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// 2020 CNGBdb系列微課開講啦! 4月29日 4月專題 四節(jié)課帶你玩轉(zhuǎn)表觀組學(xué)研究 <第4講>上線 //  2020 | NO.4 課程名稱：染色質(zhì)類表觀組學(xué)生信分析 講師：韓京華,，尼奧基因組學(xué)研究院表觀團隊高級生信分析師。在國際知名期刊發(fā)表多篇研究論文,，并獲得4項軟件著作權(quán),。 - 課程概要 -
- 現(xiàn)場Q&A - 現(xiàn)場 Q：ATAC-Seq需要input文庫嗎,？ A：ATAC與IP類測序方法不同，不需要input文庫,。 Q：scATAC-seq可分析的內(nèi)容和ATAC-Seq差不多嗎,？ A：scATAC的實驗部分一般采用10X Genomics平臺，分析方法與常規(guī)ATAC-seq也會有不同,。 具體分析方法請參考文獻： Satpathy AT, Granja JM, Yost KE, et al. Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion. Nat Biotechnol. 2019; 37(8):925-936. Q：小麥方面的ATAC-Seq研究套路是怎樣的,？ A：經(jīng)過檢索，我們發(fā)現(xiàn)關(guān)于小麥ATAC-seq的文章幾乎沒有,，ChIP-seq的文章也很少,。鑒于ATAC-seq分析套路與ChIP-seq接近，您可以參考一下ChIP-seq的分析方法,。 Q：數(shù)據(jù)分析得到的插入片段圖有沒有出現(xiàn)過和2100結(jié)果不太一致的情況,？比如2100有多峰但是插入片段的1核小體峰很低且無多核小體峰的情況。 A：我們目前沒遇到過這種情況,。比對情況怎么樣,？比對時允許的最大插入片段長度是多少？軟件bowtie2默認允許的插入片段長度是500（-X）,，對于ATAC數(shù)據(jù),，該參數(shù)應(yīng)設(shè)置成更大的長度，如-X 2000,。另外,，是否在過濾BAM文件時過濾掉了有用的比對？ Q：可以簡單介紹一下ChIP-qPCR技術(shù)嗎,？第一次接觸這個技術(shù)不是很清楚它的用途,。 A：ChIP-qPCR是ChIP和qPCR兩種技術(shù)的結(jié)合，能夠檢測特定轉(zhuǎn)錄因子/組蛋白修飾與已知基因啟動子區(qū)域的結(jié)合,，不需要測序,，適合已有候選基因的研究。大概流程如下： 蛋白-DNA甲醛交聯(lián) --- 細胞裂解 --- DNA打斷 --- 抗體富集特定蛋白-DNA復(fù)合物 --- DNA純化 --- qPCR 參考文獻： Lacazette E. A laboratory practical illustrating the use of the ChIP-qPCR method in a robust model: Estrogen receptor alpha immunoprecipitation using Mcf-7 culture cells. Biochem Mol Biol Educ. 2017;45(2):152-160. Q：ATAC motif和ChIP motif可能會有重疊嗎,？ A：如果開放染色質(zhì)區(qū)包含ChIP-seq所要鑒定的轉(zhuǎn)錄因子（或其他結(jié)合蛋白）,，那么ATAC motif和ChIP motif是可能有重疊的。 Q：ATAC樣本量需要多少,？ A：500-50000個細胞,，推薦50000個。 Q：細胞凍存后復(fù)蘇可以做ATAC嗎,？ A：可以的,。 |
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