溶細胞活性評分（CYT,cytolytic activity score）已經成為現階段癌癥研究的焦點,。在本研究中,，作者利用多數據庫分析了免疫細胞殺傷活性與乳腺癌患者的臨床相關性,。首先,，作者假設CYT與免疫介導的抗腫瘤消除和腫瘤內遺傳異質性改變有關。隨后作者在多個乳腺癌隊列中使用CYT評分來檢驗這一假設,。結果發(fā)現，高CYT與組織學分級和三陰性乳腺癌(TNBC)相關,。腫瘤中的高CYT與TNBC的高存活率明顯相關,，但在其他乳腺癌亞型中則不然。另外,，富集分析顯示高CYT TNBC包括對生存有利的免疫基因和不利的炎癥基因，且與高同源重組缺陷,、體細胞拷貝數改變、腫瘤異質性突變以及多種免疫檢查點相關,，但與腫瘤突變負荷(TMB)無關。

發(fā)表雜志：Am J Cancer Res.

影響因子：6.162

那么這個評分怎么算的呢,？其實很簡單,，就是GZMA和PRF1表達的平均值,。那么他們的均值得到一個新的分數，是不是相當于一個新的指標/基因,，那么單基因單癌腫分析或者單基因泛癌分析是不是可以搞起,？有意向的可以和小編聯(lián)系喔,。

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研究背景

腫瘤免疫微環(huán)境（TIME）在乳腺癌進展,、治療和預后中起著關鍵作用。腫瘤浸潤淋巴細胞(TIL)是TIME的主要成分之一,，腫瘤TIL部分中淋巴細胞的密度和類型與乳腺癌的預后相關,。最近研究也發(fā)現TIL對生物學侵襲性三陰性乳腺癌(TNBC)的治療反應和患者預后有一定影響,。其中，免疫細胞殺傷活性（immune cytolytic activity）可通過GZMA和PRF1基因表達的幾何平均值反映細胞殺傷功能,，并對多種腫瘤的免疫治療具有抗性或反應性,。

流程圖：

分析解讀：

數據收集

①通過cBioportal從癌癥基因組圖譜(TCGA)中獲取乳腺癌轉錄組數據和臨床數據。

②乳腺癌分子分類學國際聯(lián)盟(METABRIC)數據集用于驗證生存分析,。

③基因表達綜合數據庫(GEO)中GSE20194、GSE25066和GSE33658作為驗證數據集,。

CYT與腫瘤侵襲性

①研究報道已知具有高突變負荷的乳腺癌與侵襲性表型和抗癌免疫細胞的浸潤有關，為此,，作者預計具有高CYT的乳腺癌與更具侵襲性的表型相關,。

②使用中值將每個隊列分為低和高CYT組對TCGA和METABRIC隊列中的疾病特異性生存率（DSS）,，以及GSE96058中的總生存率（OS）進行了分析。

結果：

下圖A：TCGA和METABRIC隊列中DSS的Kaplan-Meier圖,，以及GSE96058隊列中整個乳腺癌樣本中CYT低（藍線）和高（紅線）的OS圖,。

下圖B：TCGA和METABRIC隊列中AJCC階段的CYT箱線圖,，以及TCGA,、METABRIC和GSE96058隊列中的諾丁漢組織學分級。

CYT水平及其與乳腺癌亞型患者生存的關聯(lián)

①在上述步驟基礎上采用對數秩檢驗的Kaplan-Meier方法進行組間比較,。

結果：

下圖A：三種乳腺癌亞型（ER+/HER2-、HER2+,、TNBC）的CYT箱線圖。

下圖B：TCGA和METABRIC隊列中DSS的Kaplan-Meier圖,，以及GSE96058隊列中每個乳腺癌亞型組內CYT低（藍線）和高（紅線）的OS圖。

富集分析(GSEA)

①使用Broad Institute提供的軟件進行富集分析(GSEA),。

②在分子特征數據庫(MSigDB)中找到與GSEA軟件一起使用的帶注釋基因集的集合,。

③使用R軟件進行統(tǒng)計分析,。

結果：

下圖顯示了(A)有利的免疫相關和(B)不利的炎癥相關基因集。

CYT與免疫浸潤細胞

①利用xCell算法估計每個腫瘤組織中64種浸潤性免疫細胞類型以及基質細胞的比例,，以評估腫瘤內細胞組成,。

結果：

下圖A：抗腫瘤免疫細胞比例的箱線圖,；CD8+T細胞、CD4+記憶T細胞,、Th1細胞、M1巨噬細胞,、樹突狀細胞和B細胞按低CYT組和高CYT組進行比較,。

下圖B：TCGA隊列中T細胞受體(TCR)克隆評分的CYT箱線圖,。

下圖C：TCGA隊列中低CYT組和高CYT組之間TCR豐富度和BCR豐富度評分比較的箱線圖。

下圖D：促腫瘤免疫細胞比例的箱線圖,；調節(jié)性T細胞,、Th2細胞和M2巨噬細胞按低CYT組和高CYT組進行比較。

CYT與腫瘤內遺傳異質性和腫瘤突變

①通過R/Bioconductor包“maftools”計算突變等位基因腫瘤異質性（MATH）評分,。

②PyClone對來自TCGA中腫瘤樣本的相似MAF變體推斷腫瘤克隆性。

結果：

下圖A-B：低和高CYT評分組同源重組缺陷(HRD)和體細胞拷貝數改變(SCNA)的箱線圖,。

下圖B：突變等位基因腫瘤異質性(MATH)指數的箱線圖,。

下圖C：根據Pyclone的克隆數計算的CYT得分的箱線圖,。

下圖D：腫瘤內異質性和突變相關評分的箱線圖。

CYT與免疫檢查點

①驗證新輔助化療(NAC)后高CYT與病理完全緩解(pCR)是否具有相關性,。

②驗證CYT與ER陽性/HER2陰性和TNBC中免疫檢查點基因的表達是否相關,。

結果：

下圖A：GSE20194,、GSE25066和GSE33658隊列中ER+/HER2-和TNBC中低和高CYT組的病理完全緩解(pCR)率比較的條形圖,。

下圖B：TCGA和GSE96058隊列中ER+/HER2-和TNBC中CYT與抑制性檢查點分子(ICM)指數之間的相關圖。

小結：

在本項研究中,，作者發(fā)現高CYT與組織學分級和TNBC亞型顯著相關,；高CYT TNBC與較好的生存率顯著相關,。作者還通過GSEA富集分析發(fā)現高CYT TNBC中包含有利的免疫相關和不利的炎癥相關基因集。另外,，高CYT TNBC與抗癌免疫細胞（CD8+T細胞、CD4+T細胞,、M1巨噬細胞、樹突狀細胞和B細胞）的高浸潤有關,，還與高水平的T細胞受體(TCR)克隆以及TCR和B細胞受體(BCR)豐富度相關,。高CYT TNBC與高HRD和較少的腫瘤內異質性（SCNA和MATH）相關，但與突變負荷無關,。此外，盡管CYT在ER陽性/HER2陰性和TNBC中均與NAC反應無關,，但和抑制檢查點分子(ICM)指數之間存在很強的相關性。