宏基因組測(cè)序能夠高通量的分析來(lái)自不同環(huán)境的復(fù)雜菌群的組成和功能結(jié)構(gòu),。利用宏基因組數(shù)據(jù)，我們可發(fā)現(xiàn)人類腸道微生物組結(jié)構(gòu),、功能及變異,，以及與宿主生理的關(guān)聯(lián)（例如疾病、免疫功能和對(duì)癌癥治療的反應(yīng)等）,。然而,，宏基因組數(shù)據(jù)使用相對(duì)豐度來(lái)衡量每個(gè)微生物物種的豐度，這就意味著,，某一種微生物的豐度變化會(huì)導(dǎo)致其他物種的相對(duì)變化,，從而導(dǎo)致偏差,，這可能在關(guān)聯(lián)研究中造成假陽(yáng)性和假陰性。

目前關(guān)于微生物絕對(duì)定量的方法,，包括基于流式細(xì)胞儀進(jìn)行細(xì)胞計(jì)數(shù),、qPCR或者添加spike內(nèi)參等。今天,，我們來(lái)看一下近期最新發(fā)表于《Cell》的文章宏基因組絕對(duì)定量的新方法,，該研究開發(fā)了一個(gè)通過(guò)宏基因組數(shù)據(jù)來(lái)預(yù)測(cè)糞便微生物載量（microbial loads）的機(jī)器學(xué)習(xí)模型，同時(shí)獲得注釋到的不同物種載量,。

文章基于2個(gè)獨(dú)立的大規(guī)模人群糞便樣本數(shù)據(jù),，初步探究了微生物負(fù)荷和腸道菌群之間的關(guān)系?；贛LP（微生物負(fù)荷預(yù)測(cè)模型）,，研究證明了微生物負(fù)荷（每克微生物細(xì)胞數(shù)）是腸道微生物組變異的主要決定因素，并與多種宿主因素相關(guān),，包括年齡,、飲食和藥物使用。研究進(jìn)一步發(fā)現(xiàn),，對(duì)于幾種疾病來(lái)說(shuō),，微生物負(fù)荷的變化，而非疾病本身,，更能強(qiáng)烈解釋患者腸道微生物組的變化,。調(diào)整這一影響后，大多數(shù)與疾病相關(guān)的物種的統(tǒng)計(jì)顯著性顯著降低,。我們的分析揭示,，糞便微生物負(fù)荷是微生物組研究中的一個(gè)主要混雜因素，突顯了其在理解健康和疾病中微生物組變異的重要性,。

凌恩生物醫(yī)口宏基因組

絕對(duì)定量解決方案

凌恩生物參考《Cell》文章，開發(fā)了醫(yī)口人腸道樣本宏基因組微生物絕對(duì)定量解決方案,，基于reads層面物種注釋（mOTUs和MetaPhlAn）,，通過(guò)微生物載量預(yù)測(cè)模型（MLP）獲得人腸道糞便樣本中微生物總載量（個(gè)樣本每克的預(yù)測(cè)微生物細(xì)胞數(shù)），以及定量微生物組特征（QMP）,。有效減少由相對(duì)豐度帶來(lái)的偏差,，以獲得更真實(shí)、準(zhǔn)確的結(jié)果,，從而更準(zhǔn)確地揭示疾病與微生物之間的關(guān)系,，為您的研究保駕護(hù)航！

參考文獻(xiàn)

Nishijima et al., Fecal microbial load is a major determinant of gut microbiome variation and a confounder for disease associations, Cell, 2025. https://doi.org/10.1016/j.cell.