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作者：麥子 轉(zhuǎn)載請注明：解螺旋·臨床醫(yī)生科研成長平臺 當(dāng)我們資源不足時,，自然會想要找一些省錢的辦法來發(fā)文章，窮則思變嘛,。生信是個好辦法,，可是有些醫(yī)生朋友還是覺得不太熟悉，別說后邊的分析方法了,，就連最開始找數(shù)據(jù)都不好找,。研究腫瘤的比較有福，腫瘤的數(shù)據(jù)最豐富了,，像大名鼎鼎的TCGA,、Ocomine等?？裳芯科渌膊〉脑趺崔k,，有沒有疾病特異性數(shù)據(jù)庫呢？ 資源上哪找 隨著研究成果的積累,，大大小小的數(shù)據(jù)庫們就冒了出來,，駐扎在互聯(lián)網(wǎng)的各個角落，現(xiàn)在已經(jīng)有了上千個,。 找數(shù)據(jù)比較權(quán)威的資源集中站，是牛津大學(xué)出版社的Nucleic Acids Research（NAR）雜志,。從1994年開始,，NAR每年都要出版分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫特輯（database issue），收錄新增的數(shù)據(jù)庫,、盤點(diǎn)舊數(shù)據(jù)庫的更新狀況,、移除失效鏈接等，做個總結(jié),。目前最新版是第24版,，即2017版,。 而所有收錄的數(shù)據(jù)庫可以在NAR的網(wǎng)站上找到，下面是一個按字母排序的列表： https://www./nar/database/a/ 不過找起來更方便的可能是按功能分類查找： https://www./nar/database/c/ NAR把數(shù)據(jù)庫分為15個類別（有些數(shù)據(jù)庫會同時被分到好幾個類別）： 有些分類下邊還有子類別,，可以跟據(jù)自己的目的逐級點(diǎn)開,，找到相應(yīng)的資源。比如想找個特定的疾病,，就點(diǎn)開Human Genes and Diseases,，下邊還有4個子分類，其中癌癥基因數(shù)據(jù)庫是單獨(dú)一個子類（Cancer gene databases）,，其他的疾病可以點(diǎn)開Gene-, system- or disease-specific databases,，就可看到具體數(shù)據(jù)庫列表。 這當(dāng)然只是一部分啦~ 圖中可看到注意力缺陷多動障礙（ADHDgene）,，自身免疫性淋巴細(xì)胞增生綜合征（ALPSbase）,，阿茲海默病（AlzGene）等等,。 點(diǎn)進(jìn)去會有數(shù)據(jù)庫的描述說明,，或詳或略。并附有數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站鏈接,，點(diǎn)進(jìn)去就是了,。 注意數(shù)據(jù)庫的質(zhì)量 數(shù)據(jù)庫這么多，也有大小之分,，當(dāng)然不是隨便一個數(shù)據(jù)庫拿來就用,，用了就能得到非常牢靠的研究成果。 一個成功的數(shù)據(jù)庫背后,，要有良好的管理維護(hù)工作,。大數(shù)據(jù)庫為什么著名、好用,，是因?yàn)橛幸粋€大集團(tuán)在運(yùn)營,。比較著名的機(jī)構(gòu)有美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）、歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室-歐洲生物信息學(xué)研究所（EMBL-EBI）,、瑞士生物信息學(xué)研究所（SIB）,、日本國立遺傳學(xué)研究所（NIG）、華大基因（BGI）等,。 而一些小團(tuán)隊(duì)為自己特定的研究領(lǐng)域創(chuàng)建的數(shù)據(jù)庫,，質(zhì)量就參差不齊了，上邊提到的疾病特異性數(shù)據(jù)庫大多屬于此類,。 雖然小團(tuán)隊(duì)不容易跟大佬競爭,，而且有時候同一個領(lǐng)域會有好幾個相似的數(shù)據(jù)庫，NAR也不介意都收錄,，只要它們符合一定質(zhì)量條件,，且還在運(yùn)營,、維護(hù)、為研究者提供服,。因?yàn)镹AR鼓勵良性競爭,，讓那些數(shù)據(jù)庫經(jīng)歷時間的考驗(yàn)證明自己。像研究G蛋白耦聯(lián)受體的GPCRdb和研究碳水化合物活性酶的CAZy就是小團(tuán)隊(duì)的成功范例,。 對于用戶來說,，采用一個數(shù)據(jù)庫做研究之前要多留心，要了解好它的數(shù)據(jù)來源和運(yùn)營維護(hù)情況,，是否有及時回應(yīng)用戶的反饋,，是否有版本控制；還要多檢索文獻(xiàn),，看看這個數(shù)據(jù)庫的使用情況,，大家利用它做出了哪些成果，反饋如何等等,。必要時可多找?guī)讉€相關(guān)的數(shù)據(jù)庫互相佐證,。 參考資料： 1. 生物信息學(xué)：基礎(chǔ)及應(yīng)用. 清華大學(xué)出版社. 2014. 2. https://academic./nar 3. The 24th annual Nucleic Acids Research database issue: a look back and upcoming changes |
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