摘要

網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的應(yīng)用極大地促進(jìn)了中醫(yī)藥對(duì)疾病治療機(jī)理的科學(xué)闡釋,。然而，網(wǎng)絡(luò)藥理分析所需的數(shù)據(jù)分散在不同的資源中,。本文通過(guò)對(duì)多種資源的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合和重組,，開(kāi)發(fā)了中醫(yī)藥特有的智能網(wǎng)絡(luò)藥理平臺(tái)INPUT（http://cbcb./INPUT/)用于自動(dòng)進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)藥理分析,。該系統(tǒng)除了對(duì)多種資源收集的數(shù)據(jù)進(jìn)行整理外,，還嵌入了一系列用于網(wǎng)絡(luò)藥理分析的生物信息學(xué)工具，使其成為首個(gè)能夠探索中醫(yī)藥治療機(jī)理的自動(dòng)化平臺(tái),。通過(guò)內(nèi)置工具,，研究人員還可以分析自己的內(nèi)部數(shù)據(jù)，獲得關(guān)鍵成分,、GO和KEGG途徑,、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用等結(jié)果。此外,，作為原理證明,，INPUT被應(yīng)用于破譯一種常用處方的抗抑郁機(jī)制?？傊?，INPUT是一個(gè)強(qiáng)大的網(wǎng)絡(luò)藥理分析平臺(tái)，將促進(jìn)藥物發(fā)現(xiàn)的研究,。

網(wǎng)站界面

http://cbcb./INPUT/

表1 INPUT的數(shù)據(jù)來(lái)源

圖1 INPUT平臺(tái)數(shù)據(jù)整合概述

圖2 INPUT的主要模塊

INPUT包括四個(gè)主要模塊,，即網(wǎng)絡(luò)藥理、富集分析,、數(shù)據(jù)查詢(xún)和數(shù)據(jù)瀏覽,。

圖3 網(wǎng)絡(luò)藥理分析的結(jié)果

(A)草藥-活性成分-常見(jiàn)靶點(diǎn)-疾病的網(wǎng)絡(luò)。不同顏色的節(jié)點(diǎn)表示不同的類(lèi)別,，藍(lán)色代表草藥,，紅色代表常見(jiàn)靶標(biāo)，黃色代表疾病,，綠色代表活性成分,。節(jié)點(diǎn)的大小與其重要性有關(guān)。(B)富集的KEGG通路,。X軸表示KEGG術(shù)語(yǔ)的基因比率,。Y軸表示KEGG術(shù)語(yǔ)的名稱(chēng)。圓圈的顏色表示調(diào)整后的P值；圓圈的大小與術(shù)語(yǔ)中基因的數(shù)量有關(guān),。（C-E）富集的GO術(shù)語(yǔ),，即生物過(guò)程(C)、分子功能(D)和細(xì)胞組分(E),。X軸代表富集基因的數(shù)量,。Y軸是相關(guān)的術(shù)語(yǔ)。(F)共同靶標(biāo)的PPI網(wǎng)絡(luò),。(G)從PPI網(wǎng)絡(luò)中獲得的Hub基因,。

圖4 INPUT的富集分析模塊

圖5 數(shù)據(jù)查詢(xún)模塊中的信息

左邊不同顏色的條形圖代表關(guān)鍵詞(草藥、成分和疾病),。右邊的條形圖表示與關(guān)鍵詞相關(guān)的信息,。關(guān)鍵詞及其信息通過(guò)線(xiàn)連接起來(lái)。

圖6 在INPUT中瀏覽模塊

（A）首頁(yè)瀏覽模塊,。（B-C）包括在四個(gè)類(lèi)別中的術(shù)語(yǔ),，即草藥、成分,、基因和疾病,。(D)瀏覽模塊的結(jié)果頁(yè)。

表2 不同方法獲得的關(guān)鍵成分和hub靶點(diǎn)的比較結(jié)果

 a Y 表示所鑒定的成分或hub靶點(diǎn)與Liu等人的工作一致,，N表示未能找到hub靶點(diǎn),。括號(hào)中的數(shù)字表示按其度值排序的已識(shí)別成分或hub靶標(biāo)的順序。

參考文獻(xiàn)

Li X, Tang Q, Meng F, et al. INPUT: An intelligent network pharmacology platform unique for traditional Chinese medicine[J]. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2022, 20: 1345-1351.

原文鏈接

https://www./action/showPdf?pii=S2001-0370%2822%2900081-2