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今天給大家介紹的一篇文章題目為“The m6A reader YTHDF1 promotes ovarian cancer progression via augmenting EIF3C translation”（M6A閱讀器YTHDF1通過增強(qiáng)EIF3C翻譯促進(jìn)卵巢癌進(jìn)展）。 引言 N6-甲基腺苷(m6A)是哺乳動(dòng)物mRNA中含量最豐富的RNA修飾,，越來越多的證據(jù)表明m6A在人類腫瘤發(fā)生中起關(guān)鍵作用,。然而，m6A特別是它的“讀者”YTHDF1,，是否靶向涉及蛋白質(zhì)翻譯的基因,，從而影響癌細(xì)胞中的整體蛋白質(zhì)產(chǎn)生在很大程度上是未知的。 研究方法 一：YTHDF1表達(dá)增加與卵巢癌患者預(yù)后不良相關(guān),。 (A)根據(jù)cBioPortal數(shù)據(jù)集m6A相關(guān)基因在卵巢癌中的基因突變率,。 (B)根據(jù)cBioPortal數(shù)據(jù)集(TCGA Nature 2011)在卵巢癌中m6A相關(guān)基因的基因表達(dá)。 (C)TCGA Nature 2011卵巢癌數(shù)據(jù)集中基因表達(dá)與拷貝數(shù)狀態(tài)之間的相關(guān)性分析,。 (D和E)在GEO數(shù)據(jù)集中卵巢癌和正常卵巢表面上皮中YTHDF1的相對(duì)RNA水平,。 (F)CSIOVDB中卵巢癌患者的Kaplan-Meier分析YTHDF1表達(dá)與無病生存率以及總生存率之間的相關(guān)性。 (G)在卵巢癌組織,、輸卵管和正常卵巢表面上皮中YTHDF1表達(dá)的代表性免疫組織化學(xué)圖像,。比例尺，100微米,。 (H)通過免疫組織化學(xué)評(píng)估的輸卵管,、卵巢表面上皮和卵巢癌標(biāo)本中的相對(duì)YTHDF1蛋白表達(dá),。數(shù)據(jù)顯示為平均值±SD。 二：YTHDF1抑制細(xì)胞生長(zhǎng)和遷移的體外實(shí)驗(yàn)研究,。 (A)靶向YTHDF1或?qū)φ誷hRNA兩個(gè)獨(dú)立shRNA感染的A2780和SKOV3細(xì)胞中YTHDF1表達(dá)的 Western印跡分析,。 (B)進(jìn)行CCK8測(cè)定以確定YTHDF1在A2780和SKOV3細(xì)胞中被敲低后的細(xì)胞生長(zhǎng)。 (C)(A)中描述的A2780和SKOV3細(xì)胞的EdU測(cè)定,。比例尺,，100微米。 (D)所示的EdU陽性細(xì)胞的定量,。 (E)描述的A2780和SKOV3細(xì)胞的集落形成測(cè)定,。 (F)YTHDF1的敲低降低了A2780細(xì)胞的遷移和侵襲能力。比例尺,，200微米,。 (G)YTHDF1的敲低降低了SKOV3細(xì)胞的遷移和侵襲能力。 三：YTHDF1對(duì)小鼠卵巢癌細(xì)胞生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移的影響,。 (A-C)YTHDF1抑制損害了異種移植腫瘤的生長(zhǎng),。空載體或YTHDF1基因敲低載體的A2780細(xì)胞皮下注射裸鼠,。 (B)每4天測(cè)量腫瘤大小并繪制生長(zhǎng)曲線。每組裸鼠體內(nèi)取腫瘤,，移植后28天拍照,測(cè)量腫瘤重量(C),。比例尺10毫米。 (D-F)異種移植腫瘤中Ki-67和caspase-3陽性染色的代表性免疫組織化學(xué)結(jié)果和定量,。比例尺,，20微米。 (G)來源于YTHDF1敲低或?qū)φ誂2780細(xì)胞的腹腔轉(zhuǎn)移性腫瘤的代表性圖像和定量,。 四：卵巢癌細(xì)胞YTHDF1靶點(diǎn)的鑒定,。 (A)由RNA-seq鑒定的差異表達(dá)基因(DEGs)的熱圖。 (B)二甘醇的GO富集分析,。 (C-F)GSEA圖顯示YTHDF1改變的DEGs途徑與卵巢癌細(xì)胞有關(guān),。 (G)通過使用m6A-seq數(shù)據(jù)的MEME基序分析檢測(cè)到的m6A基序。 (H)通過m6A修飾的各種RNA種類的百分比,。 (I)在卵巢癌細(xì)胞中跨mRNA轉(zhuǎn)錄組富集m6A的宏基因譜,。 (J)由RIP-seq鑒定的YTHDF1靶向轉(zhuǎn)錄物的分布。 (K)由m6A-seq,，RIP-seq和RNA-seq鑒定的基因的重疊分析,。 (L)所述基因的GO分析。 五：EIF3C是YTHDF1在卵巢癌細(xì)胞中的靶點(diǎn),。 (A)由eCLIP-seq鑒定的YTHDF1靶向轉(zhuǎn)錄物的分布,。 (B)用eCLIP-seq數(shù)據(jù)通過HOMER基序分析檢測(cè)到的YTHDF1結(jié)合位點(diǎn)的共有序列。 (C)YTHDF1結(jié)合位點(diǎn)在不同基因區(qū)域內(nèi)的分布(左)和富集(右)。富集是通過m6A峰與區(qū)域長(zhǎng)度的歸一化比例來測(cè)量的,。 (D)維恩圖說明了由RIP-seq,m6A-seq和RNA-seq 分析鑒定的YTHDF1的靶標(biāo)(647)和由eCLIP-seq鑒定的靶標(biāo)(2343)的重疊,。 (E)顯示來自RIP-seq，eCLIP-seq,，m6A-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)的YTHDF1的靶標(biāo)的Circos圖,。 (F-J)m6A峰和YTHDF1結(jié)合峰在轉(zhuǎn)錄本中的分布。 (K)CLIP-qPCR檢測(cè)YTHDF1與靶基因之間的相互作用,。 結(jié)論 總之,，研究確定翻譯起始因子EIF3C是YTHDF1在卵巢癌細(xì)胞中的直接靶點(diǎn)。YTHDF1以m6A依賴的方式控制EIF3C的翻譯,，并影響作為致癌調(diào)節(jié)劑的整體蛋白質(zhì)翻譯,。因此，靶向YTHDF1可能是卵巢癌治療的有希望的候選藥物,。 免責(zé)聲明：本號(hào)所載內(nèi)容,、圖片來源互聯(lián)網(wǎng)，微信公眾號(hào)等公開渠道,，僅交流之目的,，不存在任何商業(yè)行為。對(duì)轉(zhuǎn)載,、分享,、陳述、觀點(diǎn)保持中立,，版權(quán)歸原作者和機(jī)構(gòu)所有,，如有侵權(quán)，請(qǐng)聯(lián)系我們,，我們將即刻刪除妥善處理,。 |
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