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“人類基因組計(jì)劃”之后的大計(jì)劃:對地球所有生物進(jìn)行基因測序

 鄭公書館298 2017-04-30


繼“人類基因組計(jì)劃”之后,,又一龐大的計(jì)劃即將拉開帷幕


在日前召開的“2017生物遺傳學(xué)會”上,,一個科學(xué)家小組宣布,,他們將對地球上所有的生物進(jìn)行基因測序。


這一“地球生物基因組計(jì)劃”,,得到了與會的英美中等多國生物學(xué)家的支持,。


加州大學(xué)進(jìn)化遺傳學(xué)家哈里斯·勒溫是這個團(tuán)隊(duì)的成員之一,他表示,,“所有的真核生物,,包括植物、動物以及單細(xì)胞有機(jī)物,,是我們首先要測序的目標(biāo)”,。


加州圣地亞哥動物園保護(hù)研究所的保護(hù)生物學(xué)家奧利弗·萊德說:“這是一個非常好的想法。要想了解生命進(jìn)化,,就必須研究基因組生物學(xué),。”


不可能完成的任務(wù)?


“地球生物基因組計(jì)劃”和“人類基因組計(jì)劃”有很多相似之處,,它們有著類似的目標(biāo)和類似的爭議,,而且這兩個計(jì)劃提出后,都被認(rèn)為是近30年來不可能完成的計(jì)劃,。然而,,“人類基因組計(jì)劃”不但測出了第一個人類的基因組,而且研發(fā)出的整套新DNA技術(shù),,已成為當(dāng)代醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的核心,,也是形成全球基因測序超200億美元產(chǎn)業(yè)的基礎(chǔ)。勒溫說:“基因測序是生物學(xué)中一項(xiàng)非常了不起的研究,?!?/p>


有關(guān)“地球生物基因組計(jì)劃”的很多細(xì)節(jié)還在制定中,但目前的第一步就是要對每一個真核生物科(大約有9000科)進(jìn)行細(xì)致的測序,,創(chuàng)建一個和現(xiàn)有的人類基因組一樣,,甚至是更好的基因組參考資料;第二步,要對15萬-20萬的真核生物屬進(jìn)行測序;最后對現(xiàn)有的150萬真核生物種進(jìn)行粗略的測序,,得出低分辨率的基因組,。“地球生物基因組計(jì)劃”的組織者之一,、伊利諾伊大學(xué)卡爾-伍斯基因組生物學(xué)研究所的行為遺傳學(xué)家吉恩·羅賓森說:“低分辨率基因組可以為日后與真核生物科的參考資料做對比,,或是為進(jìn)一步測序打下基礎(chǔ)?!?br>
史密森尼國家自然歷史博物館的進(jìn)化生物學(xué)家約翰·克雷斯預(yù)計(jì),,對于真核生物的基因測序所需要的資金大約和“人類基因組計(jì)劃”差不多。1990年正式啟動的“人類基因組計(jì)劃”用了27億美元,相當(dāng)于現(xiàn)在的48億美元,。該計(jì)劃的組織者預(yù)計(jì),,有關(guān)真核生物的測序會在10年之內(nèi)完成。


之所以這么自信,,是因?yàn)榻陙鞤NA測序的成本一直在降低,。來自加州完整基因組學(xué)公司的參會者說,他們公司打算在1年之內(nèi),,完成對整個真核生物的基因組粗略測序,,所需費(fèi)用大約只需100美元。勒溫說:“所以我覺得測序地球上所有生物的基因組是可能的,。”


需要廣泛的參與度


“地球生物基因組計(jì)劃”匯聚了各方基因測序計(jì)劃的力量,,有要完成1萬個脊椎動物基因測序的“基因組10K計(jì)劃”,,有要測序5000種節(jié)肢動物基因測序的“基因組 i5K計(jì)劃”,還有要生成所有10500種鳥類基因組的“鳥10K計(jì)劃”,?!暗厍蛏锘蚪M計(jì)劃”會幫助這些計(jì)劃整理、匯編資料,,也許還能提供一定的贊助,。勒溫說:“我們就是一個匯聚眾多努力的大家庭?!?br>
中國的華大基因,、英國的桑格研究所等基因組學(xué)領(lǐng)域的大牛,也表示會支持這項(xiàng)計(jì)劃,。但大家發(fā)現(xiàn),,“地球生物基因組計(jì)劃”將要面對的困難還很多。除資金外,,涉及的范圍還不夠廣,。有人提出,這項(xiàng)計(jì)劃需要更多國家的參與,,尤其是那些具有高度生物多樣性的發(fā)展中國家,,他們是完成這項(xiàng)計(jì)劃很重要的一部分。大家都認(rèn)為,,“地球生物基因組計(jì)劃”能幫助這些地區(qū)發(fā)展測序技術(shù),,同時提高技術(shù)人員的能力。全球基因生物多樣性網(wǎng)絡(luò)目前正在對全世界的博物館和生物儲藏室的樣本做編錄,,他們就能提供很多所需的DNA數(shù)據(jù),。丹麥自然歷史博物館的進(jìn)化生物學(xué)家托馬斯·吉爾伯特說:“廣泛的參與度是更重要的?!?br>
除此以外,,“地球生物基因組計(jì)劃”還遇到一個挑戰(zhàn),,即制定確保高質(zhì)量基因測序的標(biāo)準(zhǔn),以及如何保存已測序過的有機(jī)物的相關(guān)信息,,比如從哪兒收集的等等,。很多人都認(rèn)同,從大自然獲取DNA樣本會是最大的挑戰(zhàn),,而且花費(fèi)最大,。并不是所有博物館的樣本都能測序出高質(zhì)量的基因組序列,哥本哈根大學(xué)的進(jìn)化生物學(xué)家張國杰(音譯)說:“就算是剛剛收集的動植物標(biāo)本,,也會出現(xiàn)保存不當(dāng)?shù)默F(xiàn)象,。”因此,,沒有標(biāo)準(zhǔn),,就有可能降低整個計(jì)劃的實(shí)用性。

但是勒溫很樂觀,,當(dāng)他把“地球生物基因組計(jì)劃”的整體規(guī)劃介紹完后,,現(xiàn)場很多專家都很興奮,迫切詢問他們能夠做點(diǎn)什么,。諾瓦東南大學(xué)的生物學(xué)家約瑟·洛佩茲手中也有一個對7000種海洋無脊椎動物進(jìn)行測序的“GIGA”計(jì)劃,。他認(rèn)為,只要更多的基因測序計(jì)劃聯(lián)合起來,,就一定能完成“地球生物基因組計(jì)劃”,。


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