|
昨天在微信群里有一位母親詢問，她有兩位未確診但懷疑為遺傳病的孩子,，她想詢問孩子到底得了什么病,，是否有治療希望并主動(dòng)提供了孩子的基因檢測報(bào)告，從報(bào)告上看基本可以排除這個(gè)致病候選基因,，然后這位母親詢問如何確診以及確診后是否一定有相應(yīng)的治療方案,，這是國內(nèi)罕見病患者普遍面臨的困境，游俠去年也從事了罕見病相關(guān)工作,，想把自己的想法與建議與大家一起分享,，僅代表個(gè)人觀點(diǎn),。 首先，對(duì)于罕見病來說,，即使是全國最牛的醫(yī)院也不敢說一定能確診所有罕見病，現(xiàn)實(shí)的情況是權(quán)威醫(yī)院里的醫(yī)生都有自己擅長的罕見病病種,，所以第一步是找對(duì)醫(yī)生,。目前國內(nèi)在罕見病專業(yè)醫(yī)生中已初步形成相互轉(zhuǎn)診，未來需要讓更多的醫(yī)生和患者了解這些信息,，盡量減少盲目就醫(yī),，提高醫(yī)療效率； 其次,，診斷罕見病除了基因測序外,，還有一些其他方式，如戈謝病需要骨髓涂片,，DMD需要肌活檢等輔助檢查,，未來結(jié)合大數(shù)據(jù)，將會(huì)利用基因測序減少這些創(chuàng)傷性檢查,，但是由于罕見病的復(fù)雜性,，很多患者可能需要做很多檢查，比如血尿串聯(lián)質(zhì)譜,、肌活檢,、肌電圖、腦部MRI以及基因檢測,，在這里呼吁患者要理解醫(yī)生,，因?yàn)榕R床上罕見病確診確實(shí)比較難； 然后,，我們來談?wù)劵驕y序,，隨著技術(shù)的發(fā)展，成本的下降,，基因測序在罕見病確診中發(fā)揮著越來越重要的作用,，特別是對(duì)于神經(jīng)肌肉科室與遺傳代謝科室，一般來說對(duì)口的醫(yī)生會(huì)綜合考慮患者各種檢查數(shù)據(jù)與臨床表現(xiàn),，推薦一些性價(jià)比高并比較靠譜的基因panel（如果是小panel游俠推薦精準(zhǔn)基因,，如果是全外顯子游俠推薦明碼生物），請(qǐng)患者一定要相信醫(yī)生的專業(yè)水平,，即使不能確診,，醫(yī)生也是盡力而為了。 再然后,，如果這些panel不能確診,，患者是不是就該放棄了呢,，就如前面所說的母親，當(dāng)然不是,，國內(nèi)外還有很多隱藏在公司,、高校、研究所的數(shù)據(jù)分析高手,，他們非常熱心并善于交流討論,，就如林林案例，但是患者首先要獲得原始數(shù)據(jù)及詳細(xì)的臨床表型,，目前的基因檢測公司都是不提供原始測序數(shù)據(jù)的,，其次到底要什么樣的原始數(shù)據(jù)？游俠認(rèn)為全外顯子或全基因組二選一,，具體看患者家庭經(jīng)濟(jì)與疾病情況,，現(xiàn)在全外顯子的價(jià)格在4000-5000元左右（僅測序，10G數(shù)據(jù)量）,，而全基因組在8000元左右（僅測序,，90G數(shù)據(jù)量），基本上全基因組的價(jià)格是全外顯子價(jià)格的2倍,，檢出率也基本上是2倍（如嚴(yán)重智力障礙,、自閉癥），有些游俠比較尊敬的從業(yè)人員認(rèn)為全基因組的深度平均只有30X,，會(huì)有很多假陽性位點(diǎn),，不可否認(rèn)由于基因組中某些特殊的機(jī)構(gòu)及測序系統(tǒng)誤差，會(huì)有一些假陽性,，但這些假陽性大部分是可以通過正常樣本或算法過濾掉,，因此游俠認(rèn)為不是最大的問題，具體可參考文獻(xiàn)[Whole-genome sequencing is more powerful than whole-exome sequencing for detecting exome variants. Proc Natl Acad Sci U S A.2015;112(17):5473-8],；然后你拿到這些數(shù)據(jù)可以邀請(qǐng)不同的生物信息高手分析,，還可以建立微信群，讓他們一起討論,，幫助確診,。 最后，即使確診了具體的致病基因,，也不一定有特效藥,，那確診又有哪些用呢？游俠非常同意顧衛(wèi)紅大夫的觀點(diǎn),，主要有幾下幾點(diǎn)：1,、明確致病基因，才能做產(chǎn)前檢測，顯性遺傳病家系未發(fā)病后代可以檢測是否攜帶致病突變,；2,、明確致病基因，可以明確診斷,，了解這種疾病國際上最新的治療進(jìn)展以及對(duì)癥治療經(jīng)驗(yàn),，有機(jī)會(huì)獲得更好的治療；3,、明確致病基因,，可以減少各類非必要檢查以及盲目就醫(yī)因病致貧；4,、明確致病基因，對(duì)于一些患者的人生規(guī)劃有幫助,；5,、更多的遺傳病患者明確了致病基因，將會(huì)推動(dòng)相關(guān)疾病的發(fā)病機(jī)制研究以及治療探索,，終將惠及患者群體,。本文在撰寫過程中得到顧衛(wèi)紅大夫的幫助，在此表示特別感謝,！關(guān)注后回復(fù)數(shù)字可快速查閱文章32. 一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之腫瘤突變檢測 31. 一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之檢測突變30. 如何根據(jù)表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)巧妙設(shè)計(jì)定量PCR引物的位置 29. 一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之bam文件處理28. 全基因組測序幫助診斷Bohring-Opitz綜合征 27. 一例LAMA2基因缺失插入引起的先天性肌營養(yǎng)不良案例分享26. 一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之比對(duì) 25. 一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之fastq文件介紹23．一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之fastq文件處理21. 如何將VCF文件在hg19與GRC37基因組中轉(zhuǎn)換,？20．一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之?dāng)?shù)據(jù)質(zhì)控19. 一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之操作系統(tǒng) 18. 一起學(xué)NGS數(shù)據(jù)分析之電腦硬件 16. 公布答案：如何根據(jù)HGVS快速定位hg19基因組位置 15. 如何高效率地批量處理一代Sanger測序數(shù)據(jù) 13. 新型強(qiáng)大的致病基因定位軟件組合 12. 模糊的遺傳方式 復(fù)雜的線粒體DNA遺傳 11. 隱性遺傳病不能忽略CNV，一例肢帯型肌營養(yǎng)不良的全基因組測序分析10. 全基因組測序幫助確診腦白質(zhì)髓鞘化不良患兒9．也來談?wù)劶膊★L(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與老百姓稀罕啥4. 我最喜歡的臨床表型與基因關(guān)聯(lián)分析工具(下) 3. 我最喜歡的臨床表型與基因關(guān)聯(lián)分析工具(中) 2. 我最喜歡的臨床表型與基因關(guān)聯(lián)分析工具(上) 1. 關(guān)于臨床基因檢測全外顯子捕獲測序的一些看法
|
