久久国产成人av_抖音国产毛片_a片网站免费观看_A片无码播放手机在线观看,色五月在线观看,亚洲精品m在线观看,女人自慰的免费网址,悠悠在线观看精品视频,一级日本片免费的,亚洲精品久,国产精品成人久久久久久久

分享

R 自動(dòng)顯著性標(biāo)記

 哈_有條魚 2022-04-24

問題

在多重比較后如何用R代碼實(shí)現(xiàn)顯著性的自動(dòng)標(biāo)記,?以下R包都具有該功能,,可自行百度檢索:ggsignifpackage,、ggpubrpackage,、ggstatsplotpackage,、rcompanionpackage

rcompanion

我比較熟悉rcompanionpackage中的cldList()功能進(jìn)行顯著性標(biāo)記,今天就先講講這個(gè),。

  • 查看幫助文檔

?cldlist

要注意的一點(diǎn)是:標(biāo)字母法,,一般應(yīng)該從均值或者中位數(shù)最大的一組開始標(biāo),而這個(gè)cldList()并不是默認(rèn)對(duì)其排序,,因而在作圖前需自己排個(gè)序

示例

  1. 示例數(shù)據(jù):

mpg {ggplot2},加載ggplot2之后就可直接調(diào)用(我并沒有仔細(xì)看其含義,,僅做示例??,感興趣的可自行查看幫助文檔,,本次選擇其中的連續(xù)變量hwy和分類變量class進(jìn)行演示)

  1. 數(shù)據(jù)具體情況
數(shù)據(jù)具體含義
所選變量

ps:可按圖中所示進(jìn)行數(shù)據(jù)擺放,,每列為一個(gè)變量,行為樣本

  1. 篩選出所需數(shù)據(jù),,并修改列名為xy,,先對(duì)整體進(jìn)行組間差異顯著性檢驗(yàn)
library(car)
library(rcompanion)#引入`cldList()`功能
library(FSA)#引入`dunnTest()`功能
dat <- mpg[,c("class","hwy")]
colnames(dat) <- c("x","y")
# 殘差正態(tài)性檢驗(yàn)
mod1 <- lm(y~x,data = dat)
shapiro.test(resid(mod1))
#方差齊性檢驗(yàn)
leveneTest(y~x,data = dat)

不滿足單因素方差分析的前提條件,選用Kruskal-Wallis rank sum test

kruskal.test(y~x,data = dat)#差異顯著

5.多重比較及可視化

  • 多重比較
#Dunn (1964) Kruskal-Wallis multiple comparison
#p-values adjusted with the Bonferroni method.
mc <- dunnTest(y~x,data =dat,method ="bonferroni")
#Compact letter display
cld <- cldList(P.adj~Comparison,
               data = mc$res[order(mc$res$Z,decreasing = TRUE),],#對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行排序
               threshold = 0.05 ) 
library(dplyr)#引入`top_n()`功能
m <- dat %>% group_by(x) %>% top_n(1,y)#獲得每一組的最大值
cld <- merge(cld,m,by.x = "Group",by.y = "x")#合并成一個(gè)數(shù)據(jù)框
cld
  • 繪圖
#繪圖
library(ggplot2)
library(ggsci)
(p <- ggplot(data = dat,aes(x=x,y=y))+
  geom_boxplot(aes(fill=x),color="black")+#以箱形圖展示,,按分類變量x填充不同的顏色
  geom_text(data=cld,
            aes(x=Group,y=y*1.3,label=Letter),#讓字母位置比每組最大值高1.3倍,,避免重疊
            size=5,color="red",fontface="bold")+
  scale_fill_jama(alpha = 0.8)+#修改填充顏色
  theme_bw()+
  labs(x="class",y="hwy"))

其余方法,后續(xù)再寫吧??

    轉(zhuǎn)藏 分享 獻(xiàn)花(0

    0條評(píng)論

    發(fā)表

    請(qǐng)遵守用戶 評(píng)論公約

    類似文章 更多