老板最近讓小妹我做一個(gè)缺氧相關(guān)的課題,，研究一下和缺氧有關(guān)的lncRNA,，小妹我把293T細(xì)胞放在低氧環(huán)境中造成缺氧，加上正常的293T,，分別抽提了RNA,，找了一家公司做了下RNA-seq，然后他們就給了我一堆數(shù)據(jù),，就像這樣子,，光是看倍數(shù)變化以及P值,，依然有好幾百個(gè)啊,。

 萬(wàn)里挑一偶買(mǎi)噶，研究哪一個(gè),？

這種情況相信很多童鞋也遇到過(guò),，想再進(jìn)一步縮小目標(biāo)的話(huà)，最流行的方法莫過(guò)于GO,、KEGG功能分析了,，恰好小妹朋友里有一個(gè)女性朋友小A，她是相親狂魔,，至少相過(guò)50多個(gè)了,，每次不是因?yàn)楦鞣N不滿(mǎn)意拒絕了，小妹不知怎么一琢磨,，發(fā)現(xiàn)這相親過(guò)程和GO,、KEGG注釋有幾分相似之處，給你開(kāi)開(kāi)腦洞,。

首先還是來(lái)再了解一下GO,、KEGG功能注釋是什么鬼？怎么就和相親扯上邊了,。

（一）給每個(gè)分子貼上標(biāo)簽,，便于檢索

相親的時(shí)候，小A比較感興趣的是他有幾套房,、幾部車(chē),、父母是否健康、癖好,、年收入等,，而職場(chǎng)上HR想要挖掘人才的時(shí)候，都會(huì)想了解那些信息呢,？最基本就是他(她)的姓名,、住哪里、什么專(zhuān)業(yè),、211 or 985,、戶(hù)口,、婚姻狀況、任職經(jīng)歷,、業(yè)務(wù)能力等,，研究的領(lǐng)域不一樣，關(guān)心的分子屬性也會(huì)不同,。

同樣的,，這么多l(xiāng)ncRNA不可能全部研究，只能萬(wàn)里挑一,，結(jié)合你所擅長(zhǎng)的領(lǐng)域或者方向去挑選幾個(gè)lncRNA研究下去,。

(1) GO給每個(gè)分子貼上標(biāo)簽，幫助我們快速尋找到目標(biāo)分子

GO中最基本的概念是“標(biāo)簽(term)”,。GO是用一套統(tǒng)一的詞匯表來(lái)描述生物學(xué)中的分子功能,、生物過(guò)程和細(xì)胞成分。

其思想大概過(guò)程：對(duì)于一個(gè)基因產(chǎn)品（蛋白質(zhì)或RNA）,，用某些詞匯來(lái)描述它是干什么的或位于細(xì)胞哪里,、或者參與了哪個(gè)生物過(guò)程，而這些詞匯就是來(lái)自GO的“標(biāo)簽”,。比如'cell', 'fibroblast growth factor receptorbinding',，或者'signal transduction'。

這些標(biāo)簽總共有可以分為三個(gè)類(lèi)別:

1. 細(xì)胞組分（CellularComponent, CC）：一般用來(lái)描述基因作用的位置,，比如說(shuō)高爾基體,，內(nèi)質(zhì)網(wǎng)這樣的，就好比一個(gè)人的家庭住址一樣,；

   

2. 生物學(xué)過(guò)程(biologicalprocess)：描述的是細(xì)胞中不同活動(dòng)現(xiàn)象,，比如說(shuō)蛋白質(zhì)磷酸化，細(xì)胞粘附都是生物學(xué)過(guò)程,，這就好比一個(gè)人是在投資銀行還是在騰訊工作呢,？

   

3. 分子功能（MolecularFunction）：可以描述為分子水平的活性，如催化或結(jié)合活性,，描述的是分子具體的作用職能,，就好比說(shuō)你在投資銀行干保潔工作呢還是高管啊,；

   

最后就形成了諸如此類(lèi)的描述：

①HOTAIR出沒(méi)于胞核（CC）,，參與了組蛋白甲基化調(diào)控引發(fā)癌基因沉默（BP），具體是結(jié)合PRC2復(fù)合物以及LSD1（MF）,。

②某相親對(duì)象家住朝陽(yáng)區(qū),、就職于某大型咨詢(xún)公司，崗位是賀函或者老譚，外貌什么的其實(shí)已經(jīng)不重要了,。

(2)KEGG功能注釋

其實(shí)和GO的作用是類(lèi)似的,，只是KEGG里面最知名的是代謝通路(pathway)的注釋?zhuān)遣樵?xún)差異基因參與的信號(hào)通路比較權(quán)威的數(shù)據(jù)庫(kù)，KEGG Pathway對(duì)差異基因進(jìn)行pathway分析,，可以了解實(shí)驗(yàn)條件下顯著改變的代謝通路,，在機(jī)制研究中非常重要。

GO分析好比是將基因分門(mén)別類(lèi)放入一個(gè)個(gè)功能類(lèi)群的籃子,，而pathway則是將基因一個(gè)個(gè)具體放到代謝網(wǎng)絡(luò)中的指定位置,。

（二）DAVID、PANTHER是常用的分析工具

GO,、KEGG只是數(shù)據(jù)庫(kù)并不能直接作出文章中那么好看的炫酷圖,，可以通過(guò)DAVID或者PANTHER分析后，在excel里面來(lái)實(shí)現(xiàn),。

DAVID：https://david.（使用方法見(jiàn)《基因功能通路和GO分析,，你用什么軟件做,？》）

PANTHER：http://www./

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最后,，利用GO、KEGG注釋原理,，小A相親成功了,，她看上了一個(gè)學(xué)醫(yī)的。

小A：你是什么專(zhuān)業(yè)??？

醫(yī)學(xué)博士：我是學(xué)醫(yī)的。

小A：學(xué)醫(yī)的,？（她以前見(jiàn)過(guò)4個(gè)學(xué)醫(yī)的了）很苦吧,。

醫(yī)學(xué)博士：挺辛苦的，起早貪黑,。

小A：最近經(jīng)常聽(tīng)到有醫(yī)生猝死啊(想找理由離開(kāi)了),。

醫(yī)學(xué)博士：是啊，睡眠不足,。

小A：要是離家近就能多睡會(huì)了,，你住哪里啊(手拿著包了)？

醫(yī)學(xué)博士：不遠(yuǎn),，就在外灘旁邊,。

小A：(來(lái)了興趣，手松開(kāi)了包)外灘,？租房很貴吧,。

醫(yī)學(xué)博士：我家就在那邊。

小A：(兩眼放綠光)真的啊，那你工資很高吧,。

醫(yī)學(xué)博士：(流汗)其實(shí)工資不高,，主要是我爸爸，他有9個(gè)公司,。

小A：其實(shí)吧我一直都覺(jué)得學(xué)醫(yī)是最高尚的,，救死扶傷，創(chuàng)造生命的奇跡,！

醫(yī)學(xué)博士：,。。,。,。。,。

--（本段子純屬胡謅,，如有雷同，忘諒解）