RNA-seq是什么,？
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RNA-seq是什么,？ RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）測序技術(shù),， 是用高通量測序技術(shù)對所有轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行序列分析，從而反映出它們表達(dá)水平的一種技術(shù),。 所謂轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或者細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下,轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,，主要包括mRNA及非編碼RNA（non-coding RNA，ncRNA）,。轉(zhuǎn)錄組研究是解讀基因功能,、結(jié)構(gòu)及疾病發(fā)生分子機(jī)理的重要基礎(chǔ)，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究和藥物研發(fā)等領(lǐng)域,。 Tips 近年來,，對于ncRNA的研究越來越多，這也大大提高了大家對RNA家族的認(rèn)識,。ncRNA即不編碼蛋白質(zhì)的RNA,，包括rRNA，tRNA,，snRNA,，snoRNA 和microRNA 等多種已知功能的RNA，還包括未知功能的RNA,。這些RNA的共同特點(diǎn)是都從基因組上轉(zhuǎn)錄而來,，但是不翻譯成蛋白質(zhì),，在RNA 水平上就能行使各自的生物學(xué)功能，如細(xì)胞內(nèi)信號傳導(dǎo)和基因表達(dá)調(diào)控等,。 RNA-seq的原理是什么,？ 通常，我們接觸較多的是DNA測序,，其實RNA-seq技術(shù)的基本原理與高通量DNA測序技術(shù)是一樣的,，只是測序前，需要把RNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA,，然后再進(jìn)行測序,，最后進(jìn)行序列比對，從而獲得來自不同基因的RNA片段在特定樣本中的含量,。其基本原理如下圖,。 RNA-seq的簡要流程圖 RNA-seq有什么特點(diǎn)呢？ 首先,，比較突出的一個特點(diǎn)就是RNA-seq可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄本,、融合基因和遺傳多態(tài)性，這些是芯片無法做到的,。RNA-seq無需預(yù)先設(shè)計特異性探針，因此,，無需了解物種基因信息,，能夠直接對任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析;而芯片是固定的探針集，只能檢出明確的已知目標(biāo),。 其次,，RNA-seq檢測的RNA豐度范圍會比較寬，相比芯片而言,，對高豐度和低豐度轉(zhuǎn)錄本的檢測可能會有更好的表現(xiàn),。但這需要在測序深度足夠深的情況下，才能達(dá)到預(yù)期,。然而深度又會直接影響測序成本,，因此，RNA-seq的這個優(yōu)勢能否很好的發(fā)揮,，還是需要思考的,。 最后，雖然RNA-seq能到得到很豐富的信息,，但數(shù)據(jù)的處理并不簡單,，對于非專業(yè)的人來說是更是比較困難的一件事。相比較來說,，芯片分析軟件相對成熟,，對于使用者來說，數(shù)據(jù)也更易解讀。 由此看來,，RNA-seq和芯片孰優(yōu)孰劣其實并不好評判,，任何技術(shù)的存在都是有一定道理的.根據(jù)實驗?zāi)康倪x擇合適的技術(shù)為我們所用，才能更好的達(dá)到研究目的吧,。 |
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