UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)也可以在本地安裝UCSC基因組瀏覽器,，用于測序數(shù)據(jù)可視化 （三） - UCSC genomebrowser,。UCSC Xena功能基因組瀏覽器是集分析、可視化、Galaxy與一體的新一代在線數(shù)據(jù)分析和可視化平臺,。另外 Xena 提供了ICGC Data Portal的Chrome擴(kuò)展，可以在ICGC的界面加入XENA的Heatmap展示,，不過沒有測試成功,。XENA提供的這個視頻對熟悉XENA的使用提供了很多幫助，剩下的就看你要解決什么問題了,。

K-means聚類：原理簡單的聚類算法對于監(jiān)督學(xué)習(xí)而言,，回歸和分類是兩類基本應(yīng)用場景；K-means是一種啟發(fā)式的聚類算法,，通過迭代的方式來求解,，在初次迭代時，隨機(jī)選擇兩個樣本點(diǎn)作為聚類的中心點(diǎn),，這樣的中心點(diǎn)也叫做質(zhì)心centroids,，然后不斷循環(huán)重復(fù)如下兩個過程。1. cluster assignment,計算樣本與聚類中心點(diǎn)的距離,，選擇距離近的中心點(diǎn)作為該樣本的分類,。2. 計算每個樣本點(diǎn)與該聚類中心的距離，選擇距離最大的點(diǎn)作為聚類中心點(diǎn)。

UCSC Xena:癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析平臺,。UCSC Xena是一個癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析平臺,，支持對癌癥樣本的多種組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化和分析,網(wǎng)址如下。該平臺內(nèi)置了一些公共數(shù)據(jù)集,，比如來自TCGA, ICGC等大型癌癥研究項(xiàng)目的數(shù)據(jù),，不僅可以對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，而且還提供了對應(yīng)文件的下載功能,。以IlluminaHiSeq數(shù)據(jù)集為例,，點(diǎn)擊對應(yīng)的鏈接可以看到該數(shù)據(jù)集的下載鏈接以及數(shù)據(jù)的一個概述，示意如下,。

癌癥數(shù)據(jù)庫專題-ICGC數(shù)據(jù)庫成立背景,。ICGC的主要目標(biāo)是在全球范圍內(nèi)具有臨床和社會重要性的50種不同癌癥類型和/或亞型的腫瘤中生成全面的基因組異常（體細(xì)胞突變，基因異常表達(dá),，表觀遺傳修飾）目錄數(shù)據(jù),，盡可能快地向整個研究團(tuán)體提供數(shù)據(jù)，并且以最小的限制,，加速研究癌癥的成因和控制,。今天的數(shù)據(jù)庫學(xué)習(xí)就簡單介紹到這，總體來說ICGC是一個新興強(qiáng)大的數(shù)據(jù)庫,，可以為癌癥基因?qū)W習(xí)研究提供有用的信息,。

知道這些套路,，導(dǎo)師再也不用擔(dān)心我不會統(tǒng)計學(xué)了,。為什么不同資料要用不同的統(tǒng)計學(xué)分析方法呢？比如蘋果,，橙子,，那我想知道蘋果，橙子之間的不同,，那我可以從重量,，形態(tài)，體積大小,，顏色,，甜度，口感,，種屬關(guān)系等不同角度去測量然后得到數(shù)據(jù)（也就是統(tǒng)計學(xué)資料）,，重量可以測量（得到計量資料），然后我們就可以用獨(dú)立樣本的 t 檢驗(yàn)分析得出蘋果跟橙子在重量上是有差異的也就是這兩種水果是不同的,。

臨床研究中的樣本量計算,。

統(tǒng)計分析方法,。統(tǒng)計分析是一種定量分析，統(tǒng)計分析方法,，統(tǒng)計方法,，是一種定量方法，數(shù)學(xué)方法,，數(shù)學(xué)模型,。主要是參數(shù)估計和假設(shè)檢驗(yàn)，然后有,，回歸分析,，因子分析，聚類分析,，主成分分析,，判別分析，典型相關(guān)分析,，方差分析等,。運(yùn)用統(tǒng)計分析方法,，第一步數(shù)據(jù)搜集,，樣本數(shù)據(jù)統(tǒng)計，建立數(shù)據(jù)庫,，首先得有數(shù)據(jù),，沒有數(shù)據(jù)，如何進(jìn)行統(tǒng)計分析,，數(shù)據(jù)分析,。

數(shù)據(jù)科學(xué)之統(tǒng)計學(xué)子篇——統(tǒng)計方法。二,、統(tǒng)計分析方法的特征,；4、統(tǒng)計分析,。采用統(tǒng)計分析方法進(jìn)行研究,，是研究達(dá)到高水平的客觀要求，應(yīng)用統(tǒng)計分析方法進(jìn)行科學(xué)研究,，有以下幾個基本特征：4,、可比性（可比性是統(tǒng)計分析的最核心特征，如果統(tǒng)計分析的數(shù)據(jù)沒有可比性,，那么是沒有任何意義的）統(tǒng)計分析方法,，按不同的分類標(biāo)志，可劃分為不同的類別,，而常用的分類標(biāo)準(zhǔn)是功能標(biāo)準(zhǔn),，依此標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行劃分，統(tǒng)計分析可分為描述統(tǒng)計和推斷統(tǒng)計。

醫(yī)學(xué)統(tǒng)計學(xué)分析基本思路指南醫(yī)學(xué)統(tǒng)計學(xué)分析基本思路指南,。不同研究目的采用的統(tǒng)計方法不同,，常見的研究目的主要有三類：一是差異性研究，即比較組間均數(shù),、率等的差異,，可用的方法有t檢驗(yàn)、方差分析,、χ2檢驗(yàn),、非參數(shù)檢驗(yàn)等。圖1.6簡要列出了不同研究目的,、不同數(shù)據(jù)類型常用的統(tǒng)計分析方法,。（3）選定統(tǒng)計方法后，需要利用統(tǒng)計軟件具體實(shí)現(xiàn)統(tǒng)計分析過程,。但統(tǒng)計學(xué)結(jié)論不同于專業(yè)結(jié)論,，最終還需要結(jié)合實(shí)際做出合理專業(yè)結(jié)論。

華中科技大學(xué)Bioinformatics發(fā)文：癌癥基因組大數(shù)據(jù)分析平臺,。該論文題目為《GSCALite,，一個基因集癌癥分析的在線平臺》（GSCALite: A Web Server for Gene Set Cancer Analysis）。GSCALite提供了一個多合一癌癥基因組基因集分析平臺,，是一個節(jié)省時間且直觀的工具,，能夠用于揭示癌癥基因組學(xué)大數(shù)據(jù)價值，使得沒有任何編程技能的實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家也可使用癌癥組學(xué)大數(shù)據(jù),，有助于癌癥研究領(lǐng)域的機(jī)制和藥物的發(fā)現(xiàn),。

然而，也有一小部分低分化的未知來源腫瘤的患者目前仍無法確定原發(fā)腫瘤的位置,，且這部分患者人數(shù)也并不太少,。研究者從一家醫(yī)療機(jī)構(gòu)的2000年至2012年的751例未知腫瘤來源的患者中選擇了30例通過其他方法無法明確腫瘤來源的患者來檢測分子腫瘤分析的有效性[10]。分子腫瘤分析成功的為25例患者（83%）提供了腫瘤來源的信息,，其中包括一些目前有特異性有效治療方案的腫瘤,，如生殖細(xì)胞腫瘤、黑色素瘤和淋巴瘤,。

生存分析指根據(jù)試驗(yàn)或調(diào)查得到的數(shù)據(jù)對生物或人的生存時間進(jìn)行分析和推斷,，研究生存時間和結(jié)局與眾多影響因素間關(guān)系及其程度大小的方法，也稱生存率分析或存活率分析,。壽命表是描述一段時間內(nèi)生存狀況,、終點(diǎn)事件和生存概率的表格，需計算累積生存概率即每一步生存概率的乘積 (也可能是原始生存概率),，可完成對病例隨訪資料在任意指定時點(diǎn)的生存狀況評價,。對應(yīng)TCGA的數(shù)據(jù),，一般根據(jù)某個基因的表達(dá)量或突變有無對個體進(jìn)行分組。

今天我們要對TCGA里面的任意基因做生存分析,，最關(guān)鍵的我們要批量做生存分析，然后選取生存差異最顯著的基因,。times bcrpatientbarcode patient.vital_status 1 3767 TCGA-3C-AAAU 0 2 3801 TCGA-3C-AALI 0 3 1228 TCGA-3C-AALJ 0 4 1217 TCGA-3C-AALK 0 5 158 TCGA-4H-AAAK 0 6 1477 TCGA-5L-AAT0 0.這時候把癌和癌旁的數(shù)據(jù)作差異分析,，得到的基因與今天獲得的基因取交集，就可以獲得又差異表達(dá),，又對生存有影響的基因了,。

TCGA miRNASeq 數(shù)據(jù)生存分析。2,、合并完后的數(shù)據(jù)列為geneID,，行為Barcode（TCGA對樣本的分類），但是,，后面我做數(shù)據(jù)時發(fā)現(xiàn)中間有一行數(shù)據(jù)是無用的,，顯示read_count（檢查用的COAD RNASeq數(shù)據(jù)也出現(xiàn)了一樣的情況），以前的簡易小工具教程中沒有提到過,，可能是在合并文件時有點(diǎn)小瑕疵,。rna_vm colnames(rna_vm) hist(rna_vm) #檢查數(shù)據(jù)是否正常分布。z_rna rownames(z_rna) rm(rna_vm) event_rna.

TCGA 數(shù)據(jù)的下載,。Dataset-------輸入種類--------直接下載,。另外一種鏈接這個數(shù)據(jù)庫的方法是Theninstall the cgds-R package from within R: install.packages(''''''''''''''''cgdsr'''''''''''''''')R包。提供了下載TCGA數(shù)據(jù)庫的Ｒ包,。

my ($patient_id,$age,$gender,$stage_pathologic_T,$stage_pathologic_M,$stage_pathologic_N,$vital_status,$days_to_death);$stage_pathologic_T = $1 if ($_ =~ /<shared_stage:pathologic_T.*?$stage_pathologic_M = $1 if ($_ =~ /<shared_stage:pathologic_M.*?print "$patient_id\t$age\t$gender\t$stage_pathologic_T\t$stage_pathologic_M\t$stage_pathologic_N\t$vital_status\t$days_to_death\n";

Python min() 函數(shù) | 菜鳥教程Python min() 函數(shù)。/usr/bin/pythonprint ''''''''min(80, 100, 1000) : '''''''', min(80, 100, 1000)print ''''''''min(-20, 100, 400) : '''''''', min(-20, 100, 400)print ''''''''min(-80, -20, -10) : '''''''', min(-80, -20, -10)print ''''''''min(0, 100, -400) : '''''''', min(0, 100, -400)

Python max() 函數(shù) | 菜鳥教程Python max() 函數(shù),。以下展示了使用 max() 方法的實(shí)例： 實(shí)例(Python 2.0 ) #!/usr/bin/python print ''''''''max(80, 100, 1000) : '''''''', max(80, 100, 1000)print ''''''''max(-20, 100, 400) : '''''''', max(-20, 100, 400)print ''''''''max(-80, -20, -10) : '''''''', max(-80, -20, -10)print ''''''''max(0, 100, -400) : '''''''', max(0, 100, -400)

Python log10() 函數(shù) | 菜鳥教程Python log10() 函數(shù),。/usr/bin/pythonimport math # 導(dǎo)入 math 模塊print ''''''''math.log10(100.12) : '''''''', math.log10(100.12)print ''''''''math.log10(100.72) : '''''''', math.log10(100.72)print ''''''''math.log10(119L) : '''''''', math.log10(119L)print ''''''''math.log10(math.pi) : '''''''', math.log10(math.pi)

以下展示了使用 log() 方法的實(shí)例： 實(shí)例(Python 2.0 ) #!/usr/bin/python# -*- coding: UTF-8 -*- import math # 導(dǎo)入 math 模塊 print ''''''''math.log(100.12) : '''''''', math.log(100.12)print ''''''''math.log(100.72) : '''''''', math.log(100.72)print ''''''''math.log(119L) : '''''''', math.log(119L)print ''''''''math.log(math.pi) : '''''''', math.log(math.pi)# 設(shè)置底數(shù)print ''''''''math.log(10,2) : '''''''', math.log(10,2)