SPSS軟件制作生存曲線是最經(jīng)典的做法，只要你有數(shù)據(jù)就能做,，就是不熟悉SPSS的孩紙會(huì)感覺稍稍復(fù)雜。GraphdPad Prism軟件是一款超級(jí)好用的專業(yè)醫(yī)學(xué)繪圖軟件,，在醫(yī)藥生物領(lǐng)域被廣泛使用，擁有ROC曲線分析,、Bland-Altman分析功能以及GraphPad Prism的線性/非線性擬合功能,，所以，制作生存曲線對(duì)它來說只是小菜,。R語言做生存曲線作為今天的壓軸方法,，在這里以TCGA數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)為例，分析差異基因表達(dá)情況與患者的生存關(guān)系,。

Funrich數(shù)據(jù)庫選項(xiàng)目前支持的豐富分析：生物過程、細(xì)胞成分,、分子函數(shù),、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域、表達(dá)位點(diǎn)(正常組織,、癌組織,、細(xì)胞類型和細(xì)胞系)、生物途徑,、轉(zhuǎn)錄因子、臨床概要表型術(shù)語,。除了這些分析,，F(xiàn)unRich還能做相互作用分析，在側(cè)邊欄我們可以看到這些基因主要通路,，右鍵還可以看某一通路的基因和位置,。如果你要分析miRNA的功能富集分析，首先點(diǎn)擊miRNA enrichment,輸入數(shù)據(jù)（同上）,。所有miRNA的靶基因：和每個(gè)miRNA的相關(guān)靶基因：

其輸入數(shù)據(jù)包含兩部分，一是已知功能的基因集 (可以是GO注釋,、MsigDB的注釋或其它符合格式的基因集定義),，一是表達(dá)矩陣 (也可以是排序好的列表)，軟件會(huì)對(duì)基因根據(jù)其與表型的關(guān)聯(lián)度(可以理解為表達(dá)值的變化)從大到小排序,，然后判斷基因集內(nèi)每條注釋下的基因是否富集于表型相關(guān)度排序后基因表的上部或下部,，從而判斷此基因集內(nèi)基因的協(xié)同變化對(duì)表型變化的影響。其中n是列表中的基因數(shù)目，nh是基因集中的基因數(shù)目,。

在“輸入基因名稱”字段中輸入一個(gè)基因符號(hào)或基因ID(Ensembl ID),，然后單擊“GoPIA！”按鈕搜索感興趣的基因,。匹配正常數(shù)據(jù)：選擇“只有TCGA腫瘤”,、“TCGA腫瘤+TCGA正常+GTEx正常”或“TCGA腫瘤+TCGA正?！边M(jìn)行繪圖,。TCGA腫瘤/TCGA正常/GTEx/表達(dá)數(shù)據(jù)集：在“TCGA腫瘤”、“TCGA法線”或“GTEx”字段中選擇感興趣的癌癥類型,，然后單擊“Add”在“二手表達(dá)式數(shù)據(jù)集”字段中構(gòu)建數(shù)據(jù)集列表,。TCGA腫瘤/TCGA正常/GTEx/表達(dá)數(shù)據(jù)集。

進(jìn)行TCGA數(shù)據(jù)差異分析最好的方法竟然是這個(gè)！在這個(gè)編號(hào)中,，TCGA表示該數(shù)據(jù)來源于TCGA數(shù)據(jù)庫,，TCGA數(shù)據(jù)庫中的所有樣本均以TCGA為開頭，3T表示組織來源編碼,，不同的字母和數(shù)字表示不同的組織來源,；最關(guān)鍵的是第四位的數(shù)字，它表示樣本類型,，在TCGA中,，01-09編號(hào)表示腫瘤，10-19表示正常對(duì)照（https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes）,，在TCGA樣本名中,，這個(gè)位置最常見的就是01和11。

單基因分析里最后一個(gè)能做的就是單基因的相關(guān)性分析了,。多基因分析時(shí)和單基因分析的套路一樣,，基因表達(dá)水平的呈現(xiàn)，相關(guān)性分析和PCA主成分分析,。一般基因2個(gè)或者3個(gè)主成分分析,。針對(duì)癌癥類型的研究和前面兩塊從基因出發(fā)，在特定的腫瘤中進(jìn)行分析的思路不同,，相反是從指定的某種腫瘤類型出發(fā),，找出最有意義的基因，可以是在腫瘤和正常之間存在表達(dá)差異基因,，或者是最能有效對(duì)患者進(jìn)行生存和疾病進(jìn)展預(yù)后的基因,。

比對(duì)TCGA的癌種數(shù)據(jù),，進(jìn)行分子亞型聚類分析、免疫相關(guān)的亞型分析以及泛癌研究,。除了對(duì)TCGA多個(gè)腫瘤的表達(dá),、分期、預(yù)后,、相關(guān)性的分析之外,，此次更新還做了更多數(shù)據(jù)可視化的新嘗試，進(jìn)一步完善了TCGA數(shù)據(jù)的基因異構(gòu)體信息,、泛癌研究以及三維散點(diǎn)圖,，效果喜人。感謝以GEPIA為代表的眾多生信分析平臺(tái),，讓處在科研金字塔底層的眾多科研小白和年輕臨床醫(yī)師有機(jī)會(huì)接觸到以前只有高大上實(shí)驗(yàn)室才能接觸到的RNAseq數(shù)據(jù)和分析技術(shù),。

A基因幾乎只在乳腺表達(dá),，而且在乳腺癌中明顯高表達(dá)B基因在全身廣泛表達(dá),，但是表達(dá)風(fēng)度不高，而在乳腺癌中表達(dá)顯著提高好了頁面往下拉就可以看到這個(gè)基因在多個(gè)癌癥癌和癌旁的表達(dá)情況,，我們可以看出他在乳腺癌中是高表達(dá)的但是在其他許多癌癥中也明顯差異表達(dá),，這張表不會(huì)讓你漏掉其他癌癥，如果恰巧實(shí)驗(yàn)室有人在做那個(gè)癌癥,，你就可以跟他合伙搞一搞嘛,。藍(lán)后檢索一下VDAC1和乳腺癌的文章，發(fā)現(xiàn)少之又少,，開始吧,。

在“輸入基因名稱”字段中輸入一個(gè)基因符號(hào)或基因ID(Ensembl ID)，然后單擊“GoPIA,！”按鈕搜索感興趣的基因,。匹配正常數(shù)據(jù)：選擇“只有TCGA腫瘤”、“TCGA腫瘤+TCGA正常+GTEx正?！被颉癟CGA腫瘤+TCGA正常”進(jìn)行繪圖,。TCGA腫瘤/TCGA正常/GTEx/表達(dá)數(shù)據(jù)集：在“TCGA腫瘤”,、“TCGA法線”或“GTEx”字段中選擇感興趣的癌癥類型，然后單擊“Add”在“二手表達(dá)式數(shù)據(jù)集”字段中構(gòu)建數(shù)據(jù)集列表,。TCGA腫瘤/TCGA正常/GTEx/表達(dá)數(shù)據(jù)集,。

除了單核苷酸多態(tài)、Biospecmen,，其他各個(gè)類型的數(shù)據(jù)下載下來都是類似的 一個(gè)樣本一個(gè)文件的樣子,，所以此時(shí)我們就需要將這些樣本合并成矩陣，故點(diǎn)擊“合并文件”按鈕，彈出文件選擇框,，選擇我們下載好的文件的文件夾,，里面包含了一個(gè).log結(jié)尾的文件，我們選擇該log文件即可將這些樣本進(jìn)行合并,，該log文件記錄了本次下載中所有的樣本的下載信息,，所以軟件根據(jù)該文件對(duì)這些樣本進(jìn)行合并成最終的矩陣。

na(dat$OS_STATUS),]dat$OS_STATUS=as.dat$brca1_group=ifelse(dat$BRCA1 > median(dat$BRCA1),''''''''high'''''''',''''''''low'''''''')dat$brca2_group=ifelse(dat$BRCA2 > median(dat$BRCA2),''''''''high'''''''',''''''''low'''''''')attach(dat)table(brca1_group,brca2_group)dat=cbind(choose_clinicaldata[rownames(mut_df),c(''''''''OS_STATUS'''''''',''''''''OS_MONTHS'''''''')],mut_df)dat=dat[dat$OS_MONTHS > 0

由于HOXB13是一種轉(zhuǎn)錄因子,，那就是說HOXB13是可以結(jié)合到DNA上的，于是,，就用HOXB13的ChIP結(jié)果去和GWAS上前列腺癌易感的SNP數(shù)據(jù)做了比對(duì),，結(jié)果發(fā)現(xiàn)還真就有那么幾個(gè)SNP位點(diǎn)有可能有關(guān)系。HOXB13（結(jié)合了AR的蛋白復(fù)合體）通過HOXB13結(jié)合到rs339331的高危型等位基因[T]后,，激活了RFX6的轉(zhuǎn)錄,，導(dǎo)致了前列腺癌的惡化。感謝大家一直以來對(duì)“實(shí)驗(yàn)萬事屋”的支持,，有很多小伙伴對(duì)萬事屋和背后辛勤工作的右哉和李莫愁博士充滿好奇,。

補(bǔ)鉀 ≠ 補(bǔ)氯化鉀,，正確補(bǔ)鉀方案在這里,。氯化鉀，枸櫞酸鉀,，醋酸鉀,，谷氨酸鉀，門冬氨酸鉀鎂都可以在臨床用于補(bǔ)鉀,。補(bǔ)鉀 3,、6、9 指的是鉀還是氯化鉀,？輕度缺鉀,，血清鉀 3.0~3.5 mmol/L，需補(bǔ)鉀 100 mmol（相當(dāng)于氯化鉀 8 g）,，注意 100 mmol鉀是 3.9 g,，如果用氯化鉀補(bǔ)大概要 8 g，可見補(bǔ)鉀和補(bǔ)氯化鉀不是一回事,。指的是輕度缺鉀一天額外補(bǔ)充氯化鉀 3 g,，中度缺鉀一天額外補(bǔ)充氯化鉀 6 g，重度缺鉀一天額外補(bǔ)充氯化鉀 9 g,。

阿司匹林是一個(gè)百年經(jīng)典老藥，隨著對(duì)阿司匹林認(rèn)識(shí)的逐漸深入,，阿司匹林已經(jīng)成為預(yù)防心腦血管疾病,，尤其是預(yù)防心梗、腦梗的最大處方量的藥物,。阿司匹林抗血小板聚集的機(jī)理主要是因?yàn)榘⑺酒チ植豢赡孓D(zhuǎn)地抑制血小板上的一種酶,，從而達(dá)到抑制血小板的聚集，減少動(dòng)脈粥樣硬化產(chǎn)生的諸多惡果,，比如心梗和腦梗,。根據(jù)這些藥理特性，阿司匹林腸溶片在體內(nèi)的代謝,，幾乎可以確定的是24小時(shí)左右即可代謝完畢,，所以，阿司匹林需要每日服用,。

TCGA數(shù)據(jù)庫全稱為The Cancer Genome Atlas,，主要儲(chǔ)存關(guān)于各類腫瘤的一個(gè)基本信息,，包括RNAseq，miRNAseq,，DNA甲基化,，CNV，SNP等信息,，它是目前為止可以獲得的公開數(shù)據(jù)庫里面數(shù)據(jù)相對(duì)全面的一個(gè),，在各個(gè)領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用，為腫瘤基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究者提供了海量的基因組數(shù)據(jù)和與其關(guān)聯(lián)的臨床數(shù)據(jù),這為挖掘有意義的基因組變化和發(fā)現(xiàn)影響腫瘤起始,、發(fā)展,、分化、轉(zhuǎn)移等生物學(xué)機(jī)制提供了海量數(shù)據(jù)基礎(chǔ),。

① SCI論文有的雜志需要交版面費(fèi)，即提供Open Access（簡稱OA,，開放存?。┓?wù)的雜志，這些雜志是要求作者交版面費(fèi),，其他閱讀者可以免費(fèi)下載論文；銀行轉(zhuǎn)賬繳納版面費(fèi)是指根據(jù)發(fā)票的信息去銀行柜臺(tái)直接轉(zhuǎn)賬或者網(wǎng)上銀行轉(zhuǎn)賬,，通過銀行國際轉(zhuǎn)賬需要以下信息,，一般發(fā)票上都有,。銀行柜臺(tái)轉(zhuǎn)賬版面費(fèi)流程?中文期刊錄稿后，跟錄稿函一起的還有版面費(fèi)通知,，一般來說,，中文期刊的匯款信息很詳細(xì)，根據(jù)匯款通知網(wǎng)上或者銀行柜臺(tái)轉(zhuǎn)賬即可,。

文章用圖的修改和排版（1）第三個(gè)視頻是剪切蒙版的使用和針對(duì)其它不同類型圖的特殊操作,。2. 剪切蒙版：如果想剪切掉圖中的某一部分，可以繪制一個(gè)矩形,、圓形或任意不規(guī)則形狀覆蓋住需要保留的部分,，然后同時(shí)選中這兩個(gè)元素（繪制的形狀框在被剪切的圖之上），按右鍵,，選擇剪切蒙版,，就可以完成剪切操作。而在修改圖時(shí),，也可以不斷的釋放剪切蒙版,，方便對(duì)不同圖層的操作。5. 吸管工具：給一個(gè)組分賦予另一個(gè)組分的屬性,。

經(jīng)過審稿，如果論文沒有被直接“槍斃”,，那作者就得按照審稿人的意見修改論文,，再把論文發(fā)回給刊物編輯。而如果實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)說明審稿人的解釋不合理,，那么在修改論文時(shí),，可以寫：“對(duì)于以上數(shù)據(jù)還有另外一種解釋……但我們的實(shí)驗(yàn)結(jié)果并不支撐這種解釋?！边@么做的“原理”就在于：審稿人代表讀者來讀你的稿子,，如果你只是在答辯信中告訴審稿人他的解釋不成立，而沒有把相關(guān)內(nèi)容寫到論文里,，那么讀者讀到你的論文,，同樣會(huì)產(chǎn)生困惑。

婦產(chǎn)科手術(shù)切口分類及抗菌藥物的應(yīng)用,。既往手術(shù)切口分類：I類清潔切口,、II類可能污染、III類污染切口,。預(yù)防應(yīng)用抗生素主要適用于II類即清潔－污染切口及部分污染較輕的III類切口手術(shù),。II類清潔－污染切口及部分III類（污染）切口手術(shù)，主要是進(jìn)入胃腸道（從口咽部開始）,、呼吸道,、女性生殖道的手術(shù),；I類切口術(shù)后用藥時(shí)間應(yīng)不超過24小時(shí)，必要時(shí)可延長至48小時(shí),，II類切口與I類切口相同,，III類切口可根據(jù)實(shí)際情況應(yīng)用3-7天。

Graphpad Prism 8.0繪制XY軸雙誤差線圖,。1. 打開Graphpad Prism 8.0軟件,，在New table ＆ graph下選擇XY，Opitions,，選擇Number with error vlaues to plot horizontal error bars(X軸均值與誤差線),，Y：Enter Mean，SD,，N,，Create。Clone時(shí)選擇刪除原有XY數(shù)值：今天給大家分享了使用Graphpad Prism 8.0繪制XY軸雙誤差線圖以及如何設(shè)置模仿ggplot2風(fēng)格與example的保存,，希望對(duì)大家有所幫助,，謝謝大家!GraphPad Prism 8 系列。