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這樣NB地搜文獻(xiàn),,估計(jì)你也是第一次見

 zhbneo1980 2017-04-25

文獻(xiàn)搜索的方法,給你們講過千千萬萬,,但是你們估計(jì)也不會一直去用,。

今天講的這種方法,是我見過的比較拉風(fēng)的搜索方法,,直觀搜索PubMed,。首先,大家要明確一個(gè)概念,,PubMed里的文章一般都會包括:基因,、疾病、信號通路,、藥物,、細(xì)胞等等關(guān)鍵詞。

這就簡單了,,用這個(gè)工具,,我們就先來搜一個(gè)基因的,還是老花樣:TP53.

藍(lán)后會顯示出一個(gè),,嗯,,一個(gè)球。這個(gè)球就是TP53,點(diǎn)擊一下這個(gè)球,,就能探索瀏覽TP53相關(guān)的基因,、疾病、信號通路,、藥物,、細(xì)胞等等關(guān)鍵詞了:

藍(lán)后,就會變成這樣好多個(gè)球的Network,,仔細(xì)看,,每個(gè)球之間的連線上,,會有一個(gè)淺藍(lán)色的符號,對,,這就是包含有這兩個(gè)關(guān)鍵詞的文獻(xiàn):

點(diǎn)開這個(gè)文獻(xiàn)符號,,你就可以看到要搜索的文獻(xiàn)了,點(diǎn)擊紅色的PMID,,就能直接轉(zhuǎn)到那篇文獻(xiàn)了:

那你要說,,這有啥的,就一個(gè)基因,。那我們再加一個(gè),,加個(gè)MiRNA21進(jìn)去:

然后點(diǎn)擊這個(gè)MiRNA21,發(fā)現(xiàn)比原來的多了一個(gè)聯(lián)系,,這個(gè)就是把這個(gè)基因聯(lián)系到現(xiàn)在已經(jīng)顯示的那些球上,,比如信號通路或者基因,當(dāng)然基因就只有TP53,,那我就聯(lián)系到Pathway上去:

于是就變成了這樣,,其實(shí)這就是在PubMed搜索的時(shí)候布爾語言中的“AND”,當(dāng)然,,這樣更加直觀,,所有的連線上,也都有相關(guān)的文獻(xiàn)列表:

這些信號通路里,,比如我有兩個(gè)比較感興趣的,,那怎么辦呢?那就把這倆球全部選上,,然后點(diǎn)擊在一起,,但是要用什么把這兩者相聯(lián)系呢?嗯,,我們用基因來聯(lián)系這兩個(gè)球:

于是,,兩個(gè)信號通路之間的關(guān)聯(lián),以及他們相關(guān)的基因,,都調(diào)集起來了,,當(dāng)然,還有相關(guān)聯(lián)的文獻(xiàn)們:

當(dāng)然,,你點(diǎn)擊中間的一個(gè)球的時(shí)候,,也可以顯示它相關(guān)基因的數(shù)量,相關(guān)信號通路的數(shù)量等等,,一看就知道,,它是個(gè)有故事的信號通路。

…華麗麗的分割線…

李莫愁博士:是不是覺得這樣來搜PubMed變得很過癮呢,瞬間就把相關(guān)性以及之間的關(guān)聯(lián)都順帶搜到了,。文獻(xiàn)搜起來更直觀,,當(dāng)然也更簡便,界面也蠻好看,。好了,,要知道這是啥網(wǎng)站,就回復(fù)“跪求這個(gè)球”就給你,,今天就策到這里吧,。



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