ImageJ是一個基于java的公共的圖像處理軟件,，它是由National Institutes of Health開發(fā)的,?？蛇\(yùn)行于Microsoft Windows，Mac OS,，Mac OS X,，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多種平臺,。其基于java的特點,， 使得它編寫的程序能以applet等方式分發(fā)。

概括一下,，主要分為以下幾個方面：

A.圖像的區(qū)域和像素統(tǒng)計（大?。ｉL度,，角度,， 陽性點密度和數(shù)量

B.光密度或灰度，并制備密度直方圖和線性圖,。

C.兩種蛋白共定位的程度

D.卷積,，Sholl 分析，傅里葉分析

E.更多功能

界面分為：菜單欄,，工具欄和狀態(tài)欄,。

菜單欄：從左至右分別是：文件，編輯,，圖形,，處理，分析,，插件,，窗口，幫助,。

工具欄：從左至右分別是 4種區(qū)域選擇工具,，直線選擇工具，角度工具,，點工具,，魔棒，文字,，放大鏡,，拖手，顏色吸管,，動作宏,，菜單宏，繪圖工具等（顏色吸管以后的內(nèi)容可以變化），通過點擊最右邊的 >> 按鈕選擇需要的欄目,。

取消（Undo）：Edit →Undo,， 恢復(fù)到前一步，不過只能回退一步,，這點和photoshop操作是一樣的

恢復(fù)（Revert）：File →Revert,，恢復(fù)到上次保存后的狀態(tài)。 

裁剪（Crop）：Image →Crop. 方框選擇工具選好區(qū)域后進(jìn)行裁剪,。 

清除界外（Clear Outside）：Edit →Clear Outside.將選擇區(qū)域以外圖形清除,。相類似Edit→Clear是清除選擇區(qū)域內(nèi)部。

改變亮度對比度（Brightness and Contrast）：Image →Adjust →Brightness/Contrast,， 類似于photoshop里的操作,。可以是圖形的明暗對比更明顯或更模糊,。 （Process →Enhance Contrast.這個選項是自動改變對比度,，小心使用）

清除噪點：Process →Noise →Despeckle 或者Process →Filters →Median 此外，Process →Noise 選項里面還有添加噪點的選項,。 

旋轉(zhuǎn)：Image →Transform→Rotate 

轉(zhuǎn)化成灰度圖：Image →Type →8-bit （8位）,，或16-bit（16位）

閾值（Thresholding）：假設(shè)要計算組織或細(xì)胞HE染色圖片的細(xì)胞數(shù)量，可以根據(jù)細(xì)胞核的數(shù)目來確定,。操作為：Image →Type →8-bit,；Image →Adjust →Threshold；通過拖動標(biāo)桿來設(shè)置具體值,，最后選擇apply,。還可自動設(shè)置閾值：Process →Binary →Make Binary。

保存文件：存成Tiff的要比jpeg的畫質(zhì)損失要少(File →Save As →Tiff),。