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用R畫對稱的heatmap

 勤悅軒 2017-02-05
參考資料:
(1)http:///2010/01/21/how-to-make-a-heatmap-a-quick-and-easy-solution/
主要講heatmap函數怎么用,,簡單易懂

(2)http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/12/12/2285026.html
就是把(1)和其它東西翻譯為了中文

目前來說寫的最詳細的

非常詳細的左圖說明(英文)

R中畫heatmap主要有以下幾個函數:
(1)heatmap(2)heatmap.2 (3)pheatmap
用heatmap默認的畫法會導致行與列的表頭并不是對齊在從左上到右下的對角線上,而是從左下到右上的對角線上,,因此不好看,。比如下面這個圖:
用R畫heatmap

這樣我們看起來就很別扭,那么推薦還是用heatmap.2或者pheatmap吧,。
假設輸入數據是這樣的:
ID RF50 RF54 RF100 RF200 RF300 RF350
RF50 1 0.978716 0.881859 0.733384 0.619191 0.563694
RF54 0.978716 1 0.898623 0.752694 0.630872 0.57574
RF100 0.881859 0.898623 1 0.831634 0.702143 0.639212
RF200 0.733384 0.752694 0.831634 1 0.844293 0.768621
RF300 0.619191 0.630872 0.702143 0.844293 1 0.910373
RF350 0.563694 0.57574 0.639212 0.768621 0.910373 1
那么相應的基本代碼是:
library(pheatmap)
pearson<-read.delim("e:\\RF\\pearson_heatmap_RF50-350.txt",header=T)
row.names(pearson)<-pearson$ID
pearson_new<-pearson[-1] #去除第一列的表頭
mat_pearson<-as.matrix(pearson_new)
heatmap(mat_pearson)
或者:
pearson_heatmap<-pheatmap(mat_pearson,cellwidth = 60, cellheight = 60,fontsize=16, fontsize_row=16)
其中cellwidth和cellheight是設置網格大小,,fontsize設置字體大小。用pheatmap的結果如下:
用R畫heatmap


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