1999年以來(lái),，華大發(fā)表或聯(lián)合發(fā)表SCI收錄論文3,565篇（與菌群研究相關(guān)的有71篇）；其中在Cell/Nature/Science/NEJM期刊及其子刊上發(fā)表文章共計(jì)451篇（與菌群研究相關(guān)的為24篇）,。（統(tǒng)計(jì)截至2022年4月）

此外,，華大還申請(qǐng)了疾病相關(guān)微生物標(biāo)記物,、功能益生菌株等相關(guān)發(fā)明專(zhuān)利300余項(xiàng)，申請(qǐng)進(jìn)入歐洲,、日本,、美國(guó)、中國(guó)香港,、澳大利亞等多個(gè)國(guó)家和地區(qū),，已獲批140余項(xiàng)。（統(tǒng)計(jì)截至2022年6月）

隨著研究的深入,，人們?cè)絹?lái)越認(rèn)識(shí)到人體微生物在疾病早期診斷,、治療干預(yù)和預(yù)后監(jiān)控、以及個(gè)性化營(yíng)養(yǎng)等方面的重要意義,。許多國(guó)家都早早加大了腸道菌群方向的科研投入,，努力創(chuàng)造屬于腸道微生物的高端領(lǐng)域。

2007年12月,，美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院（NIH）宣布正式啟動(dòng)“人體微生物組計(jì)劃（HMP）”,，又稱(chēng)“人類(lèi)元基因組計(jì)劃”。2014年,，HMP計(jì)劃第二階段啟動(dòng),，即”綜合人體微生物組計(jì)劃”（iHMP）

2008年1月，歐盟委員會(huì)宣布啟動(dòng)“人類(lèi)腸道宏基因組計(jì)劃（MetaHIT）”,，MetaHIT計(jì)劃的目的是研究人類(lèi)腸道中的所有微生物群落,，進(jìn)而了解人類(lèi)腸道中細(xì)菌的物種分布，并探討腸道微生物與人的肥胖,、糖尿病,、腸炎等疾病的關(guān)系。

2016年5月,，美國(guó)宣布啟動(dòng)“國(guó)家微生物組計(jì)劃（NMI）”,。這是奧巴馬政府繼腦計(jì)劃、精準(zhǔn)醫(yī)學(xué),、抗癌“登月”之后推出的又一個(gè)重大國(guó)家科研計(jì)劃,。

在我國(guó)，《“十三五”國(guó)家科技創(chuàng)新規(guī)劃》將微生物組相關(guān)研究列為特定技術(shù)發(fā)展方向的重點(diǎn)研究領(lǐng)域,，也突出強(qiáng)調(diào)了腸道微生態(tài)研究在現(xiàn)代食品制造技術(shù)中的應(yīng)用,。

中國(guó)科學(xué)家在腸道微生物研究起步之時(shí)即參與了研究。2010年,，華大與歐盟Meta HIT合作開(kāi)展的腸道微生物組研究,，以封面文章的形式發(fā)表在Nature上。自此,，以華大為代表的中國(guó)科研機(jī)構(gòu),，開(kāi)始連續(xù)多年率先在頂級(jí)雜志上發(fā)表多篇重量級(jí)文章,。僅華大一家，在腸道微生物相關(guān)領(lǐng)域已經(jīng)主導(dǎo)或參與了幾十篇高質(zhì)量科研論文,，發(fā)表在Nature,、Science、New England Journal of Medicine等頂級(jí)科學(xué)雜志上,。

研究領(lǐng)域也在不斷拓展,，包括不斷地完善人類(lèi)腸道參考基因集，其中包含的基因數(shù)量從300萬(wàn)增長(zhǎng)到1,200多萬(wàn),，第一次用基于腸道菌群關(guān)聯(lián)分析的方法研究了腸道與糖尿病的關(guān)系,，采用該研究思路和方法，分別研究了腸道菌群與大腸癌,、風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,、心血管等多種疾病的關(guān)系。同時(shí)探討了不同人群腸道菌群的差異,，以及不同的喂養(yǎng)方式,、出生方式對(duì)嬰兒腸道菌群的影響，為腸道微生物與疾病健康的關(guān)系不斷提供新的科學(xué)依據(jù),。

從第一個(gè)人腸道菌群基因集的建立,，到參與提出腸型假說(shuō),，到采用Metagenomics-wide assoaciaton study（MWAS）宏基因組分析方法,，再到用自主研發(fā)平臺(tái)進(jìn)行meta測(cè)序，華大與合作伙伴始終引領(lǐng)宏基因組的發(fā)展,，充分證明了中國(guó)科研的實(shí)力,。

華大在微生物領(lǐng)域的研究實(shí)力雄厚，啟動(dòng)或參與了多個(gè)大型的微生物研究計(jì)劃,，包括萬(wàn)種微生物基因組計(jì)劃,、人體腸道微生物宏基因組研究計(jì)劃（MetaHIT）、百萬(wàn)微生態(tài)基因組計(jì)劃和地球環(huán)境微生物計(jì)劃（EMP）,。

1999年以來(lái),，華大發(fā)表或聯(lián)合發(fā)表SCI收錄論文3,565篇（與菌群研究相關(guān)的有71篇）；其中在Cell/Nature/Science/NEJM期刊及其子刊上發(fā)表文章共計(jì)451篇（與菌群研究相關(guān)的為24篇）,。（統(tǒng)計(jì)截至2022年4月）

此外,，華大還申請(qǐng)了疾病相關(guān)微生物標(biāo)記物、功能益生菌株等相關(guān)發(fā)明專(zhuān)利300余項(xiàng),，申請(qǐng)進(jìn)入歐洲,、日本、美國(guó),、中國(guó)香港,、澳大利亞等多個(gè)國(guó)家和地區(qū),，已獲批140余項(xiàng)。（統(tǒng)計(jì)截至2022年6月）

2010年,，華大發(fā)表在Nature封面上關(guān)于“構(gòu)建人體腸道微生物參考基因集”的研究論文,，開(kāi)創(chuàng)了高通量測(cè)序研究人體腸道菌群的新時(shí)代，被稱(chēng)為21世紀(jì)前十年最重要的科研成果之一,。^[1]

2011年,，Nature刊載了由華大基因參與的腸道菌群研究論文，該研究指出：人類(lèi)能以腸道內(nèi)的細(xì)菌種類(lèi)和數(shù)量,，劃分成3種不同的“腸型”,，分別以富集擬桿菌Bacteroides、普氏菌Prevotella和瘤胃球菌Ruminococcus （species group）為特征,；本研究是第一次提出“腸型（enterotypes）”概念,，此發(fā)現(xiàn)被當(dāng)年Science評(píng)為2011年度重大科技突破事件。^[2]

2012年,，Nature刊載了華大基因聯(lián)合深圳市第二人民醫(yī)院等單位完成的“腸道微生物與Ⅱ型糖尿病的宏基因組關(guān)聯(lián)分析”研究,，該研究基于新一代鳥(niǎo)槍法深度測(cè)序技術(shù)，研發(fā)出新的宏基因組關(guān)聯(lián)分析（Metagenome-Wide AssociationStudy, MGWAS）方法,，明確了中國(guó)人群中的糖尿病患者與非糖尿病患者腸道微生物組成上的差異,。華大建立的宏基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)，開(kāi)啟了疾病的臨床研究全新的視角,。^[3]

2013年,，國(guó)際頂級(jí)雜志Nature上公布了華大研究團(tuán)隊(duì)大樣本分析肥胖人群的腸道菌群特征，該研究通過(guò)分析123名非肥胖和169名肥胖丹麥人腸道微生物基因組成,，發(fā)現(xiàn)兩組樣本中腸道微生物基因和物種豐富度上存在明顯差異,。與細(xì)菌豐富度高的人相比，細(xì)菌豐富度低的人特點(diǎn)是整體肥胖,、胰島素抵抗和血脂異常以及炎癥表型更明顯,，這表明菌群豐度而不是特定的菌群分類(lèi)可較為明顯區(qū)分胖瘦。^[4]

2014年,，華大基因團(tuán)隊(duì)在Nature Biotechnology上公布了截至當(dāng)時(shí)最全的腸道微生物參考基因集,，鑒定出近988萬(wàn)個(gè)微生物基因目錄。該目錄包含了大多數(shù)腸道微生物近乎完整的基因,，該目錄的建立,，將有助于定量表征腸道微生物組的宏基因組、超轉(zhuǎn)錄組和元蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù),，以了解其在人類(lèi)健康和疾病人群中的變化,。^[5]

2015年，華大基因團(tuán)隊(duì)在Nature Medicine上發(fā)表了類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者腸道和口腔微生物組的特定變化的研究，并提出了使用微生物組組成進(jìn)行預(yù)后和診斷的潛在方法,，這些研究結(jié)果為預(yù)防或治療類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎提供了新的治療可能,，患者或許有一天能夠通過(guò)治療他們的腸道來(lái)緩解關(guān)節(jié)疼痛。^[6]

2016年,，Nature Reviews Microbiology刊載了華大基因宏基因組關(guān)聯(lián)分析（Metagenome-Wide Association Study,，MWAS）綜述，該綜述總結(jié)了近年來(lái)人體微生物疾病研究領(lǐng)域的成果,，指出宏基因組關(guān)聯(lián)分析（MWAS）是挖掘微生物組寶藏的有力工具,，可以高分辨率研究微生物組與復(fù)雜疾病的關(guān)聯(lián)，提出我們需要在人類(lèi)微生物組中更好地描述細(xì)菌生物學(xué)特性,，才能理解MWAS鑒定的細(xì)菌菌株與疾病有何關(guān)系,。^[7]

2017年，Nature Medicine刊載了瑞金醫(yī)院和華大基因合作的針對(duì)中國(guó)人肥胖和腸道菌群的研究成果,。研究者建立了217個(gè)肥胖相關(guān)的基因關(guān)聯(lián)群組,，并通過(guò)血清代謝組學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)多形擬桿菌（一種可發(fā)酵谷氨酸鹽的共生細(xì)菌）的豐度在肥胖者中顯著降低,，而這種細(xì)菌與脂肪代謝相關(guān),。這項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)為未來(lái)針對(duì)中國(guó)人減肥藥物的開(kāi)發(fā)提供了全新的方向和候選菌株。^[8]

2018年,，GigaScience刊載了華大基因聯(lián)合北大深圳醫(yī)院開(kāi)展中國(guó)育齡女性子宮菌群研究,，該研究通過(guò)宏基因組測(cè)序鑒定了從陰道至腹膜液微生物的漸變特征，還通過(guò)附加人群交叉驗(yàn)證了所得結(jié)論,，是當(dāng)時(shí)為止最為系統(tǒng)的中國(guó)人女性生殖道菌群研究,。^[9]

2019年，華大厚積薄發(fā)在Nature Biotechnology上發(fā)布人體腸道可培養(yǎng)細(xì)菌基因組集,，提供了1,500多條高質(zhì)量的細(xì)菌基因組,，對(duì)現(xiàn)有的人腸道細(xì)菌參考基因組有很大補(bǔ)充，為精準(zhǔn)解密腸道菌群與疾病之間的關(guān)系提供重要的基礎(chǔ),。^[10]

2020年，Nature Communications上刊登了由上海交大醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院與華大研究院聯(lián)合主導(dǎo)的一項(xiàng)多中心隨機(jī)雙盲對(duì)照臨床試驗(yàn),，表明在抗生素預(yù)處理后,，小檗堿（單獨(dú)使用或與特定混合益生菌聯(lián)用）能有效幫助2型糖尿病患者降糖，并揭示了其潛在的腸道菌群靶點(diǎn)和作用機(jī)制,。這些發(fā)現(xiàn)為靶向腸道菌群以改善糖尿病等代謝疾病帶來(lái)了新啟示,，具有臨床應(yīng)用前景。^[11]

2021年,，華大基因在Gastroenterology發(fā)表的研究發(fā)現(xiàn),，基線時(shí)的腸道菌群可以預(yù)測(cè)節(jié)食減肥的結(jié)果，且在減重過(guò)程中一些細(xì)菌種類(lèi)的豐度發(fā)生明顯變化。這些發(fā)現(xiàn)為基于腸道菌群的個(gè)體化減肥飲食干預(yù),，提供了新思路,。^[12]

2022年，華大基因發(fā)表在Nature Genetics上的研究,，分析了3,432名中國(guó)人的全基因組,、糞便宏基因組、人體測(cè)量學(xué)和血液代謝物數(shù)據(jù),，通過(guò)M-GWAS以及雙向孟德?tīng)栯S機(jī)化分析,，鑒定出腸道微生物組（如特定微生物分類(lèi)單元及菌群功能）與血液代謝物水平之間的潛在因果關(guān)系，為進(jìn)一步揭示菌群與表型和疾病關(guān)系以及潛在干預(yù)方法,，提供了新的證據(jù)和假說(shuō),。^[13]

本文只是選取了華大13項(xiàng)腸道菌群的關(guān)鍵研究，還有更多沒(méi)有羅列到的研究,，都在默默地為該領(lǐng)域的發(fā)展和進(jìn)步添磚加瓦,，而華大也不會(huì)停下腳步，堅(jiān)持探索菌群與人體健康的關(guān)聯(lián)與干預(yù)方案,，終要做到“基因科技造福人類(lèi)”,。

同時(shí)，尹哥一直在提醒,，人類(lèi)應(yīng)該善待微生物,，學(xué)會(huì)與這個(gè)“地球之王”和諧共處，協(xié)同發(fā)展而非利用抗生素等手段趕盡殺絕,。因?yàn)樗鼈儫o(wú)處不在,，水、空氣,、土壤,、食物等等；因?yàn)樗鼈兣c我們互利共生,，每個(gè)人都不是“一個(gè)人”,，而是“人菌共生”的生態(tài)系統(tǒng)；也因?yàn)樗鼈?，我們認(rèn)識(shí)了許多疾病的本質(zhì),，也學(xué)會(huì)了如何預(yù)防和治療疾病。