Biomamba薦語(yǔ) 這是一篇優(yōu)秀的粉絲來(lái)稿,,詳略得當(dāng)?shù)貫槲覀冋故玖酥黝}為'單細(xì)胞測(cè)序揭示鼻咽癌微環(huán)境的基質(zhì)動(dòng)力學(xué)和腫瘤特異性特征'的內(nèi)容,,并且前來(lái)投稿時(shí)甚至排好了版面,點(diǎn)一個(gè)大大的贊!該文又是一篇2021發(fā)表在Nature Communication》上的文章,,我個(gè)人其實(shí)對(duì)NC的文章比較偏愛(ài),,該雜志無(wú)論是寫作、圖片的風(fēng)格都值得學(xué)習(xí)(況且一般都附帶一大堆的supplement來(lái)豐富內(nèi)容),。 doi: 10.1038/s41467-021-21795-z 鏈接: https://www./articles/s41467-021-21795-z Abstract 鼻咽癌(NPC)的腫瘤微環(huán)境(TME)中存在著一個(gè)異質(zhì)性的,、動(dòng)態(tài)的基質(zhì)群體。對(duì)這種腫瘤特異性生態(tài)系統(tǒng)的全面了解對(duì)提高癌癥診斷,、治療和預(yù)后是必要的,。為了構(gòu)建完整的鼻炎基質(zhì)細(xì)胞浸潤(rùn)的深入圖譜,作者對(duì)來(lái)自14例患者進(jìn)行了單細(xì)胞RNA測(cè)序,,并結(jié)合了T和B細(xì)胞的克隆型鑒定,。確定并描述了5個(gè)主要的基質(zhì)集群和36個(gè)不同的亞種群基于遺傳圖譜。通過(guò)與非惡性微環(huán)境中的浸潤(rùn)細(xì)胞進(jìn)行比較,,得到了TME中具有高度代表性的特征,,包括表型豐度、遺傳變異,、免疫動(dòng)力學(xué),、克隆擴(kuò)增、發(fā)育軌跡和分子相互作用,,這些特征深刻影響患者的預(yù)后和治療結(jié)果,。這些關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)在兩個(gè)單細(xì)胞RNA測(cè)序隊(duì)列和兩個(gè)批量RNA測(cè)序隊(duì)列中得到了進(jìn)一步獨(dú)立驗(yàn)證。 Background ● 1 鼻咽癌相對(duì)于其他腫瘤具有強(qiáng)烈的免疫浸潤(rùn),,并且分化程度較低,; ● 2 eb病毒(EBV)感染(為什么提這個(gè)?)可以通過(guò)慢性免疫激活改變鼻咽癌微環(huán)境影響腫瘤的進(jìn)展和治療結(jié)果,。 ● 3 放化療仍然是治療鼻咽癌的一線選擇,,但對(duì)于晚期或轉(zhuǎn)移性腫瘤患者,,它往往不能達(dá)到最佳效果,免疫療法已成為治療許多癌癥的一種很有前途的策略,。 免疫治療鼻咽癌的核心問(wèn)題 缺乏對(duì)鼻咽癌微環(huán)境的全面認(rèn)識(shí),,不斷阻礙著治療干預(yù)的優(yōu)化。 解決核心問(wèn)題前需要做的事情 ● ① 闡明鼻咽癌患者和非惡性患者腫瘤浸潤(rùn)間質(zhì)細(xì)胞的形態(tài),、動(dòng)態(tài)和功能特征,。 ● ②充分識(shí)別和鑒別鼻咽癌微環(huán)境中,其他駐留tme的淋巴細(xì)胞,、髓系細(xì)胞和成纖維細(xì)胞,。 Results ● 本研究共納入14例患者,其中11例診斷為鼻咽癌,其余診斷為NLH(鼻咽淋巴增生),。單細(xì)胞測(cè)序獲得66627個(gè)細(xì)胞,,其中50169個(gè)細(xì)胞(75%)來(lái)自NPC微環(huán)境,16458個(gè)細(xì)胞(25%)來(lái)自非惡性微環(huán)境,,平均每個(gè)細(xì)胞檢測(cè)到1215個(gè)中位基因和99739個(gè)中位reads,,使用Seurat R包(3.0版本)來(lái)執(zhí)行下游分析,通過(guò)marker 基因?qū)⑺屑?xì)胞劃分為6個(gè)主要的細(xì)胞群(T細(xì)胞,、B細(xì)胞,、NK細(xì)胞、髓原淋巴細(xì)胞,、成纖維細(xì)胞(腫瘤微環(huán)境中的基質(zhì)細(xì)胞)以及腫瘤細(xì)胞),。患者間分析顯示,,T細(xì)胞和B細(xì)胞是鼻咽癌微環(huán)境中最主要的細(xì)胞類型,,而患者6是一種非常罕見的分化型鼻咽癌,其骨髓和B細(xì)胞浸潤(rùn)異常,,提示鼻咽癌分化程度可能影響TME間質(zhì)浸潤(rùn),。 ● 結(jié)果圖中的邏輯關(guān)系 ● A為單細(xì)胞測(cè)序的流程圖,并且根據(jù)marker將腫瘤微環(huán)境中的細(xì)胞分為了6組,,接著通過(guò)TCR和BCR的識(shí)別,,看T細(xì)胞和B細(xì)胞的擴(kuò)增,這是本文的一個(gè)核心的流程圖,;B圖從左往右分別是主要細(xì)胞譜系(左),、樣本類型(中)和相應(yīng)的患者(右)進(jìn)行顏色編碼,來(lái)做初步的可視化,,樣本的主要組分相差不大,。彼此之間可以做進(jìn)一步的比較。C圖是在a中定義的主要譜系的標(biāo)記基因表達(dá)情況,,進(jìn)一步確定B中聚類的結(jié)果與分成的6個(gè)細(xì)胞組分是對(duì)應(yīng)的,,MS4A1是B細(xì)胞特異表達(dá)的,JCHAIN是樹突狀細(xì)胞的分子marker,。D圖使用柱狀圖量化了不同的微環(huán)境中主要細(xì)胞的相對(duì)豐度,,發(fā)現(xiàn)T細(xì)胞和B細(xì)胞是最主要的細(xì)胞類型。E圖對(duì)每一個(gè)樣本中微環(huán)境中的主要細(xì)胞占比進(jìn)行量化,,并且通過(guò)F圖HE染色發(fā)現(xiàn)鼻咽癌微環(huán)境基質(zhì)浸潤(rùn)程度很高,。 ● 2 鼻咽癌和非惡性微環(huán)境中T細(xì)胞多樣性的鑒定和表征 ● 從32,656個(gè)T細(xì)胞中提取了14個(gè)亞群,這些細(xì)胞群代表鼻咽微環(huán)境中最常見和最多樣化的細(xì)胞類型,,這些亞群中鑒別出三個(gè)不同的耗竭T細(xì)胞亞群他們的標(biāo)記分子分別是LAG3, HAVCR2和TOX,,這些T細(xì)胞的亞群在患者之間的異質(zhì)性并不強(qiáng),,并且在惡性以及非惡性腫瘤微環(huán)境中也相對(duì)統(tǒng)一,但相對(duì)豐度和激活/抑制特征存在顯著差異,。 ● 在鼻咽癌微環(huán)境中高度富集了兩個(gè)耗竭的T細(xì)胞亞群,,特征是高表達(dá)免疫檢查點(diǎn)HAVCR2和耗竭相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子TOX,與HAVCR2耗竭T細(xì)胞持續(xù)分布于所有鼻咽癌患者不同的是,,在9號(hào)患者中發(fā)現(xiàn)了廣泛浸潤(rùn)的TOX耗竭T細(xì)胞,,這表明它們是一個(gè)高度的患者特異性亞型,其他類型的T細(xì)胞,,包括調(diào)節(jié)性T細(xì)胞和激活T細(xì)胞,,也優(yōu)先浸潤(rùn)在TME中,而na?ve T細(xì)胞和中央記憶T細(xì)胞更可能駐留在非惡性微環(huán)境中,,耗竭性和抑制性T細(xì)胞亞型在鼻咽癌患者中高度富集,。作者進(jìn)一步通過(guò)CD3、CD8,、FOXP3和PD-1的多色免疫熒光驗(yàn)證了耗竭T細(xì)胞和Treg細(xì)胞在NPC腫瘤微環(huán)境有富集的情況,,并且得到的結(jié)果與單細(xì)胞測(cè)序一致。這些實(shí)驗(yàn)結(jié)果提示功能障礙和免疫抑制T細(xì)胞向腫瘤微環(huán)境的浸潤(rùn)在很大程度上影響了T細(xì)胞對(duì)鼻咽癌的免疫,。 ● 隨后作者比較了鼻咽癌和非惡性微環(huán)境來(lái)源的T細(xì)胞中的標(biāo)志通路,,來(lái)尋找鼻咽癌和非惡性腫瘤微環(huán)境中T細(xì)胞中的相關(guān)信號(hào)通路的差異。途徑分析顯示,,干擾素-γ (IFN-γ)反應(yīng)和干擾素-α (IFN-α)反應(yīng)在npc來(lái)源的T細(xì)胞中上調(diào),,提示由于慢性激活導(dǎo)致的1型和2型干擾素(IFNs)的過(guò)量產(chǎn)生可能顯著影響浸潤(rùn)T細(xì)胞的組成和功能狀態(tài),來(lái)源于非惡性微環(huán)境的T細(xì)胞主要受核因子κ -輕鏈活化B細(xì)胞(NF-κB)通路的影響,,其他途徑,,如糖酵解、同種異體排斥反應(yīng)和氧化磷酸化在TME駐留的T細(xì)胞中表現(xiàn)出較高的偏好,。 ● 進(jìn)一步證實(shí)鼻咽癌浸潤(rùn)與非惡性微環(huán)境中T細(xì)胞的分子差異,。作者通過(guò)MAST分析來(lái)識(shí)別T細(xì)胞中的差異表達(dá)基因(DEGs),在所有的DEGs中,,通過(guò)RegNetwork預(yù)測(cè)了前30個(gè)上調(diào)基因的上游轉(zhuǎn)錄因子,,并通過(guò)Cytoscape構(gòu)建了基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)CXCL13和LGALS1在NPC來(lái)源的 T細(xì)胞中顯著上調(diào),。CXCL13是卵泡T輔助細(xì)胞的基因標(biāo)志之一,,但也發(fā)現(xiàn)它在耗盡的T細(xì)胞,特別是PD-1+ T細(xì)胞上高度表達(dá),,作者根據(jù)基因表達(dá)的中位數(shù)將鼻咽癌患者分為cxcl13 -高和cxcl13 -低兩組,觀察到cxcr13 -高的患者CXCR5+ B細(xì)胞的比例明顯更高,,此外,,CXCL13的高表達(dá)與鼻咽癌患者更好的無(wú)進(jìn)展生存相關(guān),這表明CXCL13高耗盡的T細(xì)胞可能仍然有利于免疫調(diào)節(jié)。LGALS1在npc相關(guān)的treg中高表達(dá),,在lgals1高的患者中,,免疫抑制的Treg的比例明顯高于靜止的Treg,這表明它可能在Treg激活中發(fā)揮重要作用,。此外,,基于基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)S100A11和S100A4在LGALS1+ Treg中表達(dá)上調(diào),,并預(yù)測(cè)其與LGALS1相互作用,,表明其調(diào)控作用可能通過(guò)鈣通道依賴過(guò)程發(fā)揮作用(可能的機(jī)制提出,背景知識(shí)是:CXCL13與CCR5之間的關(guān)系是什么,?為什么去檢查CCR5的含量,?)。 ● 3 功能模塊,、克隆分析和發(fā)育軌跡揭示了耗竭T細(xì)胞和Treg在鼻咽癌微環(huán)境中的動(dòng)態(tài)變化 ●作者構(gòu)建了包含與代表性基因相關(guān)度最高的10個(gè)基因的基因圖譜,。基于這些基因圖譜,,利用glm函數(shù)在na?ve T細(xì)胞,、細(xì)胞毒性T細(xì)胞、耗盡T細(xì)胞和treg中建立了廣義線性模型,。廣義線性模型根據(jù)基因圖譜中的每個(gè)基因的表達(dá)權(quán)重分配一個(gè)不同的參數(shù),。隨后,根據(jù)模型估計(jì)的參數(shù)計(jì)算功能評(píng)分,,這些參數(shù)代表某些細(xì)胞類型的相對(duì)豐度,。 ● ① 功能模塊:首先對(duì)CD8+ T細(xì)胞簇內(nèi)的細(xì)胞毒性程序進(jìn)行了定量比較。結(jié)果表明,,耗竭的T細(xì)胞簇(C5,、C6和C7)維持著中到高的細(xì)胞毒性活性,而不是終末期功能失調(diào),,這表明可能存在一個(gè)過(guò)渡過(guò)程,,在TME中,效應(yīng)T細(xì)胞由于慢性激活和腫瘤依賴機(jī)制而逐漸失去細(xì)胞毒性,,說(shuō)明從激活到耗竭的轉(zhuǎn)變確實(shí)是一個(gè)動(dòng)態(tài)過(guò)程,,T細(xì)胞可以處于前期耗竭、中期耗竭或晚期耗竭狀態(tài),;na?ve程序?qū)λ蠺細(xì)胞的定量分析顯示,,CD4+和CD8+ na?ve T細(xì)胞的na?ve評(píng)分較高。對(duì)Treg程序的分析表明,,抑制Treg比休眠Treg具有更強(qiáng)的免疫調(diào)節(jié)能力(如何得到這一結(jié)論的,?),。同時(shí)作者還使用了數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)驗(yàn)證了線性模型的可靠性。 ● ② 克隆分析:為了描述浸潤(rùn)T細(xì)胞在鼻咽癌和非惡性微環(huán)境中的克隆多樣性,,作者系統(tǒng)地分析了通過(guò)耦合V(D)J譜分析獲得的單個(gè)T細(xì)胞上的TCRs的身份,。總的來(lái)說(shuō),,平均每個(gè)病人身上檢測(cè)到2071個(gè)獨(dú)特的克隆型,。正如預(yù)期的那樣,克隆型在不同的患者中高度可變,,但克隆大小的組成在鼻咽癌和NLH患者中保持相對(duì)一致,。因此,根據(jù)每個(gè)克隆分配的細(xì)胞數(shù)將克隆型分為三類(參考克隆大小≥3,,=2,,=1),在鼻咽癌患者中發(fā)現(xiàn)較大克隆大小(克隆大小≥3和=2)的比例顯著富集,,表明在TME中T細(xì)胞克隆擴(kuò)增強(qiáng)烈,,相比之下,T細(xì)胞在非惡性微環(huán)境中的擴(kuò)張相對(duì)靜態(tài),,因?yàn)槠渲饕钥寺⌒孕〉腡細(xì)胞為主(克隆大小= 1),,隨后計(jì)算了4-13例患者的衰竭和Treg評(píng)分,發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)評(píng)分都與大克隆性呈正相關(guān),。這一結(jié)果表明,,耗盡的T細(xì)胞和treg在TME中進(jìn)行了快速的克隆擴(kuò)增,最終導(dǎo)致這些T細(xì)胞亞型在鼻咽癌患者中更高的豐度,。 ● 為了進(jìn)一步了解克隆擴(kuò)增及其對(duì)T細(xì)胞動(dòng)力學(xué)的影響,,作者將每個(gè)患者中最大的前三個(gè)克隆及其對(duì)應(yīng)的克隆型投影到UMAP上。在大多數(shù)鼻咽癌患者中,,激活的(C2和C3) T細(xì)胞和耗竭的(C5,、C6和C7) T細(xì)胞具有相同的克隆型,驗(yàn)證了激活-耗盡過(guò)渡的存在,。同時(shí)作者還發(fā)現(xiàn)大量的tox2耗竭T細(xì)胞與havcr2耗竭T細(xì)胞具有相同的克隆型,。由此,不同簇中耗竭T細(xì)胞并不是完全獨(dú)立的,,從一個(gè)耗竭的亞型到另一個(gè)耗竭的亞型可能發(fā)生狀態(tài)轉(zhuǎn)換,,即從havcr2耗竭到tox耗竭,或從havcr2耗竭到tox耗竭,。同時(shí)實(shí)驗(yàn)中還發(fā)現(xiàn),,大量增殖的T細(xì)胞也與耗竭的T細(xì)胞共享相同的克隆型,這表明耗竭的程序經(jīng)常伴隨著增殖的升高,。隨后,,作者進(jìn)行了TCR基序分析,,發(fā)現(xiàn)盡管大多數(shù)基序在來(lái)自NPC或NLH微環(huán)境的T細(xì)胞中是一致的,,但仍有一小部分TCR模式是NPC特異性的,。C5-LAG3、C6-HAVCR2和C7TOX不同轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的耗竭T細(xì)胞表現(xiàn)出不同的細(xì)胞毒性和耗竭活性,,這表明耗竭T細(xì)胞的異質(zhì)性可能是由于從激活到耗竭的過(guò)渡和擴(kuò)增克隆引起的,。 ● ③ 發(fā)育軌跡:通過(guò)Monocle v2對(duì)CD8+ T細(xì)胞和CD4+ T細(xì)胞進(jìn)行獨(dú)立的偽時(shí)間發(fā)育軌跡,這一發(fā)育軌跡提供了一種獨(dú)特的可視化方法來(lái)推斷鼻咽癌和非惡性微環(huán)境中T細(xì)胞的譜系結(jié)構(gòu),。CD8+ T細(xì)胞軌跡顯示,,HAVCR2耗竭、Tox3耗竭,、LAG3耗竭的T細(xì)胞和TRM,?分別位于不同分支的末端,表明了它們不同的發(fā)育過(guò)程,,效應(yīng)T細(xì)胞和記憶效應(yīng)T細(xì)胞位于兩者之間,,表明它們處于中間發(fā)育狀態(tài)。進(jìn)一步證明耗竭是CD8+ T細(xì)胞發(fā)育的終末階段,。CD4+ T細(xì)胞也表現(xiàn)出從na?ve T細(xì)胞到Treg細(xì)胞,、中央記憶T細(xì)胞和T濾泡輔助細(xì)胞的過(guò)渡過(guò)程。靜息態(tài)Tregs被認(rèn)為較早發(fā)展的亞型,,抑制態(tài)Tregs作為一種更成熟的形式,,具有更強(qiáng)的免疫調(diào)節(jié)能力,并具有更強(qiáng)的克隆擴(kuò)增能力,。 ● 4 B細(xì)胞特異性特征和B細(xì)胞亞型的NPC相關(guān)功能的預(yù)后價(jià)值 ● ① NPC中B細(xì)胞特異性特征 ●以前認(rèn)為腫瘤微環(huán)境中B細(xì)胞是相對(duì)同質(zhì)的細(xì)胞群體,,作者在11種不同的亞型中檢測(cè)到了27,506個(gè)B細(xì)胞,這是TME中第二大和第二主要的基質(zhì)細(xì)胞類型,,在鼻咽癌組織中有獨(dú)特的先天性B細(xì)胞簇和生發(fā)中心B細(xì)胞簇,。患者2,、患者6和患者7的血漿B細(xì)胞特異性富集,,主要參與了細(xì)胞間的相互作用B細(xì)胞在鼻咽癌微環(huán)境中的異質(zhì)性。血漿B細(xì)胞和切換記憶B細(xì)胞數(shù)量在TME中明顯增加,,但由于患者間差異較大,,未達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。在非惡性微環(huán)境中,,共發(fā)現(xiàn)na?ve B細(xì)胞和固有樣B細(xì)胞富集,,而在NPC中, ifn誘導(dǎo)的B細(xì)胞(包括na?ve形式)和雙陰性B細(xì)胞富集,,從批量RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中,,反褶積分析證實(shí)血漿B細(xì)胞和雙陰性B細(xì)胞更容易滲透到鼻咽癌微環(huán)境中,,而泛B細(xì)胞,包括na?ve B細(xì)胞,、未活化B細(xì)胞和固有樣B細(xì)胞,,在非惡性微環(huán)境中優(yōu)先富集。 ●此外,,NPC來(lái)源的B細(xì)胞和NLH來(lái)源的B細(xì)胞之間的遺傳差異很少,,說(shuō)明B細(xì)胞的腫瘤相關(guān)功能可能在很大程度上取決于其豐度,而不是遺傳調(diào)控或細(xì)胞因子分泌的差異,。NPC來(lái)源的B細(xì)胞中差異表達(dá)基因主要為干擾素誘導(dǎo)和免疫球蛋白編碼基因,,包括IFITM1、IFI44L,、IGHA1,、IGKC和IGHG3,與T細(xì)胞亞群的結(jié)果一致,。B細(xì)胞通路分析顯示,,NPC來(lái)源的B細(xì)胞也很大程度上受IFN-γ和IFN-α過(guò)量釋放的影響,而NLH來(lái)源的B細(xì)胞則因炎癥紊亂而改變,。(2)B細(xì)胞亞型的NPC相關(guān)功能的預(yù)后價(jià)值 ●腫瘤浸潤(rùn)B細(xì)胞的存在通常與更好的總體生存和治療結(jié)果相關(guān),,我們選擇了幾種具有代表性的B細(xì)胞標(biāo)記(CD79A, MS4A1, IGHD, nd FCRL4),并檢查它們?cè)诒茄拾┗颊咧械念A(yù)后價(jià)值,。生存分析顯示,,特征基因與鼻咽癌患者較好的無(wú)進(jìn)展生存顯著相關(guān),提示B細(xì)胞在抗鼻咽癌免疫中發(fā)揮積極作用,。 ●為了進(jìn)一步了解浸潤(rùn)B細(xì)胞的功能,,作者進(jìn)行了克隆分析,以量化每個(gè)患者克隆型的分布和多樣性,,作者平均在每個(gè)患者檢測(cè)到2419個(gè)獨(dú)特的克隆型,,結(jié)果發(fā)現(xiàn),較大的B細(xì)胞克隆在鼻咽癌患者中顯著富集,,而較小的B細(xì)胞克隆在NLH患者中富集,。隨后,作者對(duì)B細(xì)胞的發(fā)育軌跡進(jìn)行了研究,,揭示了從na?ve B細(xì)胞到不同類型成熟B細(xì)胞的發(fā)育譜系,,包括血漿B細(xì)胞、切換記憶B細(xì)胞和ifn誘導(dǎo)的B細(xì)胞,。同時(shí)還發(fā)現(xiàn)許多B細(xì)胞亞型處于中間發(fā)育狀態(tài),,如未激活B細(xì)胞、生發(fā)中心B細(xì)胞和雙陰性B細(xì)胞。 ● 5 鼻咽癌微環(huán)境中髓系亞群的異質(zhì)性和動(dòng)態(tài) ●3671個(gè)骨髓細(xì)胞聚集在11個(gè)亞群中,,作者發(fā)現(xiàn)95%的細(xì)胞來(lái)自鼻咽癌患者,,這表明骨髓積累是一個(gè)依賴于鼻咽癌的過(guò)程,單細(xì)胞數(shù)據(jù)顯示,,存在三種主要的髓系成分,,包括骨髓源性抑制細(xì)胞(MDSCs)、巨噬細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞(DCs),。與T細(xì)胞和B細(xì)胞亞群相比,,髓系細(xì)胞,尤其是TAMs,,在患者間變異和組織特異性的驅(qū)動(dòng)下表現(xiàn)出廣泛的異質(zhì)性。NPC源性髓系細(xì)胞和NLH源性髓系細(xì)胞通路的富集證實(shí)了IFNs的存在也嚴(yán)重地改變了鼻咽癌患者的髓系結(jié)構(gòu),,MAST分析和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)顯示M2和M1極化相關(guān)基因在TAM中共表達(dá),,包括FCGR3A、FCGR2A,、TREM2和APOC1,,提示TAM亞群可能比傳統(tǒng)的M1/M2分類更為復(fù)雜,其發(fā)育軌跡驗(yàn)證了髓系細(xì)胞的動(dòng)力學(xué),。 ●反褶積分析顯示MDSC在鼻咽癌患者中高度富集,,dc不僅存在于TME中,而且在非惡性微環(huán)境中也經(jīng)常浸潤(rùn),,沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,。巨噬細(xì)胞主要為肝細(xì)胞、肝細(xì)胞,、肝細(xì)胞,、肝細(xì)胞和肝細(xì)胞。c1 -FOLR2和C2CCL20 TAMs發(fā)育程序不同,,C3-FCGR2B TAMs主要位于中間,,表明其發(fā)育處于中間狀態(tài)。包括C10-S100A9和C11-NFKB1在內(nèi)的MDSCs主要位于第4支末端,,這表明它們是發(fā)育相似但轉(zhuǎn)錄不同的亞型,。 ● 6 成纖維細(xì)胞和NK細(xì)胞作為鼻咽癌治療的微環(huán)境靶點(diǎn) ●在鼻咽癌微環(huán)境中,成纖維細(xì)胞和NK細(xì)胞代表兩種小亞群,,MAST分析揭示了成纖維細(xì)胞和NK細(xì)胞中不同的基因表達(dá)譜(補(bǔ)充圖S7e),。編碼細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)成分的基因如COL1A1、COL1A2,、LUM和FN1在成纖維細(xì)胞中特異表達(dá),,這表明在鼻鼻癌微環(huán)境中的ECM是高度復(fù)雜的,可能通過(guò)整合素信號(hào)與周圍的腫瘤和基質(zhì)細(xì)胞相互作用。因此,,抑制腫瘤和免疫細(xì)胞上特定的整合素受體可能是一個(gè)潛在的治療靶點(diǎn),,以破壞ecm依賴的腫瘤進(jìn)展和抑制免疫調(diào)節(jié)。與效應(yīng)T細(xì)胞類似,,NK細(xì)胞通常表達(dá)高水平的細(xì)胞毒性基因,,包括NKG7、GZMA,、GZMB和GZMH,。而GNLY和KLRD1在NK細(xì)胞中優(yōu)先表達(dá)。研究進(jìn)展表明,,NK細(xì)胞在慢性激活后也可以表現(xiàn)為KIR,、NKG2A、LAG3和HAVCR243,、44的上調(diào),,但我們沒(méi)有觀察到這些衰竭標(biāo)志物在NK細(xì)胞中上調(diào)。此外,,NK細(xì)胞差異表達(dá)趨化因子編碼基因XCL1和XCL2,,這是先前報(bào)道的招募CCR5+ DCs。由此可見,,NK細(xì)胞在鼻咽癌微環(huán)境中仍然保持免疫激活狀態(tài),,可能在鼻咽癌免疫應(yīng)答中發(fā)揮正向調(diào)節(jié)作用。 ● 7 免疫動(dòng)力學(xué)與患者生存的相關(guān)性,,以及浸潤(rùn)免疫細(xì)胞中的細(xì)胞-細(xì)胞通訊 ●通過(guò)CIBERSORTx對(duì)88例鼻咽癌患者的rnas測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行反卷積,,估計(jì)免疫豐度,根據(jù)免疫豐度將患者進(jìn)一步分為三組,,分別為激活的腫瘤免疫微環(huán)境(TIME,,聚類1和2)或滅活的腫瘤免疫微環(huán)境(聚類3)。計(jì)算每個(gè)患者的功能評(píng)分并歸一化,,用于表征T細(xì)胞的動(dòng)態(tài)狀態(tài),。 ●隨后,我們?cè)u(píng)估了每個(gè)免疫亞型和患者群體的風(fēng)險(xiǎn)比,。結(jié)果顯示耗竭的T細(xì)胞與更好的無(wú)進(jìn)展生存相關(guān),,而其他T細(xì)胞亞型與生存沒(méi)有顯著相關(guān)性。此外,,血漿B細(xì)胞,、dc和巨噬細(xì)胞豐度較高也與預(yù)后較好有關(guān)。與之前的研究一致,,鼻咽癌患者中雙陰性B細(xì)胞和MDSCs比例較高預(yù)示無(wú)進(jìn)展生存較差,。因此,靶向雙陰性B細(xì)胞和MDSCs可能是一種有前景的鼻咽癌治療方法,但需要進(jìn)一步研究以充分了解這些亞型在鼻咽癌微環(huán)境中的分子機(jī)制,。此外,,t免疫評(píng)分低或TIME滅活的患者預(yù)后較差。目前還缺乏鼻咽癌患者分層,、生存預(yù)測(cè)和治療評(píng)價(jià)的臨床模型,。結(jié)合功能模塊的單細(xì)胞轉(zhuǎn)移方法增強(qiáng)了其作為疾病分類、預(yù)測(cè)生存和治療結(jié)果的集成和可行模型的可靠性,,但仍需要在更大的臨床隊(duì)列中驗(yàn)證我們的研究結(jié)果,。 ●為了描述來(lái)自鼻咽癌微環(huán)境和來(lái)自NLH微環(huán)境的細(xì)胞之間的分子相互作用的差異,我們應(yīng)用CellPhoneDB在38個(gè)確定的亞群中通過(guò)已知的配體受體對(duì)構(gòu)建了一個(gè)細(xì)胞-細(xì)胞通信網(wǎng)絡(luò),,作者可視化了主要T和B亞群中的細(xì)胞通信,。結(jié)果表明,TME中三個(gè)耗竭的T細(xì)胞簇(HAVCR2,、TOX和LAG3)優(yōu)先與記憶B細(xì)胞,、先天樣B細(xì)胞、未激活B細(xì)胞,、ifn誘導(dǎo)的B細(xì)胞相互作用,但與血漿B細(xì)胞,、na?ve B細(xì)胞和雙陰性B細(xì)胞不相互作用,,因?yàn)檫@些亞型缺乏相互作用對(duì)。此外,,還發(fā)現(xiàn)了在T細(xì)胞和B細(xì)胞通信中不斷參與的特異性配體-受體對(duì),。并且發(fā)現(xiàn),與抑制型treg相比,,休眠型treg與耗竭型T細(xì)胞的交互配對(duì)要少得多,,這表明它們是一種不那么有活力和免疫抑制的亞型。與上述研究結(jié)果一致,,在TME中,,HAVCR2和TOX耗竭的T細(xì)胞與不同的B細(xì)胞亞群表現(xiàn)出強(qiáng)烈的相互作用,主要通過(guò)CXCL13-CXCR5軸,。值得注意的是,,與非惡性T細(xì)胞相比,來(lái)自NPC的耗竭T細(xì)胞和抑制treg細(xì)胞擁有更多的配體受體對(duì),,而休息treg細(xì)胞,、雙陰性B細(xì)胞和組織常駐T細(xì)胞擁有的配體受體對(duì)更少。 如何聯(lián)系我們 |
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