公元1644年，滿清入主中原,，憑借著八旗軍悍勇的戰(zhàn)斗力迅速蕩平天下,，明朝的殘余勢力（南明）只得在西南山地和東南沿海依托特殊的地理環(huán)境與清軍周旋。直到清軍入關(guān)后的18年,，公元1662年,，清軍才在漢奸軍閥吳三桂等人幫助下攻入流亡在緬甸的南明永歷皇帝，徹底終結(jié)南明政權(quán)，實現(xiàn)了天下的一統(tǒng),。在這場漫長的拉鋸戰(zhàn)中,，清軍長期深陷西南山地戰(zhàn)的泥潭，特別是西南諸土司部落在清廷與南明之間反復(fù)橫跳,，使得清軍傷透了腦筋,。

其實早在順治十八年（1661年），云貴總督趙廷臣就上奏：“滇黔田土荒蕪,，當(dāng)亟開墾,。將有主荒田令本主開墾，無主荒田招民墾種,。俱三年起科,，該州縣給以印票，永為己業(yè),?！眲裾f朝廷加大對西南地區(qū)的治理，這便是大清帝國最早的“改土歸流”雛形,。但是,，還未成行，順治就駕崩了,，繼位的康熙只有8歲,，自然不會對遙遠(yuǎn)的西南有太大興趣。

后來的三藩之亂,，再次敲響了大清帝國對西南土司問題的警鐘，在三藩之亂的八年時間里 ,，西南的土司們跟著叛軍一起作亂,，為禍西南甚重。但是康熙前中期,，又是收臺灣,、又是打沙俄、又是征準(zhǔn)噶爾汗國,，康熙一直無法騰出精力來處理西南問題,。直到康熙四十三年（1704年），康熙終于可以著手解決西南土司問題,，康熙首選在靠近最靠近內(nèi)陸的湘西苗人土司地區(qū)進行改土歸流試點,，采取駐軍、屯兵,、修邊,、筑卡等軍事措施,，并配套在當(dāng)?shù)卮罅ν菩腥鍖W(xué)，強化了對湘西的治理,，湘西也納入大清帝國實控,。康熙在湘西改土歸流試點工作獲得成功,，也證明了這條路是可行的,。

雍正繼位后,，在父親康熙的基礎(chǔ)上更是加大了改土歸流的力度,。雍正四年（1726年），云貴總督鄂爾泰奏請取消土司世襲制度,，設(shè)立府,、廳、州,、縣,，派遣有一定任期的流官進行管理，雍正準(zhǔn)了鄂爾泰的奏疏,，并以鄂爾泰主持此項工作,，大清帝國的改土歸流事業(yè)進入了高潮。改土歸流使得“土皇帝們”（土司）的權(quán)力遭到了極大的削弱,，自然遭到了土司們的強烈反對,，就在當(dāng)年，廣順長寨（今貴州省長順縣）土司發(fā)動叛亂,，清軍隨即蕩平長寨廳,。隨后，鄂爾泰派游擊哈元生領(lǐng)兵剿滅了叛亂云南地區(qū)的烏蒙土司祿萬鍾,、鎮(zhèn)雄土司隴慶侯的勢力,，改設(shè)烏蒙府（后改稱昭通府,，今云南昭通）,、鎮(zhèn)雄州。

雍正六年（1728年）雍正以鄂爾泰為云,、貴,、廣西三省總督。同年,，命貴州按察使張廣泗在黔東南推行改土歸流政策,。張廣泗帶兵深入黎平府古州（今貴州榕江）、都勻府丹江（今貴州雷山）苗,、侗等族村寨,，設(shè)廳,，置同知，理民事,。與云貴廣西接界的湖南,、湖北、四川等省的少數(shù)民族聚居區(qū)的土司,，勢力有限,，在形勢壓力下，紛紛請求交出世襲領(lǐng)地及土司印信,，歸政中央,。大清帝國改土歸流工作獲得巨大成效，清廷對西南地區(qū)的統(tǒng)治空前強化,。

乾隆繼位后依舊沿襲雍正改土歸流國策，發(fā)動了瞻對之戰(zhàn),、大小金川之戰(zhàn),，剿滅了叛軍西南地區(qū)最后的土司割據(jù)勢力，實現(xiàn)了川邊的實控,。與此同時,，乾隆還將改土歸流運動推進到新收復(fù)西域（新疆）地區(qū)。乾隆二十四年（1759年）,，清軍平定大小和卓之亂,，天山南北納入大清版圖，乾隆大量招撫內(nèi)陸流民到新疆戍邊墾殖,，并委派官員進行治理,。

史載：“今烏魯木齊、辟展各處,，知屯政方興,，客民已源源前往貿(mào)易，茆檐土銼,，各成聚落,。將來阡陌日增，樹藝日廣,，則甘肅等處無業(yè)貧民前赴營生耕作,，污萊辟而就食多，于國家牧民本圖,，大有裨益”,。”

康雍乾三代的改土歸流運動,，使得中央朝廷對邊疆地區(qū)的控制大大強化,，也初步奠定了今日華夏之版圖，可謂大清帝國最成功的陽謀,，福澤后世久矣,。其實改土歸流一直貫穿大清一朝，直到清末還有趙爾豐在川邊改土歸流,，甚至一度想在西藏改土歸流,，只是事未成形，大清帝國就已經(jīng)滅亡,。

民國歷史學(xué)家呂思勉評價清廷的改土歸流運動時說到：“清朝用兵域外,，雖不得利，然其在湘西,、云,、貴、四川各省,，則頗能竟前代所未竟之功,。”可謂是對其最好的注解,。