最早提到巴什基爾人這個(gè)名稱的是10世紀(jì)阿拔斯王朝的穆克臺(tái)迪爾哈里發(fā)的阿拉伯使者阿哈邁德·伊本·法德蘭(Ahmad ibn Fadlan)，他在描寫他赴伏爾加保加利亞的游記中將巴什基爾人描寫為好戰(zhàn),、崇拜偶像的的民族,。據(jù)伊本·法德蘭的描述巴什基爾人生殖崇拜。當(dāng)時(shí)的巴什基爾人是飼養(yǎng)牛的游牧民族,。

13世紀(jì)他們占據(jù)了伏爾加河,、卡馬河和烏拉爾山之間的地區(qū),。他們不是嚴(yán)格的穆斯林。另一說法認(rèn)為他們是沒有離開烏拉爾山的馬札兒人后裔,，在蒙古秘史中,，名為巴只吉惕，與匈牙利相同,。札奇斯欽認(rèn)為他們是拔野古人之后,。他們的族名有領(lǐng)頭的狼的意思,。有些部落來(lái)自佩徹涅格人。

最早提到巴什基爾人的歐洲文獻(xiàn)是喬萬(wàn)尼·戴爾·卡皮尼(Joannes de Plano Carpini)和威廉·盧布魯克的著作,。兩人在烏拉爾河上游遇到了巴什基爾人部落,，并說他們的語(yǔ)言與匈牙利人的一樣。

13世紀(jì)中蒙古人到達(dá)前巴什基爾人是一個(gè)強(qiáng)大的,、自由的、對(duì)于其鄰居保加利亞人和佩切涅格人有威脅的民族,。但是到1552年喀山汗國(guó)沒落時(shí)他們已經(jīng)淪為一個(gè)虛弱的國(guó)家,。

1556年他們自愿承認(rèn)俄羅斯的主宰權(quán)。

1574年俄羅斯建立了烏法來(lái)保護(hù)他們抵擋哈薩克汗國(guó),，并要求巴什基爾人向俄羅斯交供皮毛作為稅收,。在金帳汗國(guó)時(shí)代受蒙古人統(tǒng)治，后東北部受西伯利亞汗國(guó)統(tǒng)治,，其他受諾蓋人與喀山汗國(guó)統(tǒng)治,。

1676年俄羅斯巴什基爾人起義，俄羅斯花很大力量才平定了這次起義,。

1707年俄羅斯巴什基爾人由于俄羅斯軍官的虐待再次起義,。

1735年奧倫堡建城時(shí)俄羅斯巴什基爾人第三次起義，這次起義持續(xù)了六年,。

1774年俄羅斯巴什基爾人支持了葉米里揚(yáng)·普加喬夫的起義,，其軍隊(duì)在俄羅斯巴什基爾貴族薩拉瓦特·尤拉耶夫(Salawat Yulayev)的領(lǐng)導(dǎo)下作戰(zhàn)，但是失敗,。最后一位俄羅斯巴什基爾可汗被小玉茲的阿布勒海爾汗擄獲,，俄羅斯巴什基爾可汗由阿布勒海爾汗兒子充任。

1786年俄羅斯巴什基爾人贏得了免稅的權(quán)利,。

1798年俄國(guó)從俄羅斯巴什基爾人中征募了一支不規(guī)則的軍隊(duì),。至今為止俄羅斯巴什基爾人依然有土地爭(zhēng)議。