南表示在南方,，澳為海灣可停泊船之地。明《東里志》（陳天資纂修）載：“淳熙七年（1180年）楊萬(wàn)里為廣東提點(diǎn)刑獄,，先是?？芊改习模f(wàn)里命諸郡兵討平,。此南澳一名見(jiàn)于記載之始”,。自此，南澳成為主島稱謂,。

西漢元鼎6年（前111年）南澳歸南海郡揭陽(yáng)縣管轄,。南澳島本為閩越地，后秦漢為了削弱閩越,，將其劃給南越管轄,， 南朝梁朝普通四年，西元523年,，劃入東揚(yáng)州,，劃入福建，南澳島全屬福建,。南朝陳,，繼續(xù)劃入福建。隋文帝開(kāi)皇十一年（591年）,，全國(guó)撤郡設(shè)州,，義安郡翌年，改名“潮州”,。隋朝開(kāi)皇十二年(西元592年),，潮州劃入福建，那時(shí)潮州叫義安郡,。唐貞觀三年,，西元629年再次劃入福建，隸屬江南道福建經(jīng)略史,。唐朝中期時(shí)潮州汕頭一帶曾經(jīng)隸屬福建,，屬閩州都督府、福州都督府和福建節(jié)度使等,，南澳島全屬福建,，明萬(wàn)歷三年（1575年），南澳島分屬福建，廣東,，設(shè)南澳副總兵,，即“協(xié)守漳潮等處駐南澳副總兵”，分廣東,、福建兩營(yíng),。 清康熙二十四年（1685年）升設(shè)南澳總兵，管轄閩南,、臺(tái)灣,、粵東海域軍事，南澳島仍然分廣東,、福建管轄,。直到1914年，南澳全島才劃給廣東,。明萬(wàn)歷三年（1575年）詔設(shè)南澳副總兵,，分廣東、福建兩營(yíng),。清康熙二十四年（1685年）升設(shè)總兵,。清雍正十年五月丙子（1732年6月12日）設(shè)饒平縣南澳廳。
民國(guó)元年（1912年）7月改南澳廳為南澳縣,。1914年10月,，全縣原由廣東、福建分治劃歸廣東省管轄,。1918年2月13日,，南澳大地震，深澳縣城夷為平地,。1927年,，縣城從布袋深澳移至隆澳（后宅）。

1950年2月23日南澳解放,，6月1日成立南澳縣人民政府,，10月1日起隸屬?gòu)V東省人民政府潮汕專員公署。同年12月,，南澳設(shè)隆東,、隆西、深澳,、云澳4個(gè)鄉(xiāng)行政委員會(huì),，下轄各村漁、農(nóng)民協(xié)會(huì),。1951年6月21日,，南澳縣4個(gè)行政鄉(xiāng)重新分為8個(gè)鄉(xiāng)。1952年成立粵東行政公署,，南澳屬其轄區(qū),。同年6月南澳縣撤銷建制，改稱為澄?？h特區(qū)（因國(guó)務(wù)院沒(méi)有批準(zhǔn),，沒(méi)有對(duì)外公布）。1965年初,，后宅人民公社居民大隊(duì)從后宅人民公社分出,，組建后宅鎮(zhèn)。1968年3月16日汕頭地區(qū)革命委員會(huì),、汕頭市革命委員會(huì)成立,；同月，南澳縣革命委員會(huì)成立,，以區(qū)域劃分,，設(shè)后宅、隆東,、云澳人民公社（深澳人民公社并入云澳人民公社）和后宅鎮(zhèn),，；鹽業(yè)3個(gè)大隊(duì)分別劃入隆東,、后宅人民公社,。1975年11月22日，汕頭市升為地級(jí)市,，為省直轄市,，南澳縣仍隸屬汕頭地區(qū)革命委員會(huì)；1980年1月1日汕頭地區(qū)革命委員會(huì)改稱汕頭地區(qū)行政公署,，南澳屬其管轄;同年12月恢復(fù)南澳縣人民政府,，屬汕頭地區(qū)行政公署。南澳縣設(shè)后宅,、隆東,、云澳、深澳4個(gè)人民公社和后宅鎮(zhèn),。1983年12月22日,，汕頭撤銷地區(qū)建制，地域并入汕頭市,。南澳縣屬汕頭市管轄,。

南山寺位于古城之南，地處“獨(dú)鯉朝陽(yáng)”,，后枕金山,，面向梅花村,。該寺創(chuàng)于明末，由火神爺小廟擴(kuò)建而成,。清時(shí)寺內(nèi)一和尚,，武功絕頂，飛檐走壁,，騰空三丈遠(yuǎn),，還能盤腳坐于石景山尖石頂。他把功夫傳授給深澳鎮(zhèn)一富家子弟,，教完“八仙醉酒”后就不知所蹤,。古剎歷經(jīng)廢興。1918年正月初三大地震時(shí),，寺院倒塌殆盡,，僅存門樓。震后4年,，島上七鶴巖尼師釋修徹,、修解，發(fā)下宏愿,，攜徒來(lái)寺,，在善信們捐助下，于廢墟上,，五易春秋,，于1927年竣工，艱苦重建成前院房,、正廳寶殿,、兩側(cè)廂房，使其重光,?！拔母铩敝序?qū)尼廢寺，蒼荑滿目,。1978年后,，政策落實(shí)，寺獲生機(jī),。經(jīng)海內(nèi)外善信解囊,，總投資400多萬(wàn)元，重建大雄寶殿,，（1994年12月4日奠基,，至1998年10月竣工），增建祖堂,、客堂,、天王殿、觀音閣（1990年仲秋竣工）,。