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基因測(cè)序科技突飛猛進(jìn)

 昵稱(chēng)1297235 2011-02-15

基因測(cè)序科技突飛猛進(jìn)

www.eastmoney.com2011年01月15日 10:26東方財(cái)富網(wǎng)
基因預(yù)測(cè)科技突飛猛進(jìn)

圖為《福布斯》最新一期雜志封面

  Rothberg發(fā)明的長(zhǎng)寬高僅24X20X21英寸的基因解碼器(decoder),可能會(huì)改變?nèi)祟?lèi)的生活方式,。這件看似玩具,、或是掌上電腦的小設(shè)備,的確可能是自個(gè)人電腦以來(lái)對(duì)科技界的又一次巨大沖擊,,且未來(lái)還會(huì)形成規(guī)模達(dá)1000億美元的市場(chǎng),。

  解碼器外部有一個(gè)8英寸的觸摸屏,左側(cè)有可把數(shù)據(jù)下載到iPhone的端口,,屏幕下方有4個(gè)分別標(biāo)有○,、X、□和+符號(hào)的測(cè)試管,。它們分別代表了形成人體DNA的最基本4個(gè)化學(xué)物質(zhì),,鳥(niǎo)嘌呤(核酸的基本成分,guanine),、胞嘧啶(cytosine),、腺嘌呤(adenine)和胸腺嘧啶(thymine).

  這臺(tái)以硅芯片為基礎(chǔ)建造的個(gè)人染色體檢測(cè)儀(Personal Genome Machine,PGM),,是當(dāng)今世上體積最小,、檢測(cè)成本最低的上市產(chǎn)品。它可在2小時(shí)之內(nèi),,以很高的精度解讀出1000萬(wàn)個(gè)基因代碼符號(hào)(letters of genetic code),。與現(xiàn)有使用大型電腦和服務(wù)器的DNA掃描設(shè)備不同,PGM可置于辦公桌上,,且售價(jià)僅5萬(wàn)美元,,是當(dāng)前具有同類(lèi)功能儀器的十分之一。這也是史上首次科學(xué)家個(gè)人,、社區(qū)醫(yī)院和高校能夠負(fù)擔(dān)起的儀器,。

  這項(xiàng)由Rothberg和其他工程師發(fā)明的小玩意還可用于改變醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)、納米科技和在其他可再生燃料的探索,。Rothberg稱(chēng),,在不遠(yuǎn)的將來(lái),大夫通過(guò)DNA測(cè)序(DNA sequencing)就能對(duì)腫瘤部分的遺傳缺陷點(diǎn)位進(jìn)行修補(bǔ),,并根據(jù)癌癥患者的不同情形有針對(duì)性地用藥,。患有先天性罕見(jiàn)疾病的兒童,,可通對(duì)他們的更多染色體組做針對(duì)性的解碼,,以消除估計(jì)和誤診。

  PGM更適合于室外醫(yī)療環(huán)境,。在第三世界工作的救險(xiǎn)人員可使用這種便攜式基因解碼器跟蹤造成水污染的細(xì)菌,,或病毒。機(jī)場(chǎng)衛(wèi)生官員能利用它對(duì)旅行者的基因做采樣分析,,在傳染性細(xì)菌和病毒大規(guī)模爆發(fā)前對(duì)其進(jìn)行跟蹤,。工程師還可利用PGM來(lái)設(shè)計(jì)和培養(yǎng)未來(lái)燃料的微生物。DNA測(cè)序還有助于農(nóng)戶(hù)培養(yǎng)出生長(zhǎng)更快,,抗蟲(chóng)害更強(qiáng)、更耐旱,,且施化肥更少的谷物品種,。合成生物學(xué)家(synthetic biologist)還能做到讓細(xì)菌為人類(lèi)服務(wù),以制出洗滌液,、服裝,、家具,甚至能夠?qū)α芽p有自我愈合功能的水泥,。

  根據(jù)Rothberg的看法,,基因測(cè)序今后會(huì)影響到人類(lèi)生活的各方面。正如上世紀(jì)是物理學(xué)時(shí)代一樣,,本世紀(jì)是生物學(xué)世紀(jì),。他深信基因測(cè)序科技商品化后所形成的市場(chǎng),可達(dá)到像醫(yī)學(xué)檢查成像(medical imaging)科技那樣的1000億美元規(guī)模,。

  Rothberg創(chuàng)建過(guò)4家與遺傳學(xué)相關(guān)的企業(yè),。發(fā)明PGM儀器的Ion Torrent公司,是Rothberg在3年前夢(mèng)想能快速,、便捷地檢測(cè)DNA后所創(chuàng)建,。Rothberg的發(fā)明引起了一家名為L(zhǎng)ife Technologies的專(zhuān)業(yè)生產(chǎn)實(shí)驗(yàn)室設(shè)備企業(yè)的強(qiáng)烈關(guān)注。在PGM正式生產(chǎn)前,,Life Technologies去年秋季以3.75億美元價(jià)格收購(gòu)了Ion Torrent,。有分子遺傳學(xué)專(zhuān)家認(rèn)為Rothberg有很美妙的創(chuàng)意,并能使項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)合作的很順利,。

  基因組學(xué)(Genomics)的功效確實(shí)被過(guò)分宣傳,,到目前為止,,其功效尚未都顯現(xiàn)出來(lái)。當(dāng)科學(xué)家10年前首次完成基因圖譜時(shí),,他們?cè)鴺?biāo)榜新科技能讓老年癡呆,、心臟病和精神分裂癥等多種疾病的治療更高效。但這一幕至今未出現(xiàn),。藥品批準(zhǔn)程序讓事情變得更糟,。對(duì)心臟病、糖尿病和其他常見(jiàn)病的遺傳根源的探索,,幾乎讓普通患者得不到任何有用信息,。

  Rothberg認(rèn)為,這是因?yàn)樾驴萍歼€未強(qiáng)大到足以破解潛伏在像癌癥和孤獨(dú)癥之后的基因秘密,。人們從高中生物課本中就了解到,,每個(gè)細(xì)胞中心內(nèi)有60億個(gè)構(gòu)成DNA雙螺旋體的化學(xué)代碼(chemical letters)。其中一些可能處在遺傳混亂狀態(tài),,其大量作用尚待發(fā)現(xiàn),。散布在DNA周?chē)氖?萬(wàn)個(gè)基因,這些物質(zhì)在掌控身體,,如何制造包括胰島素,、肌肉、血色素,、腦組織,、骨骼和凝血因子在內(nèi)的幾乎所有身體所需的內(nèi)容。那怕基因內(nèi)深藏只有一個(gè)出錯(cuò)的化學(xué)代碼,,都將會(huì)增加患上癌癥或糖尿病的風(fēng)險(xiǎn),。

  尋找基因中致病的錯(cuò)誤代碼,并將它們從多種無(wú)害基因變化體中分離出來(lái),,將是破解巨量信息的重大挑戰(zhàn),。但是,迎接挑戰(zhàn)的科技也在高速改進(jìn),。政府雇用的研究人員10年前,,在花費(fèi)了納稅人的30億美元資金后,終于首次成功揭開(kāi)了人類(lèi)基因編碼,。在像基因傳奇人物克雷格·文特爾(Craig Venter)等一批私人機(jī)構(gòu)的努力下,,人們現(xiàn)在只需花1萬(wàn)美元,再等上數(shù)周便能精確地解讀自己的整個(gè)DNA序列,。至今已有近3000人,,其中大多數(shù)是在研究課題中獲得了測(cè)序結(jié)果。有基因測(cè)序?qū)<曳Q(chēng),能夠獲得測(cè)序結(jié)果的人數(shù)到2012年時(shí)會(huì)猛增至數(shù)十萬(wàn)人,。在美國(guó)立衛(wèi)生研究院(National Institutes of Health,,NIH)主任Francis Collins看來(lái),現(xiàn)在能做到的事情在數(shù)年前簡(jiǎn)直想都不敢想,。

  盡管頂級(jí)的醫(yī)學(xué)刊物在連篇累牘介紹遺傳學(xué)的研究成果,,但大多數(shù)科學(xué)家還是未接觸到DNA解碼科技(DNA-decoding technology)。現(xiàn)有的基因測(cè)序儀器如同上世紀(jì)60年代售價(jià)高達(dá)60萬(wàn)美元的大型電腦,,每項(xiàng)測(cè)序結(jié)果都需等上1周,,并還需要技術(shù)團(tuán)隊(duì)來(lái)運(yùn)行測(cè)序儀器。據(jù)高盛公司的報(bào)告,,在全球1400套的測(cè)序儀器中,,有半數(shù)都安裝在20個(gè)大型學(xué)術(shù)和政府研究中心內(nèi)。

  Rothberg發(fā)明的設(shè)備可通過(guò)高速分析和分析設(shè)備廣泛擴(kuò)散來(lái)改變這一切,。他稱(chēng),,當(dāng)前僅400個(gè)實(shí)驗(yàn)室在進(jìn)行基因組學(xué)的研究。但他想借助PGM把該領(lǐng)域擴(kuò)大到4000個(gè)研究團(tuán)體,,由此讓針對(duì)遺傳學(xué)問(wèn)題的研究團(tuán)體的能力成倍提高,,讓目前難以進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)大量增加。據(jù)加州大學(xué)戴維斯分校研究員Jonathan Eisen和哈佛大學(xué)基因研究員,、基因測(cè)序開(kāi)拓者和Ion Torrent公司顧問(wèn)George Church的看法,,未來(lái)對(duì)這種新儀器、新科技的需求極大,。他們甚至認(rèn)為PGM未來(lái)會(huì)像iPad那樣,每個(gè)遺傳學(xué)者人手一個(gè),。

  但是,,測(cè)序科技和儀器到目前還只是很小的市場(chǎng),硬件規(guī)模僅15億美元,,面對(duì)的用戶(hù)都是科學(xué)家,。據(jù)普華永道會(huì)計(jì)師事務(wù)所(PricewaterhouseCoopers)估計(jì),醫(yī)學(xué)基因檢測(cè)和另一些分子診斷學(xué)(molecular diagnostics)構(gòu)成了另外的26億美元市場(chǎng),。

  Rothberg大膽設(shè)想的未來(lái)20年可能會(huì)出現(xiàn)的市場(chǎng)行情如下,。

  治療癌癥是短期內(nèi)的最大應(yīng)用市場(chǎng)。當(dāng)今癌癥患者治療的開(kāi)支都達(dá)到了數(shù)十萬(wàn),,甚至上百萬(wàn)美元,。一些乳腺癌患者已開(kāi)始接受專(zhuān)業(yè)化的基因檢測(cè),以幫助大夫針對(duì)患者的具體情況對(duì)癥下藥,。若類(lèi)似基因測(cè)序能成為歐,、美兩地400萬(wàn)乳腺癌患者的常規(guī)檢查,僅此一項(xiàng)就可形成200億美元市場(chǎng)。還有些患者因腫瘤擴(kuò)散和變異,,因此可能需要多次做測(cè)序,,由此讓市場(chǎng)總規(guī)模可達(dá)到400億美元,。

  另100億美元市場(chǎng)可能來(lái)自對(duì)患有罕見(jiàn)遺傳疾病,,或有其他基因危險(xiǎn)因子(genetic risk factor)的兒童和成年人做測(cè)序。另外,,對(duì)基因測(cè)序所獲得的復(fù)雜信息的理解和說(shuō)明,,以及向患者解釋這些信息的意義這一全新的醫(yī)療專(zhuān)業(yè)領(lǐng)域,也會(huì)帶來(lái)另一100億美元市場(chǎng),。

  在醫(yī)院,、機(jī)場(chǎng)和在購(gòu)物中心等一些公共場(chǎng)合跟蹤傳染病,以分解出微生物,,并防止它們流行的業(yè)務(wù)大約也能形成100億美元的市場(chǎng),。

  若測(cè)序成本繼續(xù)下降,富裕人群作為一種預(yù)防手段,,會(huì)開(kāi)始對(duì)自己和下一代的新生兒做基因組測(cè)序,。若每年有5000萬(wàn)人以每次檢測(cè)花費(fèi)2000美元計(jì)算,市場(chǎng)規(guī)模也可達(dá)100億美元,。這樣,,全球市場(chǎng)規(guī)模已達(dá)800億美元。

  畜牧業(yè)篩選最佳配種和使農(nóng)作物更高效產(chǎn)出的種子優(yōu)選,,可能再帶來(lái)50億美元的市場(chǎng),。

  還有像探索其他人造生物燃料,設(shè)計(jì)用于洗滌液的新型酶,,以及一些目前尚未想到的新應(yīng)用,,也可輕松形成150億美元的市場(chǎng)。由此讓PGM應(yīng)用市場(chǎng)共計(jì)達(dá)1000億美元,。

  與所有創(chuàng)新中潛伏的不確定風(fēng)險(xiǎn)一樣,,基因測(cè)序儀器也可能會(huì)失敗。其成功有賴(lài)于新科技進(jìn)一步提高的速度,,使用新設(shè)備后的研究者能有新發(fā)現(xiàn)的速度,,特別是治療當(dāng)前各種疑難雜癥的新藥是否能盡早出現(xiàn)等一些不可預(yù)知的因素。

  基因檢測(cè)的價(jià)格還會(huì)下降,,讓每次檢測(cè)如同檢驗(yàn)血糖和膽固醇等血指標(biāo)一樣而成為利潤(rùn)率更低的項(xiàng)目,。但即使如此,該領(lǐng)域的市場(chǎng)也可達(dá)400億美元,。Rothberg發(fā)明的設(shè)備可能無(wú)法獲勝,,就像1980年代壟斷著PC市場(chǎng)的Commodore64家用電腦很快從市場(chǎng)上消失一樣,,PGM也可能有同樣命運(yùn)。

  目前至少有十多家創(chuàng)業(yè)企業(yè)在這一領(lǐng)域內(nèi)競(jìng)爭(zhēng),。位于加州Menlo Park地區(qū)的美國(guó)太平洋生物科學(xué)公司(Pacific Biosciences)在創(chuàng)投基金投入3.7億美元后,,又于去年10月首次公開(kāi)發(fā)行股票上市籌集2億美元。公司的基因測(cè)序儀器將于今年初面市,,它還是首次可對(duì)單個(gè)DNA進(jìn)行測(cè)序的儀器,。在相距不遠(yuǎn)的山景城(MountainView)的整合基因公司(Complete Genomics)甚至認(rèn)為,DNA測(cè)序會(huì)變?yōu)橐豁?xiàng)像病理學(xué)那樣的服務(wù)業(yè),。在此領(lǐng)域內(nèi),,所有信息都需要送到超大型的中央實(shí)驗(yàn)室去處理。

  與早期PC機(jī)情形類(lèi)似,,Rothberg發(fā)明的小巧儀器PGM尚無(wú)法與Illumina公司的巨型設(shè)備匹敵,,因前者每次只能對(duì)人類(lèi)基因的很小一部份做測(cè)序。它僅有助于大夫檢測(cè)少數(shù)致病基因引發(fā)的腫瘤,,并核查針對(duì)特定腫瘤的藥物是否有效,,或用于傳染病研究人員想要核實(shí)唾液,或水中究竟有哪些種類(lèi)微生物存在,。

  至少眼下Illumina的CEO Jay Flatley認(rèn)為PGM對(duì)公司產(chǎn)品構(gòu)不成威脅,,因?yàn)楣镜难芯窟M(jìn)展比任何競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手都快。的確,,Illumina的設(shè)備每次基因測(cè)序處理的信息是PGM的1000倍,。Flatley還稱(chēng),公司的研究團(tuán)隊(duì)正集中精力開(kāi)發(fā)能讓IonTorrent公司很快會(huì)被淘汰的新一代測(cè)序科技,,其中包括能對(duì)單個(gè)DNA分子做測(cè)序的技術(shù),。

  然而,Rothberg發(fā)明的秘密在于,,這臺(tái)首個(gè)DNA解碼儀器全部是構(gòu)建在硅片上,,且可迅速提升性能。他稱(chēng),,今年上半年對(duì)儀器的升級(jí),可使其性能比原型機(jī)高出10倍,。他認(rèn)為自己的科技是建立在投資已達(dá)1萬(wàn)億美元的微芯片開(kāi)發(fā)和制造基礎(chǔ)上,。因此,它同樣也符合可快速更新?lián)Q代的摩爾定律(Moores Law),。他最終希望能把PGM的尺寸做到像iPad一樣大小,。

  Rothberg還看到了PGM用于醫(yī)保的潛在機(jī)會(huì)。大夫已開(kāi)始使用HIV的基因突變(genetic mutations)來(lái)預(yù)計(jì),,哪一類(lèi)藥物更適合治療患者的病毒,。他稱(chēng),,大夫們?cè)趯ふ疫@一治療途徑的更佳方法,PGM能幫助他們,。他還表示,,未來(lái)6個(gè)月內(nèi)推出的另一種新機(jī)型,每次能處理200個(gè)或更多的基因信息,,這也是腫瘤學(xué)家亟需的,,可盡快做出診斷,并開(kāi)出藥方的儀器,。

  PGM的應(yīng)用還遠(yuǎn)不止用于癌癥治療,。一些婚后想繁衍后代的夫婦,在懷孕前做基因檢測(cè)大有必要,,此程序可確保嬰兒不會(huì)患上因神經(jīng)鞘脂代謝有關(guān)的隱性常染色體遺傳病,,泰-薩氏病(Tay-Sachsdisease)。這對(duì)PGM的應(yīng)用是絕佳機(jī)會(huì),。

  Rothberg以前絕不相信,,名為結(jié)節(jié)性硬化癥(TSC)的常染色體顯性遺傳性神經(jīng)皮膚綜合征是能夠治愈的。但隨著基因測(cè)序研究上的快速進(jìn)展,,他對(duì)治愈此病的前景更樂(lè)觀,。

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