【原】【R語言】基因ID轉(zhuǎn)換

生信交流平臺 2021-12-29

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做生物學(xué)研究的人，難免會遇到各種各樣的基因ID號,。有我們比較熟悉的也比較直觀的基因名字，如TP53。也有其他數(shù)據(jù)庫里,，但是也比較常用的ID，如ensembl ID,，entrez gene ID等等,。

下圖是TP53這個(gè)基因在genecard數(shù)據(jù)庫里面的詳細(xì)信息

https://www./cgi-bin/carddisp.pl?gene=TP53&keywords=TP53

我們可以看到這個(gè)基因?qū)?yīng)的gene symbol，Ensembl gene ID,，Entrez gene ID以及Uniprot ID(對應(yīng)的是蛋白信息),。

做數(shù)據(jù)分析的時(shí)候，我們經(jīng)常需要在各種gene ID之間進(jìn)行轉(zhuǎn)換。前面也簡單給大家介紹過一些做ID轉(zhuǎn)換的工具

?DAVID（https://david./home.jsp）

?biomart基因ID轉(zhuǎn)換,，獲取轉(zhuǎn)錄本類型

?g:Convert（https://biit.cs./gprofiler/convert）

這些都是一些網(wǎng)頁工具,，用起來也比較方便。但是當(dāng)我們在用R處理數(shù)據(jù)的時(shí)候,，不希望把基因名字導(dǎo)出來,，用網(wǎng)頁工具做個(gè)轉(zhuǎn)換，再導(dǎo)到R里面,，這樣很不方便,。有沒有R包可以直接把ID給轉(zhuǎn)換了，這樣整個(gè)分析工作就不用切換工具了,。答案是肯定的,。今天小編就來給大家介紹兩個(gè)R包，完成基因ID轉(zhuǎn)換,。

方法一,、org.Hs.eg.db包

假設(shè)我們手上有16個(gè)m6A甲基化相關(guān)的基因symbol，現(xiàn)在想轉(zhuǎn)換成ensemble gene ID和Entrez gene ID,。

#16個(gè)m6A甲基化相關(guān)的基因名字

m6a_sym=c("METTL3","METTL14","METTL16","WTAP","VIRMA","RBM15","ZC3H13","YTHDF1","YTHDF2","YTHDF3","YTHDC1","YTHDC2","HNRNPA2B1","HNRNPC","FTO","ALKBH5")

#如果沒有安裝org.Hs.eg.db,，需要先運(yùn)行下面這條命令安裝#BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

#加載org.Hs.eg.dblibrary(org.Hs.eg.db)#查看支持哪些IDcolumns(org.Hs.eg.db)

可以看到genecard里面出現(xiàn)的幾種ID號這個(gè)包都支持

gene symbol轉(zhuǎn)成Ensembl gene ID

ensembls <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = m6a_sym, keytype = "SYMBOL", column="ENSEMBL")ensembls

gene symbol轉(zhuǎn)成Entrez gene ID

entriz <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = m6a_sym, keytype = "SYMBOL", column="ENTREZID")entriz

當(dāng)然也可以一次性轉(zhuǎn)換到多種ID

#一次性轉(zhuǎn)換到ENSEMBL ID,ENTREZ ID和UNIPROT IDAnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, keys=m6a_sym,keytype="SYMBOL", columns = c("ENSEMBL","ENTREZID","UNIPROT"))