同治二年（1863年）,，李鴻章被加封為五口通商大臣，40歲的李鴻章正意氣風發(fā),。在上海初步站穩(wěn)腳跟后,，李鴻章開始從兩方面著手鞏固自己的地位，一是整頓軍政,，一是辦理洋務(wù),。

整頓軍務(wù)方面，李鴻章罷免了以楊坊為代表的一批崇洋媚外的買辦官吏,，大膽起用郭嵩燾,、丁日昌等一批務(wù)實的官員，同時建立了自己的湘軍幕府,，籠絡(luò)一大批青年才俊,。李鴻章還聘請外國教練訓練淮軍，并配備洋槍洋炮,，大大提高了軍隊的戰(zhàn)斗力,。同時，又通過招降納叛,、擴充軍源等壯大淮軍的規(guī)模,，從最初的一萬人擴充到了七萬兵馬，實力和勢力漸漸超過了當時的湘軍,，成為清廷最為倚重也最為忌憚的一支地方武裝,。

辦理洋務(wù)方面，李鴻章在上海成立以翻譯外國語言和學習外國文化為主的廣方言館,，加強和外國的聯(lián)系及溝通。尤其在處理與常勝軍的關(guān)系方面,，李鴻章以“關(guān)厘分途,，以厘濟餉”的政策來壓制這支外國雇傭軍的發(fā)展。同時,，還利用洋人赫德等人巧妙平息戈登率常勝軍鬧事事件,，并在最后巧妙的解散了常勝軍，手段可謂十分老道，顯露出高超的外交手段,。

同治二年（1863年）,，淮軍攻克太平軍在天京以東的軍事重鎮(zhèn)蘇州。攻占蘇州后,，李鴻章被朝廷授予太子太保,。隨后李鴻章率淮軍又攻克常州、嘉興等地,，蘇南地區(qū)的太平軍基本被肅清,。

當時，曾國藩,、曾國荃兄弟久攻天京不下,，朝廷屢次下詔催促李鴻章率淮軍前去支援攻打天京。李鴻章深知自己和曾氏的關(guān)系,，再加上淮軍也是脫胎于湘軍,，如果自己率部去打天京，擺明了是想和曾氏兄弟搶功,，必然會得罪于曾氏一門,，所以一直按兵不動。

在朝廷的一再催促下,，李鴻章并沒有率部去圍攻天京,，而是南下攻入浙江追繳太平軍殘部。時任閩浙總督的左宗棠很是惱怒,，李鴻章不去搶曾氏的功反而來搶我的功,，于是上奏告李“越境掠功”，李和左的梁子便在這時候埋下了,。

清廷命李鴻章將淮軍從浙江撤回江蘇,，去幫曾國荃收復(fù)天京。不得已,，李鴻章只得選派二十七個營的淮軍緩緩開向天京,，同時派人飛馬快報給曾國荃。當時曾國荃圍困天京已有兩年時間,，眼看著天京城就被攻破,，卻半路殺出個李鴻章來搶功。曾國荃不肯把大功讓給別人,，便把李鴻章的信件給部將們看,，眾將士生怕外人來搶功，立刻組織攻城,，在淮軍趕到之前,，僅用一天的時間就攻下了天京城,。

曾氏兄弟的面子被李鴻章保全了，事后曾國藩曾執(zhí)手向李鴻章表示感激,。

江蘇的太平軍被肅清,，湘軍和淮軍將帥都得到了加賞。曾國藩被封為一等勇毅侯,，李鴻章被封為一等肅毅伯,，并賞戴雙眼花翎。

可以說,，剿滅太平軍成就了李鴻章,，太平軍被剿滅時李鴻章已經(jīng)成為手握重權(quán)主政一方的疆臣?；窜姷牡匚灰苍絹碓街匾?，李鴻章的政治舞臺也更大了。