見(jiàn)圖一

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析描述小鼠嗅球細(xì)胞異質(zhì)性,。

圖一

（A） 實(shí)驗(yàn)工作流程的示意圖。

（B） 利用t分布隨機(jī)鄰域嵌入（t-SNE）對(duì)嗅球的細(xì)胞組成進(jìn)行可視化,。單個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組根據(jù)（B）-（D）中的簇身份進(jìn)行著色,。

（C） 描述不同細(xì)胞群體之間等級(jí)關(guān)系的樹(shù)狀圖,。熱圖顯示了每個(gè)聚類中最富集的基因每列表示一個(gè)基因，每行表示該基因在每個(gè)簇中的平均表達(dá)水平,。

（D） 顯示每個(gè)簇的細(xì)胞數(shù)量,、每個(gè)簇的唯一分子標(biāo)識(shí)符（UMI）數(shù)量（平均值±SEM；比例尺以千為單位）和每個(gè)聚類檢測(cè)到的基因（平均值±SEM,；規(guī)模以千為單位）,。小提琴圖顯示了每個(gè)簇的細(xì)胞類型特異性標(biāo)記基因的表達(dá)。

見(jiàn)圖二

基于無(wú)監(jiān)督轉(zhuǎn)錄組的聚類揭示神經(jīng)元亞型,。

圖二

（A） 使用t-SNE對(duì)神經(jīng)元亞簇進(jìn)行可視化,。根據(jù)（A）-（C）中的簇同一性對(duì)單個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行染色。

（B） 描述不同神經(jīng)元細(xì)胞類型之間等級(jí)關(guān)系的樹(shù)狀圖,。熱圖顯示了每個(gè)聚類中最富集的基因每列表示一個(gè)基因,，每行表示該基因在每個(gè)神經(jīng)元簇中的平均表達(dá)水平。

（C） 顯示每個(gè)簇的預(yù)測(cè)神經(jīng)元類別的圖（EPL-IN,，外部叢狀層中間神經(jīng)元,；GC，顆粒細(xì)胞,；M/TC,，二尖瓣和簇狀細(xì)胞；OSN,，嗅覺(jué)感覺(jué)神經(jīng)元,；PGC，腎小球周圍細(xì)胞）,、每簇細(xì)胞數(shù),、每簇UMI數(shù)（平均值±SEM；以千為單位）和每個(gè)聚類檢測(cè)到的基因（平均值±SEM,；規(guī)模以千為單位）,。顯示每個(gè)簇的神經(jīng)元細(xì)胞類型特異性標(biāo)記基因表達(dá)的小提琴圖。

（D） 針對(duì)標(biāo)記不同神經(jīng)元簇的已知細(xì)胞類型特異性標(biāo)記物的免疫組織化學(xué),。鈣結(jié)合蛋白1；鈣結(jié)合蛋白2,；Cdhr1-Cre型,；注射有條件AAV報(bào)告基因標(biāo)記M/T細(xì)胞的鈣粘蛋白1-Cre小鼠；Dcx,，雙皮質(zhì)素,；NeuN，神經(jīng)元細(xì)胞核,；嗅覺(jué)標(biāo)記蛋白OMPSox11,、性別決定區(qū)域Y-box 11,；TH，酪氨酸羥化酶,。比例尺,，100μm。

見(jiàn)圖三

偽時(shí)間軸分析揭示了成熟和整合過(guò)程中轉(zhuǎn)錄的變化,。

圖三

（A） 小鼠嗅覺(jué)系統(tǒng)矢狀面示意圖,。插圖：嗅球成年神經(jīng)發(fā)生的概要圖，顯示了廣泛的形態(tài)學(xué)和成年神經(jīng)元成熟過(guò)程中的發(fā)育變化,。LV,，側(cè)腦室；RMS,，吻側(cè)遷徙流,。

（B） （左上）成年出生神經(jīng)元的Monocle2偽時(shí)間軌跡。細(xì)胞通過(guò)假時(shí)間評(píng)分著色,，深色代表未成熟細(xì)胞階段和代表成熟細(xì)胞階段的淺色,。（右上角）成年出生神經(jīng)元的Monocle2假時(shí)間軌跡，根據(jù)參見(jiàn)圖2,。（底部）投影到分叉的Monocle2假時(shí)間軌跡的x軸的成年出生神經(jīng)元簇密度圖,，指示每個(gè)單元格類型所在的時(shí)間線。

見(jiàn)圖四

基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志著成年神經(jīng)元發(fā)育的穩(wěn)定階段,。

圖四

（A） SCENIC工作流程的示意圖,，如結(jié)果中所述。

（B） （左上）根據(jù)投影在圖的y軸上的基于二元調(diào)節(jié)子活性的t-SNE計(jì)算的成年出生神經(jīng)元簇密度圖,。（頂部居中）使用基于二元成人出生神經(jīng)元調(diào)節(jié)子活性矩陣的t-SNE對(duì)成人出生神經(jīng)元進(jìn)行可視化,。根據(jù)成年出生的神經(jīng)元對(duì)集群進(jìn)行著色圖2中初始集群的集群標(biāo)識(shí)。（右上）在基于調(diào)節(jié)子的t-SNE上繪制的調(diào)節(jié)子活性密度,。淺色代表低調(diào)節(jié)子活性,，而較深的顏色代表高調(diào)節(jié)子活性。（左下）根據(jù)基于二元調(diào)節(jié)子活性的t-SNE計(jì)算的成年出生神經(jīng)元簇密度圖投影在圖形的x軸上,。（右下）每個(gè)細(xì)胞簇的單核細(xì)胞2軸同一性（藍(lán)色,，軸A；黃色,，軸B,；綠色，未成熟簇）以及身份與基于reglon的聚類相匹配,。

（C） （頂部）根據(jù)成年出生神經(jīng)元簇身份著色的成年出生神經(jīng)元Monocle2偽時(shí)間軌跡,。（底部）Regulon活性密度圖圖3中計(jì)算的成年出生神經(jīng)元Monocle2假時(shí)間軌跡。淺色代表調(diào)節(jié)子活性低,，深色代表調(diào)節(jié)子活力高調(diào)節(jié)子活,。

（D） SCENIC二元調(diào)節(jié)子活性矩陣顯示所有相關(guān)調(diào)節(jié)子（絕對(duì)相關(guān)性>0.3）,，這些調(diào)節(jié)子在至少1%的成年出生神經(jīng)元中具有活性。每個(gè)列表示單個(gè)單元格,，根據(jù)集群標(biāo)識(shí)進(jìn)行著色,。代表性轉(zhuǎn)錄因子與相應(yīng)的DNA結(jié)合一起被強(qiáng)調(diào)矩陣右側(cè)的圖案。

（E） 成年出生的神經(jīng)元Monocle2偽時(shí)間軸,，根據(jù)相應(yīng)的SCENIC二元調(diào)節(jié)子活性著色,；藍(lán)色表示激活的調(diào)節(jié)器，以及灰色表示不活動(dòng)的調(diào)節(jié)器,。插入直方圖表示調(diào)節(jié)因子的AUCell評(píng)分分布,。

見(jiàn)圖五

嗅覺(jué)活動(dòng)改變成年出生的中間神經(jīng)元亞型組成。

圖五

（A） 嗅球?qū)嶒?yàn)程序示意圖,，其中詳細(xì)介紹了方法,。

（B） 16302個(gè)成年出生的中間神經(jīng)元的二維t-SNE表示根據(jù)實(shí)驗(yàn)組著色。OC,，鼻孔閉塞,；TR，嗅覺(jué)訓(xùn)練,；野生型WT,。

（C） 16302個(gè)成年出生的中間神經(jīng)元的t-SNE表示，根據(jù)聚類同一性著色,。

（D） 在基于表達(dá)的t-SNE（左和中）和沿,。

Monocle2偽時(shí)間軌跡（右）。計(jì)算相應(yīng)實(shí)驗(yàn)組的皮爾遜卡方檢驗(yàn)殘差（左）,。離散值由皮爾遜卡方檢驗(yàn)確定（中）,；如果p值<0.05，則將聚類指定為適當(dāng)?shù)脑黾踊蚋鶕?jù)他們的剩余分?jǐn)?shù)減少（紅色或藍(lán)色）,。沒(méi)有顯著成分變化的聚類以灰色突出顯示（沒(méi)有變化,，p值>0.05）。

好了，今天的文獻(xiàn)解讀就到這兒來(lái),，我們下期再見(jiàn),！