存時(shí)間的分布,，右側(cè)是是胰腺癌中CD47表達(dá)差異的OS生存曲線(xiàn)。

第二幅圖左圖是具有分期數(shù)據(jù)的各種腫瘤中CD47表達(dá)的分布,。右圖是胰腺癌分期與CD47表達(dá)的相關(guān)性分析,。

第三幅圖左圖是具有分級(jí)數(shù)據(jù)的各種腫瘤中CD47表達(dá)的分布。右圖是胰腺癌分級(jí)與CD47表達(dá)的相關(guān)性分析,。

第十個(gè)菜單：藥靶

CD47基因在該網(wǎng)站上無(wú)用藥情況,。我們不妨換個(gè)基因看看，比如MYC基因,。

結(jié)果如下，可以看到以MYC為靶點(diǎn)的藥物是圖中以黑色方框來(lái)表示,，綠色方框則是該藥物的其他靶點(diǎn),。

最后總結(jié)一下TISIDB網(wǎng)站的優(yōu)勢(shì)，數(shù)據(jù)來(lái)源于五大數(shù)據(jù)庫(kù),，可進(jìn)行十項(xiàng)分析,，為用戶(hù)提供了一個(gè)友好的界面，可以瀏覽,，搜索和下載數(shù)據(jù),。TISIDB宣稱(chēng)數(shù)據(jù)來(lái)自2530種出版物的4176條記錄，這些出版物報(bào)告了988種與抗腫瘤免疫相關(guān)的基因,。其次,，它通過(guò)高通量篩選和基因組分析數(shù)據(jù)來(lái)鑒定與腫瘤細(xì)胞免疫細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)的基因。再者,，其預(yù)先計(jì)算了30種TCGA癌癥類(lèi)型的多個(gè)基因和免疫特征之間的關(guān)聯(lián),，例如淋巴細(xì)胞，免疫調(diào)節(jié)劑和趨化因子,。

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