今天是第2185期日?qǐng)?bào)。

Nature：用新方法系統(tǒng)性挖掘IBD相關(guān)的菌群蛋白

Nature[IF:49.962]

① 開(kāi)發(fā)MetaWIBELE方法流程,，用于大規(guī)模鑒定宏基因組中有潛在生物活性的微生物基因產(chǎn)物,；② 鑒定出>34萬(wàn)個(gè)有潛在生物活性的IBD相關(guān)蛋白質(zhì)家族，約半數(shù)未被表征,，并用其他組學(xué)數(shù)據(jù)對(duì)重要蛋白進(jìn)行驗(yàn)證,；③ 這些蛋白的潛在功能主要涉及：高度特異的代謝過(guò)程、致病/炎癥相關(guān)因子、與其他微生物或宿主細(xì)胞互作,；④ 結(jié)合實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證表明,，IBD中富集的一類(lèi)腸桿菌科菌毛蛋白可引起腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)，而IBD中耗竭的一類(lèi)VWF同源蛋白則參與擬桿菌生物膜形成,。

Discovery of bioactive microbial gene products in inflammatory bowel disease
05-25, doi: 10.1038/s41586-022-04648-7

【主編評(píng)語(yǔ)】菌群中具有生物活性的微生物產(chǎn)物,，在微生物之間以及微生物-宿主間的相互作用中發(fā)揮關(guān)鍵介導(dǎo)作用，但目前人們對(duì)于這些菌群產(chǎn)物的了解仍然有限,。Nature最新發(fā)表了來(lái)自哈佛大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院的一項(xiàng)研究,，開(kāi)發(fā)了一套用于鑒定微生物組中的新型生物活性基因產(chǎn)物的計(jì)算系統(tǒng) MetaWIBELE，并用其分析了炎癥性腸?。↖BD）隊(duì)列宏基因組數(shù)據(jù),，鑒定出大量未被表征的有潛在生物活性的IBD相關(guān)微生物蛋白家族，對(duì)研究菌群相關(guān)的IBD疾病機(jī)理和相關(guān)療法具有重要意義,。（@mildbreeze）

1型糖尿病成人患者的腸道菌群變化及其與血糖控制的關(guān)聯(lián)

Diabetes Care[IF:19.112]

① 納入74名1型糖尿病患者及296名年齡及性別匹配的健康對(duì)照,；② 1型糖尿病患者的腸道菌群特征顯著不同于健康對(duì)照，Prevotella copri,、惰性真桿菌及Alistipes inops在1型糖尿病患者的腸道菌群中富集,，而Firmicutes bacterium、柔嫩梭菌群及活潑瘤胃球菌在健康對(duì)照的腸道菌群中富集,；③ 特定腸道細(xì)菌分類(lèi)群與血糖控制指標(biāo)相關(guān),，如普雷沃氏菌科中的SGB592及SGB1340菌種與糖化血紅蛋白呈負(fù)相關(guān)，而腸桿菌目與平均血糖呈正相關(guān),。

The Gut Microbiome of Adults With Type 1 Diabetes and Its Association With the Host Glycemic Control
01-19, doi: 10.2337/dc21-1656

【主編評(píng)語(yǔ)】Diabetes Care上發(fā)表的一項(xiàng)前瞻性隊(duì)列研究結(jié)果,，對(duì)比了1型糖尿病患者與健康對(duì)照的腸道菌群組成及功能差異，并鑒定出了與血糖控制指標(biāo)相關(guān)的腸道菌群組成及功能特征,。（@aluba）

活潑瘤胃球菌如何調(diào)節(jié)腸-腦軸,？

Gut Microbes[IF:10.245]

① 與無(wú)菌（GF）小鼠相比，活潑瘤胃球菌（Rg）單株定植小鼠的盲腸內(nèi)容物,、血液和大腦中的唾液酸衍生物發(fā)生變化,，腸道粘蛋白中唾液酸化殘基比例顯著下降；② Rg小鼠盲腸內(nèi)容物中也檢測(cè)到與大腦功能相關(guān)的代謝物變化,，如色胺,、吲哚乙酸和氧化三甲胺；③ Rg定植造成小鼠海馬體齒狀回PSA-NCAM+ 粒細(xì)胞顯著減少,，小膠質(zhì)細(xì)胞招募增加,，但細(xì)胞形態(tài)不變；④ Rg小鼠的空間工作記憶有所改善,，并上調(diào)細(xì)胞增殖和神經(jīng)可塑性相關(guān)基因,，但不影響其他認(rèn)知功能,。

The role of the mucin-glycan foraging Ruminococcus gnavus in the communication between the gut and the brain
05-17, doi: 10.1080/19490976.2022.2073784

【主編評(píng)語(yǔ)】活潑瘤胃球菌（Rg）是人類(lèi)腸道共生菌，在炎癥性腸病和神經(jīng)系統(tǒng)疾病中常見(jiàn)豐度增加,。Gut Microbes上最新發(fā)表的文章,，采用無(wú)菌和悉生小鼠，對(duì)Rg及其代謝產(chǎn)物如何影響腸-腦軸生理病理進(jìn)行了探索,。（@solo）

張和平+張金彪等：益生菌Probio-M8輔助治療帕金森綜合征

npj Parkinsons Disease[IF:8.651]

① 納入82名帕金森（PD）患者隨機(jī)分為益生菌組（芐絲肼+多巴胺激動(dòng)劑+Probio-M8）和安慰劑組（相同藥物+安慰劑）,，干預(yù)持續(xù)3個(gè)月；② Probio-M8聯(lián)合藥物可顯著改善患者便秘情況,、焦慮及睡眠質(zhì)量,，且對(duì)疾病嚴(yán)重程度和精神狀態(tài)改善效果更顯著；③ Probio-M8通過(guò)抑制潛在致病菌,，促進(jìn)多種有益菌豐度進(jìn)而調(diào)節(jié)患者腸道菌群,；④ Probio-M8干預(yù)促使更多物種參與色氨酸降解、γ-氨基丁酸,、短鏈脂肪酸等生物合成,，顯著增加患者血清乙酸和多巴胺水平,。

Probiotics synergized with conventional regimen in managing Parkinson’s disease
05-24, doi: 10.1038/s41531-022-00327-6

【主編評(píng)語(yǔ)】帕金森綜合征（PD）是以行動(dòng)遲緩,、并伴有肢體僵硬或靜止性震顫等表現(xiàn)的一類(lèi)神經(jīng)退行性疾病，且PD患者的胃腸道癥狀往往先于運(yùn)動(dòng)體征,，表明腸道異常與PD發(fā)病間存在關(guān)聯(lián),。目前針對(duì)PD的主要治療方法是服用抗帕金森藥物（如左旋多巴、芐絲肼,、普拉克索等）,，但治療效果會(huì)逐漸減弱，最終需要服用更大劑量的藥物,。多項(xiàng)研究已發(fā)現(xiàn)益生菌或可成為預(yù)防和改善PD癥狀的一種可行策略,，但與抗藥物聯(lián)合使用的臨床證據(jù)非常有限。近日,，內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)張和平與威海市立醫(yī)院張金彪及團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)了一項(xiàng)隨機(jī),、雙盲、安慰劑對(duì)照試驗(yàn),，探究了益生菌聯(lián)合常規(guī)藥物對(duì)PD的改善效果,，相關(guān)成果發(fā)表于npj Parkinsons Disease，發(fā)現(xiàn)益生菌Probio-M8通過(guò)調(diào)節(jié)患者的腸道菌群,，進(jìn)一步調(diào)節(jié)宿主的脂質(zhì),、短鏈脂肪酸和神經(jīng)遞質(zhì)代謝，提高患者血清多巴胺水平進(jìn)而改善疾病,?？傊?，該研究為未來(lái)預(yù)防和緩解帕金森病提供了新的指導(dǎo)和見(jiàn)解。（@九卿臣）

國(guó)內(nèi)團(tuán)隊(duì)：帕金森病的SCFA變化,，與腸-血屏障受損和便秘有關(guān)

Movement Disorders[IF:10.338]

① 納入33名健康人和95名帕金森?。≒D）患者，分析糞便和血漿的短鏈脂肪酸（SCFAs）濃度和腸-血屏障（GBB）通透性,，以及與便秘的關(guān)系,；② PD患者的糞便乙酸、丙酸和丁酸降低,，而血漿乙酸和丙酸升高,；③ 糞便和血漿的SCFAs變化以及GBB通透性，在便秘患者中加重,；④ 糞便和血漿的SCFAs可區(qū)分PD患者和健康人,；⑤ 疾病嚴(yán)重程度與糞便SCFAs（除丙酸外）負(fù)相關(guān)，與血漿乙酸,、丙酸和戊酸正相關(guān),。

Parkinson's Disease Is Associated with Impaired Gut–Blood Barrier for Short-Chain Fatty Acids
05-24, doi: 10.1002/mds.29063

【主編評(píng)語(yǔ)】在帕金森病（PD）患者中,，腸道菌群產(chǎn)生的短鏈脂肪酸（SCFAs）在糞便中減少,，卻在血漿中增加，這可能是源于腸壁滲漏,。這提示在進(jìn)行疾病相關(guān)菌群代謝物研究時(shí),，應(yīng)考慮到腸道功能。上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院肖勤和Yiwei Qian與團(tuán)隊(duì),，在Movement Disorders發(fā)表研究,，發(fā)現(xiàn)PD患者的糞便和血漿SCFAs的改變與腸-血屏障受損有關(guān)，并可能因便秘而加重,。（@mildbreeze）

HNF4A：整合菌群和脂質(zhì)代謝信號(hào)的腸道關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子

CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology[IF:9.225]

① 無(wú)菌（GF） 和悉生（CV）小鼠經(jīng)正?；騿未胃咧停℉FM）后，使用脂質(zhì)組學(xué),、RNA-Seq和ChIP-Seq分析空腸上皮細(xì)胞（IEC）反應(yīng),；② 發(fā)現(xiàn)菌群+HFM造成H3K27ac結(jié)合位點(diǎn)在與脂質(zhì)合成和增殖相關(guān)基因附近增強(qiáng)，該處并非轉(zhuǎn)錄因子HNF4A基因靶點(diǎn),；③ 單獨(dú)HFM單獨(dú)造成H3K27ac結(jié)合位點(diǎn)在能量穩(wěn)態(tài)調(diào)節(jié)因子PPARA靶基因,、脂肪酸氧化基因附近增強(qiáng)，并與HNF4A結(jié)合,；④ GF中HNF4A支持腸細(xì)胞分化和脂肪酸氧化,，而菌群+HFM抑制HNF4A導(dǎo)致IEC增殖程序被優(yōu)先激活。

Transcriptional integration of distinct microbial and nutritional signals by the small intestinal epithelium
05-06, doi: 10.1016/j.jcmgh.2022.04.013

【主編評(píng)語(yǔ)】宿主腸道不斷回應(yīng)和適應(yīng)復(fù)雜的食物和微生物環(huán)境因子,，其轉(zhuǎn)錄整合策略和機(jī)制尚不清晰,。Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology最新發(fā)表的文章采用無(wú)菌小鼠和悉生小鼠模型,，給與單次高脂餐，進(jìn)而通過(guò)多組學(xué)對(duì)腸道菌群和膳食脂肪兩種因子對(duì)腸道上皮的調(diào)控進(jìn)行了研究,，鑒別出HNF4A這一關(guān)鍵核受體轉(zhuǎn)錄因子,。（@solo）

口腔衛(wèi)生習(xí)慣和菌群影響牙齦出血嗎？

Journal of Clinical Periodontology[IF:8.728]

① 納入484名挪威成年人(47%女性)進(jìn)行齦溝液菌群分析,，統(tǒng)計(jì)社區(qū)牙周指數(shù)評(píng)分,、自述牙齦出血頻率和口腔衛(wèi)生習(xí)慣；② 細(xì)菌多樣性與自述牙齦出血頻率呈正相關(guān),，“總是”和“經(jīng)?！背鲅巳旱木憾鄻有愿哂凇皬牟弧背鲅撸虎?頻繁牙齦出血,，其牙髓卟啉單胞菌,、牙密螺旋體和依賴桿菌豐度增加，革蘭氏陽(yáng)性菌,、厚壁菌門(mén)和放線菌門(mén)豐度下降,；④ 相比于從不使用牙線或漱口水，每天使用牙線和漱口水的人的變形菌門(mén)細(xì)菌總豐度更高,，但細(xì)菌多樣性較低,。

Association of oral bacteria with oral hygiene habits and self-reported gingival bleeding
05-15, doi: 10.1111/jcpe.13644

【主編評(píng)語(yǔ)】研究以近500名挪威成年人為研究對(duì)象，探究他們的口腔衛(wèi)生習(xí)慣,、口腔菌群與自述牙齦出血頻率的關(guān)系,。研究結(jié)果表明,，口腔衛(wèi)生習(xí)慣影響口腔菌群,，口腔菌群多樣性與自述牙齦出血頻率呈正相關(guān)。（@Bingbing）

有癥狀和無(wú)癥狀的腸毒性大腸桿菌攜帶者,，腸道微生物組成不同

mBio[IF:7.867]

① 納入48例無(wú)癥狀或有癥狀的感染ETEC的兒童和成人,，分析微生物組；② 有癥狀患者大腸桿菌和兩種腸毒性大腸桿菌（ETEC）毒素測(cè)序讀數(shù)較多,，表明細(xì)菌載量高,；③ 這些患者同時(shí)感染腸聚集性大腸桿菌的幾率高，并且體內(nèi)克雷伯氏菌,、沙門(mén)氏菌和嗜血桿菌比例高,；④ ETEC定植與抗菌素耐藥性（AMR）基因的增加有關(guān)，尤其是b-內(nèi)酰胺酶類(lèi)基因,；⑤ 大腸桿菌載量高的兒童有較高比例的鏈球菌,，而健康兒童含有更高比例的雙歧桿菌。

Microbiome Profiling of Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) Carriers Highlights Signature Differences between Symptomatic and Asymptomatic Individuals
05-10, doi: 10.1128/mbio.00157-22

【主編評(píng)語(yǔ)】腸毒性大腸桿菌（ETEC）是低收入和中等收入國(guó)家兒童腹瀉的重要原因之一,。然而,，這些細(xì)菌通常在患者和健康對(duì)照組中都存在,。mBio近期發(fā)表的研究中，利用宏基因組測(cè)序描述了48例有或無(wú)癥狀的ETEC感染的兒童和成年人的腸道微生物組,。結(jié)果發(fā)現(xiàn),，有癥狀患者的微生物組成有明顯的改變，而且臨床上相關(guān)的幾個(gè)抗菌素耐藥性基因的出現(xiàn)也受到影響,。本研究為今后研究腸道微生物組組成對(duì)胃腸道疾病進(jìn)展的影響提供了重要的基礎(chǔ)信息,。（@NL）

噴霧干燥預(yù)混噬菌體飼料改善仔豬沙門(mén)氏菌定植

Microbiology spectrum[IF:7.171]

① 將噬菌體置于不同輔料中進(jìn)行噴霧干燥，最終以粉末形式添加到飼料中,，并探究含兩種噬菌體混合物的飼料是否能減少沙門(mén)氏菌在仔豬中的定植,；② 雖然噴霧干燥后噬菌體含量從3x108下降至2.4x106 PFU/g，但該滴度是足夠的,；③ 噬菌體可進(jìn)一步經(jīng)受商業(yè)飼料加工工藝包括混合,、制粒，并在4°C或谷倉(cāng)條件下儲(chǔ)存6個(gè)月后,，效價(jià)不下降,；④ 預(yù)防性飼喂噴霧干燥噬菌體飼料可顯著降低沙門(mén)氏菌在仔豬不同腸段的定植率，對(duì)共生微生物群落沒(méi)有負(fù)面影響,。

Prophylactic Delivery of a Bacteriophage Cocktail in Feed Significantly Reduces Salmonella Colonization in Pigs
05-14, doi: 10.1128/spectrum.00422-22

【主編評(píng)語(yǔ)】非傷寒沙門(mén)氏菌屬是人類(lèi)食物中毒的主要原因,，可通過(guò)食用受污染的豬肉傳播。Microbiology spectrum近期發(fā)表的文章探索了在飼料中添加雙噬菌體混合物對(duì)仔豬中沙門(mén)氏菌定植的影響,，以及噬菌體飼料添加處理工藝,。（@solo）