前面我講到TCGA的數(shù)據(jù)可以在5個組織機構可以獲取,，他們都提供了類似的接口來供用戶下載數(shù)據(jù)

每個接口都有使用教程,，比如http:///tutorial/FireBrowse-Tutorial.pdf

非常詳細?。?！

有的還專門寫了軟件接口：https://confluence./display/GDAC/Download

或者寫了R的接口：http://www./cgds_r.jsp

接下來我們要講的就是cbioportal網(wǎng)站提供的一個R接口,，非常好用，只需記住4個函數(shù)即可?。,。?/p>

只需熟記getCancerStudies,，getCaseLists,，getGeneticProfiles，getProfileData需要什么參數(shù)以及它們返回了什么對象即可,！

install.packages("cgdsr",repos=" library(cgdsr)
mycgds <- CGDS("http://www./public-portal/")
test(mycgds)
# Get list of cancer studies at server
## 獲取有哪些數(shù)據(jù)集
all_TCGA_studies <- getCancerStudies(mycgds)

第一個函數(shù)就是獲取我們的cbioportal網(wǎng)站里面存儲的關于TCGA的研究項目列表（每個study都是一篇文章）,，至今有126個(2016年7月12日21:37:40)

具體的文章可以見：https://tcga-data.nci./docs/publications/

前面我下載過胃癌的RNA表達數(shù)據(jù)，我們這里可以驗證一下：

我這里用R來下載一次看看

stad2014 <- "stad_tcga_pub"   ##這篇文章里面的數(shù)據(jù)

## 獲取在stad2014數(shù)據(jù)集中有哪些樣本列表,，

all_tables <- getCaseLists(mycgds, stad2014)

dim(all_tables)

## 我們需要驗證一下下載的mRNA表達量數(shù)據(jù),，所以我們選擇下面這個樣本列表

my_table <- "stad_tcga_pub_rna_seq_v2_mrna"

## 而后獲取有哪些數(shù)據(jù)可以下載

all_dataset <- getGeneticProfiles(mycgds, stad2014)

my_dataset <- 'stad_tcga_pub_rna_seq_v2_mrna'  ##然后我們選擇下載mRNA數(shù)據(jù)

BRCA1 <- getProfileData(mycgds, "BRCA1", my_dataset, my_table)  ## 根據(jù)my_table這個樣本列表來下載my_dataset這種數(shù)據(jù)

##還可以下載臨床數(shù)據(jù)來對比

getClinicalData(mycgds, my_table) ##臨床數(shù)據(jù)經(jīng)常下載失敗，不知道為什么

拿到的數(shù)據(jù),，就可以與之前在TCGA官網(wǎng)里面下載的數(shù)據(jù)比較啦?。?/p>

但是下面的鏈接已經(jīng)失效啦,！

臨床數(shù)據(jù)：https://tcga-data.nci./docs/publications/stad_2014/20140110_STAD_Clinical_Data_Blacklisted_Cases_Removed.xlsx

RPKM值表達數(shù)據(jù)：https://tcga-data.nci./docs/publications/stad_2014/RPKM_Expression_Matrix.291Samples_GAF3genes.BCGSC.20131127.tsv