原創(chuàng) 喵醬 基迪奧生物 2022-06-25 10:00 發(fā)表于廣東 收錄于合集 #TCGA數(shù)據(jù)庫13 #生信192 #工具推薦188
有關(guān)TCGA突變數(shù)據(jù)的下載、合并及可視化可戳往期：當(dāng)然，我們還可以借力網(wǎng)頁工具進(jìn)行快捷探索,。今天給大家推薦一個(gè)能直接對TCGA所有癌癥數(shù)據(jù)繪制突變?nèi)皥D/瀑布圖的網(wǎng)頁交互工具：iCoMut,，簡單又好用！進(jìn)入工具網(wǎng)站后,，我們先在左上角“Select a cancer cohort”處選擇自己想要研究的癌癥，這里我們以腎上腺皮質(zhì)癌（ACC）為例,。選擇好癌癥后會直接跳轉(zhuǎn)到可視化頁面，此時(shí)默認(rèn)所有信息面板（左欄）和右側(cè)圖表都是展開的,，并且是一一對應(yīng)關(guān)系,。當(dāng)我們把鼠標(biāo)放到不同位置時(shí)，還會出現(xiàn)對應(yīng)的提示信息,。Mutation Rate：突變率,，計(jì)算為每百萬個(gè)堿基的突變數(shù)，按同義和非同義突變分層堆疊,；Mutation Signature：百分比堆疊柱形圖顯示5種不同轉(zhuǎn)換在每個(gè)樣本中的轉(zhuǎn)換比例,；Age/Vital Status/Gender/Histology/Ethnicity：年齡、生死,、性別,、組織學(xué)亞型、種族信息的樣本注釋,；Gene Mutation：突變基因瀑布圖,，Mutsig2CV鑒定；Copy Number Gain：拷貝數(shù)增益事件,；Copy Number Loss：拷貝數(shù)丟失事件,；如果不需要展示某些圖表或注釋，只需要在左側(cè)信息面板中點(diǎn)擊標(biāo)題左側(cè)的“-”符號，變成“+”即可將展開的圖表進(jìn)行折疊,。還可以在頂部的工具欄快速進(jìn)行一鍵折疊或展開所有面板：默認(rèn)情況下，癌癥隊(duì)列中的患者首選是按照組織學(xué)亞型（Histology）進(jìn)行排序的,，如果沒有組織學(xué)亞型數(shù)據(jù),，則按照基因突變（Gene Mutation）進(jìn)行排序。當(dāng)然,，我們也可以通過單擊y軸的文本標(biāo)簽對樣本進(jìn)行序列重排,，如果想要多鍵排序，可以按住alt鍵再單擊文本標(biāo)簽,。除了可以折疊面板隱藏不需要的圖表內(nèi)容,，布局形式也可以調(diào)整，只需要上下拖拽信息面板的標(biāo)題即可改變組合圖表的排列關(guān)系,。點(diǎn)擊信息面板標(biāo)題前的感嘆號圖標(biāo)，可以展開查看數(shù)據(jù)的具體信息,。將鼠標(biāo)放在圖表上,，會顯示鼠標(biāo)所在位置樣本的詳細(xì)信息。圖表中很多樣本是僅有臨床信息,，沒有突變信息的，可以在Gene Mutation中選擇第四個(gè)過濾器按鈕過濾掉沒有突變信息的樣本,。默認(rèn)顯示前25個(gè)突變基因,，如果我們想要顯示更多，或者添加感興趣基因,，在Gene Mutation中選擇第一個(gè)編輯按鈕,，在彈出的基因編輯面板中我們可以更改顯示突變基因的數(shù)目，或者添加感興趣基因,。在搜索欄下方的高級搜索面板可以對樣本和信息進(jìn)行更個(gè)性化篩選,，比如僅顯示同義突變率高于1.5的所有女性患者/樣本,。總的來說，交互頁面簡潔明了,，使用方法也非常簡單,，鼠標(biāo)所指之處都是提示。如果想要查看更詳細(xì)說明,，可以點(diǎn)擊頂部菜單欄的“?”按鈕查看幫助文檔,。調(diào)整好圖表后,，點(diǎn)擊工具欄中的下載按鈕即可下載svg格式的矢量圖到本地。在下載時(shí)遇到一個(gè)問題,，使用谷歌瀏覽器點(diǎn)擊下載沒反應(yīng),，換了Edge瀏覽器后雖然能夠下載，不過打開svg格式圖片會有報(bào)錯(cuò)：應(yīng)該是編碼方式出現(xiàn)錯(cuò)誤,，如果大家在下載時(shí)也出現(xiàn)相同問題,，這里提供一個(gè)解決方案：使用矢量圖編輯軟件，如AI,、PPT等打開下載的svg圖片,，重新另存為新的svg,、pdf等矢量圖格式即可,。如果你還在為不知如何繪制SCI圖表而憂愁,，還在為畢業(yè)論文制圖效率低下而焦心，或者想要找到一個(gè)生信學(xué)習(xí),、繪圖軟件學(xué)習(xí),、R語言學(xué)習(xí)的干貨集中地……關(guān)注一個(gè)SCIPainter就對了！什么叫大隱隱于市,，什么叫酒香巷子深,，什么叫少林寺的掃地僧！懷揣繪圖絕技,，深藏功名的就是它,！SCIPainter！??！
SCIPainter是基迪奧旗下的科研圖表類干貨分享公眾號，之后更多與科研圖表繪制相關(guān)內(nèi)容,，我們會在這個(gè)賬號中持續(xù)進(jìn)行分享和發(fā)布,，聰明的你一定不會錯(cuò)過！左手一個(gè)基迪奧生物,，右手一個(gè)SCIPainter,，老板再也不用擔(dān)心我的課題和論文了！ |
