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ChemDraw繪制反應機理

 夢靈刈仙 2018-02-04

  作者:DZ CHU


在往期的教程中,,我們曾為大家介紹過ChemDraw繪制復雜分子結構的技巧,,也介紹過用其鋼筆工具繪制精美圖形的方法。但要知道,,ChemDraw的用途還遠不止這些,,那么今天就為大家?guī)砹诵乱黄诘腃hemDraw教程——繪制反應機理圖的方法介紹,這在有機化學領域是非常實用的~

下面將以一個簡單的酯化反應機理為例來介紹ChemDraw繪制反應機理圖的方法,。

1.繪制出反應物,、生成物及各中間體的結構,并畫出描述反應機理的箭頭,。
之前介紹過的分子結構繪制技巧就不再贅述,,這里介紹兩個在繪制機理圖時會用到的工具——Arrows工具和Chemical Symbols工具。
Arrows工具中包含各式各樣的箭頭,,可以用于表示反應歷程,、描述電子對或單電子的轉(zhuǎn)移方向等等,。
Chemical Symbols工具中包含各種化學標記,如電荷,、單電子,、電子對等等,這在中間體的結構繪制中是非常常用的,。尤其是下圖中圈出的“電子對+箭頭”圖標所代表的工具,,可以方便的畫出親核進攻的過程。
2.用直箭頭連接各結構,。
3.將各個分子排列整齊,。
這里介紹兩種對齊各分子的方法。
第一種,,手動對齊,,勾選“菜單 → View → Show Crosshair”(快捷鍵為Ctrl + H)以顯示出網(wǎng)格線,在網(wǎng)格線的參照下,,手動調(diào)整各分子位置以使其排列整齊,。
網(wǎng)格線效果如圖所示。
第二種,,自動對齊,,先將第一行的分子全部選中,然后“鼠標右擊 → Align → T/B center”,。
在水平線上對齊后,,如果要調(diào)整分子與箭頭之間的間距的話,則可以通過“右擊 → Distribute → Holizontally”來實現(xiàn),。
以上,,一個反應機理圖就繪制完成了。
除了這樣線性的機理圖以外,,催化循環(huán)也是非常常見的,。接下來再以Suzuki偶聯(lián)為例介紹一下催化循環(huán)的繪制方法。
1.用Arrows工具畫出一個箭頭,,并復制以得到所需數(shù)目的箭頭,。
(圖中箭頭實為重疊,這里為了能看清楚而做了拖動處理)
2.通過拖動箭頭的首尾來對箭頭進行調(diào)整,。
3.在每個箭頭之間的間隙畫上對應的化學結構式,。
4.添加外側所需的箭頭與化學結構式。
5.添加一些輔助性的顏色和說明文字,。
這樣,一個催化循環(huán)的機理圖也就繪制完成了~

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