巴楚是巴爾楚克的簡(jiǎn)稱,?！段饔驁D志》作巴爾楚克,，《西陲要略》作巴里楚克。據(jù)《西域同文志》釋：“巴爾楚克,，全有也,。地饒水草，故名,?！本S吾爾語(yǔ)稱作瑪熱勒巴什，舊有瑪喇巴什,、毛拉巴什等不同譯名,，意為“鹿首”。

漢為西域尉頭國(guó)地,。三國(guó),、北魏時(shí)屬龜茲。隋時(shí)屬疏勒,。唐代為安西都護(hù)府下屬的尉頭州,。元代屬別失八里行尚書省。屬東察合臺(tái)汗國(guó),，后屬準(zhǔn)噶爾,。清乾隆二十六年（1761年）設(shè)葉爾羌辦事大臣，巴楚歸葉爾羌管轄,，是阿克蘇與葉爾羌,、喀什噶爾間的軍事、交通重鎮(zhèn),。清光緒三年冬（1877年）清軍劉錦棠率部平定阿古柏之亂,，駐扎在巴爾楚克。乾隆年間設(shè)軍臺(tái),，稱巴爾楚克臺(tái),，為葉爾羌到阿克蘇十六軍臺(tái)之一。清道光十二年（1832年）筑瑪拉巴什城,。清光緒九年（1883年）置瑪喇巴什直隸廳,，屬喀什噶爾道。光緒二十九年（1903年）直隸廳改設(shè)為州,，稱巴楚州,，隸莎車府，下轄八大莊,。民國(guó)二年（1913年）改設(shè)巴楚縣,，屬喀什噶爾道。民國(guó)十八年（1929年）屬喀什行政區(qū),。民國(guó)三十二年（1943年）屬喀什督察專區(qū),。1949年后,，先后屬喀什專區(qū)、南疆行政區(qū),。1956年復(fù)改喀什專區(qū),。1978年后屬喀什地區(qū)。2014年,，巴楚縣轄4個(gè)鎮(zhèn),、8個(gè)鄉(xiāng)。

        巴楚縣有卡拉姆達(dá)爾拜克古墓,、唐王城（托庫(kù)孜薩熱衣遺址,、國(guó)家級(jí)重點(diǎn)文物保護(hù)單位）、沙呆提拜克古墓,、圖木舒克化石群（自治區(qū)重點(diǎn)文物保護(hù)單位）,、澤梯木烽火臺(tái)、瓊梯木烽火臺(tái)（自治區(qū)重點(diǎn)文物保護(hù)單位）,、唐代謁者館遺址,、克克勒瑪佛教遺址、圖木舒克佛教遺址,、夏河姑娘墳,、恰爾巴格麻扎等歷史古跡。