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行業(yè)盤點(diǎn) | 2018年腫瘤檢測大事盤點(diǎn)

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-01-30

近日,,臻和科技再傳捷報(bào),醫(yī)學(xué)團(tuán)隊(duì)在《腫瘤綜合治療電子雜志》發(fā)表了題為“2018年腫瘤基因檢測大事盤點(diǎn)”的綜述?,F(xiàn)轉(zhuǎn)載全文,,以饗讀者。



二代測序(next-generation sequencing,, NGS)技術(shù)是近年來發(fā)展最為迅速的基因檢測的技術(shù)方法,,在精準(zhǔn)診療的醫(yī)學(xué)模式下具有廣闊的應(yīng)用前景。


一方面靶向治療新靶點(diǎn)的突破性進(jìn)展和耐藥機(jī)制的闡明,,讓 NGS 的臨床應(yīng)用成為趨勢,,另一方面基于血液中循環(huán)腫瘤 DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)的基因檢測技術(shù)逐漸得到認(rèn)可,,讓動態(tài)的基因監(jiān)測成為可能,。


同時(shí),在免疫治療備受矚目的今天,,基因檢測相關(guān)的分子標(biāo)志物也有著重要的臨床價(jià)值,。


本文將分類盤點(diǎn)近期在主要國際國內(nèi)腫瘤會議和頂級臨床期刊上公布和發(fā)表的重要臨床研究,以便讀者快速全面了解基因檢測的最新進(jìn)展和未來趨勢,。


靶向治療


1.1

EGFR/HER2的20號外顯子插入


內(nèi)皮生長因子受體(endothelial growth factor receptor,,EGFR)/人類表皮生長因子受體2(human epidermal growth factor receptor-2,HER-2)的20號外顯子突變患者的緩解較差,,屬于難治性肺癌患者,,其中部分患者應(yīng)用一代、二代,、三代EGFR-酪氨酸激酶抑制劑(tyrosine kinase inhibitors,,TKI)均無效。


Poziotinib的出現(xiàn)彌補(bǔ)了這一不足,,顯示出良好的抗腫瘤活性,,相關(guān)研究在2018年的世界肺癌大會(World Conference on Lung Cancer,,WCLC)中做了報(bào)告。該研究分為2個(gè)隊(duì)列,,隊(duì)列1為EGFR Exon20突變NSCLC患者50例,,隊(duì)列2為HER-2Exon20突變患者30例。


結(jié)果表明,,Poziotinib對EGFR/HER2 Exon20突變的非小細(xì)胞肺癌(non-smallcell lung cancer,,NSCLC)患者具有良好的抗腫瘤活性,EGFR Exon20突變患者的客觀緩解率(objective response rate,,ORR)為43%,,HER-2患者隊(duì)列中半數(shù)(6/12)患者實(shí)現(xiàn)明顯的緩解,4例患者疾病穩(wěn)定[1],。


針對EGFR/HER-2 Exon20患者進(jìn)行的多中心研究正在進(jìn)行,,包括一線治療隊(duì)列和泛癌種籃子試驗(yàn)。除此之外,,針對HER-2突變患者的新型靶向藥的研發(fā)和篩選靶向藥獲益人群的研究也獲得了一些進(jìn)展,。



1.2

NTRK基因融合


NTRK基因融合是一種驅(qū)動突變。NTRK基因包含NTRK1,、NTRK2,、NTRK3,分別表達(dá)TRKA,、TRKB,、TRKC蛋白。


NTRK基因融合在罕見腫瘤中的出現(xiàn)頻率較高,,如分泌性乳腺癌,、乳腺癌類似物分泌性癌、細(xì)胞或混合先天性中胚層腎瘤和嬰幼兒纖維肉瘤中的頻率可能超過90%,,在肺癌,、腸癌、胰腺癌,、乳腺癌,、黑色素瘤等常見腫瘤中的發(fā)生頻率通常小于1%[2]。


2018年11月27日,,美國食品和藥物管理局(Food and Drug Administration,,F(xiàn)DA)加速批準(zhǔn)了一款靶向藥物L(fēng)arotrectinib,用于NTRK融合的多個(gè)癌種的治療,。這是繼帕博利珠單抗之后的第2個(gè)不以癌種劃分而是以生物標(biāo)志物為指導(dǎo)的精準(zhǔn)治療藥物,。


在籃子試驗(yàn)中,ORR達(dá)到81%,,部分緩解(partial response,,PR)患者占63%,,完全緩解患者(complete response,CR)占17%,。


另一NTRK靶向藥物恩曲替尼的臨床研究也顯示出具有優(yōu)良的療效[3-8]。除此之外,,LOXO-195和TPX-0005等以NTRK為靶點(diǎn)的在研藥物也顯示出強(qiáng)大的治療潛力,。



1.3

RET基因融合或激活變異


2018年美國臨床腫瘤學(xué)會(American Society of Clinical Oncology,ASCO)大會報(bào)道了LIBRETTO-001Ⅰ期臨床試驗(yàn)的結(jié)果,,LOXO-292顯示出對RET基因融合NSCLC患者高效的抗腫瘤活性,,對腦轉(zhuǎn)移患者也有一定的療效。Ⅱ期臨床試驗(yàn)正在進(jìn)行中,,計(jì)劃入組RET融合的實(shí)體瘤患者,、甲狀腺髓樣癌和其他具有RET變異的腫瘤患者。


2018年WCLC大會上報(bào)道了該試驗(yàn)的更新數(shù)據(jù),,一共招募了38名患者,,大部分治療相關(guān)的不良事件為1級,ORR為68%,,26名患者實(shí)現(xiàn)CR,,8名患者疾病穩(wěn)定,2名患者疾病進(jìn)展,??蓽y量的4例腦轉(zhuǎn)移患者中,1名患者腦部病灶CR,,3名患者PR[9],。


1.4

三代EGFR-TKI耐藥機(jī)制探索


奧希替尼是目前中國已上市的唯一一個(gè)三代EGFR-TKI藥物,對一代,、二代EGFR-TKI耐藥的患者和出現(xiàn)腦轉(zhuǎn)移的患者有很好的療效,,但越來越多的中國患者已經(jīng)出現(xiàn)了針對奧希替尼耐藥的情況。耐藥患者何去何從是在肺癌臨床治療中急需解決的重要問題,。


研究表明,,奧希替尼耐藥機(jī)制是最直觀的優(yōu)化臨床治療的方式,而奧希替尼耐藥的主要原因可能有以下幾點(diǎn),。


(1)EGFR基因出現(xiàn)二次突變,,在奧希替尼耐藥的患者中EGFRG796/C797突變占24.7%,EGFRL792突變占10.8%,,EGFRL718/G719突變占9.7%,。其中在體內(nèi)或體外實(shí)驗(yàn)中均顯示,L792和L718基因突變會導(dǎo)致奧希替尼耐藥,。


(2)下游致癌基因如MET,、KRAS,、PIK3CA等基因可能在奧希替尼治療中出現(xiàn)獲得性突變從而導(dǎo)致患者耐藥[10]。奧希替尼耐藥患者基因組圖譜的分析顯示,,部分患者在耐藥后表現(xiàn)為T790M突變丟失,,部分患者保留T790M突變同時(shí)發(fā)生了新的突變,還有部分患者出現(xiàn)病理轉(zhuǎn)變,,從NSCLC轉(zhuǎn)化為小細(xì)胞肺癌[11],。由此可見,患者進(jìn)行定期的基因檢測,,監(jiān)控基因突變的時(shí)空變化,,對治療效果的實(shí)時(shí)監(jiān)控、優(yōu)化治療方案和延長生存時(shí)間非常必要,。


1.5

新一代ALK抑制劑的臨床應(yīng)用


間變性淋巴瘤激酶(anaplastic lymphoma kinase,,ALK)重排的NSCLC患者使用克唑替尼、阿來替尼,、布加替尼和色瑞替尼能夠取得良好的療效,。2018年出現(xiàn)了一個(gè)這4種靶向藥物耐藥患者可用的高效ALK/ROS1小分子激酶抑制劑——勞拉替尼。


2019年第2版美國國立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(National Comprehensive Cancer Network,,NCCN)NSCLC治療指南將勞拉替尼列為推薦用藥,,用于治療經(jīng)治后進(jìn)展的ALK重排和ROS1重排的晚期NSCLC患者。


勞拉替尼治療初治患者的ORR能夠到達(dá)90%,,顱內(nèi)緩解率達(dá)到60%,,對既往接受過ALK-TKI患者的ORR達(dá)到47%,顱內(nèi)緩解率為63%[12],,已被FDA加速批準(zhǔn)用于治療ALK陽性和既往經(jīng)過ALK-TKI治療耐藥的NSCLC患者,。



液體活檢


液體活檢是一種微創(chuàng)液體檢測的活檢技術(shù),極有可能改變癌癥患者輔助診療療效,,用于患者的個(gè)體化分子圖譜實(shí)時(shí)繪制的極為強(qiáng)大,、可靠的非侵入性臨床診斷工具。


液體活檢檢測包括但不限于循環(huán)腫瘤細(xì)胞(circulating tumor cell,,CTC),、循環(huán)腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA),、循環(huán)腫瘤RNA(circulating RNA,,ctRNA)、外泌體以及細(xì)胞外液體的某些物質(zhì),,如腦脊液,、胸腔積液和尿液[13]。


在過去的20年里,這些不同類型的液體活檢技術(shù)已經(jīng)成功地應(yīng)用于腫瘤學(xué)研究,,這與超靈敏檢測方法的發(fā)展密切相關(guān),。液體活檢因“無創(chuàng)、即時(shí),、前瞻,、靈敏”的優(yōu)勢備受矚目,在臨床和科研上均發(fā)揮著重要的作用,。


目前,,液體活檢ctDNA貫穿腫瘤精準(zhǔn)診療全程,包括早期篩查,、早期診斷、治療療效及預(yù)后預(yù)測,、療效監(jiān)測,、微小病灶殘留檢測、復(fù)發(fā)預(yù)測,、耐藥及耐藥機(jī)制探索,、腫瘤異質(zhì)性及進(jìn)化等[13-17]。


此外,,有文獻(xiàn)報(bào)道,,血液ctDNA檢測是對TNM分期的補(bǔ)充,因此推薦用改良版分期系統(tǒng),,即TNMB分期系統(tǒng),,在TNM分期系統(tǒng)中增加液體活檢信息“B”,針對“B”的初始分類定義未檢測到(B0)或檢測到(B1)ctDNA,,基于ctDNA檢測結(jié)果可獲取預(yù)后和治療信息[18],。隨著證據(jù)的不斷積累,該系統(tǒng)會進(jìn)一步進(jìn)行修訂,,以納入不同部位具有臨床意義的ctDNA量化界值,。


2.1

最大規(guī)模的 ctDNA 研究彰顯臨床應(yīng)用前景


美國Guardant Health公司發(fā)布了史上最大規(guī)模的ctDNA檢測研究結(jié)果,Guardant 360平臺檢測了15191例患者的17628份血漿標(biāo)本和398位患者的組織標(biāo)本,,結(jié)果表明,,在83%患者的血液中能夠檢測到ctDNA,血檢腫瘤DNA的敏感度分別能達(dá)到86%(肺癌),,83%(乳腺癌),,85%(結(jié)直腸癌)及78%(其他類型腫瘤)[19]。


研究者對比了398例腫瘤組織和血漿ctDNA匹配的基因檢測結(jié)果,,血檢結(jié)果對腫瘤的診斷準(zhǔn)確率可高達(dá)87%(336/386),,若血液檢查和組織活檢相差時(shí)間不超過6個(gè)月,其結(jié)果一致性可高達(dá)98%。


在那些有動態(tài)血液監(jiān)測的患者中,,可檢測到耐藥突變(比如肺癌患者的EGFRT790M突變),,而組織活檢由于在接受治療前進(jìn)行檢測,通常無法檢測到耐藥突變,。



2.2

液體活檢技術(shù)重復(fù)性與穩(wěn)定性的爭議


2017年12月28日發(fā)表于JAMA Oncology的一篇文章報(bào)道,,Guardant Health與Personal Genome Diagnostics兩家公司給同一批晚期前列腺癌患者做了液體活檢,結(jié)果竟然大不相同,,引發(fā)了對于液體活檢技術(shù)重復(fù)性與穩(wěn)定性的爭議[20],。


該文分析,檢測結(jié)果不一致的可能因素有:①患者:數(shù)量少,、低腫瘤負(fù)荷的隊(duì)列,;②Panel:非癌種針對性,特異性不高,;③前列腺癌并非是液體活檢應(yīng)用的最佳癌種——不同瘤種間ctDNA突變檢測陽性率的比較可知,,前列腺癌幾乎是所有實(shí)體瘤中(腦瘤以外)陽性率最低的癌種之一;④腫瘤負(fù)荷低,,液體活檢依賴于血漿cfDNA的濃度,,與腫瘤負(fù)荷密切相關(guān)。低腫瘤負(fù)荷的隊(duì)列,,可能造成檢出率過低,;⑤檢測平臺差異性:實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)、突變閾值或過濾機(jī)制不同,。


而就在此幾個(gè)月前,,JAMAOncology發(fā)表了一篇文章,9名不同的實(shí)體瘤患者在2個(gè)不同平臺進(jìn)行了組織與血液的NGS檢測,,血和組織的采樣時(shí)間不同,,結(jié)果顯示:所有檢出突變中僅有22%的突變在2個(gè)檢測平臺的結(jié)果是吻合的。與預(yù)期相符的是絕大部分不吻合的突變存在于突變豐度低于1%的血檢突變位點(diǎn)上,,而這部分突變位點(diǎn)可能更多地反映了存在異質(zhì)性的腫瘤亞克隆[21],。


總之,需要辯證看待液體活檢,。NGS液體活檢想要大規(guī)模用于臨床,,不僅需要更加全面深入的驗(yàn)證,標(biāo)準(zhǔn)化檢測體系的搭建,,基于已建立標(biāo)準(zhǔn)的檢測流程的多中心,、大樣本的有效性研究,還需加強(qiáng)對檢測公司的監(jiān)管力度,,統(tǒng)一規(guī)范,。


2.3

CAP 與 ASCO聯(lián)合發(fā)布ctDNA檢測指導(dǎo)意見


美國病理學(xué)家協(xié)會(College of American Pathologists,,CAP)及ASCO專家組從2007~2017年發(fā)表的實(shí)體瘤 ctDNA 序列和拷貝數(shù)變異相關(guān)的1338篇文獻(xiàn)中篩選分析了390 篇文獻(xiàn),最后選擇了77篇進(jìn)行匯總分析,,認(rèn)為目前血漿 ctDNA 在某些腫瘤類型的臨床有效性和實(shí)用性有較好的證據(jù)支持,,但在絕大多數(shù)晚期腫瘤中廣泛臨床應(yīng)用的有效性和實(shí)用性有待更進(jìn)一步證實(shí) [22]。


對于ctDNA臨床有效性的評估結(jié)果顯示,,基于PCR方法的檢測具有很高的特異性,,但敏感性還有待提高,ctDNA檢測的陽性結(jié)果可以有效指導(dǎo)治療,,陰性結(jié)果還需要通過組織檢測進(jìn)行驗(yàn)證,。


除肺癌 EGFR 突變及結(jié)直腸癌 KRAS 突變,尚沒有足夠證據(jù)顯示 ctDNA在其他變異類型或其他癌種中具有臨床有效性,。


目前,,組織標(biāo)本仍是臨床上進(jìn)行腫瘤基因檢測的首選,但組織標(biāo)本取材困難,、處理復(fù)雜以及標(biāo)本異質(zhì)性等不足之處對臨床實(shí)際應(yīng)用產(chǎn)生了一定的局限性,,就此而言,液體活檢,,尤其是 ctDNA 檢測,是突破這些局限的優(yōu)選替代方法,。


雖然現(xiàn)有的臨床證據(jù)尚不足以完全支撐 ctDNA 在臨床上的有效性及應(yīng)用性,,但已有證據(jù)證實(shí),采用法規(guī)嚴(yán)格驗(yàn)證的ctDNA 檢測結(jié)果可指導(dǎo)靶向治療,。這就要求我們在臨床使用中需要使用合規(guī)的,、具有明確臨床有效性證據(jù)的 ctDNA 檢測方法。


2.4

ctDNA 臨床有效性的前瞻性證據(jù)


2018年10月11日,,JAMA Oncology上發(fā)表的文章探討了在真實(shí)世界的臨床實(shí)踐中,,血漿NGS檢測是否可改進(jìn)突變檢測和提高個(gè)體化治療水平[23]。


研究表明,,在Ⅳ期NSCLC的常規(guī)診療中,,結(jié)合血漿NGS檢測可明顯提高目標(biāo)突變的檢出數(shù)量,并可改善以此為指導(dǎo)的治療,。這項(xiàng)前瞻性隊(duì)列研究中入選了323例轉(zhuǎn)移性NSCLC的患者,,他們按照常規(guī)臨床診療接受了血漿檢測。應(yīng)用73-gene商業(yè)平臺進(jìn)行血漿NGS檢測,。


在這323名NSCLC患者(女性占60.1%,,中位年齡65歲)中,共計(jì)檢出了113個(gè)(35.0%)治療性目標(biāo)突變(allele fraction,,AF),,包括EGFR、ALK、MET,、BRCA1,、ROS1、RET,、ERBB2或BRAF,。


有94名(29.1%)患者因?yàn)橹髦吾t(yī)師決策或患者偏好而僅進(jìn)行了血漿檢測,其中31名(33.0%)患者檢測出治療性的AF,,因此不再需要進(jìn)行有創(chuàng)性的活檢,。


在其余229名同時(shí)進(jìn)行血漿和組織NGS檢測或者無法進(jìn)行組織NGS檢測的患者中,有47名(20.5%)患者僅在組織中檢出AF,,而結(jié)合血漿檢測后增加至82名(35.8%),。


在根據(jù)血漿結(jié)果而接受靶向治療的42名患者中,有36名(85.7%)達(dá)到PR/CR或者病情穩(wěn)定,。血漿檢測得到的AF與按照實(shí)體瘤療效評價(jià)標(biāo)準(zhǔn)得出的緩解情況無相關(guān)性(r=-0.121,,P=0.45)。


2.5

ctDNA液體活檢寫進(jìn)NCCN指南


2015年NSCLC血液EGFR基因突變檢測中國專家共識和2016國際肺癌研究協(xié)會EGFR突變型晚期NSCLC管理共識均推薦,,TKI耐藥患者,,組織活檢先行、血液檢測補(bǔ)充,。


2017年NCCN NSCLC指南(V6版)再次強(qiáng)調(diào):TKI耐藥患者應(yīng)組織活檢先行,、血液檢測補(bǔ)充。


2017年CSCO原發(fā)性肺癌臨床診療指南也推薦先行組織檢測,。


而在2019年NCCN NSCLC指南(V1版)中,,考慮到血檢的敏感性和方便性,建議先進(jìn)行血液基因檢測,,在血檢陰性的情況下再推薦進(jìn)行組織基因檢測,。


此外,該指南中還提到了若沒有組織標(biāo)本可以使用液體活檢代替,,組織檢測陰性再使用液體活檢,。這證實(shí)了血檢的價(jià)值,同時(shí)也是血檢從被質(zhì)疑到被認(rèn)可的一個(gè)過程,。


免疫治療


隨著分子生物學(xué)和免疫學(xué)的發(fā)展,,免疫治療已成為惡性腫瘤一種新的治療方式。免疫療法的發(fā)展是癌癥治療的一個(gè)重要突破,,其抗腫瘤療效在多種癌種中都有體現(xiàn)[24],。


多種免疫檢查點(diǎn)抑制劑被批準(zhǔn)上市(圖1)。通過分子標(biāo)志物篩選獲益人群成為目前的主要臨床策略,,因此,,基因檢測相關(guān)的分子標(biāo)志物有著重要的臨床應(yīng)用價(jià)值,。


包括NCCN指南在內(nèi)的全球多部指南在2011年只推薦在肺癌進(jìn)行EGFR和ALK單基因檢測,到2016年,,擴(kuò)展了8個(gè)基因檢測,,到2017年加入了評估免疫治療療效的第一個(gè)分子標(biāo)志物(biomarker)——PD-L1,2018年V3版結(jié)腸癌的NCCN指南增加了錯(cuò)配修復(fù)功能缺陷(deficient mismatch repair,,dMMR)/高度微衛(wèi)星不穩(wěn)定(microsatellite instability-high,,MSI-H)的實(shí)體瘤患者可以使用Nivolumab+I(xiàn)pilimumab聯(lián)合方案。


2019年NCCNNSCLC指南(V1版)中新增了腫瘤突變負(fù)荷(tumor mutation burden,,TMB)可作為指導(dǎo)初次雙藥聯(lián)合(Nivolumab+伊匹木單抗)或單藥(Nivolumab)免疫治療NSCLC患者的獨(dú)立生物標(biāo)志物,,并需要更大的基因組合(panel)進(jìn)行檢測[25]。


隨著TMB被寫入NCCN指南,,大panel的應(yīng)用必將越來越廣泛,,與臨床的聯(lián)系也將越來越緊密。


本文主要詳細(xì)介紹免疫腫瘤(immune-oncology,,I-O)治療的biomarkers的最新進(jìn)展,,包括TMB、微衛(wèi)星不穩(wěn)定(micro satellite instability,,MSI),、免疫相關(guān)正負(fù)向基因、ctDNA以及其他重要的biomarkers,。



3.1

TMB


TMB指外顯子區(qū)域上平均1Mb堿基出現(xiàn)的體細(xì)胞突變(非同義突變)數(shù)量,。


2014年,通過分析接受過CTLA-4抗體治療癌癥患者的全外顯子測序(wholeexomesequencing,,WES)數(shù)據(jù),,研究人員研究了TMB與治療效果之間的關(guān)系,,這也是首次在免疫治療中評價(jià)TMB指標(biāo)[26],。


而真正將TMB作為免疫治療療效的biomarkers被大眾熟知,是CheckMate026回顧性分析研究[27],。


2017年,,F(xiàn)oundationMedicine公司發(fā)布了接受FoundationOne(F1)檢測的10萬例患者數(shù)據(jù)分析[28]。研究表明,,通過F1評估的TMB與WES準(zhǔn)確率一致,。


同年,約翰·霍普金斯大學(xué)的ElizabethMarionJaffee教授在分析了多個(gè)臨床研究數(shù)據(jù)之后提出,,TMB對27種腫瘤類型的免疫治療有顯著的預(yù)測作用,,TMB與ORR之間存在顯著相關(guān)性(P<0.001),相關(guān)系數(shù)為0.74,,這意味著在這27種腫瘤中,,55%的ORR差異可以用TMB來解釋,,凸顯了TMB與抗PD-1治療療效之間存在強(qiáng)相關(guān)性[29]。


CheckMate227研究表明,,在TMB≥10mut/Mb的晚期NSCLC患者中,,與鉑類雙聯(lián)化療相比,Nivolumab聯(lián)合Ipilimumab治療明顯延長了1年的無進(jìn)展生存率(42.6%∶13.2%),。


2018年美國癌癥研究協(xié)會年會報(bào)道的CheckMate568研究表明,,在接受Nivolumab聯(lián)合Ipilimumab治療的NSCLC患者,無論P(yáng)D-L1表達(dá)水平如何,,TMB≥10mut/Mb的患者中位無進(jìn)展生存期幾乎是TMB<10mut/Mb患者的3倍(7.1個(gè)月∶2.6個(gè)月)[30],。


正是基于這些研究結(jié)果,TMB預(yù)測免疫治療的療效被寫進(jìn)了2018年NCCNNSCLC指南,。


目前TMB檢測主要還是基于腫瘤組織,,對于無法取得組織的患者,能否使用血液檢測TMB用于免疫治療療效評估,,還是一個(gè)探索方向,。


2018年NatMed上報(bào)道的一篇研究證實(shí)了bTMB對免疫治療藥物療效預(yù)測的有效性[31]。


2018年ESMO大會報(bào)道的B-FIRST研究是一項(xiàng)將血液TMB作為預(yù)測Atezolizumab單藥一線治療NSCLC療效biomarker的前瞻性Ⅱ期研究[32],,提示TMB時(shí)代正式拉開序幕,,也讓實(shí)時(shí)動態(tài)監(jiān)測TMB成為可能。


盡管如此,,TMB的臨床應(yīng)用仍面臨一些問題,,如有些TMB-H的患者對免疫治療并沒有達(dá)到預(yù)期的療效,有些TMB低的患者使用免疫檢查點(diǎn)抑制劑(immunecheckpointinhibitors,,ICI)效果卻很好,。


這意味著,除TMB之外,,患者對免疫治療的響應(yīng)程度還與其他多種因素有關(guān),。


此外,將TMB與其他標(biāo)志物聯(lián)合使用可能會提升TMB的預(yù)測能力,,更多免疫治療生物標(biāo)志物的探索是臨床亟待解決的問題,。


3.2

MSI


MSI指由于在DNA復(fù)制時(shí)插入或缺失突變引起的短、重復(fù)DNA序列長度改變的現(xiàn)象,,常由錯(cuò)配修復(fù)(mismatch repair,,MMR)功能缺陷引起。


MMR是重要的DNA修復(fù)機(jī)制,,可識別和修復(fù)在DNA復(fù)制或重組過程中可能產(chǎn)生的堿基的錯(cuò)誤插入,、缺失和錯(cuò)配以及修復(fù)某些形式的DNA損傷的系統(tǒng)。


一個(gè)國際多中心,、開放性Ⅱ期研究CheckMate142評估了Nivolumab聯(lián)合Ipilimumab治療dMMR/MSI-H,、轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(metastatic colorectal cancer,,mCRC)患者,ORR為54.6%(45.2%~63.8%),,12周疾病控制率(diseasecontrolrate,,DCR)為80%(71.5%~86.6%)[33]。


基于此研究數(shù)據(jù),,2018年NCCN結(jié)腸癌指南(V3版)增加了dMMR/MSI-H的實(shí)體瘤患者可以使用Nivolumab+I(xiàn)pilimumab方案,。


MSI的狀態(tài)可以確定哪些患者可能受益于ICI,且適用于所有癌癥類型,。2018年發(fā)表在Cancer Med上的一篇文章,,通過NGS方法檢測了11348例患者的MSI狀態(tài)[34]。


其中,,2189例患者(共26個(gè)癌癥類型)進(jìn)行PCR片段分析MSI(MSI-PCR),,1986例患者進(jìn)行了MMR-免疫組化與MSI-NGS進(jìn)行比較。相比MSI-PCR分析,,MSI-NGS敏感性為95.8%,,特異性為99.4%,陽性預(yù)測值為94.5%,,陰性的預(yù)測值為99.2%,。


研究表明,對于MSI的狀態(tài)的評估,,NGS平臺比PCR敏感性更高,,準(zhǔn)確性更強(qiáng),且MSI-H狀態(tài)可以通過NGS跨癌癥類型確定,。


CheckMate026回顧性分析研究涉及10萬例病例,,研究闡述了TMB、PD-1/PD-L1抑制劑,、MSI以及遺傳物質(zhì)錯(cuò)誤修飾等關(guān)鍵問題[27],。


其中,TMB/MSI/MMR的相互關(guān)系可以理解為:MSI為TMB-H的子集,,MSI-H的患者中,,97%的患者TMB不小于10個(gè)突變/Mb,,83%的患者不小于20個(gè)突變/Mb,。


但是,只有16%的TMB-H的患者是MSI,?;谶@些研究結(jié)果,綜合評價(jià)這些biomarkers,,而不是單一指標(biāo)的分析,,可以篩選出更多的免疫治療優(yōu)勢人群,,排除掉更多的免疫治療劣勢人群。


3.3

免疫相關(guān)正負(fù)向基因


正向基因即與免疫治療療效正相關(guān)的基因,,反之,,負(fù)向基因是與免疫治療療效負(fù)相關(guān)的基因。


目前在文獻(xiàn)中提到的免疫治療相關(guān)的正向因子有: KRAS,、TP53,、POLD1、POLE,、PBRM1及DDR 相關(guān)基因等 ,;負(fù)向因子有EGFR、ALK,、STK11,、MDM2、MDM4,、JAK1及JAK2 等 [35-42](圖 2),。



NGS 檢測技術(shù)發(fā)展不僅可促進(jìn)靶向治療的發(fā)展,而且能夠更快速,、全面地評估免疫治療療效,。用正向基因篩選 PD-1/PD-L1 抑制劑的優(yōu)勢人群需要更進(jìn)一步的探索。用負(fù)向基因排除低效人群是一種新思路,。


3.4

ctDNA 對免疫治療的價(jià)值


2018年10月發(fā)表在Nat Rev Clin Oncol上的一篇綜述總結(jié)了ctDNA在免疫治療中的應(yīng)用價(jià)值,,主要包括以下幾個(gè)方面[43]:


①ctDNA可以檢測微小殘留灶(minimal residual disease,MRD),,可用于指導(dǎo)最適ICI診療,;


②ctDNA可以無創(chuàng)檢測錯(cuò)配修復(fù)缺陷和評估腫瘤突變負(fù)荷,這兩種是預(yù)測ICI反應(yīng)性的生物標(biāo)志物,;


③監(jiān)測接受ICI治療的轉(zhuǎn)移性癌癥患者的ctDNA水平,,可以在治療過程中盡早確定治療效果,避免長期無效治療,;


④在ctDNA中可以檢測到可能預(yù)測ICI耐藥性的突變,。目前,設(shè)計(jì)用于驗(yàn)證“接受Pembrolizumab治療的患者ctDNA水平降低”假設(shè)的第一個(gè)試驗(yàn)(NCT03145961)現(xiàn)已開始,。


該研究密切關(guān)注無病生存和總生存的數(shù)據(jù),,這種方法可能延遲(甚至預(yù)防)疾病復(fù)發(fā)。


另外,,研究發(fā)現(xiàn)ctDNA檢測后的某些基因突變與ICI的療效有關(guān),。其中,CTNNB1基因中的PTEN缺失和活化突變或功能喪失突變是黑色素瘤患者ICI耐藥的標(biāo)志,與腫瘤部位T細(xì)胞浸潤減少有關(guān)[44,45],。


Hugo等[46]在接受抗PD-1抗體的黑色素瘤患者中,,報(bào)道在對治療有反應(yīng)的患者中更常見到BRCA2突變。


在高級別漿液性卵巢癌患者中,,與BRCA-野生型腫瘤相比,,BRCA突變腫瘤具有較高的TMB和預(yù)測的腫瘤新抗原負(fù)荷(tumor neo-antigen burden,TNB),,上皮內(nèi)和腫瘤周圍免疫細(xì)胞表達(dá)PD-1和PD-L1水平也較高,,這表明對ICI的反應(yīng)性更好。


綜上所述,,開發(fā)ctDNA中同源重組缺陷的評估技術(shù),,評估參與同源重組缺陷的基因中的功能喪失突變對臨床有幫助。但是要全面論證ctDNA對臨床應(yīng)用的價(jià)值還需要更多的臨床研究,。


3.5

其他


2013年,,Daniel Chen和Ira Mellman將腫瘤免疫循環(huán)分為7個(gè)步驟,包括腫瘤抗原的釋放,、腫瘤抗原的呈遞,、T細(xì)胞的激活與分化、T細(xì)胞的遷移,、T細(xì)胞浸潤,、識別腫瘤細(xì)胞、殺死腫瘤細(xì)胞[47],,腫瘤免疫周期的每一步都需要協(xié)調(diào)多種因素,,包括刺激因素和抑制因素,使免疫系統(tǒng)的活化保持在正常范圍之內(nèi),。


目前,,關(guān)于ICI療效的biomarkers已經(jīng)有很多臨床數(shù)據(jù)積累。其中,,PD-L1,、TMB及dMMR/MSI-H已經(jīng)寫入NCCN指南。


除此之外,,如HLA-Ⅰ類分子,、TNB、免疫微環(huán)境及免疫分型等,,具有潛力的biomarkers的研究正在進(jìn)行中,。


怎樣篩選出使用PD-1/PD-L1抑制劑治療療效好的患者,排除掉療效不好的患者,,是免疫治療中的重要問題,。


目前ICI相關(guān)的臨床研究,,趨于多組學(xué),、多維評估的方式來預(yù)測免疫治療的臨床療效和預(yù)后,。


總結(jié)與展望


2018 年,腫瘤治療已經(jīng)進(jìn)入了精準(zhǔn)和綜合治療時(shí)代,,各種檢測手段輔助醫(yī)師診療分析為患者制定最優(yōu)的治療方案,,并實(shí)現(xiàn)動態(tài)監(jiān)控。隨著檢測技術(shù),、生物標(biāo)記物研究以及新型藥物研發(fā)等方面的推進(jìn),,真正實(shí)現(xiàn)患者的個(gè)性化診療指日可待。


附:綜述原文


臻和科技以二代測序技術(shù)和生物信息學(xué)為核心,,從事以無創(chuàng)為主的腫瘤個(gè)體化精準(zhǔn)診療和伴隨診斷,,致力于成為改善腫瘤患者生命治療的引領(lǐng)者,為腫瘤患者提供腫瘤相關(guān)的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn),,協(xié)助醫(yī)生建立個(gè)體化腫瘤精準(zhǔn)治療方案,。


目前,臻和科技被認(rèn)定為“國家高新技術(shù)企業(yè)”,,臻和實(shí)驗(yàn)室已獲得美國CAP認(rèn)證證書,,成為與國際接軌的一流的專注腫瘤分子標(biāo)志物檢測的中心實(shí)驗(yàn)室,提供達(dá)到國際標(biāo)準(zhǔn)的高質(zhì)量的檢測服務(wù),。同時(shí),,臻和以優(yōu)異的成績通過了多項(xiàng)包括歐盟分子基因診斷質(zhì)量聯(lián)盟(EMQN)、國家衛(wèi)生部臨床檢驗(yàn)中心(NCCL),、上海市臨床檢驗(yàn)中心等權(quán)威機(jī)構(gòu)發(fā)布的基因突變檢測的相關(guān)室間質(zhì)評,,擁有穩(wěn)定、卓越的質(zhì)控水平和檢測技術(shù),,且均已經(jīng)達(dá)到國際一流標(biāo)準(zhǔn),。

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